II FSK 127/26

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz, Sędziowie Sędzia NSA Bogusław Woźniak, Sędzia WSA (del.) Marzena Łozowska (sprawozdawca), po rozpoznaniu w dniu 28 maja 2026 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 19 listopada 2025 r. sygn. akt I SA/Sz 431/25 w sprawie ze skargi A Sp. z o.o. z siedzibą w B na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 11 czerwca 2025 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.288.2025.1.DW w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz A Sp. z o.o. z siedzibą w B kwotę 360 (trzysta sześćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

Zaskarżonym wyrokiem z 19 listopada 2025 r., sygn. akt I SA/Sz 431/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie, po rozpoznaniu skargi A Spółki z o.o. z siedzibą w B (dalej jako: "Strona", "Skarżąca", "Wnioskodawca", "Spółka"), uchylił interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej także jako: "Dyrektor KIS", "organ interpretacyjny") z 11 czerwca 2025 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych (treść uzasadnienia ww. wyroku oraz innych wyroków sądów administracyjnych powołanych w niniejszym uzasadnieniu dostępna jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/). Zaskarżony wyrok zapadł w następujących okolicznościach faktycznych i prawnych. We wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej Skarżąca podała, że jest spółką prawa polskiego zarejestrowaną [...] 2004 r. Posiada siedzibę w Polsce i jest podatnikiem podlegającym nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w Polsce. Spółka funkcjonuje w ramach grupy kapitałowej A, która jest głównym producentem [...] na świecie i największym producentem w Europie. Spółka prowadzi działalność strefową i korzysta z tego tytułu z preferencji podatkowych. Posiada zezwolenie nr [...] z dnia [...] (dalej: "Zezwolenie") na prowadzenie działalności gospodarczej, którą wykonuje na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: "Strefa"). Ponadto Spółka uzyskała decyzję o wsparciu nr [...] z dnia 21 lutego 2019 r. wydaną przez zarządzającego Strefą (dalej: "Decyzja 1") i decyzję o wsparciu nr [...] z dnia 30 grudnia 2021 r. wydaną przez zarządzającego Strefą (dalej: "Decyzja 2"). Spółka wyjaśniła także znaczenie, jakie ma dla prowadzonej przez nią działalności: Zezwolenie, Decyzja 1, Decyzja 2, Inwestycja, Inwestycja 1 i Inwestycja 2. W tym zakresie podała, że Zezwolenie zakresowo dotyczy przedsięwzięcia (dalej: "Inwestycja") polegającego na uruchomieniu zakładu produkcji [...] oraz półfabrykatów [...] i [...] do produkcji [...]. Działalność gospodarcza (produkcyjna, handlowa i usługowa w zakresie wytworzonych wyrobów i świadczonych usług) prowadzona w ramach Zezwolenia na terenie Strefy określona została według następujących kodów PKWiU: (20.10.10); (20.10.40); (20.20.21); (20.30.12); (20.30.13). Jednocześnie została ona oznaczona jako działalność prowadzona na nieruchomościach o łącznej powierzchni [...] ha, na działkach oznaczonych nr ewidencyjnymi: [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], leżącymi na terenie Podstrefy [...] część [...] (z wyłączeniem działki nr [...]) i [...]. Spółka podała również, że na jej wniosek została wydana decyzja nr [...] z dnia 23 listopada 2005 r., która miała na celu zmianę Zezwolenia w zakresie rozszerzenia przedmiotu działalności gospodarczej i zwiększenia poziomu nakładów inwestycyjnych. Zgodnie z nią rozszerzony został przedmiot działalności o PKWiU 2008: (20.51.14-50), a także: zwiększono wartość wydatków inwestycyjnych na terenie strefy będących podstawą obliczenia pomocy publicznej z 40 mln EUR na 80 mln EUR; Inwestycja miała być realizowana w Strefie w Podstrefie [...] na terenie o powierzchni [...] ha, z czego[...] ha zostało włączone rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 14 września 2004 r. w sprawie Kostrzyńsko-Słubickiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej (Dz. U. Nr 222, 2252), [...] ha zostało włączone rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 11 października 2005 r. zmieniającym rozporządzenie w sprawie Kostrzyńsko-Słubickiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej (Dz. U. Nr 211, poz. 1761). Kolejna decyzja nr [...] w sprawie zmiany Zezwolenia została wydana dnia 31 stycznia 2012 r. w zakresie zmiany oznaczeń wyrobów i usług celem dostosowania do nowej PKWiU obowiązującej od 1 stycznia 2009 r. i rozszerzenia przedmiotu działalności o pozycję 16.10.21. Zgodnie z decyzją zmieniony został przedmiot działalności określony w Zezwoleniu w ten sposób, że ujęto w nim następujące pozycje PKWiU: (16.10.10), (16.10.21), (16.21.21), (16.22.10), (16.22.99), (16.23.12), (16.23.19), (16.29.14), (38.11.59). Rozszerzenie przedmiotu działalności o pozycję 16.10.21 znajdowało uzasadnienie, bowiem produkcja [...] była ściśle powiązana z działalnością objętą Zezwoleniem dotyczącą produkcji [...]