VIII SA/Wa 10/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marek Wroczyński, Sędziowie Sędzia WSA Justyna Mazur (sprawozdawca), Sędzia WSA Iwona Szymanowicz-Nowak, , Protokolant starszy sekretarz sądowy Dominika Jeromin, , po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 kwietnia 2026 r. w Radomiu sprawy ze skargi Gospodarstwa R. O. Spółka [...] z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia 4 listopada 2025 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę.

Decyzją z 4 listopada 2025r., Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: "Dyrektor IAS" lub "organ odwoławczy"), po rozpatrzeniu odwołania Gospodarstwa [...] O. Sp. z o.o. z/s w O. (dalej: "strona" "skarżąca", "podatnik" lub "Spółka"), na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025r., poz. 111, ze zm.; dalej: "Op", "Ordynacja podatkowa") w zw. z art. 86 ust. 1 w zw. z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a oraz art. 112b ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 2174 ze zm.; dalej: "ustawa o VAT") utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. (dalej: "Naczelnik US" lub "organ I instancji") z 28.08.2025 r., nr [...], określającej stronie kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za III kwartał 2019 r., kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za IV kwartał 2019 r., zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za I kwartał 2020 r. oraz ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2019 r. i I kwartał 2020 r. Powyższe decyzje zostały wydane w następującym stanie faktycznym i prawnym: Naczelnik US prowadził wobec Spółki kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości podatku od towarów i usług za okres od 1 lipca 2019 r. do 31 grudnia 2019 r. i od 1 stycznia 2020 r. do 31 marca 2020 r., a następnie wskutek stwierdzonych w toku tej kontroli nieprawidłowości postępowanie podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług za okres III i IV kwartał 2019 r. oraz I kwartał 2020 r. Powyższe postępowanie podatkowe zostało zakończone oznaczoną na wstępie decyzją tego organu z 28.08.25r. Organ I instancji zakwestionował Spółce prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wystawionych przez F.H.U. "A." M.B.(dalej F.H.U. "A.") dotyczących sprzedaży usług modernizacji stawów hodowlanych położonych w O., należących do Gospodarstwa [...] O. Sp. z o.o. Zdaniem organu I instancji, wystawione przez F.H.U. "A." faktury dokumentują czynności, które w rzeczywistości nie zostały dokonane. Wadliwością objęte były zarówno faktury wystawiona w 2019 r., jak i w 2020 r. Zdaniem organu I instancji Spółka nie dochowała należytej staranności w zakresie współpracy w ramach wykazanych transakcji zakupów od M.B. F.H.H. "A.". Organ I instancji określił zatem Spółce za III kwartał 2019 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 49.852,00 zł, za IV kwartał 2019 r. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości 19.505,00 zł oraz za I kwartał 2020 r. – zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług w wysokości 6.855,00 zł. Stwierdzone nieprawidłowości sprawiły, że ewidencja zakupów VAT za III kwartał 2019 r., IV kwartał 2019 r. i I kwartał 2020 r. została uznana za prowadzoną nierzetelnie i nie pozwalającą na prawidłowe rozliczenie podatku od towarów i usług za ten okres. Zawyżenie zwrotu podatku o kwotę 88.495,00 zł i jednocześnie zawyżenie różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe o kwotę 3.505,00 zł w IV kwartale 2019 r. oraz zaniżenie zobowiązania podatkowego o kwotę 6.855,00 zł i jednocześnie zawyżenie zwrotu podatku o kwotę 152.639,00 zł w I kwartale 2020 r. sprawiło, że Spółka była obowiązana do korekt podatku naliczonego o kwoty 92.000,00 zł za IV kwartał 2019 r. i 159.494,00 zł za I kwartał 2020 r. Powyższe nieprawidłowości stanowią w ocenie organu I instancji o zasadności ustalenia Spółce dodatkowego zobowiązania podatkowe na podstawie art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT w wysokości 15 % kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku oraz różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe za IV kwartał 2019 r. oraz 15% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego oraz kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku za I kwartał 2020 r. W odwołaniu od tej decyzji Spółka zarzuciła naruszenie: 1. Przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, a w szczególności: art. 122, art. 187 § 1 oraz art. 191 O.p., poprzez zaniechanie wszechstronnego zebrania i rozpatrzenia materiału dowodowego, przekroczenie granic swobodnej oceny dowodów oraz oparcie ustaleń faktycznych na dowodach pośrednich i spornych, przy jednoczesnym, bezpodstawnym oddaleniu kluczowych wniosków dowodowych strony, zmierzających do wykazania prawdy obiektywnej; art. 188 w zw. z art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez bezpodstawną odmowę przeprowadzenia zawnioskowanych przez stronę dowodów z oględzin, opinii biegłego oraz badań w terenie, które miały bezpośrednie znaczenie dla ustalenia realności wykonanych usług; art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez sporządzenie uzasadnienia faktycznego i prawnego decyzji w sposób nieodpowiadający wymogom ustawowym, a w szczególności poprzez brak wskazania faktów, które organ uznał za udowodnione i na podstawie których stwierdził pozorność świadczeń, oraz brak wyczerpującego wyjaśnienia, w jaki sposób organ zastosował zindywidualizowane kryteria z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT przy wymierzaniu sankcji; art. 70 ust. 1 Ordynacji podatkowej, poprzez dochodzenie należności VAT za III kwartał 2019 r., podczas gdy zgodnie z dyspozycją tego przepisu zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął term płatności podatku, toteż zobowiązanie podatkowe za ten okres uległo przedawnieniu. 2. Przepisów prawa materialnego, a w szczególności: art. 86 ust. 1 w zw. z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie, polegające na bezpodstawnym pozbawieniu skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego, mimo że usługi zostały faktycznie wykonane, a skarżąca dochowała należytej staranności i działała w dobrej wierze, nie wiedząc i nie mogąc wiedzieć o rzekomych nieprawidłowościach po stronie kontrahenta; art. 112b ust. 1 i ust. 2b ustawy o VAT, poprzez jego niewłaściwe zastosowanie i wymierzenie dodatkowego zobowiązania podatkowego bez przeprowadzenia zindywidualizowanej oceny przesłanek ustawowych i z naruszeniem zasady proporcjonalności. Mając powyższe na uwadze, podatnik wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji, ewentualnie o zmianę zaskarżonej decyzji w całości poprzez uznanie prawa skarżącej do obniżenia kwoty podatku należnego o pełną kwotę podatku naliczonego, wynikającego z faktur wystawionych przez F.H.U. "A." M.B., ujętych w rozliczeniach za III i IV kwartał 2019 r. oraz I kwartał 2020 r. i w konsekwencji prawidłowe rozliczenie ww. okresów zgodnie z deklaracjami złożonymi przez podatnika oraz uchylenie w całości postanowień decyzji dotyczących ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego za IV kwartał 2029 r. w kwocie 13.800 zł oraz za I kwartał 2020 r. w kwocie 23.924,00 zł, z uwagi na brak podstaw do jego nałożenia, a co najmniej z uwagi na naruszenie zasady proporcjonalności i brak zindywidualizowanej oceny przesłanek z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT. Ponadto Spółka wniosła o: wstrzymanie wykonania decyzji na podstawie art. 239a Ordynacji podatkowej, do czasu ostatecznego zakończenia postępowania odwoławczego, z uwagi na groźbę znacznej szkody i trudnych do odwrócenia skutków oraz wstrzymanie decyzji na podstawie art. 239f § 1 O.p. do czasu ostatecznego rozstrzygnięcia sprawy w postępowaniu odwoławczym; zaliczenie w poczet materiału dowodowego dokumentów załączonych do odwołania; rozstrzygnięcie o zwrocie kosztów postępowania odwoławczego, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych; przeprowadzenie rozprawy w celu wyjaśnienia istotnych okoliczności stanu faktycznego sprawy oraz usunięcia sprzeczności w zebranym materiale dowodowym; przeprowadzenie dowodów z opinii biegłego sądowego z zakresu budownictwa i inżynierii lądowo-wodnej na okoliczność: ustalenia, czy prace modernizacyjne opisane w zakwestionowanych fakturach VAT w szczególności w zakresie robót ziemnych (modernizacja grobli) zostały faktycznie wykonane na terenie nieruchomości skarżącej, określenia faktycznego zakresu, charakteru i wartości wykonanych prac, w tym poprzez wykonanie specjalistycznych badań, np. odwiertów geotechnicznych, oceny, czy pomimo upływu czasu możliwa jest obiektywna weryfikacja wykonanych robót, albowiem po latach wciąż możliwe są odwierty/przekroje warstw na groblach i inwentaryzacja mnichów; przeprowadzenie dowodu z oględzin nieruchomości