III SA/Wa 960/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Konrad Aromiński, Sędziowie sędzia WSA Andrzej Cichoń, sędzia WSA Piotr Dębkowski (sprawozdawca), Protokolant sekretarz sądowy Krzysztof Durka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 listopada 2025 r. sprawy ze skargi E. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] lutego 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty wraz oprocentowaniem w podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] Września 2024 r., nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz E. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 62 137 zł (sześćdziesiąt dwa tysiące sto trzydzieści siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

E. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej Strona, Skarżąca) złożyła korektę deklaracji VAT-7 za wrzesień 2013 r. z wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy Spółki w wysokości 38.185.124,00 zł w terminie 60 dni, tj. do 7 stycznia 2014 r. W związku z kontrolą w zakresie podatku od towarów i usług za wrzesień 2013 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej NUS) przedłużył termin dokonania zwrotu do czasu zakończenia jego weryfikacji postanowieniem z 3 stycznia 2014 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. (dalej DUKS) decyzją z [...] grudnia 2016 r. określił Skarżącej m.in. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za wrzesień 2013 r. w kwocie 0,00 zł. Powyższa decyzja została utrzymana w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej (dalej DIAS) z [...] marca 2018 r., zaś Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 5 marca 2019 r., III SA/Wa 1454/18 oddalił skargę na tę decyzję. W wyniku wniesionej przez Stronę skargi kasacyjnej, wyrokiem z 8 listopada 2023 r., I FSK 1421/19 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyrok, a także decyzję DIAS z 19 marca 2018 r. oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji. Następnie, Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w W. (NUCS) wszczął postępowanie kontrolne wobec Spółki obejmujące kontrolę rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe od maja do września 2013 r., a [...] kwietnia 2024 r. wydał wynik kontroli, w którym stosując się do wytycznych wynikających z wyroku NSA stwierdził brak nieprawidłowości w rozliczeniach Strony za kontrolowane okresy, w tym za wrzesień 2013 r. W dniu [...] maja 2024 r. NUS dokonał zwrotu podatku naliczonego nad należnym, zgodnie ze złożoną deklaracją 7AT-7 za wrzesień 2013 r., w kwocie łącznej wraz z odsetkami: 71.678.185,00 zł (w tym kwota główna: 38.185.124,00 zł oraz należne odsetki: 33.493.061,00 zł). Za okres od dnia upływu terminu zwrotu do dnia wydania decyzji przez organ kontroli skarbowej, tj. do [...] grudnia 2016 r., NUS wypłacił Stronie odsetki w wysokości opłaty prolongacyjnej, a za okres od dnia następującego po dniu wydania decyzji do dnia dokonania zwrotu - wypłacono Skarżącej odsetki w pełnej wysokości. Wnioskiem z 18 lipca 2024 r. Strona zwróciła się o zwrot brakującej kwoty nadpłaty wraz z oprocentowaniem i nieotrzymanym w związku z nieprawidłowym zastosowaniem oprocentowania w wysokości opłaty prolongacyjnej za okres od momentu upływu terminu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia wydania decyzji w pierwszej instancji, tj. decyzji DUKS z [...] grudnia 2016 r. Zdaniem Strony, brakująca kwota według stanu na dzień 9 maja 2024 r. wynosi 4.711.940,00 zł. Skarżąca uważa, że zwrócona kwota 71.678.185,00 zł nie pokrywa w całości kwoty należnej ze względu na jej obniżenie do oprocentowania 50% (tzw. opłaty prolongacyjnej) za okres od momentu upływu