I SA/Op 838/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Elżbieta Kmiecik Sędziowie Sędzia WSA Tomasz Judecki Asesor sądowy WSA Remigiusz Mazur (spr.) po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 18 maja 2026 r. sprawy ze skargi P. Spółki z o.o. w C. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 7 listopada 2024 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.103.2022.7.MR/JF/MR1 w przedmiocie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych I. uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 5 września 2024 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.103.2022.6.MR/JF, II. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz strony skarżącej kwotę 597,00 zł (słownie złotych: pięćset dziewięćdziesiąt siedem 00/100) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Przedmiotem skargi wniesionej przez P. sp. z o.o. w C. [dalej: strona, skarżąca, spółka] jest postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej [dalej: Dyrektor KIS, organ] z 7 listopada 2024 r. utrzymujące w mocy postanowienie Dyrektora KIS z 5 września 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku od osób prawnych. Zaskarżone postanowienie zostało wydane w następującym stanie sprawy. Dyrektor KIS, po rozpatrzenia wniosku strony, wydał 22 grudnia 2022 r. interpretację indywidualną znak [...], uznając stanowisko przedstawione we wniosku w zakresie ustalenia, czy: - realizowane przez spółkę prace B+R spełniają definicję działalności badawczo- rozwojowej w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, obejmujących prace rozwojowe określone w art. 4a pkt 28 ustawy o CIT - za prawidłowe, - poniesione przez spółkę koszty pracowników zaangażowanych w projekty B+R można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa art. 18d ust. 2 pkt 1 i 1a ustawy o CIT, w wysokości ustalonej z zastosowaniem współczynnika B+R wynikającego z ewidencji prowadzonej przez spółkę i czy wskaźnik ten można stosować do wszystkich składników kosztów pracowników spółki zaangażowanych w projekty B+R stanowiących przychody z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT i z umowy zlecania lub umowy o dzieło w rozumieniu art. 13 pkt 8 lit. a ustawy o PIT, takich jak w szczególności wynagrodzenie zasadnicze, dodatki do wynagrodzenia, dodatkowe świadczenia oraz do składek od ww. przychodów, określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek - za prawidłowe, - koszty nabycia materiałów i surowców wykorzystywanych w działalności narzędziowni spółki w ramach B+R, można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa art. 18d ust. 2 pkt 2 ustawy o CIT - za prawidłowe, - spółka może skorzystać z ulgi na działalność badawczo-rozwojową wskazaną w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT, tj. czy może spółka odliczyć od podstawy opodatkowania ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową (koszty kwalifikowane), tj. w szczególności pracowników narzędziowni spółki oraz koszty materiałów i surowców wykorzystywanych w działalności B+R spółki - za prawidłowe. Minister Finansów wydał 13 lutego 2024 r. interpretację ogólną nr DD8.8203.1.2021, która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21 lutego 2024 r. poz. 16. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu, należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Dyrektor KIS postanowieniem z 5 września 2024 r. orzekł o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej ze względu na niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. wydaną w takim samym stanie prawnym (art. 14e § 1a pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, Dz.U. z 2026 r. poz. 622, dalej: op). Zaskarżonym postanowieniem z 7 listopada 2024 r., wydanym po rozpatrzeniu zażalenia strony, Dyrektor KIS utrzymał w mocy postanowienie Dyrektora KIS z 5 września 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku od osób prawnych. W uzasadnieniu tego postanowienia wskazał, że zakres przedmiotowy wniosku, który był podstawą wydania interpretacji indywidualnej, obejmuje zagadnienie, o którym mowa w interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. oraz stan prawny tożsamy z tym, w którym wydano ww. interpretację ogólną. Organ wskazał, że stanowisko przedstawione w interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2022 r. jest niezgodne z interpretacją Ministra Finansów, dlatego istnieje podstawa stwierdzenia wygaśnięcia ww. interpretacji indywidualnej. Organ argumentował, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części, i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, należy ją wygasić w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 op. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych, a zatem w sytuacji gdy: stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym, a rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne, nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną, to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie umożliwiają stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Organ akcentował, że przepisy Ordynacji podatkowej nie rozróżniają interpretacji indywidualnych nieprawidłowych w całości oraz nieprawidłowych w części. Wobec powyższego, zdaniem organu, przesłanka warunkująca stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej z art. 14e § 1a pkt 2 op jest spełniona również w przypadku, gdy interpretacja indywidualna dotyczy także innych zagadnień podatkowych (pozostających poza zakresem interpretacji ogólnej). W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu strona zarzuciła powyższemu postanowieniu naruszenie: 1) art. 14e § 1a pkt 2 op w zw. z art. 14b § 5a op, poprzez błędne ich zastosowanie i stwierdzenie, że stanowisko przedstawione przez organ w interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2022 r. odpowiada całkowicie zagadnieniu prawnemu rozstrzygniętemu w takim samym stanie prawnym, które było przedmiotem interpretacji ogólnej Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r.; 2) art. 14e § 1a pkt 2 w zw. z art. 14b § 5a op, poprzez błędne ich zastosowanie i stwierdzenie, że wygaśnięcie interpretacji indywidualnej może nastąpić wyłącznie w całości, co z kolei doprowadziło do niezasadnego utrzymania w mocy postanowienia Dyrektora KIS z 5 września 2024 r.; 3) art. 121 § 1 w zw. z art. 14h op, poprzez pominięcie i brak odniesienia się do stanowiska skarżącej przedstawionego w zażaleniu w zakresie orzecznictwa sądów administracyjnych dopuszczającego stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, nie zaś tylko w całości, a co stanowi prowadzenie postępowania sprzecznie z zasadą prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie; 4) art. 121 § 1 w zw. z art. 14h op, poprzez stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2022 r. w całości na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 op, podczas gdy zakres interpretacji w znacznej części nie pokrywał się z interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r., co stanowi prowadzenie postępowania sprzecznie z zasadą prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie. Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia je poprzedzającego, a także o zasądzenie kosztów postępowania. W uzasadnieniu skargi podkreśliła, że co do zasady, obowiązujące przepisy nie odnoszą się wprost do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, jednak jak wynika z orzecznictwa sądów administracyjnych, stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części jest prawnie dopuszczalne. W sprawach takich jak niniejsza, w zakresie uprawnień przyznanych organowi podatkowym, zastosowanie znaleźć powinno wnioskowanie a fortiori, w postaci zasady a maiori ad minus. Zasada ta w niniejszym przypadku przejawiać będzie się w uznaniu, że w przypadku gdy organ może stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości z uwagi na tożsamy jej zakres z zakresem wydanej później interpretacji ogólnej, równie dobrze może stwierdzić wygaśnięcie takiej interpretacji tylko w części, jeśli faktycznie interpretacje te pokrywają się tylko w pewnym zakresie (wyrok NSA z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt: II FSK 1158/21, II FSK 1157/21). Zatem jeżeli komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W konsekwencji oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej. Natomiast stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2022 r. spowodowało, że skarżąca utraciła w całości korzyści wynikające z mocy ochronnej interpretacji indywidualnej, także w tym zakresie, który nie jest objęty interpretacją ogólną. W odpowiedzi na skargę organ, wnosząc o jej oddalenie, potrzymał swoje dotychczasowe stanowisko, wskazując, że jego zdaniem, rozstrzygnięcie podjęte przez organ na poziomie obu instancji jest właściwe i nie uchybia wskazanym w skardze przepisom prawa. WSA w Opolu, po rozpoznaniu skargi strony, wyrokiem z 26 lutego 2025 r., sygn. akt I SA/Op 1131/24, uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora KIS z 5 września 2024 r. W uzasadnieniu stwierdził, że nie podziela poglądu organu co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, a