Spółki z udziałem stron i powołanego biegłego, na okoliczność bezpośredniej weryfikacji fizycznego stanu zmodernizowanych grobli, w tym odcinków wykonanych zamiennie, oceny stanu i liczby wymienionych mnichów oraz porównania ich z obiektami niewymienionymi, zlokalizowania i oceny miejsc, w których dokonano wycinki drzew. Dyrektor IAS, wskazaną na wstępie i zaskarżoną w niniejszej sprawie decyzją z 4 listopada 2025 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Na wstępie uzasadnienia swojej decyzji organ odwoławczy przypomniał dotychczasowy przebieg postępowania w sprawie oraz zarzuty i wnioski odwołania. W pierwszej kolejności organ odwoławczy odniósł się do kwestii możliwości orzekania w sprawie z uwagi na treść art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 103 ust. 2 ustawy o VAT, gdyż kwota do przeniesienia na kolejny okres rozliczeniowy za III kwartał 2019 r. przedawniała się co do zasady 31 grudnia 2024 r. Przedstawiając stanowisko w powyższym zakresie stwierdził, że w realiach rozpoznawanej sprawy wystąpiły przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Naczelnik M. Urzędu Celno-Skarbowego w W., pismem z 27 sierpnia 2024 r., zawiadomił bowiem organ I instancji o wszczęciu dochodzenia karno-skarbowego o przestępstwo skarbowe w sprawie podania nieprawdy w deklaracjach podatkowych VAT-7K za III i IV kwartał 2019 r. (dochodzenie zarejestrowano pod nr [...]). Następnie, pismem z 3 września 2024 r. nr [...] podatnik został zawiadomiony o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za ww. okresy. Powyższe pismo zostało doręczone 10 września 2024 r. Tym samym, w ocenie DIAS w przedmiotowym zakresie nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia za III kwartał 2019 r. Dodatkowo analiza okoliczności wszczęcia ww. postępowania wynikająca z akt sprawy w ocenie organu odwoławczego wskazywała, że w chwili wszczęcia postępowania karno-skarbowego organ posiadał niezbędną wiedzę wskazującą na podejrzenie popełnienia przestępstwa, zaś czynności podejmowane w toku tego postępowania potwierdzały, iż to wszczęcie służyło celom postepowania karno-skarbowego, a nie stanowiło tylko instrument służący postepowaniu podatkowemu. Organ odwoławczy wskazał, iż powyższe potwierdzają informacje pozyskane od Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego w W., które ze względu na dobro dochodzenia nie mogą zostać udostępnione. Dyrektor IAS stwierdził zatem, iż wszczęcie tego postępowania nie miało charakteru instrumentalnego w świetle uchwały NSA z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21. Dyrektor IAS wskazał następnie, że przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest przede wszystkim ustalenie, czy organ I instancji prawidłowo odmówił podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur otrzymanych od F.H.U. "A." w kontrolowanym okresie, w związku z realizowanym przedsięwzięciem modernizacji przeprowadzonym na nieruchomości Spółki. Zauważył przy tym, że w sprawie zgromadzono obszerny materiał dowodowy, dotyczący transakcji podatnika z ww. podmiotem. Organ I instancji m.in. włączył materiał zgromadzony w postępowaniach prowadzonych przez inne organy (zarówno wobec podatnika, jak i innych podmiotów), w szczególności przez ARiMR oraz Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...]. Jak wynika z deklaracji VAT-7K, Spółka w spornych okresach dokonała odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do faktur otrzymanych od F.H.U. "A.", wymienionych w tabeli na str. 8 decyzji Dyrektora IAS. Ustalono, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego [...] przeprowadził w F.H.U. "A." kontrolę oraz postępowanie podatkowe dotyczące m.in. weryfikacji sprzedaży usług modernizacji stawów hodowlanych u podatnika, zakończone sporządzeniem protokołu 15 czerwca 2022 r. oraz wydaniem decyzji z 12 czerwca 2023 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od I kwartału do IV kwartału 2019 r. oraz określenia podatku do zapłaty za podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT za lipiec i grudzień 2019 r. Podstawą wystawienia ww. faktur była zawarta między stronami umowa modernizacji z 3 kwietnia 2018 r. nr [...] zawarta miedzy podatnikiem a F.H.U. "A.". Wynika z niej m.in., że przedmiotem była modernizacja stawów hodowlanych w O., przy ul. T. [...] zgodnie z opracowaną dokumentacją techniczną. Termin rozpoczęcia prac strony ustaliły na 5 kwietnia 2018 r., zakończenia zaś na 4 grudnia 2018 r. F.H.U. "A." zobowiązał się w szczególności do wykonania ww. prac przy użyciu własnych materiałów i sprzętu. Wynagrodzenie określono na kwotę 1 592 032,51 zł netto, powiększone o podatek od towarów i usług w stawce 23 %. Umowę następnie zmieniano aneksami i porozumieniami. Wynagrodzenie zostało określone na podstawie złożonej przez stronę oferty cenowej. Celem finansowania modernizacji podatnik zawarł z ARiMR umowę o dofinansowanie z 29 maja 2019 r., która była następnie przedmiotem kontroli ze stycznia 2022 r. oraz z lutego 2022 r. W wyniku pierwszej z kontroli nie stwierdzono nieprawidłowości, w wyniku drugiej wykazano natomiast nieprawidłowości, dotyczące między innymi zgodności zakresu rzeczowego operacji (np. niewykonanie, niewłaściwe wykonanie określonych prac). Spółka złożyła zastrzeżenia do drugiego z protokołów, wnosząc jednocześnie o wyjaśnienie rozbieżności w treści protokołów. M. Oddział Regionalny ARiMR pismem z 14 kwietnia 2022 r. wyjaśnił, że Biuro Wsparcia Inwestycyjnego po analizie informacji pokontrolnej po kontroli ze stycznia 2022 r. zadecydowało o konieczności przeprowadzenia kolejnej kontroli, która miała być szersza, a postawione pytania były bardziej szczegółowe i precyzyjne. Drugi z protokołów zawiera szereg nieprawidłowości, które stwierdzili kontrolerzy ARiMR, dotyczące: niezgodności inwestycji z kosztorysem powykonawczym i załącznikami nr [...], [...] i [...], w tym niewykonanie modernizacji części grobli znajdujących się w załączniku nr [...], pomiary wykonanych grobli według deklaracji Spółki odbiegające od wykazanych w dokumentacji oraz brak dokumentacji potwierdzającej wykonanie robót; braku wykonania rowów opaskowych i odprowadzalników; niezgodności zadeklarowanej wycinki drzew miedzy załącznikami oraz brak możliwości potwierdzenia wykonania wycinki drzew w okresie wykonywania prac modernizacyjnych; braku zezwolenia na wycięcie drzew; niezgodności terenu podlegającego ręcznemu wykarczowaniu miedzy złożonymi dokumentami; niezgodność ilości wykonanych mnichów z bali drewnianych oraz towarzyszących im robót ziemnych koparką; niezgodności powierzchni wykonanej nawierzchni z mieszanek piaszczysto-glinianych na groblach, z uwagi na mniejszą liczbę wykonanych grobli niż wynika to z dokumentacji. Pismem z 31 marca 2023 r., ARiMR zakwestionował koszty kwalifikowane w wysokości 1 493 453,01 zł oraz określił kwotę do zwrotu w wysokości 508 362,50 zł. Ponadto ustalono kwotę nieprawidłowo poniesionych kosztów kwalifikowanych opłaconych z zaliczki w kwocie 486 400 zł. Wezwano również Spółkę do zwrotu kwoty 486 400 zł wraz z odsetkami w terminie 14 dni od doręczenia przedmiotowego pisma. Z uzasadnienia wynika, że Spółka nie uzyskała koniecznych dokumentów zezwalających na wycinkę drzew, przedłożona dokumentacja jest niespójna, dokonywane zmiany na etapie realizacji inwestycji nie są zgodne z logiką, wyjaśnienia strony są niespójne i nierzeczowe, strona świadomie zaniechała wykonania zobowiązań wynikających z zawartej między podatnikiem a ARiMR umowy. W konsekwencji ARiMR stwierdził, że ustalenia nie potwierdziły w sposób jednoznaczny, że modernizacja została dokonana zgodnie z założeniami wniosku o dofinansowanie i podpisaną umową. Wobec niezwrócenia środków, Prezes ARiMR wydał decyzję z 14 listopada 2023 r. nr [...], określającą kwotę przypadającą do zwrotu. Strona nie złożyła odwołania od tej decyzji. Dyrektor IAS w [...] wydał wobec M.B. decyzję z 16 września 2024 r., którą utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...] z 12 czerwca 2023 r. Decyzje dotyczyły między innymi usług modernizacji stawów hodowlanych w O. oraz nabyć towarów i usług z nimi związanych. Dyrektor IAS w [...]