. Ostatnią decyzję nr [...] w sprawie zmiany Zezwolenia wydano dnia 14 marca 2014 r., a zmiana dotyczyła terminu obowiązywania Zezwolenia z 15 listopada 2017 r. na 31 grudnia 2026 r. W dalszej kolejności Spółka odniosła się do znaczenia Decyzji 1. Podała, że jako cel nowej inwestycji zawarty we wniosku o udzielenie Decyzji 1 wskazano zwiększenie efektywności i zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu spółki (dalej: "Inwestycja 1"). Projekt Inwestycji 1 obejmował rozbudowę zakładu o nowej powierzchni magazynowej, prace modernizacyjne i optymalizacyjne linii technologicznych oraz zakup nowych środków trwałych, tj. elementów wyposażenia nowej powierzchni przemysłowej i elementów parku technologicznego m.in. nowych linii technologicznych, systemu do transportu półfabrykatów. W rozbudowanym zakładzie wytwarzane miały być również produkty pozostające w aktualnej ofercie produkcyjnej Spółki, a sam proces technologiczny nie uległby istotnej modyfikacji. Zwiększenie mocy produkcyjnych wynikać miało przede wszystkim z modernizacji linii technologicznych (związanej także z relokacją maszyn i urządzeń), uporządkowania procesu technologicznego, poprawieniu logistyki wewnątrzzakładowej i wyposażeniu linii produkcyjnej w dodatkowe środki wytwórcze (środki trwałe) w ramach cyklu produkcyjnego. Decyzja 1 objęła działalność określoną w następujących pozycjach PKWiU 2015: (16.10), (16.21), (16.22), (16.23), (16.24), (16.29), (38.11.5), (52.10), (52.21), (52.29). Inwestycja 1 realizowana zgodnie z Decyzją 1 położona jest na nieruchomościach o łącznej powierzchni [...] ha na działkach położonych w województwie [...], w powiecie [...], w gminie [...], w miejscowości [...]. Teren realizacji Inwestycji 1 położony jest w całości granicach Strefy. Co do Decyzji 2 Spółka wskazała, że celem nowej inwestycji opisanej we wniosku o jej udzielenie było: 1) zwiększenie zdolności produkcyjnych istniejącego przedsiębiorstwa w ramach dotychczasowego asortymentu m.in. poprzez zakup nowych linii produkcyjnych, zakup nowych maszyn i urządzeń oraz zwiększenie zaplecza infrastrukturalnego (m.in. budowę dodatkowych hal produkcyjnych, usprawnienie ciągów komunikacyjnych, instalacje sprężonego powietrza, odpylania, ciepła technologicznego); 2) dywersyfikacja produkcji przedsiębiorstwa przez wprowadzenie produktów uprzednio nieprodukowanych o [...] ([...]) i hybrydę (dalej: "Inwestycja 2"). Projekt Inwestycji 2 obejmował w szczególności: prace modernizacyjne i optymalizacyjne (szczegółowo opisanych we wniosku), budowę linii skrawania [...] na warstwę wierzchnią hybrydy (szczegółowo opisanych we wniosku). Inwestycja 2 dotyczyła całego procesu produkcyjnego dotychczasowego asortymentu [...] produkowanych przez Spółkę oraz komponentów do produkcji innowacyjnych [...] z [...] i [...] (poza [...]), co przyczyniło się do zwiększenia mocy produkcyjnych w ramach dotychczasowego asortymentu Spółki. Decyzja 2 obejmuje działalność określoną w następujących pozycjach PKWiU 2015: (16.10), (16.21), (16.22), (16.23), (16.24), (16.29), (22.23.11.0), (38.11.5), (52.10), (52.21), (52.29). Teren realizacji Inwestycji 2 obejmuje nieruchomości o łącznej pow. [...] ha, położone na działkach w województwie [...], w powiecie [...], w gminie [...], w miejscowości [...], w granicach Strefy, oznaczone jako Podstrefa [...]. Spółka wskazała, że zarówno Zezwolenie, Decyzja 1, jak i Decyzja 2 dotyczą tożsamej działalności gospodarczej polegającej na produkcji warstwowych podłóg, w ramach której produkcja jest zorganizowana w sposób etapowy, a jednocześnie ciągły z funkcjonalnym przypisaniem kolejnych etapów procesu produkcyjnego do określonych części zakładu (np. obróbka jednego z surowców w jednej części zakładu, montaż warstw w innej). Inwestycje współistnieją pod tym samym adresem na pokrywającym się w części terenie i korzystają ze wspólnej infrastruktury (np. instalacje elektryczne i cieplne, elektrociepłownia, infrastruktura transportowa, magazynowa). Położone są na tych samych działkach na terenie Strefy. Ponadto większość oznaczeń PKWiU przypisana