I SA/Po 839/25

Dnia 15 kwietnia 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Mirella Ławniczak Sędzia WSA Katarzyna Nikodem (sprawozdawca) Asesor sądowy WSA Michał Ilski Protokolant: starszy sekr. sąd. Monika Zaporowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 marca 2026 roku sprawy ze skargi [...] Akademii [...] w P. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 17 września 2025 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2016, 2017 i 2018 rok oddala skargę.

[...] Akademia [...] (poprzednio [...] w P.) w latach 2016-2018 działała jako uczelnia niepubliczna na podstawie ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. 2005 nr 164, poz. 1365), ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz.U. 2018 poz. poz. 1668, data wejścia w życie: 01.10.2018 r.) oraz Statutu. Akademia jako osoba prawna, stosownie do art. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2016 poz. 1888 ze zm., Dz.U. z 2017 poz. 2343 ze zm., Dz.U. z 2018 poz. 1036 ze zm.; w skrócie: "u.p.d.o.p.") w latach 2016-2018 była podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych. Uczelnie niepubliczne nie zostały wymienione przez ustawodawcę w treści art. 6 ust. 1 oraz ust. 2 u.p.d.o.p. (w brzmieniu obowiązującym w okresie objętym przedmiotowym postępowaniem) jako podmioty, które zwolnione są od podatku. W rezultacie podmioty te podlegały ogólnym regułom podatkowym przewidzianym w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych. W zeznaniu o wysokości osiągniętego dochodu i poniesionej straty przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych CIT-8 za 2016 r. złożonym 31 marca 2017 r., Akademia wykazała przychody w wysokości 0 zł, koszty w wysokości 0 zł oraz dochód w wysokości 0 zł, w konsekwencji podatek dochodowy został zadeklarowany również w wysokości 0 zł. W korekcie zeznania CIT-8 za 2016 r. złożonej 6 lutego 2018 r. Akademia wykazała: przychody w wysokości 2.177.226,61 zł, koszty w wysokości 1.399.832,71 zł, dochód w kwocie 777.393,90 zł, odliczenia od dochodu: dochody przeznaczone na cele statutowe w kwocie 777.393,90 zł, podstawa opodatkowania 0 zł, należny podatek 0 zł. W zeznaniu o wysokości osiągniętego dochodu i poniesionej straty przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych CIT-8 za 2017 r. złożonym 3 kwietnia 2018r., Akademia wykazała przychody w wysokości 0 zł, koszty w wysokości 0 zł oraz dochód w wysokości 0 zł, w konsekwencji podatek dochodowy został zadeklarowany również w wysokości 0 zł. W załączniku CIT-8/O do ww. zeznania Akademia nie wykazała żadnych odliczeń. W korekcie zeznania CIT-8 za 2017 r. złożonej 29 września 2020 r., Akademia wykazała: przychody w wysokości 3.685.131,49 zł, koszty w wysokości 1.946.012,99 zł, dochód w wysokości 1.739.118,50 zł, odliczenia od dochodu: dochody przeznaczone na cele statutowe w kwocie 1.739.118,50 zł, podstawa opodatkowania 0 zł, należny podatek 0 zł. W zeznaniu o wysokości osiągniętego dochodu i poniesionej straty przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych CIT-8 za 2018 r. złożonym 31 marca 2019 r., Akademia wykazała: przychody w wysokości 5.367.427,27 zł, koszty w wysokości 2.724.603,15 zł, dochód w wysokości 2.642.824,12 zł, odliczenia od dochodu: dochody przeznaczone na cele statutowe w kwocie 2.642.824,12 zł, podstawa opodatkowania 0 zł, należny podatek 0 zł. Dochody za powyższe okresy wykazane w ostatecznych rozliczeniach zostały przez Akademię zadeklarowane w całości jako dochody wolne od podatku, przeznaczone na cele statutowe wymienione w art. 17 ust. 1 u.p.d.o.p. Z przekazanych przez Akademię przy piśmie z 3 lutego 2021 r. kserokopii zeznań podatkowych CIT-8 wraz z załącznikami CIT-8/O za lata 2016-2018, wynika, że dochód w latach 2016-2018 został do końca poszczególnych okresów sprawozdawczych w całości wykorzystany na te cele statutowe. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. przeprowadził kontrolę celno-skarbową w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2016, 2017 i 2018 na podstawie upoważnienia z 4 listopada 2020 r. Kontrola celno-skarbowa zakończyła się wynikiem kontroli z 28 lipca 2022 r., nr [...], w którym stwierdzono, że księgi rachunkowe Akademii (obecnie: [...] Akademia N. S.) nie były prowadzone na bieżąco, nie zostały zamknięte na koniec okresów sprawozdawczych, zasada ciągłości bilansowej nie została zachowana a sprawozdania finansowe za lata 2016 - 2018 nie zostały sporządzone. Wynik kontroli został doręczony skarżącej spółce 1 sierpnia 2022 r. Pomiędzy wartością przychodów i kosztów wykazaną w zeznaniach podatkowych Akademii CIT-8 za lata 2016-2018 a sumą przychodów i kosztów wynikających z zestawień obrotów i sald Akademii zgromadzonych w toku kontroli celno -skarbowej stwierdzono różnice. Na etapie kontroli celno-skarbowej Akademia nie złożyła wyczerpujących wyjaśnień w powyższym zakresie i nie przedłożyła na wezwanie organu dowodów dokumentujących zapisy księgowe, które doprowadziły do powstania wskazanych różnic. Ujawnione w toku czynności kontrolnych nieprawidłowości, m.in.: - brak udokumentowania zapisów księgowych, - wprowadzanie zapisów księgowych niezgodnych ze stanem faktycznym, - pomijanie w księgach rachunkowych zaistniałych zdarzeń gospodarczych, - wprowadzenie do ksiąg rachunkowych operacji, które w rzeczywistości nie miały miejsca, - niezachowanie zasady ciągłości bilansowej w przypadku wszystkich kont bilansowych, - usuwanie, bądź zmiana wprowadzonych zapisów księgowych bez stosownego udokumentowania, - brak polityki rachunkowości, - brak sprawozdań finansowych, wskazywały na nierzetelność i wadliwość ksiąg rachunkowych Akademii, w kontrolowanym okresie. Z ustaleń kontroli wynikało również, że obrót środkami pieniężnymi w Akademii, odbywał się poza ewidencją księgową. Zawarte w wyniku kontroli z 28 lipca 2022 r. ustalenia odnośnie sposobu udokumentowania i ewidencji w księgach rachunkowych Akademia środków pieniężnych zarówno w kasie, jak i na rachunkach bankowych Uczelni, wskazywały, że środki pieniężne w łącznej kwocie 5.110.927,48 zł, w okresie objętym kontrolą nie zostały wydatkowane na cele statutowe Uczelni. Stwierdzono bezpodstawne zastosowanie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych. Ponadto w wyniku kontroli stwierdzono, że część z puli środków pochodzących z dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego w wysokości 1.003.343,49 zł, którą w latach 2016-2018 dysponowała Akademia, została w kwocie 616.982,49 zł wykorzystana przez Akademię niezgodnie z przeznaczeniem dotacji. Przy czym środki z dotacji wykorzystane niezgodnie z przeznaczeniem i niezwrócone na rachunek bankowy dotacji do końca okresu objętego kontrolą wynosiły łącznie 462.073,54 zł. Spółka nie złożyła korekt deklaracji obejmujących ustalenia zawarte w wyniku kontroli z 28 lipca 2022 r. na podstawie art. 82 ust. 3 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2022 r. poz. 813 ze zm.; w skrócie: "u.k.a.s."). W związku z powyższym postanowieniem z 31 sierpnia 2022 r., nr [...] przekształcono kontrolę celno-skarbową w postępowanie podatkowe w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2016, 2017 i 2018. Na podstawie ustaleń kontroli organ podatkowy w protokole z 10 listopada 2022 r. (doręczonym stronie 16 listopada 2022 r.) dokonał badania ksiąg podatkowych na podstawie art. 193 § 6 o.p. i stwierdził, że księgi podatkowe Akademii za lata 2016, 2017 i 2018 były prowadzone nierzetelnie w całości i w sposób wadliwy, tym samym nie uznaje się ww. ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Dane wynikające z ksiąg nie pozwalają na prawidłowe określenie podstawy opodatkowania. Strona nie skorzystała z prawa wniesienia zastrzeżeń do protokołu oraz nie przedłożyła żadnych dowodów na tym etapie. Dopiero w piśmie z 24 stycznia 2023 r. skarżąca spółka przedłożyła szereg dowodów źródłowych oraz poinformowała o odtworzeniu ksiąg rachunkowych. Po analizie materiału dowodowego Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. decyzją z 15 maja 2024 r., nr [...] określił Akademię zobowiązania w podatku dochodowym o osób prawnych za 2016 r. w wysokości 147.738,00 zł, za 2017 r. w wysokości 293.330,00 zł i za 2018 r. w wysokości 357.040,00 zł. Organ, uwzględniając brzmienie art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm.; w skrócie: "o.p.") uznał, że uprawnienie organów podatkowych do orzekania w przedmiocie zobowiązań podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2016-2018, co do zasady, przedawniają się: za 2016 r. z dniem 31.12.2022 r., za 2017 r. z dniem 31.12.2023 r., za 2018 r. z dniem 31.12.2024 r. Jednak w przedmiotowej sprawie zobowiązania podatkowe za 2016 i 2017 r. nie uległy przedawnieniu w ww. terminach, z uwagi na wystąpienie wskazanej w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. przesłanki, która zawiesiła bieg terminów przedawnienia. Naczelnik 12 września 2022 r. wszczął dochodzenie w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 k.k.s., 61 § 1 k.k.s. w zw. z art. 6 § 2 k.k.s., 82 § 1 k.k.s. w zw. z art. 6 § 2 k.k.s. Naczelnik pismem z 19 września 2022 r. (doręczonym 26 września 2022 r.) zawiadomił Uczelnię, że bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych Akademii w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2016, 2017 i 2018 uległ zawieszeniu z uwagi na wszczęcie ww. dochodzenia. Postanowieniem Prokuratora Prokuratury Okręgowej w P. z 22 listopada 2022 r. postanowiono postępowanie przygotowawcze oznaczone sygn. [...] prowadzone przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe, połączyć do nadzorowanego przez 2 Wydział do Spraw Przestępczości Gospodarczej Prokuratury Okręgowej w P. śledztwa oznaczonego sygn. PO [...]. Z wyjaśnień udzielonych przez Prokuratora Prokuratury Okręgowej w P. (pismo z 18 marca 2024 r.) wynika, że 30 grudnia 2022 r. przedmiotowe śledztwo zostało zamknięte i skierowany został do Sądu Okręgowego w P. Wydział III Karny akt oskarżenia. Sprawa została zarejestrowana pod sygn. III K 593/22. Obecnie prowadzone jest przed Sądem postępowanie dowodowe. W ocenie Naczelnika, termin przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2016-2018 jest skutecznie zawieszony. Odnosząc się do meritum sprawy organ I instancji stwierdził, m.in. : a) wyprowadzanie środków pieniężnych z uczelni, b) braki w udokumentowaniu m.in.: - kosztów (zakupy, wynagrodzenia, delegacje, amortyzacja itd.) - przychodów, a w szczególności realizowanie obrotu gotówkowego z pominięciem ewidencji księgowej c) nierzetelność ksiąg rachunkowych spowodowaną m.in.: - brakiem udokumentowania zapisów księgowych - wprowadzaniem zapisów księgowych niezgodnych ze stanem faktycznym - nierejestrowaniem zaistniałych zdarzeń - wprowadzaniem operacji, które w rzeczywistości nie miały miejsca - usuwaniem, bądź zmianą wprowadzonych zapisów księgowych bez stosownego udokumentowania, itd. Na podstawie art. 23 § 2 pkt 2 o.p. organ dokonał oceny przedstawionych dowodów i uznał, że księgi uznane za nierzetelne uzupełnione przedłożonymi dowodami nie pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Analiza ta została przedstawiona szczegółowo w decyzji. W związku z powyższym podstawę opodatkowania organ określił w drodze oszacowania. W szczególności stwierdził, że w latach 2016-2018 obrót środkami pieniężnymi w Akademii odbywał się poza ewidencją księgową (wypłaty gotówkowe z rachunków bankowych uczelni oraz wpłaty i wypłaty gotówki z kasy uczelni, których to operacji jak i wykorzystania na funkcjonowanie lub realizację celów statutowych uczelni nie udokumentowano - łączna realna pula środków pieniężnych gotówkowych 3.923.750,06 zł). Ponadto, wobec nieudokumentowania lub zakwestionowania jako koszt wydatki na łączną kwotę 276.819,82 zł nie zostały uznane jako wydatkowane na cele statutowe Uczelni. Łączna wartość nieudokumentowanych i niewydatkowanych na cele statutowe środków pieniężnych ustalona przez organ wynosiła 4.200.569,88 zł. W konsekwencji Naczelnik stwierdził brak prawa do ulgi uregulowanej art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. w rozbiciu na poszczególne lata we wskazanych kwotach: 777.568,06 zł (2016 r.), 1.543.841,35 zł (2017 r.), 1.879.160,47 zł (2018 r.) - łącznie 4.200.569,88 zł. W związku z powyższym zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych zostały określone przez Naczelnika jako 19% podatek od kwoty: w 2016 r. - 777.568,00 zł, tj. w wysokości 147.738 zł, w 2017 r. -1.543.841,00 zł, tj. w wysokości 293.330 zł w 2018 r. -1.879.160,00 zł, tj. w wysokości 357.040 zł, łącznie 798.108,00 zł. Od tej decyzji Uczelnia złożyła odwołanie, zarzucając naruszenie: I. przepisów procesowych, tj.: 1) art. 59 § 1 pkt 9 o.p. w zw. z art. 70 § 1 o.p. poprzez ich niezastosowanie i wydanie decyzji, która wykreowała zaległość podatkową w podatku dochodowym od osób prawnych Akademii w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe wygasło wcześniej wskutek przedawnienia: - zobowiązanie podatkowe w CIT za 2016 r. wygasło z dniem 31 grudnia 2022 r., - zobowiązanie podatkowe w CIT za 2017 r. wygasło z dniem 31 grudnia 2023 r., a w konsekwencji niedopuszczalne było wydanie decyzji merytorycznej w