. stwierdził między innymi, że usługa opisana w umowie z 3 kwietnia 2018 r. nr [...] nie została wykonana, o czym strona miała świadomość. Organ określił M.B. podatek do zapłaty, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy VAT, wynikający z faktur VAT wystawionych na rzecz podatnika. Decyzja ta jest ostateczna i wraz z innymi dokumentami została włączona przez Naczelnika US do akt sprawy. Zebrany w powyższym postępowaniu materiał dowodowy, włączony do akt przedmiotowej sprawy, dowodzi licznych niezgodności między złożonymi dokumentami a stanem faktycznym oraz samymi przedkładanymi dokumentami przed różnymi organami, a także niezgodności wewnętrzne. Okoliczności te wskazują, że podatnik i F.H.U. "A." posiadają wzajemnie sprzeczne dokumenty dotyczące tej samej transakcji. Natomiast analiza wskazanych w decyzji Prezesa ARiMR okoliczności wskazuje, że faktury VAT wystawione przez F.H.U."A." na rzecz podatnika dokumentują czynności, które nie zostały wykonane. Dyrektor IAS wskazał również, że w toku postępowania organ I instancji 20 marca 2025 r. przesłuchał A. M., Prezesa Zarządu Spółki w charakterze strony. Jak wynika z odpowiedzi na pytanie 17, podatnik nie zweryfikował w sposób dostateczny F.H.U."A.", w szczególności nie zostało ustalone czy podmiot ten posiada wystarczające zasoby i środki, aby realizować inwestycję. Ponadto strona zeznała, że nie wie ile dokładnie osób wykonywało prace modernizacyjne, nie wie czyją własnością był sprzęt, którym wykonywane były prace oraz nie udzieliła odpowiedzi na pytanie, jakie materiały były potrzebne do wykonania robót ("Zakupy były dokonywane zgodnie z kosztorysem i były dokonywane przez firmę A.. Ja nie dokonywałam tych zakupów. Usługa modernizacji obejmowała zakup materiałów przez firmę A.."). A.M.zeznała również, że nie zna nazwisk pracowników firmy F.H.U. "A.", którzy wykonywali zlecone prace. Nie pamięta, ilu dokładnie było pracowników tej firmy. Jednocześnie potwierdziła wykonanie usług przez kontrahenta. W toku zeznań A.M. nie powołała się na żadne inne dowody. Powyższe, w ocenie Dyrektora IAS wskazuje, że zarówno przed wyborem wykonawcy prac modernizacyjnych, jak i w trakcie ich wykonywania Spółka nie weryfikowała kontrahenta w zakresie zdolności do wykonania usług. Pomimo wskazania, że czynnikiem wyboru F.H.U. "A." była cena oraz długość udzielonej gwarancji, nie zweryfikowano, czy kontrahent posiada zdolność do wykonania prac w okresie gwarancji, nie pozyskano informacji o tym, czy na moment zawarcia umowy, w okresie jej wykonywania i w okresie obowiązywania gwarancji posiadać będzie odpowiednie ubezpieczenie. Nie zabezpieczono interesu Spółki, poprzez zabezpieczenie wykonania robót przez odpowiednie kary umowne czy ustanowienie tzw. kaucji gwarancyjnej, co jest standardem w tego typu umowach, o istotnym znaczeniu finansowym dla podmiotu zawierającego taką umowę. Podsumowując, Spółka nie dokonała weryfikacji kontrahenta, nie weryfikowała go w trakcie świadczenia usługi modernizacji i nie nadzorowała wykonywanych prac dostatecznie, w ramach nadzoru inwestorskiego. Wnioski o rzetelności kontrahenta podatnik wyciągał dopiero po realizacji umowy. Jak zeznała A. M.: Firma A. wywiązała się z umowy dlatego uważam, że dysponowała odpowiednim zapleczem technicznym umożliwiającym wykonanie zleconych prac. Co więcej, znajdujące się w zgromadzonym materiale dowodowym przesłuchania świadków (personalia świadków wyłącznie w aktach o wyłączonej jawności) nie potwierdziły, że F.H.U. "A." lub którykolwiek z jego podwykonawców samodzielnie realizował roboty pomiarowe przy liniowych robotach ziemnych. Co więcej, zgodnie z informacją przesłaną wiadomością e-mail 31 stycznia 2024 r. przez M. Oddział Regionalny ARiMR do Naczelnika US, Minister Finansów, na podstawie art. 207 i 210 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 1270 z późn. zm.) oraz rozporządzenia Ministra Finansów z 18 stycznia 2018 r. w sprawie rejestru podmiotów wykluczonych z możliwości otrzymania środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich (t.j. Dz. U. z 2022 r. poz. 647), 23 stycznia 2024 roku wpisał Spółkę do rejestru podmiotów wykluczonych. Powyższe daje podstawę do uznania, że czynności, które stanowiły podstawę do wystawienia kwestionowanych faktur wystawionych przez F.H.U. "A." dla podatnika nie zostały w rzeczywistości wykonane. Zdaniem Dyrektora IAS, organy podatkowe były przy tym uprawnione do korzystania z dowodów zebranych w innym postępowaniu, co nie stanowi naruszenia zasad wymienionych w treści art. 122 i art. 123 § 1 O.p., gdyż strona miała możliwość zapoznania się z treścią dowodów znajdujących się w aktach sprawy i wypowiedzenia się co do tych dowodów. W konsekwencji, zdaniem Dyrektora IAS stan faktyczny sprawy ustalony został prawidłowo i rzetelnie oraz w sposób zupełny, tj. wystarczający do podjęcia rozstrzygnięcia, a wnioski wysnute przez organ I instancji nie naruszyły zasad swobodnej oceny dowodów. Świadczą o tym zebrane w sprawie dowody. W dalszej kolejności organ odwoławczy określił zatem ramy prawne rozpoznawanej sprawy cytując treść przepisów art. 86 ust. 1, art. 87 ust. 1, art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a), art. 88 ust. 3a ustawy o VAT. Odwołał się także do orzecznictwa sądowego związanego z prawem podatnika do odliczenia podatku naliczonego argumentując w jego świetle, że samo nabycie towarów lub usług wykazanych na fakturze nie jest wystarczające. Nie można również przyjąć, że każda kwota określona na fakturze VAT uprawnia do odpowiedniego obniżenia podatku. Istotnym jest, aby przyjęta do rozliczenia faktura VAT dokumentowała rzeczywisty obrót. Warunek taki jest spełniony, gdy dana faktura odzwierciedla zdarzenie gospodarcze, dokonane między podmiotami wymienionymi na fakturze, której przedmiotem jest towar opisany w tym dokumencie pod względem ilościowym, jakościowym, wartościowym, itp. (por. wyrok WSA w Ł. z 11 czerwca 2013 r. sygn. akt I SA/Łd 423/13). Między rzeczywistą sprzedażą, a jej opisem w fakturze istnieć musi pełna zgodność pod względem podmiotowym, jak i przedmiotowym. W świetle art. 86 ust. 1 oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy VAT, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w wypadku wykonywania czynności opodatkowanych a faktury, na podstawie których podatnik może odliczyć wykazany w nich podatek naliczony muszą stwierdzać rzeczywiste zdarzenia gospodarcze pomiędzy podmiotami wymienionymi w fakturach VAT (por. wyrok WSA w Bydgoszczy z 18 lipca 2017 r., sygn. akt I SA/Bd 51/17). Należyta staranność podatnika podatku od towarów i usług w relacjach handlowych (dobra wiara) to stan świadomości podatnika i związana z tym powinność oraz możliwość przewidywania określonych zdarzeń, że uczestniczy w działaniach prowadzących do wyłudzenia nienależnego zwrotu podatku. Organy podatkowe powinny ocenić na podstawie zebranego materiału dowodowego, czy skarżący wiedział lub powinien był wiedzieć, że uczestniczy w nielegalnej transakcji. Jednakże, jak zostało wykazane w niniejszej sprawie, zdaniem organów podatkowych podatnik naruszył zasady należytej staranności, zaniechał weryfikacji F.H.U. "A." zarówno na etapie zawierania umowy o roboty modernizacyjne, jak i w trakcie obowiązywania tej umowy i w konsekwencji naruszył przepisy ustawy VAT. Zgodnie z powyższym, Spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od kwestionowanych faktur, tj. faktur nr [...] (z 4 lipca 2019 r.), [...] (z 18 grudnia 2019 r.), [...] (z 28 lutego 2020 r.), [...] (z 10 marca 2020 r.) Tym samym, zdaniem Dyrektora IAS, Naczelnik US zasadnie uznał, że stronie nie przysługuje prawo do odliczenia podatku ze spornych faktur wystawionych przez F.H.U. "A." w III i IV kwartale 2019 r. oraz I kwartale 2020 r. Podobnie, w ocenie organu odwoławczego w sprawie wystąpiły przesłanki do zastosowania wobec Spółki sankcji VAT, o której mowa w przepisach art. 112b ustawy o VAT. Jak zostało ustalone w sprawie, Spółka w IV kwartale 2019 r. zawyżyła zwrot podatku od towarów i usług o kwotę 88 495 zł i zawyżyła różnicę podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe o kwotę 3 505 zł (nieprawidłowości łącznie 92 000 zł), a w odniesieniu do I kwartału 2020 r. zaniżyła zobowiązanie podatkowe o kwotę 6 855 zł i zawyżyła zwrotu podatku o kwotę 152 639 zł (nieprawidłowości łącznie 159 494 zł). Przyczyną powstania nieprawidłowości było w szczególności niedotrzymanie należytej staranności w wyborze kontrahenta, tj. F.H.U. "A.", co przyczyniło się do uznania, że wykonanie przez tego wykonawcę usług było fikcyjne, co poskutkowało nieprawidłowościami w postaci nierzetelnie prowadzonej ewidencji VAT. Naczelnik US ocenił przy tym, że naruszenie powstało w wyniku niedotrzymania należytej staranności w wyborze głównego wykonawcy usługi; wskazał, że skutkiem niedotrzymania należytej staranności było nierzetelne prowadzenie ewidencji VAT oraz fakt znacznego przekroczenia wartości wykazanych w deklaracjach VAT-7K za IV kwartał 2019 r. oraz I kwartał 2020 r, zaniżenia kwoty zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku od obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe; wskazał, że nie prowadził innych kontroli podatkowych w zakresie podatku VAT, ani czynności sprawdzających wskazujących na nieprawidłowości dotyczące nieprzedawnionych zobowiązań podatkowych; obliczył kwotę stwierdzonych nieprawidłowości w rozbiciu na kwartały; wskazał na niedokonanie korekty przez podatnika, po przeprowadzonej kontroli podatkowej, oraz fakt, że strona