do poszczególnych Inwestycji jest zbieżna (kody 16.10, 16.21, 16.22, 16.23, 16.24, 16.29, 38.11.5, 52.10, 52.21, 52.29). Na tle tak opisanego stanu faktycznego Spółka zadała następujące pytania: 1) Czy dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie Strefy określonej w Zezwoleniu oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, Spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych? 2) Czy zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na podstawie Zezwolenia na terenie Strefy oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, w ten sposób, że: a) w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia, jako decyzji administracyjnej wydanej najwcześniej, b) a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu zwolnionego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana dostępnym limitem wynikającym z kolejnych decyzji tj. Decyzji 1 i Decyzji 2 - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania? Zajmując stanowisko w sprawie Spółka powołała się na przepisy art. 7 ust. 3 pkt 1, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a, art. 17 ust. 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2025 r. poz. 278 ze zm.); dalej: "u.p.d.o.p.", art. 12 ust. 1, ust. 2, art. 12a ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1604); dalej: "uSSE", a także na § 3 ust. 1 pkt 1, § 5 ust. 5, § 7 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 121); dalej: "rozporządzenie SSE" i art. 3 ust. 1, art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2024 r. poz. 459); dalej: "u.w.n.i.". Według Spółki z powyższych regulacji wynika obowiązek prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności prowadzonej w ramach zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Ewidencja zapewniać ma rzetelne określenie kwoty dochodu zwolnionego z podatku dochodowego oraz dochodu podlegającego opodatkowaniu. W ocenie Strony przepisy nie wymagają wprost, aby ewidencja prowadzona była odrębnie dla każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Jeśli zaś w drodze wykładni językowej nie da się wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji, to nie należy nakładać takiego obowiązku z wykorzystaniem wykładni rozszerzającej czy wnioskowania na niekorzyść podatnika. Zdaniem Spółki zasadnym jest prowadzenie odrębnej ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych oraz odrębnej ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie Strefy określonej w posiadanym Zezwoleniu, Decyzji 1 i Decyzji 2. Spółka podkreśliła, że zaprezentowana wykładnia jest spójna systemowo z przewidzianym ustawowo chronologicznym rozliczaniem kilku zezwoleń i decyzji o wsparciu (przywoływane art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i.). Dodatkowo Spółka zwróciła uwagę na poglądy przedstawione w wyrokach sądów administracyjnych i w wydanych w ostatnim czasie interpretacjach indywidualnych, dotyczących wspólnego rozliczania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Spółka uznała, że łączna językowa i systemowa wykładnia wskazanych przepisów, z uwzględnieniem wykładni funkcjonalnej, prowadzi do wniosku, że brak jest nakazu przypisywania dochodu do poszczególnych zezwoleń lub decyzji o wsparciu. W konsekwencji Spółka powinna dokonać zsumowania przychodów oraz kosztów (bez wydzielenia poszczególnych Inwestycji) i ustalić łączną sumę dochodów na podstawie jednej wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z CIT (prowadzonej na podstawie Zezwolenia, Decyzji 1, Decyzji 2). Odnosząc się natomiast do chronologicznego rozliczania pomocy publicznej, po uwzględnieniu przywołanych przepisów prawa (art. 12 ust. 1, ust. 2 uSSE, § 3 ust. 1 pkt 1, § 7 rozporządzenia SSE), Spółka stwierdziła, że rozliczenie pomocy publicznej powinno nastąpić, zgodnie z kolejnością przyznanych pozwoleń i decyzji o wsparciu, w związku z czym podatnik powinien prowadzić jedną łączną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu, tak by umożliwić chronologiczne rozliczanie pomocy. W wydanej interpretacji z 11 czerwca 2025 r. organ interpretacyjny uznał stanowisko Strony za nieprawidłowe. Uzasadniając rozstrzygnięcie Dyrektor KIS zwrócił uwagę, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego SSE nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania nowych inwestycji. Zdaniem organu wyodrębnienie poszczególnych dochodów w ramach prowadzonej ewidencji ma na celu ustalenie wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu i z działalności