przychyla się do stanowiska wyrażanego w orzecznictwie sądów administracyjnych, które dopuszcza taką możliwość na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 op (wyrok WSA we Wrocławiu z 6 lutego 2025 r., sygn. akt I SA/Wr 746/24, wyrok WSA w Warszawie z 21 stycznia 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2023/24, wyrok WSA w Gorzowie z 19 grudnia 2024 r., sygn. akt I SA/Go 293/24, wyrok NSA z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 1157/21). Zdaniem Sądu nieuprawnione i zbyt daleko idące byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji w całości, tj. również w stosunku do zagadnień prawidłowo zinterpretowanych, czy też problemów nieobjętych interpretacją ogólną. Stąd też sposób rozumienia art. 14e § 1a pkt 2 op proponowany przez organ, nie wypełnia założeń sprawnego działania, ekonomiki postępowania oraz zasady zaufania obywateli do organów i w konsekwencji nie może zostać przyjęty jako wytyczna wiążącego sposobu postępowania. Przyjęcie stanowiska organu prowadziłoby do sytuacji, w której niezależnie do tego, czy dane zagadnienie było przedmiotem interpretacji ogólnej, czy też nie, interpretacja indywidualna zostałaby wygaszona wyłącznie ze względu na ujęcie danego zagadnienia we wniosku o wydanie interpretacji, który swoim zakresem obejmował wiele przepisów oraz zagadnień. Sąd nie miał wątpliwości, że uzyskana przez skarżącą interpretacja indywidualna miała szerszy zakres niż interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r., czego organ podatkowy nie kwestionował. Uchylenie zatem interpretacji indywidualnej w całości, czyli również w części uznającej stanowisko strony za prawidłowe oraz w części nieobjętej zakresem interpretacji ogólnej, stanowiło istotne naruszenie art. 14e § 1a pkt 2, jak też art. 121 § 1 oraz art. 120 w zw. z art. 14h op. Stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości byłoby działaniem na szkodę skarżącej i pozbawiłoby ją ochrony będącej skutkiem wydania interpretacji indywidualnej. Od opisanego wyroku Dyrektor KIS wywiódł skargę kasacyjną, podnosząc zarzuty naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm., dalej: ppsa) w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 w zw. z art. 121 § 1 oraz art. 120 w zw. z art. 14h op, poprzez uchylenie zaskarżonego postanowienia o utrzymaniu w mocy postanowienia w przedmiocie wygaszenia interpretacji indywidualnej wraz z tym postanowieniem, wskutek przyjęcia przez Sąd, że skoro w niniejszej sprawie interpretacja indywidualna miała szerszy zakres niż interpretacja ogólna Ministra Finansów, to organ powinien uchylić interpretację indywidualną jedynie w części, a nie w całości, gdyż zbyt daleko idące byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji w całości, tj. również w stosunku do zagadnień prawidłowo zinterpretowanych, czy też problemów nieobjętych interpretacją ogólną, podczas gdy zgodnie z przepisami organ interpretacyjny był zobowiązany do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, albowiem w treści art. 14e § 1a pkt 2 op jest mowa o wygaszeniu interpretacji indywidualnej, a nie wygaszeniu interpretacji indywidualnej w części, stąd też działanie organu nie może zostać uznane za niezgodne z zasadami wyrażonymi w art. 120 i 121 § 1 op. Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej, NSA wyrokiem z 22 października 2025 r., sygn. akt II FSK 711/25, uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Opolu. W uzasadnieniu stwierdził, że sąd I instancji nie poddał żadnej analizie wydanej w niniejszej sprawie interpretacji indywidualnej w kontekście treści interpretacji ogólnej wydanej przez Ministra Finansów. WSA w Opolu ograniczył swoje wywody do uargumentowania poglądu o możliwości stwierdzenia wygaśnięcia nie tylko całości, ale również części interpretacji. Natomiast w sprawie niezbędna jest analiza przedstawionego przez spółkę stanu faktycznego, wydanej interpretacji indywidualnej i wreszcie - przywołanej interpretacji ogólnej. Podany przez zainteresowanego opis pytania i odpowiedź organu udzielona w formie interpretacji indywidualnej umożliwi porównanie stanu wynikającego z wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej i odpowiedzi organu interpretacyjnego z interpretacją ogólną Ministra Finansów. W tym celu niezbędne jest przedstawienie informacji w zakresie elementów pozwalających na uchwycenie tożsamości zdarzeń, czy ich odrębności - zależnie od specyfiki wynikającej z przepisów prawa podatkowego. W ramach instytucji interpretacji indywidualnych, w tym ich wygaśnięcia w trybie art. 14e § 1a pt 2 