nie wpłaciła wynikającego z tego protokołu zobowiązania podatkowego, stanowiącego różnicę w pierwotnie złożonych deklaracjach, a dokonanymi ustaleniami w ramach przeprowadzonej kontroli podatkowej. Powyższe ustalenia, zdaniem organu odwoławczego wypełniają katalog przesłanek do uwzględnienia przy wymierzaniu dodatkowego zobowiązania podatkowego, wskazany w art. 112b ust. 2b ustawy VAT. Naczelnik US prawidłowo przy tym ustalił na podstawie tego przepisu dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 15% od ww. kwot za IV kwartał 2019 r. i I kwartał 2020 r., tj. 13 800 zł za IV kwartał 2019r. i 23 924 zł za I kwartał 2020 r., tj. w wysokości łącznej 37 724 zł. Końcowo Dyrektor IAS odniósł się do zarzutów odwołania, które w całości uznał za chybione (str. 20 – 31 zaskarżonej decyzji). Pismem z dnia 2 grudnia 2015 r. Gospodarstwo [...] O. sp. z o.o. wniosło do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na powyższą decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W.. W skardze Spółka zaskarżonej decyzji postawiła zarzuty: I. naruszenia przepisów postępowania, które miały istotny wpływ na wynik sprawy w postaci: 1. naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 121 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa w zw. z art. 2 Konstytucji RP poprzez uznanie, że doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za III kwartał 2019 r. na skutek wszczęcia postępowania karnego skarbowego w dniu 27 sierpnia 2024 r., podczas gdy wszczęcie to miało charakter instrumentalny, pozorny i nastąpiło wyłącznie w celu nierozpoczęcia biegu przedawnienia, bez realnego zamiaru prowadzenia postępowania karnego, co w świetle uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21 stanowi nadużycie prawa i nie wywołuje skutku zawieszenia biegu przedawnienia; 2. naruszenia art. 188 w zw. z art. 122, art. 187 § 1 i art. 197 § 1 O.p. poprzez nieuzasadnioną odmowę przeprowadzenia dowodów wnioskowanych przez stronę, tj. dowodu z opinii biegłego z zakresu budownictwa i inżynierii wodnej oraz dowodu z oględzin terenu inwestycji, przy błędnym przyjęciu, że stan faktyczny został wystarczająco wyjaśniony, podczas gdy kluczowe dla sprawy okoliczności (rzeczywiste wykonanie robót ziemnych i hydrotechnicznych, w tym robót zamiennych) wymagały wiadomości specjalnych oraz bezpośredniej weryfikacji w terenie, czego nie mogły zastąpić wyłącznie dokumenty urzędowe z innego postępowania w postaci sprzecznych protokołów ARiMR; 3. naruszenia art. 191 w zw. z art. 187 § 1 i art. 194 § 1 O.p. poprzez przekroczenie granic swobodnej oceny dowodów i dokonanie oceny dowolnej, polegającej na wybiórczym potraktowaniu materiału dowodowego, w szczególności poprzez bezkrytyczne oparcie ustaleń faktycznych na negatywnym protokole kontroli ARiMR z lutego 2022 r., przy jednoczesnym całkowitym pominięciu i zdyskredytowaniu - bez merytorycznego uzasadnienia - wcześniejszego, pozytywnego protokołu kontroli ARiMR ze stycznia 2022 r. oraz dowodów przedłożonych przez skarżącą (dzienniki budowy, dokumentacja fotograficzna, potwierdzenia przelewów), co doprowadziło do błędnego ustalenia, że prace nie zostały wykonane lub miały charakter pozorny; 4. naruszenia art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i art. 210 § 4 O.p. poprzez sporządzenie uzasadnienia decyzji niespełniającego wymogów ustawowych, w szczególności poprzez: -brak wyjaśnienia przyczyn, dla których organ odmówił wiarygodności dowodom świadczącym na korzyść strony , w tym pierwszemu protokołowi ARiMR; - niewyjaśnienia przesłanek, jakimi kierował się organ, uznając, że brak własnego zaplecza technicznego wykonawcy F.H.U. "A.", automatycznie przesądza o niewykonaniu usługi, mimo prawnej dopuszczalności podwykonawstwa; - braku rzeczywistego uzasadnienia dla wymiaru zastosowanej sankcji, ograniczenie się w tym zakresie do przytoczenia przepisów bez odniesienia ich do indywidualnej sytuacji strony; II. naruszenia przepisów prawa materialnego, polegającego na: 1. naruszeniu art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a w zw. z art. 86 ust. 1 i art. 8 ust. 2a ustawy o VAT w zw. z art. 167 i art. 168 Dyrektywy Rady 2006/112/WE poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie, polegające na odmowie skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez kontrahenta przy błędnym przyjęciu, że faktury te nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych wyłącznie na tej podstawie, że wystawca faktury nie posiadał własnego zaplecza technicznego i osobowego, podczas gdy: - zgodnie z art. 8 ust. 2a ustawy o VAT, podmiot biorący udział w świadczeniu usług we własnym imieniu, ale na rzecz osoby trzeciej, traktowany jest tak, jakby sam te usługi nabył i wyświadczył, co sprawia, że brak własnych zasobów nie przesądza o fikcyjności transakcji, o ile usługa została faktycznie wykonana ,co w niniejszej sprawie potwierdza istnienie materialnego efektu prac modernizacyjnych; - organ bezpodstawnie rozszerzył zakres obowiązków weryfikacyjnych ciążących na skarżącej, wymagając od niej sprawdzania zaplecza technicznego i logistycznego kontrahenta, co jest sprzeczne z zasadą proporcjonalności i orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE, zakazującym przerzucania na podatnika ciężaru kontroli, który spoczywa na organach podatkowych; 2. naruszeniu art. 112b ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT w zw. z art. 2 i art. 31 ust. 3 Konstytucji RP oraz zasadą proporcjonalności wyrażoną w prawie Unii Europejskiej poprzez jego niewłaściwe zastosowanie i ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 15% w sposób mechaniczny i automatyczny, z pominięciem rzeczywistej i zindywidualizowanej oceny przesłanek miarkowania sankcji wskazanych wprost w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT, w szczególności: wagi naruszenia, braku uszczuplenia budżetu państwa w przypadku transakcji B2B, braku uprzedniej karalności podatnika oraz jego postawy w toku kontroli, co skutkuje nałożeniem kary nieproporcjonalnej do zarzucanego uchybienia, które ma charakter sporu interpretacyjnego i dowodowego, a nie oszustwa podatkowego. Mając na uwadze powyższe, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a i c p.p.s.a., Spółka wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika US z 28 sierpnia 2025 r., umorzenie postępowania podatkowego w zakresie objętym III kwartałem 2019 r. z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 145 § 3 p.p.s.a.) oraz zasądzenie od organu na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych (art. 200 p.p.s.a.). Nadto, na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a. Spółka wniosła o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dokumentów, tj. o zobowiązanie organu do przedłożenia Sądowi: akt postępowania przygotowawczego w sprawie o przestępstwo skarbowe (sygn. akt [...]), ewentualnie, w przypadku braku możliwości przedłożenia pełnych akt, o przedłożenie szczegółowego wykazu czynności procesowych dokonanych w ww. postępowaniu karno-skarbowym w okresie od daty wszczęcia (27 sierpnia 2024 r.) do daty wydania zaskarżonej decyzji, - na okoliczność wykazania, że: wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało charakter pozorny (instrumentalny), w sprawie tej nie podejmowano żadnych realnych czynności zmierzających do wykrycia sprawcy lub zebrania materiału dowodowego (np. przesłuchań świadków, powołania biegłych), a jedynym celem organu było zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za III kwartał 2019 r., co w konsekwencji oznacza, że skutek zawieszenia nie nastąpił. Odpowiadając na skargę, organ odwoławczy wniósł o jej odrzucenie, względnie oddalenie, podtrzymując w całości stanowisko zajęte w zaskarżonej decyzji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje: Stosownie do treści art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2024 r., poz. 1267) w związku z art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r., poz. 143; także jako: "p.p.s.a.") sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. W ramach owej kontroli sąd administracyjny nie przejmuje sprawy administracyjnej do jej końcowego załatwienia, lecz ocenia, nie będąc przy tym związany granicami skargi, czy przy wydawaniu zaskarżonego aktu nie naruszono reguł postępowania administracyjnego i czy prawidłowo zastosowano prawo materialne. Sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a.). Przy czym stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzygając daną sprawę sąd nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, który w niniejszej sprawie nie ma zastosowania. Może też zastosować przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia (art. 135 p.p.s.a.). Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi, sąd skargę oddala odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.). Dokonując oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji Sąd doszedł do przekonania, iż nie narusza ona prawa w sposób uzasadniający jej wyeliminowanie z obrotu prawnego. Sporem w sprawie objęta jest zasadność przyjęcia przez organy podatkowe zawyżenia przez skarżącą Spółkę podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez F.H.U. "A." M.B. w związku z realizowanym przedsięwzięciem modernizacji należących do Spółki stawów hodowlanych położonych w O. (Nr [...] z dnia 04.07.2019 r. na kwotę 400.000 zł netto, podatek VAT 92 000 zł, Nr [...] z dnia 18.12.2019 r. na kwotę 400 000 zł netto, podatek VAT 92 000 zł, Nr [...] z dnia 28.02.2020 r. na kwotę 356 000 zł netto, 81 880 zł podatek VAT, Nr [...] z dnia 10.03.2020 r. na kwotę 337 452,00 zł netto, podatek VAT 77 614,19 zł). W ocenie organów podatkowych powyższe faktury nie dokumentują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Organ odwoławczy wskazał, iż samo nabycie towarów lub usług wykazanych na fakturze nie jest wystarczające. Nie można także przyjąć, że każda kwota określona na fakturze VAT uprawnia do odpowiedniego obniżenia podatku. Warunek taki jest spełniony, gdy dana faktura odzwierciedla zdarzenie gospodarcze, dokonane między podmiotami wymienionymi na fakturze, której przedmiotem jest towar opisany w tym dokumencie pod względem ilościowym, jakościowym i wartościowym. Między rzeczywistą sprzedażą, a jej opisem na opisem w fakturze musi istnieć pełna zgodność pod względem podmiotowym, jak i przedmiotowym. W świetle art. 86 ust. 1 oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w wypadku wykonywania czynności opodatkowanych a faktury, na podstawie których podatnik może odliczyć wykazany w nich podatek naliczony muszą stwierdzać rzeczywiste zdarzenia gospodarcze pomiędzy podmiotami w nich wymienionymi. Organ odwoławczy wskazał także, iż podatnik naruszył zasady należytej staranności, zaniechał weryfikacji F.H.U. "A." zarówno na etapie zawierania umowy o roboty modernizacyjne, jak i w trakcie obowiązywania tej umowy i w konsekwencji naruszył przepisy ustawy o VAT. Z uwagi na powyższe organ odwoławczy podzielił stanowisko organu I instancji, że Spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od kwestionowanych ww. faktur. Konsekwencją powyższego ustalenia było określenie Spółce dodatkowego zobowiązania podatkowego na podstawie art. 112b ustawy o VAT w wysokości 15% zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług o kwotę 88 495 zł i zawyżenia różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe – łącznie 92 000 zł w IV kwartale 2019 r. oraz zaniżenia zobowiązania podatkowego o kwotę 6 855 zł i zawyżenia zwrotu podatku o kwotę 152 639 zł - łącznie 159 494 zł w I kwartale 2020 r. Organy podatkowe uznały jednocześnie, że w sprawie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia m.in. zobowiązania podatkowego za III kwartał 2019 r. na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Organ odwoławczy podniósł, iż Naczelnik M. Urzędu Celno-Skarbowego w W. pismem z dnia 27 sierpnia 2024 r. zawiadomił organ I instancji o wszczęciu dochodzenia karno-skarbowego w przestępstwo skarbowe w sprawie podania nieprawdy w deklaracjach podatkowych VAT-7K za III i IV kwartał 2019 r. (dochodzenie zarejestrowano pod nr [...] ). Podatnik pismem z dnia 3 września 2024 r., doręczonym w dniu 10 września 2024 r. został zawiadomiony o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia za ww. okresy. Organ odwoławczy wskazał, iż analiza akt sprawy, w tym niejawnych dla strony z uwagi na dobro dochodzenia, dokonana z uwzględnieniem uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r. w sprawie sygn. akt I FPS 1/21 pozwala stwierdzić, że w chwili postępowania karno-skarbowego organ posiadał niezbędną wiedzę wskazującą na podejrzenie popełnienia przestępstwa, zaś czynności podejmowane w toku tego postępowania potwierdzały, iż to wszczęcie służyło właśnie celom postępowania karno-skarbowego, a nie stanowiło tylko instrument służący postępowaniu podatkowemu. Wskazał przy tym, że powyższe potwierdzają informacje pozyskane od Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego w W., które ze względu na dobro dochodzenia nie mogą zostać udostępnione. Spółka podnosi zaś, iż wbrew twierdzeniom organu odwoławczego nie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, albowiem miało ono charakter instrumentalny, pozorny i nastąpiło wyłącznie w celu nierozpoczęcia biegu przedawnienia, bez realnego zamiaru prowadzenia postępowania karnego. Zdaniem Spółki zaskarżona decyzja została wydana w oparciu o niepełny i wadliwe oceniony stan faktyczny. Nie przeprowadzono bowiem dowodu z opinii biegłego z zakresu budownictwa i inżynierii wodnej oraz dowodu z oględzin terenu inwestycji, w sposób bezkrytyczny oparto się na ustaleniach faktycznych zawartych w negatywnym protokole kontroli ARiMR z lutego 2022 r., pomijając protokół ARiMR ze stycznia 2022 r. pozytywny dla Spółki i dowody przez Spółkę przedłożone, nie odnosząc się merytorycznie w tym zakresie, jak również bez wyjaśnienia przyczyn odmówienia wiarygodności dowodom świadczącym na korzyść Spółki oraz przyczyn uznania, że brak własnego zaplecza F.H.U. "A." automatycznie przesądza o niewykonaniu usługi, mimo prawnej dopuszczalności podwykonawstwa. W ocenie Spółki nie uzasadniono także w sposób rzeczywisty wymiaru zastosowanej wobec Spółki sankcji. Powyższe naruszenia zdaniem Spółki doprowadziły do naruszenia przepisów prawa materialnego, stanowiących podstawę rozstrzygnięcia. Wobec tego, iż sporem w sprawie objęte jest zakwestionowanie rozliczenia Spółki w podatku od towarów i usług za III kwartał 2019 r., jak również z uwagi na podnoszone przez Spółkę zarzuty dotyczące prawidłowości zastosowania art. 70 § 1 i art. 70 § 6 pkt 1 O.p., konieczne jest w pierwszej kolejności dokonanie oceny czy, tak jak twierdzi organ odwoławczy doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań, o których mowa w zaskarżonej decyzji. Odnosząc się zatem do najdalej idącego zarzutu przedawnienia postawionego w niniejszej sprawie, przypomnieć wypada, iż zgodnie z art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Wobec tego, iż niniejsze postępowanie dotyczy również III kwartału 2019 r., w myśl art. 70 § 1 O.p. termin przedawnienia zobowiązań podatkowych za III kwartał 2019 r. co do zasady upływał z dniem 31 grudnia 2024 r., o ile nie wystąpiły w sprawie przesłanki zawieszenia lub przerwania jego biegu. Tymczasem decyzje organów podatkowych obu instancji zostały wydane i doręczone w 2025 r., co oznacza, że w przypadku braku przesłanek zawieszenia lub przerwania biegu terminu przedawnienia, decyzje te w odniesieniu do III kwartału 2019 r. zostałyby wydane po upływie terminu przedawnienia dotyczącym tego okresu. Zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Dla wypełnienia przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. konieczne jest także zawiadomienie podatnika w trybie art. 70c O.p. najpóźniej z upływem terminu przedawnienia. Organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji uznając możliwość orzekania w niniejszej sprawie wskazał na zawieszenie biegu terminu przedawnienia z uwagi na wystąpienie przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w związku z wszczęciem w dniu 27 sierpnia 2024 r. przez Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego w W. dochodzenia karno-skarbowego o przestępstwo skarbowe w sprawie podania nieprawdy w deklaracjach podatkowych VAT 7-K za III i IV kwartał 2019 r. nr [...] , o skutkach którego zawiadomiono stronę w dniu 10 września 2024 r., wypełniając obowiązek wynikający z art. 70c O.p. Realizując obowiązki wynikające z uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 maja 2021 r. w sprawie sygn. akt I FPS 1/21 dokonania oceny skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia, organ odwoławczy uznał, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało charakteru instrumentalnego. Wskazał przy tym, że przeanalizował akta sprawy, w tym niejawne dla strony z uwagi na dobro dochodzenia i stwierdził, że w chwili wszczęcia postępowania karno-skarbowego organ posiadał niezbędną wiedzę wskazującą na podejrzenie popełnienia przestępstwa, zaś czynności podejmowane w toku tego postępowania potwierdzały, iż to wszczęcie służyło celom postępowania karno-skarbowego, a nie stanowiło tylko instrument służący postępowaniu podatkowemu. Odnosząc się do dokonanej przez organ odwoławczy oceny skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia z uwagi na wystąpienie przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., wykonanie obowiązku wynikającego z art. 70c O.p. oraz brak instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego wskazać należy, iż stwierdzenie samego faktu wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe oraz