odniesieniu do lat 2016 i 2017, a postępowanie podatkowe w tym zakresie powinno zostać umorzone z uwagi na jego bezprzedmiotowość, 2) art. 121 § 1 o.p. i wyrażonej w tym przepisie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz art. 123 o.p. i wyrażonej w tym przepisie zasady czynnego udziału stron w postępowaniu, poprzez: - uniemożliwienie podatnikowi uzupełnienia braków w dokumentacji, stwierdzonych przez organ i przyjęcie, że Akademii nie udokumentowała dokonanych księgowań, mimo że z wyjaśnień Akademii wynikało wprost, że całość księgowań została dokonana wyłącznie na podstawie dokumentów źródłowych i całość dokumentów źródłowych została przekazana Naczelnikowi, - pominięcie zgromadzonego materiału dowodowego w postaci plików [...] za lata 2016-2018, które mają być "obarczone błędem, który uniemożliwia ich odczyt w aplikacji [...] i wykorzystanie w przedmiotowej sprawie", podczas gdy profesjonalny podmiot księgowy przygotował pliki [...] według prawidłowej struktury obowiązującej w latach 2016-2018, a problem w odczycie plików widniejący po stronie Naczelnika (ze względu na wewnętrzne systemy dające możliwość odczytu plików według nowszej struktury) nie uprawnia go do twierdzeń, że pliki "nie nadają się do wykorzystania w sprawie", wobec niepodjęcia żadnych działań umożliwiających odczytanie prawidłowo przygotowanych plików, - przyjęcie, że brak dokonania korekt deklaracji VAT potwierdza tezę o nierzetelności ksiąg, mimo że Akademia nie miała możliwości złożenia korekty VAT za okresy przedawnione, co zaowocowało wadliwym stwierdzeniem, że księgi Akademii są nierzetelne, 3) art. 23 § 1 pkt 2 o.p. poprzez przyjęcie, że dane wynikające z ksiąg podatkowych nie pozwalają na określenie podstawy opodatkowania, podczas gdy podatnik przedstawił pełne księgi rachunkowe wraz z dokumentami źródłowymi, pozwalającymi na ustalenie podstawy opodatkowania, bez potrzeby jej szacowania, 4) art. 21 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2023 r. poz. 120 z późn. zm.; w skrócie: "u.o.r.") poprzez jego bezpodstawne zastosowanie i uznanie, że księgi rachunkowe Akademii "nie spełniają minimum wymogów formalnych dla dowodów księgowych", podczas gdy z techniki dokumentowania zapisów księgowych zaewidencjonowanych przez profesjonalne biuro księgowe przy pomocy profesjonalnego oprogramowania księgowego jasno wynika, że zastosowanie ma art. 21 ust. 1a pkt 2 u.o.r., zgodnie z którym można zaniechać zamieszczania na dowodzie księgowym dekretacji i podpisu osoby za dekretację odpowiedzialną, 5) art. 122 o.p., art. 187 § 1 o.p. oraz art. 191 o.p. polegające na niewyjaśnieniu stanu faktycznego sprawy w zakresie ustalenia, czy Akademia przeznaczyła i wydatkowała oraz w jakim okresie wydatkowała dochód na cele statutowe, II. Przepisów prawa materialnego, tj.: 1) art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. poprzez przyjęcie, że Akademia nie mogła skorzystać ze zwolnienia podmiotowego, albowiem w okresie objętym decyzją nie wydatkowała dochodu na cele statutowe, mimo że Naczelnik ustalił, że dochody te zostały przeznaczone na cele statutowe, 2) art. 106j ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2024 r. poz. 361; w skrócie: "u.p.t.u.") w zw. art. 70 § 1 o.p. poprzez nieuzasadnione zastosowanie przepisów ustawy o VAT w kontekście zarzutu braku skorygowania deklaracji VAT-7 za lata 2016-2018, w sytuacji, gdy podatnik nie miał prawnej i faktycznej możliwości korekty tych deklaracji, wobec czego twierdzenia, które doprowadziły Naczelnika do uznania, że księgi rachunkowe Akademii są nierzetelne, są chybione i sprzeczne z powszechnie obowiązującym prawem podatkowym. Spółka wniosła o: 1. uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i umorzenie postępowania, ewentualnie 2. uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i umorzenie postępowania w zakresie lat 2016 i 2017 oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Naczelnika. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z 17 września 2025 r., nr [...] uchylił w całości decyzję organu I instancji i określił podatnikowi zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za okres: - od 01.01.2016 r. do 31.12.2016 r. w wysokości 116.261,00 zł, - od 01.01.2017 r. do 31.12.2017 r. w wysokości 245.560,00 zł, - od 01.01.2018 r. do 31.12.2018 r. w wysokości 285.903,00 zł. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w uzasadnieniu w pierwszej kolejności odniósł się do kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego, podzielając stanowisko organu I instancji, że z uwagi na wszczęcie postępowania karno-skarbowego, które wiąże się z przedmiotem postępowania podatkowego, nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia. Organ opisał na stronie 21 i 22 decyzji zakres wszczętego dochodzenia. Nadto wskazał, że do Sądu Okręgowego w P. został wniesiony akt oskarżenia przeciwko T. G.. Zdaniem organu odwoławczego nie ma podstaw do uznania, że instrumentalnie wykorzystano przepis art. 70 § 6 pkt 1 o.p. poprzez wszczęcie postępowania karnego skarbowego wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Organ II instancji wskazał, że prawidłowo zastosowano indywidualną metodę szacowania, polegającą na ustaleniu realnych środków pieniężnych którymi dysponowała Uczelnia, niewydatkowanych na cele statutowe, powiększonych o wydatki nie stanowiące kosztów. Przyjęta przez organ metoda szacowania pozwoliła na określenie podstawy opodatkowania w wysokości najbardziej zbliżonej do rzeczywistej podstawy opodatkowania. Przy braku możliwości ustalenia wielkości poszczególnych elementów wpływających na wielkość podstawy opodatkowania (przychody, koszty) oraz ustalenia wielkości dochodu zwolnionego z opodatkowania, opodatkowaniu podległy jedynie faktycznie posiadane i wydatkowane, ale nie na cele statutowe, środki pieniężne. Przyjęta metoda pozwoliła na ustalenie faktycznie posiadanych i w badanym okresie wydatkowanych środków, lecz nie na cele statutowe. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że organ I instancji w sposób prawidłowy oszacował wielkość dochodu za lata 2016-2018 uzyskanego przez Akademię, podlegającego opodatkowaniu. Fakt oszacowania na podstawie metody opartej na ustaleniu realnej puli gotówkowych środków pieniężnych, niewydatkowanych na cele statutowe, którymi dysponowała Uczelnia w latach 2016-2018, bez znaczenia dla ustalenia podstawy opodatkowania czyni, w żaden sposób niepotwierdzone, przedłożone w toku postępowania zestawienie zaległości studentów za lata 2016-2018 na łączną kwotę przekraczającą 1.300.000,00 zł. Skoro szacowanie podstaw opodatkowania oparte było na rzeczywiście uzyskanych w formie gotówkowej środkach pieniężnych, to zaległości studentów (niewpłacone faktycznie środki gotówkowe) nie wchodziły w podstawę opodatkowania. W konsekwencji zaległości studentów nie zostały uznane za dochody podlegające opodatkowaniu, wskutek czego nie zostały uwzględnione w dochodach niewydatkowanych na cele statutowe. Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , chybiony jest wywód zawarty w piśmie Uczelni z 12 maja 2025 r., jakoby określając podstawy opodatkowania, organ oparł się na zapisach ksiąg, które sam uznał za wadliwe (nierzetelne), tj. nie stanowiące dowodu. Wbrew powyższemu twierdzeniu, organ, ustalając podstawę opodatkowania, nie oparł się zapisach ksiąg, albowiem księgi te nie zawierały zapisów dotyczących wpływów gotówkowych z tytułu czesnego czy środków gotówkowych pobranych z banków. Ustalenia te zostały oparte na podstawie dokumentów źródłowych zabezpieczonych przez Prokuraturę. Organ odwoławczy w decyzji szczegółowo odniósł się do dowodów przedłożonych w tym postępowaniu. Organ odwoławczy przeanalizował otrzymane przez Uczelnię dotacje MEN. Wskazał, że dotacje ministerialne na zadania związane z bezzwrotną pomocą materialną dla studentów stanowiły oddzielną pulę środków podlegającą odrębnemu rozliczeniu polegającemu na zwrocie do budżetu wykorzystanych niezgodnie z przeznaczeniem przyznanych dotacji. Organ stwierdził, że przedłożone dowody KW pozostają bez znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy, bowiem fakt sfinansowania stypendiów z dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego oznacza, że nie zostały one pokryte środkami pochodzącymi z dochodów Akademii, a w konsekwencji nie mogą zostać uznane za środki wydatkowane z dochodów Akademii na cele statutowe. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że wszystkie przedstawione przez Uczelnię dowody wymienione w tabeli 206 zostały ocenione pod kątem ich wpływu na podstawę opodatkowania i spośród przedłożonych dowodów nie zostały uwzględnione jedynie te, za które płatność została dokonana w formie elektronicznej, obciążając rachunki bankowe Uczelni. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej za nietrafne uznał zawarte w piśmie z 12 maja 2025 r. wywody, jakoby organ I instancji niewystarczająco uzasadnił, które dowody uznał za wiarygodnie udokumentowane wydatki poniesione na cele statutowe, a którym odmówił tej wiarygodności. Zdaniem organu II instancji, obszerne uzasadnienie decyzji pierwszoinstancyjnej ([...] stron) oraz kilkadziesiąt załączników do decyzji, w których zawarto kompleksową analizę zgromadzonego w toku postępowania materiału w kontekście możliwości określenia podstaw opodatkowania na jego podstawie, przeczy powyższemu zarzutowi. W przedmiocie pozostałych a niekwestionowanych przez Uczelnię ustaleń organ odwoławczy potwierdził prawidłowość podjętych rozstrzygnięć. W toku postępowania odwoławczego uznano za koszt uzyskania przychodów: - 2016 r.: 1) wynagrodzenia wypłacone gotówkowo - 163.094,65 zł, 2) fakturę numer [...] ([...]) na kwotę 27,72 zł, 3) dowód KW z 03.12.2016 r. - 122,41 zł (łącznie 163.244,78 zł) - 2017 r.: 1) wynagrodzenia wypłacone gotówkowo - 240.581,96 zł, 2) wydatki opłacone gotówkowo w łącznej wysokości - 9.176,03 zł (łącznie 249.757,99 zł) - 2018 r.: 1) wynagrodzenia wypłacone gotówkowo - 358.681,55 zł, 2) wydatki opłacone gotówkowo w łącznej wysokości 15.724,05 zł (łącznie 374.405,60 zł). Organ odwoławczy określił podstawę opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych: 1) 2016 r. - 777.568,06 zł -163.244,78 zł - 2.423,63 zł = 611.899,65 po zaokrągleniu 611.900,00 zł, 2) 2017 r. - 1.543.841,35 zł - 249.757,99 zł - 1.660,44 zł = 1.292.422,92 po zaokrągleniu 1.292.423,00 zł, 3) 2018 r. - 1.879.160,47 zł - 374.405,60 zł = 1.504.754,87 zł po zaokrągleniu 1.504.755,00 zł. określając należny podatek dochodowy za: 1) 2016 r. w kwocie 116.261,00 zł (611.900,00 zł x 19% = 116.261,00 zł), 2) 2017 r. w kwocie 245.560,00 zł (1.292.423,00 zł x 19% = 245.560,37 zł), 3) 2018 r. w kwocie 285.903,00 zł (1.504.755,00 zł x 19% = 285.903,45 zł). W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu na opisaną decyzję zarzucono naruszenie: 1) art. 59 § 1 pkt 9 o.p. w zw. z ar. 70 § 1 o.p. poprzez ich niezastosowanie i wydanie decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , która wykreowała zaległość podatkową w podatku dochodowym od osób prawnych Akademii, w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe za lata 2016-2018 wygasło wcześniej wskutek przedawnienia, 2) art. 121 § 1 o.p. i wyrażonej w tym przepisie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz art. 123 o.p. i wyrażonej w tym przepisie zasady czynnego udziału stron w postępowaniu, poprzez: a) zaniechanie umożliwienia Akademii uzupełnienia braków w dokumentacji, stwierdzonych przez organ i przyjęcie, że Akademia nie udokumentowała dokonanych księgowań, mimo że z wyjaśnień Akademii wynikało wprost, że całość księgowań została dokonana wyłącznie na podstawie dokumentów źródłowych i całość dokumentów źródłowych została przekazana organom kontrolującym, b) pominięcie zgromadzonego materiału dowodowego w postaci plików [...] za lata 2016-2018, które mają być "obarczone błędem, który uniemożliwia ich odczyt w aplikacji [...] i wykorzystanie w przedmiotowej sprawie", podczas gdy profesjonalny podmiot księgowy przygotował pliki [...] według prawidłowej struktury obowiązującej w latach 2016-2018, a problem w odczycie plików widniejący po stronie Naczelnika Urzędu Celno Skarbowego (ze względu na wewnętrzne systemy dające możliwość odczytu plików według nowszej struktury), który to problem został "niezauważony" i ponowiony w decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , nie uprawnia go do twierdzeń, że pliki "nie nadają się do wykorzystania w sprawie, wobec niepodjęcia żadnych działań umożliwiających odczytanie prawidłowo przygotowanych plików, c) przyjęcie, że brak dokonania korekt deklaracji VAT potwierdza tezę o nierzetelności ksiąg, mimo iż Akademia nie miała możliwości złożenia korekty VAT za okresy przedawnione, - co zaowocowało wadliwym stwierdzeniem, że księgi skarżącej są nierzetelne, 3) art. 23 § 1 pkt 2 o.p. poprzez przyjęcie, że dane wynikające z ksiąg podatkowych nie pozwalają na określenie podstawy opodatkowania, podczas gdy Akademia przedstawiła pełne księgi rachunkowe wraz z dokumentami źródłowymi, pozwalającymi na ustalenie podstawy opodatkowania, bez potrzeby jej szacowania, 4) art. 21 ust. 1 pkt 6 u.o.r. poprzez jego bezpodstawne