op, nie można wyrażać ocen abstrakcyjnych, takich jak "całość" lub "część" w zakresie rozumienia określonych przepisów prawa podatkowego bez ich umiejscowienia w indywidualnej sytuacji zainteresowanego. NSA wskazał, że w wyroku z 13 listopada 2024 r., sygn. akt II FSK 198/22, NSA - na tle rozważań o możliwości uchylenia wadliwej interpretacji w "części" lub "w całości" wyraził pogląd - iż w przypadku niepodzielności interpretacji indywidualnej, a zatem w sytuacji, gdy kilka pytań dotyczy różnych aspektów podatkowych tego samego zdarzenia, nie jest zasadne uchylenie interpretacji jedynie w części. Jednak z tym zastrzeżeniem, że trafność tego stanowiska nie budzi wątpliwości tylko wówczas, gdy interpretacja ma charakter niepodzielny (formalnie lub funkcjonalnie). Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje. Wyjaśnić należy, że złożona w sprawie skarga została przez Sąd rozpoznana na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym stosownie do treści art. 119 pkt 3 ppsa, który stanowi, że sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie. W takim przypadku skierowanie sprawy do rozpoznania w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w składzie 3 sędziów (art. 120 op) nie jest uzależnione od wniosku strony. Na mocy art. 190 ppsa sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Nie można oprzeć skargi kasacyjnej od orzeczenia wydanego po ponownym rozpoznaniu sprawy na podstawach sprzecznych z wykładnią prawa ustaloną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Cytowany przepis ma charakter bezwzględnie obowiązujący, co oznacza, że sąd, orzekając ponownie w tej samej sprawie, nie może nie uwzględnić wykładni prawa dokonanej przez NSA w jego wcześniejszym orzeczeniu, gdyż jest nim związany. Art. 190 ppsa wyznacza kierunek postępowania sądu I instancji, który nie posiada już swobody w zakresie wykładni prawa, jak również nie może odstąpić od wskazań co do dalszego postępowania. Pojęcie wykładni prawa użyte w przywołanym artykule należy rozumieć wąsko jako ustalenie znaczenia przepisów prawa. Związanie wykładnią prawa dokonaną w danej sprawie przez NSA oznacza, że sąd I instancji, ponownie rozpoznając sprawę, nie może nie dostosować się do zapatrywania prawnego wyrażonego przez NSA. Sąd pierwszej instancji jest związany dokonaną przez NSA wykładnią prawa odnośnie do takiego, a nie innego rozumienia określonych przepisów prawa w zakresie sformułowanych w skardze kasacyjnej jej podstaw. Wykładnia prawa obejmuje zarówno prawo materialne, jak i prawo procesowe (R. Hauser, M. Wierzbowski, R. Stankiewicz (red.), Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. 9, Warszawa 2025, art. 190, wraz z powołanymi tam orzeczeniami). Stosownie natomiast do art. 153 ppsa ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Przez "ocenę prawną", o której mowa w cytowanym przepisie należy rozumieć wyjaśnienie istotnej treści przepisów i sposobu ich stosowania w konkretnej sprawie administracyjnej. Ocena powyższa, jak i wskazania co do dalszego postępowania, powinny zostać sformułowane w uzasadnieniu orzeczenia, które w tym zakresie wykazuje moc wiążącą. Związanie oceną prawną powinno być rozumiane jako wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpatrywanej sprawie. Związanie sądu w rozumieniu przywołanego przepisu oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, sprzecznych z wyrażonym wcześniej poglądem. Wskazania stanowią natomiast konsekwencję oceny prawnej przebiegu postępowania. Celem wskazań jest zapobieżenie w przyszłości stwierdzonym błędom i wytyczenie kierunku działań podjętych przy rozpatrywaniu sprawy. Zasada związania dotyczy zarówno sentencji orzeczenia, jak i jego uzasadnienia (R. Hauser, M. Wierzbowski, R. Stankiewicz (red.), Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. 9, Warszawa 2025, wraz z powołanymi tam orzeczeniami. Wobec powyższego, w stanie sprawy niniejszej, Sąd rozpatrujący skargę spółki jest związany wyrokiem NSA z 22 października 2025 r., sygn. akt II FSK 711/25, który ukierunkowuje i limituje dalsze rozważania. Stan prawny sprawy nie uległ zmianie. Zgodnie z art. 146 § 1 i przy odpowiednim zastosowaniu art. 145 § 1 pkt 1 ppsa, sąd uchyla zaskarżoną interpretację w razie stwierdzenia, że narusza ona przepisy prawa materialnego lub procesowego w sposób - odpowiednio - mający lub mogący mieć istotny wpływ na wynik sprawy, lub w przypadku stwierdzenia naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania. Istota sporu w sprawie niniejszej sprowadza się do ustalenia, czy organ mógł stwierdzić wygaśnięcie w całości