terminu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (tj. od 8 stycznia 2014 r.) do dnia wydania decyzji w pierwszej instancji (tj. do [...] grudnia 2016 r.), na skutek nieprawidłowego zastosowania przez organ art. 87 ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054, ze zm., dalej Uptu). Strona stwierdziła, że jest uprawniona do otrzymania zwrotu nadpłaty w wysokości ustalonej zgodnie z zasadą wynikającą z art. 78a ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383, ze zm., dalej Op), w tym w szczególności do zwrotu kwoty odpowiadającej oprocentowaniu niezwróconej w terminie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2013 r. w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę zgodnie z art. 78 § 1 Op w związku z art. 87 ust. 7 Uptu za cały okres od dnia upływu terminu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia otrzymania zwrotu. Decyzją z [...] września 2024 r. NUS odmówił zwrotu brakującej kwoty nadpłaty wraz z oprocentowaniem za okres od momentu upływu terminu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia wydania decyzji w pierwszej instancji, tj. decyzji DUKS. Spółka odwołała się od powyższej decyzji. Zaskarżoną decyzją z [...] lutego 2025 r., wydaną na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 Op, DIAS utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. DIAS wyjaśnił, że NUS wydał [...] stycznia 2014 r. postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku w kwocie 38.185.124,00 zł wykazanej w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2013 r. w terminie 60 dni do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika. Powyższe postanowienie zostało doręczone Stronie 7 stycznia 2014 r., tj. przed upływem terminu zwrotu VAT. Skarżąca nie wniosła zażalenia na to postanowienie i jest ono ostateczne. Ponadto, postępowanie weryfikacyjne trwało do dnia wydania decyzji w pierwszej instancji, tj. do [...] grudnia 2016 r. W ocenie DIAS, dopiero wynik kontroli NUCS z [...] kwietnia 2024 r. stwierdził brak nieprawidłowości w rozliczeniu i potwierdził zasadność zwrotu \/AT wynikającego ze złożonej przez Stronę deklaracji VAT-7 za wrzesień 2013 r. Tym samym, do uznania zasadności zwrotu VAT doszło właśnie w wyniku postępowania kontrolnego przeprowadzonego przez organ administracji skarbowej. DIAS nie zgodził się z twierdzeniem Skarżącej, że to sąd administracyjny dokonał ostatecznej weryfikacji zwrotu podatku VAT za wrzesień 2013 r., gdyż żaden przepis Uptu i ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935, dalej Ppsa) nie daje sądowi takich uprawnień. Zasadność zwrotu podatku od towarów i usług może być weryfikowana tylko i wyłącznie przez organy podatkowe. Tym samym nie można mówić o merytorycznym rozstrzygnięciu w zakresie wykazania zasadności zwrotu VAT przez NSA, a jedynie o kontroli decyzji i postępowania podatkowego. W ocenie DIAS, nie ma tu zastosowania art. 87 ust. 7 Uptu, gdyż sam fakt wszczęcia kontroli mającej na celu weryfikację zasadności wnioskowanego zwrotu VAT, a następnie skuteczne przedłużenie ustawowego terminu do zwrotu, wyłącza możliwość wypłaty oprocentowania w wysokości przewidzianej w art. 78 § 1 Op. Wobec skutecznego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, kwota niezwrócona Stronie w terminie określonym w art. 87 ust. 2 Uptu nie stała się nadpłatą w rozumieniu ww. art. 87 ust. 7 Uptu za okres prowadzenia weryfikacji rozliczenia aż do dnia wydania decyzji pierwszej instancji. DIAS podkreślił, że nie zostało zakwestionowane, iż wynik kontroli kończący kontrolę podatkową zapadł po wyroku NSA. Podkreślił jednak, że sądy administracyjne uchylając decyzję kierują sprawę z powrotem do organu podatkowego w celu ponownego jej rozpatrzenia. Organy podatkowe są związane oceną stanu faktycznego dokonaną przez sąd, a zarazem są zobowiązane do samodzielnej oceny stanu faktycznego uwzględniającego wyrok sądu. Nietrafne jest w związku z tym stanowisko Strony, że to NSA stwierdził zasadność zwrotu. Wyrok NSA nie rozstrzyga sprawy co do istoty, a stwierdza jedynie, czy rozstrzygnięcie zapadło zgodnie z prawem, czy też było wadliwe. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Strona, reprezentowana przez ustanowionego pełnomocnika – doradcę podatkowego, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz poprzedzającej ją decyzji NUS i zasądzenie kosztów postępowania. Zaskarżonej decyzji Strona zarzuciła naruszenie: 1) art. 87 ust. 7 w zw. z art. 87 ust. 2 Uptu w zw. z art. 78 § 1 i 78a Op, poprzez stwierdzenie, że za okres od dnia upływu terminu do zwrotu nadwyżki VAT naliczonego za wrzesień 2013 r. do dnia wydania decyzji przez NUS, Stronie przysługuje oprocentowanie jedynie w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej, podczas gdy: a) prawidłowa wyładnia art. 87 ust. 2 Uptu prowadzi do wniosku, że w sytuacji, gdy postępowanie weryfikacyjne zostało zakończone wydaniem decyzji kwestionującej zasadność zwrotu, która następnie została uchylona przez sąd administracyjny, to zastosowanie znajduje art. 87 ust. 7 Uptu nakazujący traktowanie niezwróconej w terminie kwoty jako nadpłaty podlegającej oprocentowaniu w pełnej wysokości, o której mowa w art. 78 § 1 Op, za cały okres w którym podatnik nie miał możliwości dysponowania należnymi mu środkami z tytułu wykazanej w deklaracji różnicy VAT do zwrotu na rachunek bankowy w tym także za okres od upływu terminu zwrotu do dnia wydania decyzji w pierwszej instancji; b) w niniejszej sprawie nie ma podstaw do zastosowania stawki oprocentowania odpowiadającej opłacie prolongacyjnej, gdyż zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym został dokonany nie w konsekwencji stwierdzenia zasadności zwrotu wskutek czynności przeprowadzonych przez organ podatkowy, ale w konsekwencji weryfikacji zasadności zwrotu przez sąd administracyjny; c) do zwrotu dokonanego przez organ podatkowy w niepełnej (zgodnie ze stanowiskiem Skarżącej) wysokości zastosowanie znajdzie reguła proporcjonalnego zaliczenia zwróconej kwoty zgodnie z art. 78a Op; 2) art. 87 ust. 2 Uptu w zw. z art. 121 Op oraz art. 32 ust. 1 w zw. z art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 2 i 3 Konstytucji Rzeczpospolitej Polskiej poprzez wydanie przez DlAS rozstrzygnięcia, które prowadzi do skutków będących nie do pogodzenia z zasadą zaufania do organów państwa, jak również w kontekście konstytucyjnej zasady równości i prawa do odszkodowania, z uwagi na uniemożliwienie Skarżącej uzyskania pełnej kompensaty szkody, która powstała wskutek błędnych decyzji wydawanych przez organy podatkowe. W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie. W piśmie z 29 października 2025 r. Strona przedstawiła uzupełnienie argumentacji skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Spór w niniejszej sprawie dotyczy podstawy prawnej naliczania odsetek od niedokonanego w terminie zwrotu VAT za okres od dnia upływu terminu zwrotu określonego w złożonej deklaracji (korekty deklaracji) do dnia wydania przez organ pierwszej instancji decyzji kwestionującej ów zwrot w sytuacji gdy: 1) wspomniana decyzja została uchylona w następstwie sądowej kontroli jej zgodności z prawem; 2) w następstwie ponowionego postępowania kontrolnego organ pierwszej instancji uznał deklarowany zwrot za zasadny. Kluczowe znaczenie w tej sprawie mają dwa przepisy, a mianowicie: - art. 87 ust. 2 Uptu, który stanowi, że: zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty; - art. 87 ust. 7 Uptu, zgodnie z którym: różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze i ust. 5a, traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. Na podstawie powyższych przepisów organy uznały, że za okres od dnia upływu terminu zwrotu określonego w złożonej deklaracji (korekty deklaracji) do dnia wydania przez organ pierwszej instancji decyzji kwestionującej ów zwrot Stronie przysługują odsetki w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty (art. 87 ust. 2 zd. 3 Uptu). Skarżąca uważa natomiast, że za powyższy okres ma prawo do odsetek właściwych nadpłacie podlegającej oprocentowaniu na podstawie przepisów Op (art. 87 ust. 7 Uptu). Rację w tym sporze przyznać należało Skarżącej. W ocenie Sądu, odsetki wynikające z treści art. 87 ust. 2 Uptu dotyczą wyłącznie okresu, w którym organ prowadził dodatkową weryfikację zasadności zwrotu (art. 87 ust. 2 zd. 2 Uptu) i w następstwie tej weryfikacji uznał ów zwrot za zasadny (art. 87 ust. 2 zd. 3 Uptu). Nie dotyczą zatem sytuacji, gdy wspomniana, dodatkowa weryfikacja doprowadziła do wydania decyzji kwestionującej zasadność zwrotu, czyli tak jak miało to miejsce w rozpoznawanej sprawie (vide decyzja DUKS z [...] grudnia 2016 r.). Skoro tak, to mając na uwadze, że zwrot podatku nie nastąpił w terminie przewidzianym w art. 87 ust. 2 zd. 1 Uptu, czyli w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika, zastosowanie znajdzie art. 87 ust. 7 Uptu, traktujący niedokonany terminowo zwrot jako nadpłatę. Zdaniem Sądu, jeśli chodzi o kwestię oprocentowania, to art. 87 ust. 2 zd. 3 Uptu stanowi wyjątek od reguły ogólnej, czyli uznania nieterminowo dokonanego zwrotu za nadpłatę. Dotyczy on ściśle określonej sytuacji, w której organ przedłuża najpierw termin zwrotu podatku celem przeprowadzenia weryfikacji, a następnie dokonuje tego zwrotu nie stwierdziwszy w rozliczeniu podatnika żadnych nieprawidłowości. Gdyby przyjąć optykę organu, to w zasadzie każde przedłużenie terminu zwrotu wykluczałoby możliwość stosowania art. 87 ust. 7 Uptu. Wszakże po wydaniu decyzji kwestionującej zwrot może dojść do jej utrzymania w administracyjnym a potem sądowym toku instancji i niewypłacenia żadnych odsetek, ewentualnie do jej uchylenia przez organ odwoławczy lub sąd i uznania, że zwrot był zasadny, czyli wypłaty zadeklarowanych kwot wraz z odsetkami na podstawie art. 87 ust. 2 Uptu. Organ nacisk kładzie na fakt, że powtórne postępowanie kontrolne wykazało zasadność zwrotu. Pomija natomiast zupełnie, że pierwotne postępowanie zasadność zwrotu zakwestionowało, zaś Skarżąca była zmuszona wejść w spór z organem najpierw w postępowaniu odwoławczym, a następnie w dwóch instancjach postępowania sądowego. Trudno zatem przyjąć, tak jak twierdzi organ, że zasadność zwrotu wynikała z przeprowadzonej przezeń weryfikacji. Było dokładnie odwrotnie, gdyż z czynności przeprowadzonych przez DUKS (zwieńczonych decyzją z [...] grudnia 2016 r.) wynikało, że wykazany przez Stronę zwrot był nienależny. Jedynie aktywność Skarżącej i uruchomione środki zaskarżenia oraz środki odwoławcze doprowadziły do stwierdzenia zasadności zwrotu. Wynik kontroli, na który powołuje się organ z [...] kwietnia 2024 r. został zatem wydany nie w następstwie pozytywnej dla podatnika weryfikacji zasadności zwrotu, lecz w następstwie prawomocnego wyroku sądu, w którym podważone zostały ustalenia niekorzystne dla podatnika, dokonane przez organ. Tytułem przypomnienia NSA w wyroku I FSK 1421/19 stwierdził, że zgromadzony materiał dowodowy nie potwierdzał, iż Skarżąca wiedziała lub powinna była wiedzieć, że bierze udział w oszustwie karuzelowym. Powyższe zapatrywania