zastosowanie i uznanie, że księgi rachunkowe Akademii "nie spełniają minimum wymogów formalnych dla dowodów księgowych, podczas gdy z techniki dokumentowania zapisów księgowych zaewidencjonowanych przez profesjonalne biuro księgowe przy pomocy profesjonalnego oprogramowania księgowego jasno wynika, że zastosowanie ma art. 21 ust. 1a pkt 2 u.o.r., zgodnie z którym można zaniechać zamieszczania na dowodzie księgowym dekretacji i podpisu osoby za dekretację odpowiedzialną, 5) art. 122 o.p., art. 187 § 1 o.p. oraz art. 191 o.p. polegające na niewyjaśnieniu stanu faktycznego sprawy w zakresie ustalenia, czy Akademia przeznaczyła i wydatkowała oraz w jakim okresie wydatkowała dochód na cele statutowe, 6) art. 193 § 4 o.p. poprzez przyjęcie za dowód będący podstawą określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, ksiąg uznanych za nierzetelne, podczas gdy skarżąca przedstawiła odtworzone księgi rachunkowe wraz z dokumentami źródłowymi, 7) art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. poprzez przyjęcie, że Akademia nie mogła skorzystać ze zwolnienia podmiotowego, mimo iż Naczelnik Urzędu Celno Skarbowego oraz Dyrektor Izby Administracji Skarbowej ustalił, że dochody te zostały w całości przeznaczone na cele statutowe, a Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nie wykazał, żeby dochody te zostały wydatkowane w inny sposób, 8) art. 106j ust. 1 u.p.t.u. w zw. art. 70 § 1 o.p. poprzez nieuzasadnione zastosowanie przepisów u.p.t.u. w kontekście zarzutu braku skorygowania deklaracji VAT-7 za lata 2016-2018, w sytuacji, gdy Akademia nie miała prawnej i faktycznej możliwości korekty tych deklaracji, wobec czego twierdzenia, które prowadziły Naczelnik Urzędu Celno Skarbowego do uznania, że księgi rachunkowe Akademii są nierzetelne, a które to twierdzenia zostały potwierdzone przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , są chybione i sprzeczne z powszechnie obowiązującym prawem podatkowym.= Uczelnia wniosła o: 1. uchylenie zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej i poprzedzającej jej decyzji Naczelnika Urzędu Celno Skarbowego oraz umorzenie postępowania w sprawie jako bezprzedmiotowego, ewentualnie 2. uchylenie zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej i poprzedzającej jej decyzji Naczelnika Urzędu Celno Skarbowego oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji. 3. zasądzenie od drugiej strony kosztów postępowania w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. W uzasadnieniu skargi jej autor rozwinął i umotywował podniesione w niej zarzuty. W odpowiedzi na skargę organ II instancji wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe argumenty. Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje: Przystępując do rozpoznania sprawy, Sąd miał na uwadze, że zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Sądy administracyjne, kierując się wspomnianym kryterium legalności, dokonują oceny zgodności treści zaskarżonego aktu oraz procesu jego wydania z normami prawnymi – ustrojowymi, proceduralnymi i materialnymi – przy czym ocena ta jest dokonywana według stanu prawnego i zasadniczo na podstawie akt sprawy istniejących w dniu wydania zaskarżonego aktu. W świetle art. 3 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 z późn. zm.; w skrócie: "p.p.s.a.") kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje m.in. orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (pkt 1). Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną w niej podstawą prawną. Oznacza to, że bierze pod uwagę wszelkie naruszenia prawa, a także wszystkie przepisy, które powinny znaleźć zastosowanie w rozpoznawanej sprawie, niezależnie od żądań i wniosków podniesionych w skardze – w granicach sprawy, wyznaczonych przede wszystkim rodzajem i treścią zaskarżonego aktu Dokonując tak rozumianej kontroli zaskarżonej decyzji, Sąd nie dopatrzył się przy jej wydaniu naruszeń prawa, które w świetle art. 145 § 1 p.p.s.a. skutkowałyby koniecznością uchylenia albo stwierdzenia nieważności tego aktu, względnie stwierdzenia jego wydania z naruszeniem prawa. W pierwszej kolejności Sąd zbadał, czy zgodnie z prawem organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji uznał, że nie nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2016 - 2018 r. Zgodnie z art. 70 § 1 o.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Nie ulega wątpliwości, że zaskarżona decyzja została wydana po terminie przewidzianym w powołanym przepisie. Jednakże organ w zaskarżonej decyzji powołuje się na zawieszenia biegu terminu przedawnienia, z uwagi na wszczęcie postępowania karno skarbowego. Zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 o.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania; Stosownie do postanowień art. 70c o.p., organ podatkowy właściwy w sprawie zobowiązania podatkowego, z którego niewykonaniem wiąże się podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, zawiadamia podatnika o nierozpoczęciu lub zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1, najpóźniej z upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 1, oraz o rozpoczęciu lub dalszym biegu terminu przedawnienia po upływie okresu zawieszenia. W ocenie Sądu nie doszło do przedawnienia zobowiązań podatkowych podatku dochodowego od osób prawnych za wskazane lata, ponieważ doszło z mocy prawa do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Wszystkie przesłanki zostały spełnione. Jak wynika z akt sprawy oraz z zaskarżonej decyzji niezwłocznie po wydaniu wyniku kontroli, do wydziału Dochodzeniowo-Śledczego zostały przekazane materiały zebrane w toku kontroli u skarżącej. Naczelnik Urzędu Celno – Skarbowego 12 września 2022 r. wszczął dochodzenie w sprawie o przestępstwa skarbowe polegające na podaniu nieprawdy w korekcie zeznania CIT-8 za 2016 r., za 2017 i 2018 r. poprzez ujęcie dochodów niewydatkowanych na cele statutowe Akademii niepodlegających zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p., przez co narażono na uszczuplenie podatku dochodowego od osób prawnych za 2016, 2017 i 2018 r., tj. o przestępstwo z art. 56 § 1 k.k.s., nadto polegające na nierzetelnym prowadzeniu ksiąg rachunkowych, tj. o przestępstwo z art. 61 § 1, w związku z art. 6 § 2 k.k.s. oraz polegające na wykorzystaniu w latach 2016 – 2018 niezgodnie z przeznaczeniem przyznanych Akademii dotacji, tj. o przestępstwo z art. 82 § 1 k.k.s. w zw. z art. 6 § 2 k.k.s. Pismem z 19 września 2022 r. (doręczonym 23 września 2022 r.) organ podatkowy zgodnie z art. 70c o.p. poinformował stronę, że bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych Akademii w podatku dochodowym od osób prawnych za wskazane lata uległ zawieszeniu z dniem 12 września 2022 r. Zatem przed upływem terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych wszczęto postępowanie karnoskarbowe, w związku z podejrzeniem popełnienia przestępstwa, które związane było z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie, o czym podatnik został powiadomiony. Od 22 listopada 2022 r. postępowanie było prowadzone przez Prokuratora Prokuratury Okręgowej w P.. Został wniesiony akt oskarżenia wobec kanclerza uczelni. Zatem wszystkie przesłanki wystąpiły do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Nie ma też żadnych racjonalnych przesłanek do uznania, że wszczęcie tego postępowania miało na celu wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia, jak wskazano, postępowanie zostało przejęte przez Prokuratora, który zakończył postępowanie przygotowawcze i wniósł akt oskarżenia wobec kanclerza Uczelni. Nie została w ocenie Sądu naruszona zasada zaufania do organu wyrażona w art. 121 o.p. ani też zasada czynnego udziału strony w postępowaniu. Strona brała czynny udział w każdym stadium postępowania, co wynika z akt sprawy oraz treści decyzji I i II instancji, a organ analizował wszystkie dowody przedłożone w toku całego postępowania. Naczelną zasadą postępowania podatkowego jest zapisana w art. 122 o.p. zasada prawdy obiektywnej. Została ona skonkretyzowana w art. 187 § 1 o.p., który nakłada na organ podatkowy obowiązek zebrania i w sposób wyczerpujący rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Wprowadzona w art. 122 o.p. zasada prawdy obiektywnej polega na tym, że organ podatkowy ma obowiązek podjęcia z urzędu wszelkich działań, które doprowadzą do dokładnego wyjaśnienia okoliczności faktycznych rozpoznawanej sprawy podatkowej, aby w ten sposób odtworzyć jej rzeczywisty obraz i uzyskać podstawę do trafnego zastosowania przepisów prawa materialnego. Organ prowadzący postępowanie jest zatem obowiązany zebrać materiał dowodowy dotyczący wszystkich okoliczności istotnych na podstawie mających w sprawie zastosowanie przepisów, z punktu widzenia konsekwencji podatkowoprawnych dla strony postępowania. W ocenie Sądu organ przeprowadził postępowanie zgodnie z dyspozycją powołanych przepisów. Wbrew zarzutom skargi uwzględnił wszystkie dowody przedłożone w toku postępowania i dokonał ich oceny, co znalazło odzwierciedlenie w decyzjach I i II instancji. W toku kontroli celno-skarbowej strona nie przedłożyła dokumentów źródłowych oraz dokumentacji podatkowej. Dowody zebrane w toku kontroli zostały pozyskane w przeważającej części z Prokuratury Okręgowej w P. i włączone do akt. Organ stwierdził, że istnieją dwie wersje ksiąg rachunkowych, pozyskana z Prokuratury wg zestawień na 6 listopada 2018 r. i przekazana przez Akademię 14 września 2021 r. oraz P. K. prowadzącego Biura Rachunkowe [...] 18 października 2021 r., które nie odpowiadały danym zadeklarowanym w zeznaniach za wskazane lata. Organ w tabelach na str. [...] i [...] zaskarżonej decyzji wskazał różnice. Zgodnie z art. 193 § 1, § 2 i § 4 o.p. księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów, przy czym księgi uważa się za rzetelne, jeśli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. Rzetelne księgi podatkowe powinny zatem zawierać obraz wszystkich zdarzeń gospodarczych mogących mieć wpływ na wysokość podatku, a decydujące znaczenie dla oceny rzetelności ksiąg ma to, czy zapisy w niej dokonane odzwierciedlają stan faktyczny, czy w oparciu o dokonane zapisy można ustalić prawidłowo podstawę opodatkowania. W zakresie rzetelności ksiąg podatkowych w orzecznictwie utrwalony jest pogląd, że dla oceny, czy księga podatkowa jest rzetelna, decydujące znaczenie ma to, czy w oparciu o zapisy w niej dokonane można ustalić prawidłową podstawę opodatkowania, a więc czy zawiera zapisy dotyczące wszystkich zdarzeń podatkowych mających wpływ na ustalenie tej podstawy. Jak wynika z ustawy o rachunkowości, aby można było uznać księgi rachunkowe za rzetelne powinny być prowadzone rzetelnie, bezbłędnie, sprawdzalnie, na bieżąco prowadzone (art. 24 ustawy o rachunkowości). Rzetelnie to znaczy, że muszą odzwierciedlać wszystkie transakcje, zdarzenia i operacje gospodarcze na podstawie dowodów księgowych, które muszą być rzetelne i kompletne. Zatem wszystkie zapisy w księgach muszą być dokonywane na podstawie poprawnych materialnie i formalnie dowodów źródłowych. Księgę uważa się za sprawdzalną, jeżeli umożliwiają stwierdzenie poprawności dokonanych w niej zapisów, stanu sald oraz działania stosowanych procedur obliczeniowych. Muszą być prowadzone w sposób uporządkowany, usystematyzowany, chronologiczny. Księgi winny odwoływać się do dowodów księgowych, które powinny być w odpowiedni sposób oznaczone, tak aby zapisy można było skonfrontować z dowodami źródłowymi. Księgi uważa się za prowadzone na bieżąco, jeżeli na ich podstawie możliwe jest sporządzenie w terminie obowiązujących jednostkę sprawozdań finansowych i innych, w tym deklaracji podatkowych, zestawienia obrotów i sald kont księgi głównej są sporządzane przynajmniej za poszczególne okresy sprawozdawcze, nie rzadziej niż na koniec miesiąca, w terminie, o którym mowa w pkt 1, a za rok obrotowy – nie później niż do 85 dnia po dniu bilansowym, ujęcie wpłat i wypłat gotówką, czekami i wekslami obcymi (...) następuje w tym samym dniu, w którym zostały dokonane. W związku z powyższym księgi rachunkowe muszą umożliwić ustalenia przychodów, kosztów i dochodów wolnych od opodatkowania. Przepis art. 193 § 5 o.p. pozwala na uwzględnienie w postępowaniu ksiąg wadliwych, jeżeli wadliwość ta nie ma istotnego znaczenia dla sprawy. Natomiast przepis art. 193 § 6 o.p. wprowadza wymóg sporządzenia i doręczenia podatnikowi protokołu stwierdzającego w sposób szczegółowy nieprawidłowości w prowadzeniu ksiąg oraz wskazującego, za jaki okres księgi nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym. Z powołanych przepisów art. 193 o.p. wynika domniemanie, zgodnie z którym księgi podatkowe stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Dopóki organ nie stwierdzi nierzetelności ksiąg i nie obali domniemania zgodności księgi z prawdą, nie ma prawa określić zobowiązania podatkowego z pominięciem ksiąg. Podsumowując zasadą jest, że podstawę opodatkowania ustala się na podstawie dokumentacji prowadzonej przez podatnika oraz w oparciu o inne dokumenty, które zawierają dane niezbędne do jej ustalenia. W sytuacji, gdy księgi nie odzwierciedlają rzetelnie zdarzeń gospodarczych mających wpływ na określenie podstawy opodatkowania oraz brakuje dokumentacji bądź jest ona niekompletna, co czyni ustalenie tejże podstawy niemożliwym, znajduje zastosowanie instytucja oszacowania podstawy opodatkowania. Oszacowanie można zastosować dopiero wtedy, gdy nastąpi uprzednie stwierdzenie nierzetelności ksiąg podatkowych. Jednakże zgodnie z art. 23 § 2 o.p. organ podatkowy odstąpi od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania pozwalają na określenie podstawy opodatkowania. Jak wynika z akt sprawy, organ w toku postępowania podatkowego przeprowadził badanie ksiąg podatkowych za kontrolowane lata podatkowe i w protokole z badania ksiąg z 10 listopada 2022 r. uznał, że księgi prowadzone były w sposób nierzetelny i wadliwy. Dowody, na podstawie których uznano księgi na za nierzetelne zostały wymienione na str. 15-18 protokołu badania ksiąg. Strona nie złożyła zastrzeżeń do protokołu badania ksiąg. Dokumentacja zabezpieczona w toku przeszukania siedziby Akademii 13.12. 