zawiadomienie o powyższym podatnika przed upływem terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p.) nie jest wystarczające dla uznania wystąpienia przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Przy rozpoznaniu niniejszej sprawy Sąd jest bowiem zobligowany uwzględnić treść wydanej w dniu 24 maja 2021 r. uchwały przez skład 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie sygn. akt I FPS 1/21. W uchwale tej, NSA stwierdził, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji. Precyzując tezę zawartą w uchwale, w jej uzasadnieniu NSA wskazał, że do przesłanek statuujących prawidłowość zastosowania instytucji określonej w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. należą nie tylko te wymienione wprost w tym przepisie, ale także należy do nich brak instrumentalności wszczęcia takiego postępowania przez organ karnoskarbowy. Organ podatkowy powołując się na zaistnienie przesłanek z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. musi każdorazowo wskazać podatnikowi, że postępowanie karne zostało wszczęte w celu jego przeprowadzenia i nakierowania na osoby odpowiedzialne reakcji karnej na popełnione przez nie czyny. Nie jest więc wystarczające odniesienie się do formalnych przesłanek zawartych w tym przepisie, ale też konieczne jest wykazanie, w przypadkach wątpliwych, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego miało na celu zastosowanie odpowiedniej reakcji prawnokarnej na zaistniałe zdarzenia, a nie tylko i wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Odpowiednie rozważania w tym zakresie muszą się znaleźć w uzasadnieniu decyzji podatkowej. Podatnik musi mieć bowiem możliwość odnieść się do tej argumentacji, co najmniej w skardze do sądu administracyjnego, wskazując czy stanowisko organów w tym zakresie uważa za słuszne, czy też nie. W tym zakresie Sąd akceptuje pogląd wyrażony w uzasadnieniu uchwały, gdzie NSA stwierdził, iż: "Dokonanie takiej oceny powinno być wcześniej przeprowadzone przez organ podatkowy, stosujący art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. Taka informacja jest konieczna aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy." Kwestia dokonania takiej oceny w decyzji organu podatkowego została więc jednoznacznie wskazana. Brak takiej oceny (poza zupełnie jednoznacznymi przypadkami) będzie stanowił o naruszeniu prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Całościowe rozważenie przesłanek zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 O.p., w takim znaczeniu jak zostało nadane w ww. uchwale zawsze może prowadzić do wydania decyzji odmiennej treści, niż gdy rozważań takich nie dokonano. W ocenie Sądu Dyrektor IAS w zaskarżonej decyzji realizując obowiązki wynikające z ww. uchwały NSA zajął prawidłowe stanowisko stwierdzając, że zostały spełnione przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 i art. 70c O.p. oraz, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało jedynie instrumentalnego charakteru. Realizując powyższe obowiązki organ odwoławczy pismem z dnia 3 października 2025 r. zwrócił się do Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego w W. m.in. o udzielenie informacji w zakresie wystąpienia okoliczności mających wpływ na termin przedawnienia, w szczególności okoliczności wszczęcia dochodzenia 27 sierpnia 2024 r. ([...]) oraz 13 maja 2025 r. ([...]), następnie połączonych pod numerem [...] oraz wskazania jakie czynności zostały dokonane w ramach ww. postępowań, mogących potwierdzać brak instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego (karty 16 – 18 segregator nr 5 akt postępowania podatkowego). W odpowiedzi na wezwanie organ odwoławczy otrzymał pismo Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego z dnia 9 października 2025 wraz z załącznikami, które to pismo postanowieniem z dnia 16 października 2025 r. (karty 43 - 44 segregator nr 5 akt postępowania podatkowego) włączył do akt sprawy i wyłączył w całości z akt sprawy z uwagi na interes publiczny (dobro dochodzenia). Z uzasadnienia tego postanowienia wynika, że organ przekazujący informacje nie wyraził zgody na udostępnienie akt celem zapewnienia ochrony interesu dochodzenia. Postanowienie, o którym mowa zostało wydane z zastosowaniem art. 178 i art. 179 § 1 O.p. Zgodnie z treścią art. 178 § 1 O.p. strona ma prawo wglądu w akta sprawy, sporządzania z nich notatek, odpisów oraz sporządzania kopii przy wykorzystaniu własnych przenośnych urządzeń. Prawo to przysługuje również po zakończeniu postępowania. W myśl art. 178 § 2 O.p. czynności określone w § 1 dokonywane są w lokalu organu podatkowego w obecności pracownika tego organu. Jak wynika z art. 178 § 3 O.p. strona może żądać wydania jej kopii akt sprawy lub uwierzytelnionych odpisów akt sprawy albo uwierzytelnienia kopii akt sprawy. § 4 art. 178 O.p. wskazuje zaś, iż organ podatkowy może zapewnić stronie dokonanie czynności, o których mowa w § 1, w swoim systemie teleinformatycznym, po identyfikacji strony w sposób, o którym mowa w art. 20a ust. 1 albo 2 ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne. Jak zaś wynika z art. 179 § 1 O.p. przepisów art. 178 nie stosuje się do znajdujących się w aktach sprawy dokumentów zawierających informacje niejawne, a także do innych dokumentów, które organ podatkowy wyłączy z akt sprawy ze względu na interes publiczny. Jak wynika z uzasadnienia ww. postanowienia z dnia 16 października 2025 r., Dyrektor IAS jako podstawę wyłączenia wskazanych w postanowieniu dokumentów z akt sprawy wskazał interes publiczny, którym jest dobro prowadzonego dochodzenia. Wyłączenie powyższych dowodów w sprawie nastąpiło zatem w sposób prawidłowy pod względem prawnym. Organ odwoławczy dokonał oceny czy doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego, czemu dał wyraz w zaskarżonej decyzji w sposób jaki był możliwy z uwagi na powyższy stan prawny sprawy. W ocenie Sądu ocena ta jest prawidłowa. Argumentacja skargi nie daje podstaw do skutecznego podważenia powyższych działań organu odwoławczego, także w kontekście oceny o braku instrumentalności wszczęcia postępowania karnego skarbowego i skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia, o których mowa w zaskarżonej decyzji. Należy mieć bowiem na uwadze, że w sytuacji kolizji interesów tajemnicy postępowania karnego i jawności postępowania podatkowego prymat został przyznany stanowisku organu prowadzącego śledztwo, choćby nawet stanowisko to ograniczało zasadę jawności postępowania podatkowego i czynnego udziału strony w tym postępowaniu (zob. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lutego 2025 r. w sprawie sygn. akt III FSK 1376/23; LEX nr 3847214). Jednocześnie w tych okolicznościach za niezasługujące na uwzględnienie należało uznać wnioski dowodowe zawarte w skardze, które dotyczą przeprowadzenia dowodu z akt postępowania przygotowawczego w sprawie o przestępstwo skarbowe (sygn. akt [...]) ewentualnie szczegółowego wykazu czynności procesowych dokonanych w postępowaniu karno-skarbowym w okresie od daty wszczęcia w dniu 27 sierpnia 2024 r. postępowania do daty wydania zaskarżonej decyzji. Z tych względów wnioski te na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a. Sąd postanowieniem ogłoszonym na rozprawie oddalił. Pismem z dnia 3 września 2024 r. Spółka została zawiadomiona, że w dniu 27 sierpnia 2024 r, nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań w podatku od towarów i usług za III i IV kwartał 2019 r. w związku z wszczętym przez Naczelnika M. Urzędu Celno-Skarbowego w W. dochodzeniem karno skarbowym o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 2 kks w zb. z art. 76 § 2 kks w zb. z art. 62 § 2a kks w zb. z art. 61 § 1 kks w zw. z art. 7 § 1 kks oraz art. 6 § 2 kks – narażenie Skarbu Państwa na uszczuplenie należności w podatku od towarów i usług VAT w łącznej kwocie 184 000 zł sygn. akt [...]