interpretacji indywidualnej, która jedynie w części była niezgodna z interpretacją ogólną. Podstawą prawną działania organu był art. 14e § 1a pkt 2 op, zgodnie z którym Dyrektor KIS może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Zdaniem organu przepis art. 14e § 1a pkt 2 op nie pozwala mu na inne działanie, tym samym nie jest możliwe stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Nawet jeżeli w interpretacji zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, to i tak interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Odmiennego zdania jest skarżąca, wskazując na możliwość uchylenia interpretacji indywidualnej w ww. sytuacji jedynie w części. Sąd rozpoznający sprawę niniejszą podziela i uznaje za własną wykładnię prawa prezentowaną w wyroku NSA z 4 grudnia 2025 r., sygn. akt II FSK 886/25, oraz w wyroku WSA we Wrocławiu z 9 kwietnia 2025 r., sygn. akt I SA/Wr 759/24. Zgodnie z tym stanowiskiem wynikająca z powołanego przepisu kompetencja Dyrektora KIS w zakresie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej dotyczy jedynie sytuacji, w której jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Zakres kompetencji wyznacza możliwy kierunek działania organu podatkowego. Zatem organ podatkowy nie może stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sytuacji, gdy interpretacja indywidualna jest: zgodna z interpretacją ogólną lub nie wchodzi w zakres udzielonej interpretacji ogólnej. Właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 op nie może prowadzić do wniosku, że organ podatkowy zawsze zobowiązany jest do uchylenia interpretacji indywidualnej całości. Interpretacje indywidualne mogą bowiem swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Przesłanką zastosowania wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Gdyby przyjąć, że interpretacja indywidualna jest niezgodna z ogólną tylko w części, a organ zobligowany jest stwierdzić jej wygaśnięcie w całości - to orzekałby o wygaśnięciu interpretacji również w części prawidłowej. W pełni zasadne w tym przypadku jest posłużenie się jedną z reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowaniem a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. Oznacza to tyle, że skoro organ podatkowy mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do jej części. Natomiast o tym, jakie działanie podejmie, decyduje zaś zakres stwierdzonej niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jej wygaśnięcie wyłącznie w całości, należy uznać za bezzasadne. Przesłanką zastosowania ww. przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Podążając konsekwentnie za tokiem rozumowania organu, należałoby zatem przyjąć, że wówczas gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w całości, chociaż w określonym zakresie jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. Prezentowane w zaskarżonym postanowieniu rozumowanie organu jest obarczone błędem polegającym na założeniu, że na poziomie językowym dany przepis wykłada się w oderwaniu od pozostałych przepisów aktu prawnego, w którym się on znajduje. Interpretując art. 14e § 1a pkt 2 op należy mieć na uwadze, że dotyczy on zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można go wykładać z pominięciem chociażby art. 14c § 1 oraz art. 14a § 1a op - czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia obu rodzajów interpretacji. W świetle art. 14a § 1a op interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 op wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i podatników. Niemniej jednak można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 op przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 op). Tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 op - tak długo jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 op. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 op. Powyższe oznacza, że art. 14e § 1a pkt 2 op pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania, że jeśli komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej, odnoszącego się do przepisów kompetencyjnych. Jeżeli zatem organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej. Przedstawiona wyżej wykładnia prawa jest już utrwalona w orzecznictwie NSA, o czym świadczy uzasadnienie wyroku z 4 lutego 2026 r., sygn. akt II FSK 1091/25, w którym NSA stwierdził, że podziela ocenę prawną wyrażoną w wyrokach: z 8 sierpnia 2023 r., sygn. II FSK 1157/21 i II FSK 1158/21, z 4 grudnia 2025 r., sygn. II FSK 886/25, jak i formułowane na tym tle poglądy doktryny (zob. np. L. Etel (red.), Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany, Gdańsk 2025, art. 14e). W praktyce funkcjonowania systemu interpretacji indywidualnych zdarzają się sprawy takiego rodzaju, w których wnioskodawca w jednym wniosku kumuluje różne problemy prawne, niepowiązane ze sobą w ten sposób, że ocena jednego stanowiska determinuje wynik oceny drugiego stanowiska. W takim przypadku interpretacja rozstrzyga różne, odrębne sprawy jedynie technicznie połączone jedynym wnioskiem i jedną interpretacją załatwiającą ten wniosek. Wówczas nie ma przeszkód do orzekania częściowego w zakresie oceny legalności skarżonej w części interpretacji indywidualnej (wyrok NSA z 27 maja 2024 r., sygn. akt I FSK 223/24). Jeżeli jednak interpretacja indywidualna ma jednolity charakter, to niedopuszczalne jest uchylenie w części. W przypadku niepodzielności interpretacji indywidualnej, a więc w sytuacji, gdy kilka pytań dotyczy różnych aspektów podatkowych tego samego zdarzenia, nie jest możliwe zaskarżenie interpretacji jedynie w części, stanowi ona bowiem niepodzielną całość (wyrok NSA z 1 marca 2024 r., sygn. akt I FSK 60/24). Jednak z tym zastrzeżeniem, że trafność tego stanowiska nie budzi wątpliwości tylko wówczas, gdy interpretacja ma charakter niepodzielny (formalnie lub funkcjonalnie). Aktualnie w orzecznictwie za dopuszczalne przyjmuje się uchylenie interpretacji tylko w wadliwej części (wyroki NSA: z 11 lipca 2024 r., II FSK 1363/21, z 13 listopada 2024 r., sygn. akt II FSK 198/22). W sprawie niniejszej nie jest sporne, że 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną Nr DD8.8203.1.2021. Interpretacja ta dotyczy przepisów art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2026 r. poz. 592) [dalej: ustawa o PIT] oraz art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2026 r. poz. 554) [dalej: ustawa o CIT], w odniesieniu do możliwości zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (Dz.U. z 2026 r. poz. 199 ze zm.), w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Zakres powyższej interpretacji ogólnej obejmuje problem możliwości kwalifikowania do kosztów ulgi badawczo-rozwojowej obowiązkowo ponoszonych przez pracodawcę kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika, w takiej części, w jakiej dany pracownik wykonywał działalność badawczo-rozwojową w ramach swoich obowiązków służbowych. Przy czym, pracownik może przeznaczyć na realizację działalności badawczo-rozwojowej całość swojego czasu pracy lub też jego część. Minister Finansów stwierdził, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby. Poza sporem pozostaje też okoliczność, że Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2022 r., znak [...], odpowiedział na pytania: 1. Czy realizowane przez wnioskodawcę prace B+R spełniają definicję działalności badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, obejmujących prace rozwojowe określone w art. 4a pkt 28 ustawy o CIT? 2. Czy poniesione przez wnioskodawcę koszty pracowników wnioskodawcy zaangażowanych w projekty B+R można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 i 1a ustawy o CIT, w wysokości ustalonej z zastosowaniem współczynnika B+R, wynikającego z ewidencji prowadzonej przez wnioskodawcę i czy wskaźnik ten można stosować do wszystkich składników kosztów pracowników wnioskodawcy zaangażowanych w projekty B+R stanowiących przychody z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT i z umowy zlecania lub umowy o dzieło w rozumieniu art. 13 pkt 8 lit. a ustawy o PIT, takich jak w szczególności wynagrodzenie zasadnicze, dodatki do wynagrodzenia, dodatkowe świadczenia oraz do składek od ww. przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek? 3. Czy koszty nabycia materiałów i surowców wykorzystywanych w ramach działalności narzędziowni wnioskodawcy w ramach działalności B+R, można uznać za koszty kwalifikowane, o których mowa art. 18d ust. 2 pkt 2 ustawy o CIT? 4. Czy wnioskodawca może skorzystać z ulgi na działalność badawczo-rozwojową wskazaną w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT, tj. czy może odliczyć od podstawy opodatkowania ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową (koszty kwalifikowane), tj. w szczególności pracowników narzędziowni wnioskodawcy oraz koszty materiałów i surowców wykorzystywanych w działalności B+R Wnioskodawcy. W zakresie pytania 2 organ stwierdził, że pojęcie czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej, o którym mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, odnosi się do czasu faktycznie poświęconego. Zatem odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika, tj. wynagrodzeń