2019 r. w prowadzonym postępowaniu przez Prokuraturę Okręgową w P. pod sygnaturą PO [...] została udostępniona w toku kontroli i ich analiza wykazała braki w dokumentacji, w tym dokumentacji obrotu gotówkowego. Zebrany materiał dowodowy wskazuje, że księgi rachunkowe nie były prowadzone na bieżąco, nie zostały zamknięte na koniec okresów sprawozdawczych, a sprawozdania finansowe za lata 2016-2018 nie zostały sporządzone. Organ wskazuje na nieprawidłowości: brak polityki rachunkowości, opisywane w księgach zdarzenia nie posiadają dowodu potwierdzającego ich zaistnienie, pomijano zaistniałe zdarzenia gospodarcze, ujmowano operacje gospodarczych, które nie miały miejsca, nie zachowywano ciągłości bilansowej w przypadku wszystkich kont bilansowych, usuwano lub zmieniano zapisy księgowe bez stosownego udokumentowania. Wszystkie zarzuty co do prowadzenia ksiąg rachunkowych zostały szczegółowo opisane w protokole kontroli oraz wyniku kontroli. Wszystkie nieprawidłowości zostały również wskazane w protokole badania ksiąg podatkowych, kiedy księgi zostały odrzucone jako nierzetelne (k. [...] t[...]). Podkreślić należy, że 10 listopada 2022 r. organ dokonał badania ksiąg rachunkowych i uznał księgi za nierzetelne. Strona w pismach w toku postępowania potwierdziła, że badane przez organ księgi były nierzetelne. W piśmie z 24 stycznia 2023 r. strona kwestionuje ustalenia zawarte w protokole kontroli oraz wyniku kontroli, informując organ o "odtworzeniu" przez profesjonalny podmiot w oparciu o dokumenty źródłowe całości ksiąg rachunkowych za lata 2016-2018. Akademia oświadczyła, że dysponuje wszystkimi dokumentami źródłowymi ujętymi w ewidencjach i przekaże je na wezwanie organu. Strona wykazała w nowej kalkulacji CIT za 2016 przychód w kwocie 1.963.134,90 zł, koszty w wysokości 1.673.917,99 zł, dochód w kwocie 289.216,91 zł, dochód zwolniony 191.198, 71 zł, dochód do opodatkowania – 98.018,20 zł; za 2017 r. przychód w wysokości 3.858.162,40 zł, koszty w wysokości 2.175.333,81 zł, dochód w kwocie 1.682.828,59 zł, dochód zwolniony w wysokości 1.676.017,83, dochód do opodatkowania w kwocie 6.810,76 zł; za 2018 – przychód w wysokości 5.369.575,55, koszty w wysokości 3.025.815,90 zł , dochód w kwocie 2.343.759,65 zł, dochód zwolniony w kwocie 2.336.464,80 zł, dochód do opodatkowania w kwocie 7.294,85 zł. Organy dowody przedłożone po dokonaniu badania ksiąg zbadały pod kątem możliwości ustalenia na ich podstawie podstawy opodatkowania. Sąd podziela stanowisko organu, że nierzetelne księgi podatkowe prowadzone za lata 2016-2018 uzupełnione dowodami zebranymi w toku postępowania, przede wszystkim plikami wygenerowanymi z "odtworzonych ksiąg rachunkowych" nie pozwalały na określenie podstawy opodatkowania w rzeczywistej wysokości. Nie można przyjąć argumentacji strony, że organ błędnie analizuje i stwierdza nierzetelność ksiąg prowadzonych "na bieżąco" jako nierzetelne, które strona również uznaje za nierzetelne, a nie dokonuje oceny rzetelności ksiąg odtworzonych. Należy wskazać, że księgi zostały odtworzone po sporządzeniu protokołu badania ksiąg. Zatem księgi odtworzone wraz z dokumentami źródłowymi stanowiły dowody uzupełniające, które zostały poddane ocenie w celu stwierdzenia, czy księgi podatkowe za badane lata, których nierzetelność i wadliwość została stwierdzona w protokole badania ksiąg, uzupełnione przedstawionymi dowodami pozwolą na określenie podstawy opodatkowania w prawidłowej wysokości. Organ stwierdził, że na podstawie zebranego materiału dowodowego nie można w prawidłowej wysokości określić podstawy opodatkowania. Organ wskazuje, że wydruki wygenerowane z "odtworzonych" ksiąg rachunkowych nie są zgodne z plikami [...] wygenerowanymi z "odtworzonych" ksiąg przekazanymi przy pismach z 7 lutego 2023 r. i 10 marca 2023 r., co w ocenie organu deprecjonuje ich wartość dowodową. Organ I instancji od 26 strony decyzji szczegółowo analizuje przedłożone dowody. Przedłożone przez stronę w 2023 r. dane pobrane z plików [...] za lata 2016-2018 diametralnie różniły się od plików [...] z 6 listopada 2018 r. (dane pozyskane z Prokuratury) oraz z 7 października 2021 r. – przekazane przez biuro rachunkowe. Załączone do pisma z 24 stycznia 2023 r. wydruki obrotów i sald kont syntetycznych i analitycznych różniły się z kolei od zawartych w plikach [...] przekazanych przez stronę przy pismach z 7 lutego 2023 r. i 10 marca 2023 r. Strona w 2023 r. przedłożyła zupełnie nową wersję ksiąg rachunkowych oraz przedstawiła szereg dowodów źródłowych, ewidencji wraz z wyjaśnieniami. W ocenie Sądu organy wykazały, że księgi rachunkowe odtworzone wraz z przedłożonymi dowodami źródłowymi nie pozwoliły na ustalenie podstawy opodatkowania za badane lata podatkowe. W wyniku weryfikacji zapisów w dzienniku "Zakup" w "odtworzonych" księgach rachunkowych stwierdzono zapisy w kwocie 111. 