. Pismo to zostało Spółce doręczone w dniu 10 września 2024 r. (karty 544, 547 segregator nr 3 akt postępowania podatkowego). Tym samym został wobec Spółki zrealizowany także obwiązek informacyjny, wynikający z art. 70c O.p. Prawidłowo zatem organ odwoławczy uznał, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług za III kwartał 2019 r. w niniejszej sprawie został zawieszony z uwagi na wszczęcie postępowania karnego skarbowego w dniu 27 sierpnia 2024 r., o czym podatnik został zawiadomiony. Zasadnie zatem Dyrektor IAS dokonał oceny prawidłowości określenia Spółce przez organ I instancji wskazanych w decyzji zobowiązań w podatku od towarów i usług za wszystkie okresy w tej decyzji wskazane. Odnosząc się zatem do tego zakresu przedmiotu sporu wskazać należy, iż podstawą materialnoprawną odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego jest art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, który stanowi, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Kwotę podatku naliczonego stanowi zaś suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług (art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a) ustawy o VAT). Wskazane prawo do odliczenia podatku naliczonego nie ma jednak nieograniczonego charakteru. Przepis art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT wskazuje bowiem, że nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury w przypadku, gdy stwierdzają one czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności. Dla odliczenia podatku naliczonego istotne jest zatem, by przyjęta do rozliczenia faktura VAT dokumentowała rzeczywisty obrót. Warunek taki zachodzi wtedy, gdy dana faktura odzwierciedla zdarzenie gospodarcze dokonane między podmiotami wymienionymi na fakturze, której przedmiotem jest towar bądź usługa opisana w tym dokumencie pod względem ilościowym, jakościowym, wartościowym itp. Innymi słowy, między rzeczywistą sprzedażą a jej opisem w fakturze istnieć musi pełna zgodność pod względem podmiotowym, jak i przedmiotowym. Zależność ta podkreślana jest też w orzecznictwie ETS, np. w sprawie C – 342/87 (Genius Holding BV v. Staatssecretaris van Financiën) stwierdzono, że wynikające z przepisów dyrektywy prawo do odliczenia nie znajduje zastosowania do podatku, który jest należny wyłącznie z tego powodu, że został wykazany na fakturze. Na takie odczytywanie ww. przepisów wielokrotnie wskazywano też w orzecznictwie sądów administracyjnych (zob. np. wyroki NSA z 14 listopada 2013 r., sygn. akt I FSK 1559/12 i z dnia 20 maja 2009 r., sygn. akt I FSK 380/08 - dostępne na www.orzeczenia.nsa.gov.pl). Z powyższego wynika, iż podatnik nabywa prawo do odliczenia podatku naliczonego zasadniczo wówczas, gdy faktura odzwierciedla rzeczywistość, tj. dostawę towaru lub świadczenie usługi przez podmioty ujawnione w jej treści. Wyjątkiem od tej zasady jest możliwość odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury, która nie odzwierciedla rzeczywistości, przez podatnika, który nie wiedział lub nie mógł wiedzieć, że bierze udział w czynnościach mających na celu oszustwa (nadużycia) w podatku od towarów i usług. To zaś ocenia się z uwzględnieniem podjętych przez niego aktów należytej staranności. Zauważyć przy tym wypada, że w przypadku "pustych faktur" w znaczeniu faktur dokumentujących transakcje nieistniejące, którym nie towarzyszy żadna realna dostawa towarów czy wykonanie usług, badanie dobrej wiary nie jest wymagane. Tym samym istotne jest, czy mamy do czynienia z tzw. pustą fakturą sensu stricto, czyli jedynie samym dokumentem, któremu w rzeczywistości w ogóle nie towarzyszy transakcja w nim wskazana, czy też taką pustą fakturą, której towarzyszy realna transakcja, ale z udziałem innego podmiotu niż wystawca tej faktury (jeden podmiot faktycznie realizuje transakcję, a zupełnie inny podmiot wystawia fakturę mającą rzekomo dokumentować tę transakcję, czego świadom jest odbiorca takiej faktury), albo wreszcie fakturą wystawioną przez firmanta, a zatem dotyczącą w istocie rzeczywistego obrotu towarami lub usługami, ale z zatajeniem wobec osób trzecich (nabywców) prawdziwego podmiotu realizującego tenże obrót. Ustalenie, że w danej sprawie miało miejsce wystawianie tzw. pustych faktur, w takim rozumieniu jaki przedstawiony został powyżej, oznacza, że mająca swe źródło dobra wiara ze swej istoty nie może być uwzględniona. Nie sposób bowiem przyjąć, że podatnik odliczający podatek z takiej faktury nie jest świadomy swojego oszukańczego działania czy nadużycia prawa, skoro wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy w ogóle żadna dostawa towaru lub świadczenie usług przez podmiot ją wystawiający, ani żaden inny (obrót istnieje tylko na fakturze), albo tego rodzaju transakcję nabywca świadomie realizuje z jednym podmiotem, a dokumentuje u innego podmiotu. Natomiast w wypadku ustalenia, że w danej sprawie wystąpił rzeczywisty obrót towarami lub usługami, ale ten, który według faktury miał być świadczącym usługę lub dostarczającym towar okazał się być jedynie firmantem ukrywającym wobec nabywcy dane określające rzeczywistego podatnika (imię i nazwisko, nazwę albo firmę), "dobra wiara" ma znaczenie. Wówczas należy badać okoliczności związane z tzw. dobrą wiarą, czy też "starannością w działaniu" podatnika (zob. wyrok NSA z dnia 11 lutego 2014 r., sygn. akt I FSK 390/13). Przenosząc powyższe wywody na grunt niniejszej sprawy wskazać należy, iż z decyzji organu odwoławczego wynika, że ww. faktury zostały zakwestionowane z uwagi na brak ich zgodności pod względem przedmiotowym i podmiotowym, a także podatnik nie dopełnił aktów należytej staranności w kontaktach z F.H.U. "A.", zaniechał bowiem weryfikacji kontrahenta. Dyrektor IAS wskazał m.in., iż podstawą wystawienia faktur była zawarta między skarżącą a F.H.U. "A." umowa modernizacji z 3 kwietnia 2018 r. nr [...], której przedmiotem była modernizacja stawów hodowlanych w O.. F.H.U. "A." zobowiązał się w szczególności do wykonania prac przy użyciu własnych materiałów i sprzętu. Wynagrodzenie określono zaś na kwotę 1 592 032,51 zł netto, powiększone o 23 % podatku VAT. Celem sfinansowania modernizacji Spółka zawarła z ARiMR umowę o dofinansowanie, która była następnie przedmiotem kontroli ze stycznia 2022 r. oraz z lutego 2022 r. W wyniku drugiej kontroli stwierdzono nieprawidłowości dotyczące m.in. zgodności zakresu rzeczowego operacji (np. niewykonanie, niewłaściwe wykonanie określonych prac). Organ odwoławczy podniósł także, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] decyzją z dnia 16 września 2024 r. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...] z 12 czerwca 2023 r. Decyzje te dotyczyły między innymi usług modernizacji stawów hodowlanych w O. oraz nabyć towarów i usług z nimi związanych. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] stwierdził między innymi, że usługa opisana w umowie z dnia 3 kwietnia 2018 r. nr [...] nie została wykonana, o czym strona miała świadomość. Organ określił M.B. podatek do zapłaty, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, wynikający z faktur VAT wystawionych na rzecz podatnika i decyzja ta jest ostateczna. Organ odwoławczy wskazał także, iż podatnik i F.H.U. "A." posiadają wzajemnie sprzeczne dokumenty dotyczące tej samej transakcji. Rozbieżne są także dokumenty Spółki przedkładane przed organami podatkowymi i ARiMR. W ocenie Sądu zgromadzone przez organy podatkowe dowody dają podstawę do zakwestionowania przez organy podatkowe ww. faktur jako niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych zarówno pod względem przedmiotowym, jak i podmiotowym. Stan faktyczny ustalony przez organy podatkowe jest kompletny i nie wymaga uzupełnienia, a jego ocena jest prawidłowa. Prawidłowo zdaniem Sądu organy podatkowe powołały się na ustalenia dokonane przez ARiMR dokonane w ramach weryfikacji realizacji operacji określonej w umowie o dofinansowanie, w ramach której Spółka zobowiązała się między innymi do modernizacji stawów hodowlanych. Z decyzji Prezesa ARiMR z dnia 14 listopada 2023 r. (karty 98 – 109 segregator nr 1) wynika, iż wobec rozliczenia złożonego przez Spółkę wniosku o płatność ARiMR zakwestionowała koszty kwalifikowalne w łącznej kwocie 1.493.453,01 zł obejmujące koszty poniesione w zakresie modernizacji stawów hodowlanych na podstawie faktur wystawionych przez F.H.U. "A." M.B., które zostały zakwestionowane w niniejszej sprawie. Różnica 0,02 zł pomiędzy kwotą zakwestionowaną przez Agencję (1.493.453,01 zł) a kwotą zakwestionowaną przez organy podatkowe (1.493.452,99 zł) wynika z tego, iż Agencja wartość netto faktury nr [...] z dnia 18.12.2019 r. wskazała na kwotę 400.000,02 zł. Jak wynika z uzasadnienia ww. decyzji nie została potwierdzona realizacja operacji w zakresie 1) długości modernizowanych grobli, 2) ilości wyciętych drzew, 3) wielkości obszaru karczowania krzewów, 4) liczby mnichów drewnianych, a podstawą ustalenia wykonania modernizacji stawów hodowanych zgodnie z umową o dofinansowanie były ustalenia kontroli na miejscu zawarte w informacjach pokontrolnych z dnia 17.01.2022 r. i 24.02.2022 r., stanowiących dokumenty o charakterze dokumentów urzędowych. Z informacji zawartej w adnotacji z rozmowy telefonicznej z dnia 26 stycznia 2024 r. (karta 362 segregator nr 1 akt podatkowych) wynika, że Spółka nie wniosła odwołania od powyższej decyzji. Decyzja ta stała się także podstawą wpisania Spółki do Rejestru podmiotów wykluczonych z możliwości otrzymania środków przeznaczonych na realizacje programów finansowanych z udziałem środków europejskich (karty 365 – 367 segregator nr 1 akt podatkowych). Z powyższego wynika zatem, iż Spółka zgodziła się z ustaleniami ARiMR zawartymi w decyzji z dnia 14 listopada 2023 r., jak i zawartymi w informacjach pokontrolnych, w tym także tej z lutego 2022 r. Oparcie się przez organy