wpisują się w utrwaloną linię orzeczniczą sądów administracyjnych. Przykładowo, NSA w wyroku I FSK 521/22 stwierdził, że "zwrot różnicy podatku podlega odsetkom w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej w przypadku, gdy zastosowanie znajduje art. 87 ust. 2 Uptu. W przypadku braku zwrotu różnicy podatku w terminie z uwzględnieniem nieprzerwanego ciągu przedłużeń tego terminu bądź dokonania zwrotu po zakończeniu weryfikacji w odpowiednim trybie, do odsetek znajdzie zastosowanie art. 87 ust. 7 Uptu. W razie zakończenia weryfikacji nie ma podstaw do dalszego stosowania w zakresie odsetek art. 87 ust. 2 zdanie trzecie Uptu. Art. 87 ust. 2 Uptu należy interpretować w taki sposób, że organem, o którym mowa w tym przepisie, jest organ pierwszej instancji oraz że weryfikacja przez ten organ zasadności rozliczenia może rozciągać się na czas uruchomienia wymienionych w tym przepisie trybów postępowania w pierwszej instancji. Weryfikacja zasadności zwrotu nie rozciąga się zatem na postępowanie odwoławcze, postępowanie sądowoadministracyjne lub powtórne postępowanie przed organami podatkowymi." Z kolei w wyroku I FSK 2149/21 NSA wskazał, że "interpretowanie art. 87 ust. 2 Uptu w taki sposób, że organem weryfikującym zasadność zwrotu różnicy podatku może być inny organ niż organ pierwszej instancji, a sama weryfikacja może trwać jeszcze po wydaniu decyzji wymiarowej w pierwszej instancji, w czasie postępowania odwoławczego czy nawet postępowania sądowoadministracyjnego i ponownego postępowania podatkowego, gdy ostatecznie decyzja wymiarowa okazała się niezgodna z prawem i dokonano zwrotu różnicy podatku, prowadzi do następujących skutków. Mianowicie taka interpretacja art. 87 ust. 2 skutkowałaby koniecznością przyjęcia, że to podatnik musi ponieść konsekwencje niezgodnego z prawem działania organu podatkowego - otrzymując ostatecznie oprocentowanie w wysokości określonej w art. 87 ust. 2 zdanie trzecie, które jest niższe niż oprocentowanie wynikające z art. 87 ust. 7 Uptu, a z drugiej strony niezgodne z prawem działanie organu podatkowego wywoływałoby dla tego organu, pod kątem finansowym, takie same konsekwencje jak działanie zgodne z prawem." Z powyższych wypowiedzi wynika zatem, że to czy zasadność zwrotu była stwierdzona przez organ decyduje efekt czynności weryfikacyjnych dokonanych w następstwie złożenia deklaracji z wykazanym zwrotem (czynności sprawdzające, kontrola, pierwotne postępowanie podatkowe/kontrolne). Jeśli organ wydał decyzję kwestionującą ów zwrot, a następnie decyzja ta została uchylona i w konsekwencji zwrot nastąpił, to nie można twierdzić, że tryby weryfikacji wymienione w art. 87 ust. 2 zd 2 Uptu wykazały zasadność zwrotu. To natomiast wyklucza stosowanie art. 87 ust. 2 Uptu do obliczania oprocentowania. Zastosowanie znajdzie reguła ogólna wynikająca z art. 87 ust. 7 Uptu, traktująca zwłokę organu równoważnie z wygenerowaniem nadpłaty. Z tych wszystkich powodów Sąd uznał, że organy naruszyły art. 87 ust. 2 i 7 Uptu poprzez ich wadliwą wykładnię, a w konsekwencji również poprzez ich nieprawidłowe zastosowanie. W stanie faktycznym tej sprawy oprocentowanie za sporny okres od dnia upływu terminu wynikającego z deklaracji do wydania decyzji DUKS z [...] grudnia 2016 r. winno być liczone w oparciu o art. 87 ust. 7 Uptu. Ponownie rozpoznając sprawę organ zastosuje się do przywołanej oceny prawnej. Sąd uchylił zaskarżoną decyzję w oparciu o art. 145 § 1 pkt 1 lit. a Ppsa. Zważywszy zaś, że decyzja NUS naruszała te same przepisy prawa materialnego to na podstawie art. 135 Ppsa ona również podlegała uchyleniu. O kosztach Sąd postanowił na podstawie art. 200, art. 205 § 2 i 4 oraz art. 209 Ppsa.