za czas choroby/innej usprawiedliwionej absencji czy też urlopu wypoczynkowego oraz wynagrodzenie za inne zwolnienia od pracy. W takiej sytuacji zasadne jest wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych należności, określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, które nie są związane z realizacją działalności badawczo-rozwojowej. Z uwagi na rozbieżność pomiędzy interpretację ogólną a interpretacją indywidualną, które zostały wydane w tym samym stanie prawnym, Dyrektor KIS wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej z art. 14e § 1a pkt 2 op. W uzasadnieniu wskazał, że obowiązujące przepisy nie dają podstawy do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Zdaniem Sądu należy zauważyć, że organ w interpretacji indywidualnej wyjaśnił, że: działalności badawczo-rozwojowa to działalność twórcza obejmująca badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowane w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań; badania naukowe to: a) badania podstawowe w rozumieniu art. 4 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, b) badania aplikacyjne w rozumieniu art. 4 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce; prace rozwojowe to prace rozwojowe w rozumieniu art. 4 ust. 3 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (art. 4a pkt 26-28 ustawy o CIT). Badania i rozwój to wzajemnie powiązane procesy, w których wyniku, dzięki zastosowaniu innowacji technicznych, powstają nowe produkty albo nowe postaci danych produktów. W rezultacie tych działań ucieleśniają się pomysły innowacyjne, przekształcając projekt w wyrób bądź usługę rynkową (W. Gierańczyk, Badania i rozwój jako element przedsiębiorczości w krajach europejskich [w:] Przedsiębiorczość w warunkach integracji europejskiej pod red. Z. Zioło i T. Rachwała, Warszawa-Kraków 2010, s. 36). Mówiąc o ulgach na działalność B+R należy zasadniczo wyróżnić dwa typy ulg, tzw. ulgi do wewnątrz / ulgi kosztowe (input incentives) wspierające działalność B+R oraz ulgi na zewnątrz / ulgi przychodowe (output incentives). Te pierwsze zmniejszają cenę nakładów, jakie przedsiębiorcy muszą ponieść prowadząc działalność B+R, a więc czynią jej prowadzenie bardziej atrakcyjnym. Te drugie zwiększają zysk z innowacyjnych produktów chronionych przez prawa własności intelektualnej. Do tej ostatniej grupy należą w szczególności tzw. ulgi patent box, czyli reżimy podatkowe, które pozwalają na obniżenie stawki podatku dochodowego od przychodów/dochodów z wykorzystywania "produktów B+R", czyli np. patentów (K. Bronżewska, F. Majdowski, Badania i rozwój - jak zwiększyć polską innowacyjność poprzez politykę podatkową?, Kwartalnik Prawa Podatkowego 2/2015, s. 76). Jak wynika z powyższego badania i rozwój nie oznaczają stanu faktycznego w postaci jednego zdarzenia gospodarczego istotnego z perspektywy prawa podatkowego, lecz mamy tu do czynienia z procesem - ciągiem czynności podejmowanych w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz praktycznego ich wykorzystania. W przypadku B+R mamy więc do czynienia z wielością różnych zdarzeń rodzących skutki podatkowoprawne, a polegających w szczególności na zaangażowaniu zasobów ludzkich, sprzętowych, materiałowych i innych, co w kontekście ustawy o CIT i ustawy o PIT oznacza wystąpienie kosztów uzyskania przychodów - uznawanych albo nieuznawanych za koszty kwalifikowane w rozumieniu art. 18d ustawy o CIT. Wielość i różnorodność zdarzeń zaliczanych do B+R pociąga za sobą liczne i zróżnicowane skutki podatkowoprawne, które mogą, choć nie muszą, wystąpić na różnych etapach aktywności podatnika. Odnosząc powyższe do stanu faktycznego sprawy niniejszej, Sąd z jednej strony dostrzega, że wniosek o interpretację indywidualną skoncentrowany był na problemie uznania różnorodnych kosztów badań i rozwoju za "koszty kwalifikowane", z drugiej jednak strony nie można tracić z pola widzenia faktu, że badania i rozwój wymagają bardzo zróżnicowanych nakładów, a tym samym poniesienia różnorodnych wydatków, co istotne - ponoszonych w różnych uwarunkowaniach prawnych, które mogą być (albo nie) uznane za "koszty kwalifikowane". Przykładowo, w uproszczeniu, różne są uwarunkowania prawne zaangażowania maszyn, a inne zasobów ludzkich, choćby tylko z tego względu, że wykorzystanie zasobów ludzkich podlega również reżimowi prawa pracy i prawa ubezpieczeń społecznych, co notabene w sprawie niniejszej stanowiło element analizy przeprowadzonej przez Dyrektora KIS. W takim stanie sprawy, biorąc pod uwagę specyfikę działalności w zakresie B+R oraz treść pytań zadanych