na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia. W opinii organu niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe: kosztów bezpośrednio związanych z przychodami na terenie określonym w decyzji o wsparciu i poza nią, w zakresie realizacji nowej inwestycji - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami z działalności objętej zwolnieniem oraz kosztów pozostałej działalności, jeżeli taka występuje, pozostałych (innych niż bezpośrednie) kosztów uzyskania przychodów, umożliwiająca ich przyporządkowanie do przychodów z działalności zwolnionej i do przychodów z działalności opodatkowanej. Zdaniem organu, podatnik uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien poprzez odpowiednie zmiany w przyjętych zasadach (polityce) rachunkowości dokonać wyodrębnienia w ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Zmiane te powinny umożliwić uzyskanie informacji, które są wymagane w zakresie rozliczania przychodów, kosztów uzyskania przychodów oraz dochodu. Zapewnienie wyodrębnionej ewidencji oznacza co najmniej wyodrębnienie operacji gospodarczych w księgach rachunkowych, przykładowo na kontach ksiąg pomocniczych. Analogicznemu wyodrębnieniu powinna podlegać ewidencja przychodów i kosztów działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia. Organ stwierdził, że konieczne jest więc prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dyrektor KIS zwrócił uwagę, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. Tym samym, jeśli dochody z obu tych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca ustanowiłby podstawy w odpowiednich zapisach u.p.d.o.p., co jednak nie nastąpiło. Według organu w sytuacji, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dla właściwego zastosowania art. 13 ust. 6 u.w.n.i. (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej (objaśnienia str. 21, akapit 33). Wyrokiem z 19 listopada 2025 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną, wskazując, że spór w sprawie dotyczy możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu nowej inwestycji, a także chronologicznego sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonych zezwoleń i decyzji o wsparciu. Sąd uznał, że analiza stanu faktycznego przedstawionego przez Spółkę we wniosku o wydanie interpretacji oraz pytań zadanych w tymże wniosku, jak też własnej oceny stanowiska Spółki, wskazuje, że organ interpretacyjny dokonał błędnej wykładni i niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisów prawa materialnego poprzez uznanie, że Spółka nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie Zezwolenia oraz na podstawie Decyzji oraz przez uznanie, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie Zezwolenia na terenie na terenie Strefy oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, nie będzie podlegać zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych w sposób chronologiczny, tzn. że limit dostępnej pomocy publicznej nie powinien być rozliczany zgodnie z datami wydania Zezwolenia, Decyzji 1 i Decyzji 2. Zdaniem Sądu, organ przywołując szereg przepisów mających zastosowanie w sprawie nie wyjaśnił, który z nich stanowi podstawę do stwierdzenia, że konieczne jest prowadzenie odrębnych ewidencji dotyczących działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia na działanie w SSE i na podstawie decyzji o wsparciu. Nadto, organ nie przedstawił wykładni powołanych przepisów ani nie powiązał ich ze stanem faktycznym przedstawionym we wniosku o interpretację. Pominięcie ich wykładni i oceny co do zastosowania w sprawie przez organ oznacza, że organ nie dostarczył Spółce wyczerpującej argumentacji potwierdzającej nieprawidłowość jej stanowiska. W ocenie Sądu I instancji obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu nie można wyprowadzić z art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Obowiązek taki można natomiast wywieść z art.12a ust. 1 uSSE oraz z art. 19 u.w.n.i. Sąd zaznaczył, że wskazane przepisy nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p., zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Jednocześnie Sąd zwrócił uwagę, że art. 12 ust. 2 uSSE i art.13 ust. 6 u.w.n.i. nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują rozdzielnego jej obliczenia i wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania. W skardze kasacyjnej wywiedzionej od powyższego wyroku przez organ, wnosząc o jego uchylenie w całości i oddalenie skargi, ewentualnie przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi I instancji, oraz o zasądzanie zwrotu kosztów postępowania, na podstawie art. 174 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") pełnomocnik organu zarzucił naruszenie prawa materialnego tj.: - art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 459 z późn. zm.) oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust 3 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz.U. z 2023 r. poz. 1604 z późn. zm.), poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, polegającą na przyjęciu przez Sąd, że na gruncie przedmiotowej sprawy Skarżąca ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych tj. wspólnej na podstawie Zezwolenia oraz na podstawie Decyzji 1 i Decyzji 2. W przedmiotowej sprawie przyjąć natomiast należało, iż Skarżąca nie ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji albowiem w takim przypadku konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu a dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. - naruszenie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT i w zw. z art. 17 ust. 6a ustawy o CIT w związku z art. art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust 3 uSSE w związku z art. 16 ust. 1 uSSE w związku z art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. w związku z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych podlega dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie Zezwolenia oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w ich wskazanych w ten sposób, że wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń i decyzji o wsparciu (chronologicznie). Podczas gdy dochody te należy rozliczać odrębnie, gdyż przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy się z przychodami osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu. Zdaniem pełnomocnika organu dla właściwego zastosowania ww. art. 13 ust. 6 u.w.n.i. (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej. 2. art. 174 pkt 2 p.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania - w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy tj.: art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 1 i § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2023 r., poz. 2383 ze zm, dalej: "O.p.") poprzez uwzględnienie skargi skarżącej Spółki, uchylenie zaskarżonej interpretacji wskutek przyjęcia przez Sąd, iż organ wydając zaskarżoną interpretację naruszył ww. przepisy postępowania, gdyż dokonując oceny prawnej stanowiska skarżącej Spółki nie przeprowadził kompleksowej oceny tego stanowiska i nie przedstawił wyczerpującego uzasadnienia prawnego swojej oceny. W przedmiotowej sprawie przyjąć natomiast należało, że organ wydając zaskarżoną interpretację nie naruszył przedmiotowych przepisów prawa procesowego, albowiem sporządził prawidłowe, wyczerpujące uzasadnienie prawne swojego rozstrzygnięcia, dokonując subsumcji przedstawionego przez Skarżącą we wniosku stanu faktycznego pod przepisy prawa podatkowego mające w sprawie zastosowanie, co znalazło odzwierciedlenie w treści zaskarżonej interpretacji. W skardze kasacyjnej pełnomocik organu, na podstawie art. 176 § 2 p.p.s.a. zrzekł się z przeprowadzenbia rozprawy. W odpowiedzi na skargę kasacyjną, reprezentujący skarżącą Spółkę pełnomocnik wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie od skarżącego kasacyjnie kosztów postępowania według norm przepisanych. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje: Skarga kasacyjna jest niezasadna i podlega oddaleniu. Zgodnie z art. 183 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przez sądami administracyjnymi (Dz. U. 2026, poz. 143) Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Ponieważ w niniejszej sprawie, w postępowaniu przed Sądem I instancji nie doszło do naruszeń skutkujących nieważnością postępowania, to skarga kasacyjna została rozpatrzona tylko w jej granicach, czyli co do naruszenia przez Sąd I instancji wyłącznie wskazanych w niej przepisów. Przechodząc do oceny zarzutów kasacyjnych wypada stwierdzić, iż przedmiotową skargę kasacyjną oparto na obu podstawach kasacyjnych, przewidzianych w art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a. Jakkolwiek w takiej sytuacji zasadą winno być rozpoznanie w pierwszej kolejności zarzutów procesowych, to jednak mając na uwadze, że zarzuty kasacyjne podniesione w ramach podstawy z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. są jedynie konsekwencją zarzucanego naruszenia prawa materialnego, ocenę zasadności kasacji trzeba rozpocząć od zarzutów naruszenia prawa materialnego. Ocena ta determinować będzie wynik oceny zarzutów naruszenia przepisów procesowych. Istota sporu w rozpoznawanej sprawie dotyczy możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji przychodów z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji, a w tle także sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej przysługującej w związku z zezwoleniami strefowymi oraz decyzją o wsparciu nowej inwestycji. Według skarżącej Spółki, rozliczenie pomocy publicznej powinno nastąpić zgodnie z kolejnością przyznanych zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu, a w tym celu, aby tego dokonać, podatnik powinien prowadzić jedną łączną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu, tak by umożliwić chronologiczne rozliczanie pomocy. W ocenie Strony brak jest jakichkolwiek uregulowań prawnych, które bezpośrednio nakładałyby na przedsiębiorców strefowych obowiązek wydzielenia organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu, jak również samego wyodrębniania wyniku podatkowego, który został osiągnięty w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych poszczególnymi odrębnymi zezwoleniami bądź decyzjami o wsparciu. W związku z tym, że przedmiotowy obowiązek nie został bezpośrednio sformułowany przez ustawodawcę, nie można go domniemywać i wymagać jego wypełniania przez przedsiębiorców. Ponadto zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie Zezwoleń i Decyzji o wsparciu chronologicznie, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystany zostanie limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej, a po jego wyczerpaniu limity dostępne w ramach Zezwoleń wydanych później, a następnie dochód z działalności wskazanej w Decyzjach. Odmiennego zdania jest natomiast Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, który stwierdził, że Wnioskodawca nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń, a także decyzji o wsparciu. Nie zgodził się również ze stanowiskiem Spółki, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu powinien podlegać zwolnieniu z opodatkowania CIT chronologicznie. W skardze kasacyjnej organ podniósł zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust. 3 uSSE, art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a w zw. z art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. w związku z art. art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust 3 uSSE w związku z art. 16 ust. 1 uSSE w związku z art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 oraz art. 13 ust. 8 u.w.n.i. w związku z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. wskazując, iż Sąd I instancji nieprawidłowo przyjął, że na gruncie przedmiotowej sprawy Spółka ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych (tj. wspólnej ewidencji na podstawie Zezwolenia oraz Decyzji 1 i 2). Nadto w ocenie skarżącego kasacyjnie organu błędne jest stanowisko odnoszące się do stosowania zasady rozliczenia pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu (chronologicznie). Następnie w ramach drugiego zarzutu, organ wskazał na naruszenie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 1 i § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. O.p., poprzez uwzględnienie skargi skarżącej Spółki, uchylenie zaskarżonej interpretacji wskutek przyjęcia przez Sąd, iż organ wydając zaskarżoną interpretację naruszył ww. przepisy postępowania. Naczelny Sąd Administracyjny uznaje powyższe zarzuty i przytoczoną na ich poparcie argumentację za bezzasadną. Nie ma racji skarżący kasacyjnie organ, że doszło do dokonania przez Sąd I instancji błędnej wykładni przepisów prawa materialnego. Wskazać na wstępie należy, że zagadnienie prawne stanowiące przedmiot zaskarżonej indywidualnej interpretacji przepisów prawa było już przedmiotem oceny przez Naczelny Sąd Administracyjny w orzeczeniach tego Sądu (m.in. w wyrokach z dnia 4 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 78/21, 14 czerwca 2023 r., sygn. akt II FSK 2872/20, 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14 z 28 maja 2024 r., sygn. akt II FSK 1119/21, w szczególności w wyroku z dnia 26 marca 2026 r., sygn. akt II FSK 841/23, publ. CBOSA). W ww. wyrokach Naczelny Sąd Administracyjny przesądził o tym, jak należy interpretować przepisy prawa podatkowego, które znajdują zastosowanie w niniejszej sprawie. Stanowisko wyrażone w ww. judykatach podziela skład orzekający korzystając w dalszej części rozważań z zawartej w nich argumentacji. Dla porządku, w pierwszej kolejności odnieść się należy do wywodzonego z ww. przepisów przez organ obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności objętej zezwoleniem i decyzją o wsparciu. Słusznie podkreślił Sąd I instancji, że koszty i przychody z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach zezwolenia i decyzji nie są uwzględniane przy obliczaniu dochodu na zasadach ogólnych, co wprost wynika z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. Obowiązujące przepisy nie nakładają takiego obowiązku wyodrębnienia w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu. Zgodnie z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. podatnicy tego podatku są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z przepisami art. 16a-16m. Na podstawie tego przepisu skarżąca Spółka ma jedynie obowiązek wyodrębnić przychody i koszty z działalności, z której dochody są zwolnione z podatku. Wynikający w ww. przepisu obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Co istotne, nie odnosi się on jednak do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu. Nie ulega wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach czy to zezwolenia, czy lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można jednakże wyprowadzić z art. 12a ust. 1 uSSE oraz z art. 19 u.w.n.i. Choć przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Przepis ten odnosi się bowiem do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej. Nie ma przy tym także znaczenia w tym zakresie przepis art.17 ust. 6a ustawy o CIT, który nakazuje organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej. Obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu nie należy także wyprowadzać z treści art. 12 ust. 2 ustawy uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują one jednak rozdzielnego jej obliczenia i wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania. Na co trafnie zwrócił uwagę Sąd I instancji, po wejściu w życie u.w.n.i. zezwolenia na działanie w SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 u.w.n.i.). Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np. poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu - art. 2 pkt 1 lit. a u.w.n.i.). Ustawodawca zachował zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 u.w.n.i., że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 uSSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis art. 16 ust. 6 stosuje się odpowiednio. Odpowiednio zatem należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten potwierdza dodatkowo prawidłowość tezy, że w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej pomocy publicznej, jest taki sam. Odnosząc się natomiast do sposobu wykorzystywania udzielonej pomocy publicznej w postaci zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu (czyli możliwości chronologicznego rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonego zezwolenia i decyzji o wsparciu, co akcentuje skarżąca Spółka, a czego skarżący kasacyjnie organ nie akceptuje), należy wskazać na regulacje art. 12 ust. 2 uSSE oraz art. 13 ust. 6 i ust.7 u.w.n.i. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym utrwalona jest już linia orzecznicza, zgodnie z którą zasadne jest rozliczanie pomocy zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyrok NSA z 26 marca 2026 r., sygn. akt II FSK 841/23, wyrok NSA z 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14; wyrok NSA z 20 marca 2018 r., sygn. akt II FSK 696/16). Naczelny Sąd Administracyjny aprobuje powyższy pogląd uznając słuszność stanowiska Sądu I instancji w kwestii metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy i zauważa, że unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Wprost stanowi o takiej sytuacji brzmienie art. 13 ust. 7 u.w.n.i. Organ wywodzi natomiast, że odmienny wniosek można wyprowadzić z treści art. 13 ust. 8 u.w.n.i. Zgodnie z tym przepisem rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z powyższego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 u.w.n.i., w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust. 7 u.w.n.i. i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia tych przepisów. Podkreślić ponownie należy, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu, czyli w zakresie obydwu zwolnień, o których stanowi art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34 a u.p.d.o.p. Postulowana zatem przez organ konieczność odrębnego rozliczania wyniku podatkowego dla każdego zezwolenia i dla każdej decyzji osobno powodowałoby pozbawienie