podatkowe na tej dokumentacji nie może być zatem uznane za bezkrytyczne, albowiem pozostaje ono w zgodzie z ustaleniami dokonanymi przez Agencję w ostatecznej decyzji określającej Spółce kwotę do zwrotu, która także przez Spółkę została zaakceptowana. Zauważyć także należy, iż kontrole na miejscu przeprowadzane przez Agencję były wykonywane w styczniu i w lutym 2022 r., podczas gdy kontrola podatkowa za okres od 1 lipca 2019 r. do 31 grudnia 2019r. została wszczęta w dniu 12 października 2023 r., a odnośnie pozostałych okresów w roku 2024, to jest w okresie późniejszym. W sytuacji zatem upływu czasu od kontroli na miejscu przeprowadzanych przez Agencję do daty wszczęcia kontroli podatkowej i postępowania podatkowego, dokonywanie oględzin terenu i przeprowadzanie dowodu z opinii biegłego z zakresu budownictwa i inżynierii wodnej nie może być uznane za celowe i potrzebne do wyjaśnienia sprawy. Brak jest zatem podstaw do stawiania organom podatkowym zarzutu naruszenia wskazanych w skardze przepisów Ordynacji podatkowej, w szczególności jako takich, które miałyby wpływ na wynik sprawy. Co istotne także w świetle ustaleń dokonanych przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...] z dnia 12 czerwca 2023 r. (segregator nr 1 akt podatkowych), utrzymanej w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z dnia 16 września 2024 r. (karty 471 – 506 segregator nr 2 akt podatkowych), która jest ostateczna, zostały zakwestionowane wystawione przez M. B. dla skarżącej Spółki faktury z dnia 4 lipca 2019 r. nr [...] i z dnia 18 grudnia 2019 r. nr [...], które uznano za wystawione w warunkach art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Z dokonanych przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego [...] ustaleń wynika, iż w 2019 r. "A." zadeklarowała zakup, a następnie sprzedaż usług modernizacji stawów hodowlanych w O. podczas gdy brak jest dowodów na podejmowanie czynności modernizacji stawów hodowlanych przez "A." we własnym zakresie, nie zostało także uwiarygodnione ich faktyczne wykonanie, jak i faktyczne źródło nabycia. Faktury dokumentujące nabycie usług modernizacji od innych podmiotów zostały uznane za dokumentujące czynności, które nie zostały wykonane i wystawione jedynie w celu wygenerowania kosztów dla "A.". Tym samym brak jest podstaw do stwierdzenia, że udokumentowane zakwestionowanymi fakturami usługi modernizacji stawów hodowlanych zostały wykonane przez "A.", także poprzez podwykonawców tego podmiotu. Powyższym twierdzeniom Spółki przeczą ustalenia dokonane w odniesieniu do "A.", wynikające z przywołanych powyżej decyzji. Argumentacji, która podważałby prawidłowość tych ustaleń skarżąca Spółka nie przedstawiła. Całość zgromadzonych przez organy podatkowe w niniejszej sprawie dowodów wskazuje zaś na prawidłowość oceny, że zakwestionowane w sprawie faktury nie dokumentują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Brak jest bowiem podstaw do stwierdzenia, iż udokumentowane nimi usługi zostały wykonane przez wystawcę faktur, w ilości i wartości w tych fakturach wskazanych. Powyższe ustalenia dają podstawę do zakwestionowania Spółce odliczenia podatku naliczone z tych faktur wynikającego, albowiem na podzielenie zasługują twierdzenia organów podatkowych co do braku należytej staranności Spółki w kontaktach z kontrahentem. Z zeznań Prezesa Zarządu Spółki A. M, z dnia 20 marca 2025 r. (karty 537 – 540 segregator nr 3 akt podatkowych) wynika, iż główną przesłanką wyboru oferty F.H.U. "A." M.B. była cena, świadek nie ma wiedzy co kogo należał sprzęt, który przyjechał na teren stawów, do kogo należały maszyny wykorzystywane przy pracach modernizacyjnych, nie zna nazwisk pracowników. Brak powyższej wiedzy w sytuacji zawarcia w umowie nr [...] z dnia 3 kwietnia 2018 r. z F.H.U. "A." M.B. na modernizację stawów hodowlanych zapisu o wykonaniu robót przy użyciu własnych materiałów i sprzętu (§ 3 pkt 1 umowy, karta 14 – 15 segregator nr 1 akt podatkowych) świadczy o zupełnym braku zainteresowania co do rzetelności kontrahenta, tak przy zawieraniu umowy, jak i jej wykonywaniu. O ile pozyskanie wiedzy o kontrahencie przed zawarciem umowy mogło być utrudnione, zainteresowanie w trakcie jej wykonania co do prawidłowości realizacji postanowień umowy, na podstawie której F.H.U. "A." zobowiązała się do wykonania prac przy użyciu własnych materiałów i sprzętu było możliwe i celowe. Pozwoliłoby bowiem co najmniej na podjęcie próby wyeliminowania stwierdzonych naruszeń, a w szczególności stanowiłoby o realizacji zamierzeń gospodarczych z należytą starannością. Z tych względów zdaniem Sądu wbrew twierdzeniom skargi organy podatkowe nie dopuściły się naruszenia art. 188 w zw. z art. 122, art. 187 § 1 i art. 197 § 1 O.p. art. 191 w zw. z art. 187 § 1 i art. 194 § 1 O.p. oraz art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i art. 210 § 4 O.p., a prawidłowe, kompletne i trafnie ocenione ustalenia stanu faktycznego doprowadziły do prawidłowych wniosków o zawyżeniu przez Spółkę podatku naliczonego wynikającego z zakwestionowanych faktur, do których zastosowanie ma art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT. Stwierdzone nieprawidłowości uczyniły zasadnym zastosowanie w sprawie art. 112b ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT w wysokości 15% zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług o kwotę 88 495 zł i zawyżenia różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe – łącznie 92 000 zł w IV kwartale 2019 r. oraz zaniżenia zobowiązania podatkowego o kwotę 6 855 zł i zawyżenia zwrotu podatku o kwotę 152 639 zł - łącznie 159 494 zł w I kwartale 2020 r. Wbrew twierdzeniom skargi organy podatkowe dokonały oceny przesłanek wskazanych w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT, czemu dały wyraz w uzasadnienia swoich decyzji. W myśl art. 112b ust. 2b ustawy o VAT ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe, o których mowa w ust. 1-2a, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego bierze pod uwagę: 1) okoliczności powstania nieprawidłowości; 2) rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości; 3) rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku; 4) kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe; 5) działania podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości. Ustalając Stronie dodatkowe zobowiązanie podatkowe organ zastosował art. 112b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, który przewiduje sankcję w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. W wyniku miarkowania wysokości sankcji i po uwzględnieniu wszelkich okoliczności sprawy, wymienionych w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT ostatecznie ustalono jej wysokość na 15%. Zdaniem Sądu, biorąc pod uwagę okoliczności faktyczne sprawy ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego we wskazanej wysokości było uprawnione. Wymierzona sankcja jest adekwatna do charakteru oraz wagi uchybienia i nie narusza zasady proporcjonalności. Organy podatkowe zasadnie zakwestionowały dokonane przez Spółkę rozliczenie, a stwierdzone naruszenia powstały wskutek niedochowania należytej staranności podatnika w kontaktach z kontrahentem, który był nierzetelny. Spółka nie podjęła też działań w celu wyeliminowania stwierdzonych naruszeń. W okolicznościach sprawy, na które zwróciły uwagę organy podatkowe w uzasadnieniach swoich decyzji zostały ocenione okoliczności wskazane w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT, z której to oceny zasadnie wywiedziono ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 15%. Brak jest zatem podstaw do stawiania organom podatkowym zarzutu działania automatycznego i naruszającego zasady proporcjonalności, z pominięciem indywidulanych okoliczności sprawy. Tym samym brak jest także podstaw do stwierdzenia naruszenia przez organy podatkowe art. 112b ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o VAT w zw. z art. 2 i art. 31 ust. 3 Konstytucji RP. Zdaniem Sądu, w rozpatrywanej sprawie organy nie uchybiły podstawowym zasadom postępowania podatkowego i dołożyły wszelkich starań, by dokładnie ustalić stan faktyczny sprawy, zebrany w sprawie materiał dowodowy jest kompletny, a wyciągnięte na jego podstawie wnioski w pełni uzasadnione. W toku postępowania wykorzystano wszystkie dowody, których przeprowadzenie było celowe, i które były możliwe do przeprowadzenia, a następnie dowody te poddano kompleksowej analizie i wyprowadzono z nich wnioski, które ocenić należy jako logiczne i spójne. W rezultacie brak jest podstaw do dopatrywania się wadliwości przeprowadzonego przez organ podatkowy postępowania, w szczególności w stopniu mającym wpływ na rozstrzygnięcie. Z tych też względów z uwagi na brak podstaw do uwzględnienia skargi Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił, orzekając jak w wyroku.