przez spółkę we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, Sąd stwierdził, że wydana spółce interpretacja z 22 grudnia 2022 r. jest interpretacją podzielną, ponieważ zestawienie pytań strony w jednym wniosku miało tylko charakter organizacyjny i porządkujący, a każde z tych pytań mogłoby być sformułowane odrębnie w niezależnych od siebie wnioskach. Należy też podkreślić, że interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r., odnosząca się tylko do jednego z licznych zagadnień z zakresu B+R, samodzielnie stanowi potwierdzenie "podzielności" interpretacji wydanej na wniosek skarżącej. Za niepodzielne Sąd uznał natomiast pytanie drugie wniosku o wydanie interpretacji i zawartą w interpretacji odpowiedź dotyczącą kwalifikacji niektórych "kosztów osobowych". W stanie faktycznym sprawy wcześniejsza interpretacja indywidualna tylko w zakresie pytania drugiego jest sprzeczna z późniejszą interpretacją ogólną. Różnica ta jest zasadnicza, ale równocześnie dotyczy ona tylko wąskiego wycinka spektrum zagadnień, które wymagają oceny w celu zastosowania art. 18d ustawy o CIT, a mianowicie zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wydatków z tytułu wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne poniesionych przez pracodawcę w związku z absencją pracownika, tj. wynagrodzeń i składek naliczonych za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy. W stanie sprawy Sąd uznał, że interpretacja indywidualna wydana na wniosek spółki była podzielna i w konsekwencji, kierując się przedstawioną wyżej wykładnią prawa, stwierdził, że postanowienie Dyrektora KIS w przedmiocie wygaśnięcia tej interpretacji powinno swym zakresem obejmować tylko odpowiedź na pytanie drugie. Nie ulega wątpliwości, że stosownie do art. 14e § 1a pkt 2 op Dyrektor KIS mógł z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, ponieważ jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, przy czym organ nie mógł stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, w której interpretacja indywidualna pozostaje poza zakresem wydanej interpretacji ogólnej. Nie wolno bowiem pominąć faktu, że w interpretacji indywidualnej organ dokonał wykładni przepisów prawa podatkowego dotyczących różnych kwestii z zakresu B+R, a zagadnienie kwalifikowania wynagrodzeń i składek było tylko jedną z nich, przy czym mogła ona być przedmiotem odrębnej interpretacji indywidualnej. Zatem jeżeli interpretacja indywidualna stała się niezgodną z interpretacją ogólną tylko w części, to organ nie był uprawniony do stwierdzenia jej wygaśnięcia w całości. Wobec powyższego Sąd podzielił zarzuty skargi, przyjmując, że prawidłowa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 op prowadzi do wniosku, że uprawnienie organu w zakresie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej dotyczy jedynie sytuacji, w której jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Zakres określonej w ww. przepisie kompetencji wyznacza możliwy kierunek działania organu podatkowego. Zatem organ podatkowy nie mógł stwierdzić wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sytuacji, gdy interpretacja indywidualna nie wchodziła w zakres udzielonej interpretacji ogólnej. W niniejszej sprawie Sąd nie ma wątpliwości, że uzyskana przez skarżącą interpretacja indywidualna miała szerszy zakres niż interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r., czego organ podatkowy nie kwestionował. Uchylenie zatem interpretacji indywidualnej w całości, czyli również w części uznającej stanowisko skarżącej za prawidłowe, co istotne - w części nieobjętej zakresem interpretacji ogólnej, stanowi istotne naruszenie art. 14e § 1a pkt 2 op, jak też art. 121 § 1 oraz art. 120 w zw. z art. 14h op. Niewątpliwie stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości byłoby działaniem na szkodę skarżącej i pozbawiłoby ją ochrony wynikającej z przedmiotowej interpretacji indywidualnej. Z tych też względów Sąd uchylił w całości postanowienia organu wydane w pierwszej i drugiej instancji na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 135 ppsa. W ponownym postępowaniu organ podatkowy zobowiązany jest stwierdzić wygaśnięcie przedmiotowej interpretacji indywidualnej w części, w jakiej jest ona niezgodna z istotną w sprawie interpretacją ogólną. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. Na kwotę kosztów składają się: wpis sądowy w wysokości 100 zł, wynagrodzenie pełnomocnika – doradcy podatkowego w wysokości 480 zł oraz 17 zł opłaty skarbowej od pełnomocnictwa. Łącznie Sąd zasądził zwrot kosztów w wysokości 597,00 zł.