art. 12 ust. 2 uSSE oraz art. 13 ust. 6 u.w.n.i treści normatywnej, czyniąc normy wyrażone w tych przepisach pustymi. Odnosi się to również do art. 13 ust. 7 u.w.n.i. Ustosunkowując się do stanowiska organu, w realiach rozpoznawanej sprawy nie budzi wątpliwości, że skarżącej Spółce przysługuje uprawnienie do prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji i chronologicznego (kolejnego) wykorzystania dostępnych limitów i to nie tylko w ramach jednej Specjalnej Strefy Ekonomicznej. Prowadzenie bowiem jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej to zasady znajdujące zastosowanie w przypadku podatników dysponujących zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu. Zapatrywanie to zostało podzielone również w wyroku NSA z 28 maja 2024 r., sygn. akt II FSK 1119/21 (publ. CBOSA). W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że niekwestionowane jest prawo do prowadzenia jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania kilku zezwoleń na działalność w strefie oraz decyzji o wsparciu niezależnie od tego, czy dotyczą one tej samej specjalnej strefy ekonomicznej. Nie mógł również zostać uwzględniony sformułowany w skardze kasacyjnej organu zarzut naruszenia przepisów postępowania w postaci art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 1 i § 2 O.p., którego autor skargi kasacyjnej upatruje w niezasadnym jego zdaniem uchyleniu przez Sąd zaskarżonej interpretacji. Z analizy całokształtu uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika bowiem jednoznacznie, że przyczyną uchylenia zaskarżonej interpretacji było w głównej mierze naruszenie przez organ przepisów prawa materialnego, albowiem wynik sprawy determinowany jest wykładnią i zastosowaniem prawa materialnego. Kwestionując możliwość łączenia przez przedsiębiorcę przychodu (dochodu) z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwolenia strefowego oraz decyzji o wsparciu nowej inwestycji organ w sposób istotny naruszył przepisy prawa materialnego poprzez ich błędną i niepełną interpretację, czym także naruszył przepisy art. 14c § 1 i 2 O.p. Zasadnie zwrócił uwagę Sąd I instancji, że wprawdzie organ przywołał brzmienie szeregu przepisów, jednakże nie wyjaśnił, który z tych przepisów stanowi podstawę twierdzeń organu. Nadto organ nie przedstawił ich wykładni i nie powiązał ich ze stanem faktycznym przedstawionym we wniosku o wydanie interpretacji. Podzielić zatem należało wyrażone przez Sąd I instancji stanowisko, że organ w realiach niniejszej sprawy dokonał niepełnej wykładni przepisów prawa materialnego stanowiących podstawę wydanej interpretacji kwestionując prawidłowość stanowiska Spółki i wywodząc obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji w oparciu o tezy zawarte w Objaśnieniach MF, które nie stanowią przepisów powszechnie obowiązujących, ani też do takich przepisów się nie odwołują. Trudno bowiem doszukać się w konkluzji przyjętego stanowiska organu oparcia na przepisach powszechnie obowiązującego prawa oraz przyjąć, że uzasadnienie interpretacji ma charakter wyczerpujący. Uzasadnienie zaskarżonej interpretacji jest w istocie lakoniczne, a w rezultacie organ nie wyjaśnił należycie powodów, które legły u podstaw uznania stanowiska Spółki za nieprawidłowe. Również oparcie się w przeważającej części na ww. objaśnieniach MF nie wyczerpuje przywołanej wyżej normy prawnej w zakresie w jakim dotyczy to wskazania przez organ prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. Nie można zatem uznać, że uzasadnienie zaskarżonej interpretacji spełniało wymagania określone w art. 14c § 1 i 2 O.p. W sytuacji więc, gdy Sąd I instancji dopatrzył się takich naruszeń prawa materialnego i przepisów postępowania, które w jego opinii uzasadniały uchylenie zaskarżonego aktu, to nie można mu skutecznie zarzucić ani zastosowania art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., ani też niezastosowania art. 151 tej ustawy poprzez brak oddalenia skargi. Mając na względzie wszystkie te okoliczności należało uznać, że Sąd I instancji prawidłowo uchylił zaskarżoną interpretację podatkową jako niezgodną z obowiązującymi przepisami prawa. W tym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. oddalił skargę kasacyjną jako niemającą usprawiedliwionych podstaw. O zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 209, art. 205 § 2 oraz art. 204 pkt 2 p.p.s.a. w zw. z § 3 ust. 1 w zw. z § 2 ust. 1 pkt 2 w zw. z § 2 ust. 2 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. 2018, poz. 1687).