770,06 zł, które na wezwanie organu nie zostały udokumentowane dokumentami źródłowymi. (tabela [...], k. [...] decyzji I instancji), nadto pod datą 31 grudnia 2016 r. wprowadzone zostały zapisy na łączną kwotę 12.855,56 zł, które nie dotyczą analizowanego okresu sprawozdawczego. W 2017 r. zapisy w łącznej kwocie 33.528,73 zł nie zostały udokumentowane dowodami źródłowymi (tabela nr [...] zawarta na stronie 124 decyzji organu I instancji). W 2018 r. zapisy w łącznej kwocie 62.029 zł nie zostały udokumentowane dowodami źródłowymi ( tabela nr [...] zawarta na stronie 199-201 decyzji I instancji). W zakresie zapisów dziennika "Faktury sprzedaży" w "odtworzonych" księgach rachunkowych, suma wszystkich zapisów uległa zmianie (str. 36 zaskarżonej decyzji). Wprowadzono nowe zapisy z data wsteczną, które zmieniły wielkość uzyskanych przychodów. Za lata 2016, 2017 wszystkie wprowadzone zapisy zostały usunięte po 12 grudnia 2018 r. i zastąpione nowymi zapisami. W przypadku roku 2016 wprowadzone zapisy nie miały wpływu na zamianę ilości i sum kontrolnych, natomiast w 2017 r. w wyniku zmian suma zapisów uległa zwiększeniu o 1.992.937,19 zł. Strona w toku postępowania nie przedłożyła żadnych dowodów sprzedaży ani ich korekt, które były podstawą zapisów w dzienniku "Faktury sprzedaży", co uniemożliwia ich weryfikację. Należy zgodzić się z organem, że nieprzedłożenie dowodów źródłowych uniemożliwia ich weryfikację, co podważa wiarygodność zapisów ksiąg oraz uniemożliwia ustalenie przychodów w prawidłowej wysokości. Organ stwierdził również nieprawidłowości przy zapisach w dzienniku "płace" w odtworzonych księgach, zapisy są niezgodne z dokumentami źródłowymi – listami płac z wydruku 2016 r. oraz przekazanymi przez pełnomocnika przy piśmie z 7 lutego 2023 r. Nadto brak dowodów wypłat wynagrodzeń w formie gotówkowej. Z. P. K. i T. Z. nie figurują na listach płac oraz informacjach [...], byli zatem wynagradzany z pominięciem ewidencji księgowej. Stan rozrachunków z innymi pracowniami (N. O., I. M., R. M., A. W.-W., W. S.) nie oddaje faktycznego obrazu rozliczeń uczelni z tymi osobami. W związku z powyższym prawidłowo organ przyjął jako podstawę ustalenia wielkości dokonanych wypłat wynagrodzeń dane wynikające z PIT-11, które obejmowały wypłaty za pośrednictwem rachunków bankowych jak i wypłaty gotówkowe. Organ stwierdza błędne rozliczenie delegacji, wskazano, że delegacje nie zostały rzetelnie udokumentowane w "odtworzonych" księgach. Brak dowodów źródłowych wskazujących na przebieg i rozliczenie delegacji uniemożliwiło ustalenie kosztów delegacji i rozliczeń z pracownikami z tytułu wyjazdów służbowych. Nie przedłożono również dokumentacji źródłowej stanowiących podstawę zapisów w dzienniku "inne" oraz " Polecenia księgowania". Organ stwierdza, że obrót gotówkowy w Akademii był realizowany z pominięciem ewidencji księgowej. Brak znacznej części dowodów kasowych stanowiących podstawę sporządzenia raportów kasowych wprowadzonych do "odtworzonych" ksiąg, brak dokumentowania zapisów na koncie [...] w odtworzonych księgach dowodzi, że "odtworzone" księgi nie mogą być podstawą określenia podstawy opodatkowania. Analiza rachunków bankowych Akademii wykazała cykliczne wypłaty środków pieniężnych, które nie były ujęte w księgach rachunkowych, bez wskazania ich przeznaczenia. Strona nie przedłożyła dowodów źródłowych, dlatego nie było podstaw, aby zapisy w odtworzonych księgach uznać za rzetelne. Należy stwierdzić, że organ I instancji w sposób niezwykle precyzyjny na około [...] stronach przedstawił nieprawidłowości w dokumentacji księgowej, zarówno prowadzonej w poszczególnych latach podatkowych i korygowanych w 2021 r. i w 2023 r. W decyzji organu II instancji również podważono wiarygodność ksiąg oraz precyzyjnie wskazano na braki dowodów źródłowych. Organ odwoławczy w sposób logiczny uzasadnił, z jakiej przyczyny uznał za niewiarygodny wykazany stan środków pieniężnych na koniec poszczególnych lat podatkowych w odtworzonych księgach rachunkowych (str. [...] II instancji). Sąd nie ma wątpliwości, że wykazane nieprawidłowości nie pozwalają na określenie podstawy opodatkowania podatku dochodowego od osób prawnych w poszczególnych latach podatkowych w rzeczywistej wysokości na podstawie ksiąg uzupełnionych dowodami przedłożonymi w toku postępowania. W związku z tym zgodnie z obowiązującym prawem organy uznały, że podstawę opodatkowania należy ustalić w drodze oszacowania. Organy zgodnie z przepisami uzasadniły, dlaczego nie skorzystały z metody szacowania przewidzianej w o.p. i objaśniły metodę zastosowanego szacowania. Skarżąca w złożonych zeznaniach zadeklarowała, że dochody za lata 2016-2018 są wolne od podatku dochodowego. Skarżąca zadeklarowała, że w tych latach nie wydatkowała dochodów na inne cele niż statutowe, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p. Ustawodawca powiązał prawo do zwolnienia podatkowego określone w powołanych wyżej przepisem z rzeczywistym wydatkowaniem dochodu na cele statutowe, umożliwiając korzystanie ze zwolnienia podatkowego w czasie, do momentu wydatkowania dochodu na inne cele niż statutowe. W przypadku braku rzetelnego udokumentowania wydatkowania, brak podstaw do stwierdzenia, że wydatki mają charakter rzeczywisty oraz że były to wydatki na cele statutowe. Organ, mając na uwadze charakter zwolnienia podatkowego określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p., że opodatkowaniu podlega dochód przeznaczony i niewydatkowany na cele statutowe, prawidłowo oszacował podstawę opodatkowania w poszczególnych latach, ustalając realną pulę środków pieniężnych (z wyłączeniem dotacji), które nie zostały prawidłowo rozliczone i udokumentowane w nierzetelnych księgach i odtworzonych księgach. Organ przyjął, że opodatkowaniu podlegały jedynie faktycznie posiadane środki pieniężne, które zostały wydatkowane w badanym okresie, ale nie wykazano, że zostały przeznaczone na cele statutowe. Za niewydatkowane na cele statutowe organ prawidłowo uznał wypłacone kwoty z rachunku bankowego lub z kasy uczelni bez udokumentowania na co środki zostały wydatkowane. Kwoty wydatkowane na inne cele niż statutowe w poszczególnych latach 2016, 2017 i 2018 zostały ustalone w sposób opisany w tabeli [...] na stronie [...] decyzji I instancji. W wyniku odwołania i przedłożenia w toku postępowania odwoławczego dowodów na poniesienie wydatków opłaconych gotówką, organ odwoławczy przeanalizował dowody i częściowo uwzględnił wydatki jako przeznaczone na cele statutowe i obniżył podstawę opodatkowania za poszczególne lata o wskazane wydatki oraz wynagrodzenia wypłacone gotówkowo. W ocenie Sądu przyjęta indywidualna metoda szacowania daje gwarancję przyjęcia podstawy opodatkowania w wysokości zbliżonej do rzeczywistej. Należy podkreślić, że strona w skardze nie kwestionuje zastosowanej metody szacowania, podnosi jedynie, że nie było podstaw do szacowania podstawy opodatkowania, ponieważ dowody przedstawione w toku postępowania (po badaniu ksiąg) wraz z "odtworzonymi księgami" wskazywały na rzeczywistą podstawę opodatkowania. A z tym stanowiskiem nie sposób się zgodzić, co zostało już w uzasadnieniu opisane. Podsumowując, Sąd nie dopatrzył się naruszenia prawa, zarówno w zakresie prawa materialnego jak i procesowego. W związku z powyższym na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił.