III SA/Wa 135/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Jarosław Trelka, Sędziowie sędzia WSA Hanna Filipczyk, sędzia WSA Tomasz Grzybowski (sprawozdawca), Protokolant referent Katarzyna Doszna, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 maja 2026 r. sprawy ze skargi H. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2025 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za czerwiec i lipiec 2014 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z dnia [...] lipca 2025 r., nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz H. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w W. kwotę 7 417 zł (słownie: siedem tysięcy czterysta siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Zaskarżoną decyzją z [...] listopada 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w. z [...] lipca 2025 r., wydaną wobec H. sp. z o.o. sp. k. (skarżąca), w przedmiocie podatku od towarów i usług za czerwiec i lipiec 2014 r. Organ procedował sprawę po raz wtóry. W pierwotnie wydanych decyzjach naczelnika z [...] sierpnia 2019 r. oraz dyrektora z [...] sierpnia 2020 r. organy zajęły stanowisko, zgodnie z którym z uwagi na udział skarżącej w nierzetelnych dostawach wewnątrzwspólnotowych spółka nie miała prawa do zastosowania 0% stawki VAT od transakcji wykazanych na rzecz G. GmbH oraz G. s.r.o. Sprzedaż towarów przez stronę została dokonana na rzecz innego odbiorcy niż wskazany na zaewidencjonowanych fakturach VAT, o czym spółka powinna była wiedzieć, a tym samym zaniżyła podatek należny. Ponadto strona rozliczyła w złożonych deklaracjach trzy faktury wystawione przez K. , które nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a zatem nie przysługiwało jej prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w nich zawarty. Tut. Sąd uznał powyższe stanowisko organów za prawidłowe i wyrokiem o sygn. III SA/Wa 2058/20 oddalił skargę spółki na ww. decyzję z [...] sierpnia 2020 r. Na skutek skargi kasacyjnej spółki wyrok powyższy został uchylony przez Naczelny Sąd Administracyjny (wyrokiem o sygn. I FSK 2390/21). Sąd kasacyjny uchylił również decyzję organu odwoławczego. W motywach orzeczenia zwrócono uwagę, że decyzja organu pierwszej instancji została doręczona bezpośrednio stronie, z pominięciem ustanowionego w sprawie pełnomocnika. W konsekwencji, skoro decyzja organu pierwszej instancji – wskutek jej niedoręczenia ustanowionemu pełnomocnikowi – nie weszła do obrotu prawnego, organ odwoławczy powinien w takim przypadku wydać postanowienie o niedopuszczalności odwołania. W następstwie powyższego wyroku organ pierwszej instancji wydał wymienioną na wstępie decyzję z [...] lipca 2025 r., w której podtrzymał stanowisko, że faktury dokumentujące wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów na rzecz G. GmbH oraz G. s.r.o. były nierzetelne, w następstwie czego nie doszło do transakcji podlegających opodatkowaniu, a w rezultacie nastąpiła zmiana przeznaczenia towarów handlowych na działalność niepodlegającą opodatkowaniu; to z kolei skutkowało korektą podatku naliczonego wykazanego przez skarżącą. W zakresie transakcji z K. podtrzymano dotychczasowe stanowisko. Powyższą decyzję utrzymał w mocy organ odwoławczy obecnie zaskarżoną decyzją z [...] listopada 2025 r. W ocenie organów nie doszło przy tym do przedawnienia zobowiązania podatkowego z uwagi na przesłanki zawieszające, a to wszczęcie dochodzenia o przestępstwo skarbowe, jak też doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, tzn. z uwagi na postępowania karnoskarbowe i zabezpieczające. W skardze do tut. Sądu sformułowano zarzuty naruszenia przepisów prawa procesowego i materialnego, tj. art. 153 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, art. 144 § 5 w zw. z art. 126 § 1, art. 210 § 1 pkt 8 i w zw. z art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, art. 70 § 1 i § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c i art. 59 § 1 pkt 9 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, a ponadto art. 86 ust. 1 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 1 ust. 2, motywu 30 i art. 167 dyrektywy Rady 2006/112/WE w sprawie wspólnego sytemu podatku od wartości dodanej. W oparciu o powyższe skarżąca domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji, umorzenia postępowania podatkowego, a także zwrotu kosztów postępowania. Stanowisko skarżącej sprowadza się do następujących twierdzeń: - wadliwie organ pierwszej instancji wydał ponowną decyzję, wbrew wskazaniom co do dalszego postępowania wynikającym z ww. wyroku NSA, - w konsekwencji powyższego błędnie doręczono spółce nową decyzję naczelnika w formie elektronicznej, mimo że pierwotna decyzja została sporządzona w formie papierowej i w takowej powinna zostać doręczona stronie, - doszło do przedawnienia należności skarżącej z uwagi na instrumentalne zawieszenie biegu terminu w ww. zakresie, a to m.in. z uwagi na brak rzeczywistego dążenia do realizacji celów postępowania karnoskarbowego, - brak był podstaw do kwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z dostawami wewnątrzwspólnotowymi uznanymi przez organy za nierzetelne w sytuacji, gdy nie dowiedziono umyślnego uczestnictwa podatnika w oszustwie. Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, nie znajdując podstaw do zmiany dotychczasowej oceny. Na rozprawie przed tut. Sądem pełnomocnik skarżącego popierał skargę; z kolei pełnomocnik organu wniósł o oddalenie skargi. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje. Na wstępie wskazać należy, że Sąd nie podzielił zarzutu przedawnienia spornych zobowiązań, który zasadza się na twierdzeniu o instrumentalnym zawieszeniu biegu ww. terminu. W tym zakresie skarżąca akcentuje zasadniczo bliskość upływu nominalnego terminu przedawnienia zobowiązań w czasie wszczęcia dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe (niespełna pół roku), a ponadto brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu śledztwa (s. 11 i n. skargi). Pomija jednak, że w czasie wszczęcia dochodzenia bieg terminu przedawnienia ww. należności pozostawał już od dwóch lat zawieszony z uwagi na toczące się postępowanie zabezpieczające w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (s. 13 zaskarżonej decyzji). Niezależnie więc od chronologii i skali czynności podejmowanych w postępowaniu przygotowawczym organ nie znajdował się w takim położeniu, które mogłoby wskazywać na intencję przedłużenia poprzez postępowanie karnoskarbowe okresu orzekania w sprawie wymiarowej. Zarzut instrumentalności jawi się zatem jako chybiony. Ponadto z akt sprawy nie wynika, aby postępowanie zabezpieczające, w którym doręczono zarządzenie zabezpieczenia, było zakończone w dacie wydania zaskarżonej decyzji, podczas gdy termin przedawnienia w takim przypadku biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (vide uchwałę NSA o sygn. III FPS 4/24, ONSAiWSA nr 2/2025, poz. 17). Zatem nawet gdyby przesłankę instrumentalności w tej sprawie "brać poważnie", by tak rzecz sparafrazować językiem Dworkina, to i tak nie uchylałoby powyższe drugiej przesłanki zawieszającej, która wystąpiła w tej sprawie. Sąd podzielił natomiast zarzut naruszenia zasady związania wyrokiem sądu administracyjnego. Jak trafnie zauważono w skardze (s. 5 i n.), z wyroku wydanego w niniejszej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny wynika, że w jego następstwie organ pierwszej instancji powinien był doręczyć skarżącej decyzję z [...] sierpnia 2019 r., tzn. pierwotnie wydaną decyzję w pierwszej instancji. W motywach tego wyroku wskazano bowiem (pkt 4.3), że jako własne skład orzekający na gruncie przedmiotowej sprawy przyjął par excellence zapatrywanie, iż "brak skutecznego doręczenia powoduje, że nie powstają żadne skutki materialnoprawne ani procesowe będące następstwem prawidłowego doręczenia. (...) Organ podatkowy nie może konwalidować tej wadliwej czynności. Zobowiązany jest jedynie do ponowienia czynności doręczenia ustanowionemu pełnomocnikowi." Sąd kasacyjny nie pozostawił zatem organowi pierwszej instancji "pola manewru" w postaci możliwości wydania nowej decyzji i jej doręczenia w trybie przepisów dotyczących doręczeń elektronicznych; zobligował do doręczenia pierwotnej decyzji wydanej w tradycyjnej, papierowej formie, co powinno pociągać za sobą również jej doręczenie w takiej postaci. W replice złożonej do tut. Sądu organ usiłuje powyższy pogląd zwalczać przez akcentowanie braku wejścia pierwotnie wydanej decyzji do obrotu prawnego, błędnie interpretując przy tym treść uzasadnienia wyroku NSA, tj. że Sąd ten "przesądził wyłącznie, że decyzja naczelnika ... nie weszła do obrotu prawnego" (s. 10 in fine i n.). Naczelny Sąd Administracyjny, jak zauważono, wskazał również sposób dalszego procedowania sprawy podnosząc, że "dopiero doręczenie decyzji organu pierwszej instancji, a następnie organu odwoławczego będzie stanowiło podstawę do kontroli innych zarzutów naruszenia przepisów prawa procesowego i materialnego" (pkt 4.4. uzasadnienia). Zatem okoliczność, że decyzja z [...] sierpnia 2019 r. nie wywołała skutków prawnych nie oznacza, że organ mógł zignorować ww. wskazanie Sądu odwoławczego. Nieporozumienie stanowi przy tym nawiązanie do orzecznictwa dotyczącego wydania nowej decyzji w sytuacji, gdy pierwotna nie została skutecznie doręczona. Po pierwsze wyrok Sądu kasacyjnego, do którego nawiązaniu w odpowiedzi na skargę (o sygn. III FSK 1411/24), odnosił się do odmiennego stanu faktycznego, w którym organ pierwszej instancji, z uwagi na stwierdzenie niepowodzenia próby doręczenia decyzji, kontynuował postępowanie wieńcząc je nową decyzją, tym razem poprawnie doręczoną. W niniejszej zaś sprawie ową nową decyzję wydano nie niejako własnym sumptem, lecz po sześciu latach od wydania tej pierwotnej, na skutek procedowania sprawy nie tylko w instancji odwoławczej, ale również przed sądami administracyjnymi obu instancji. Organ podatkowy był w związku z tym, jak zauważono, związany wskazaniami co do dalszego procedowania wynikającymi z wyroku Sądu odwoławczego o sygn. I FSK 2390/21, które to wskazania wiązały nie selektywnie, do czego dążą argumentu repliki, lecz w całości. Nie bez znaczenia na tym tle, zwłaszcza w kontekście wpływu omawianego uchybienia na wynik sprawy, jest okoliczność, że w nowej decyzji istotnie zmodyfikowano tak rozliczenie skarżącej, jak i przyjętą w tym zakresie metodykę. Odstąpiono bowiem od koncepcji zastosowania stawki krajowej do dostaw wewnątrzwspólnotowych na rzecz pozbawienia prawa do odliczenia podatku naliczonego z nimi związanego, co przełożyło się na określenie kwot do zwrotu na rachunek bankowy (vide k. 1766 i s. 25 i n. pierwotnej decyzji oraz k. 2134 i s. 57-59 nowej decyzji). Strona miała tymczasem prawo, w ocenie Sądu, kontestować ustalenia organu zawarte w pierwotnej decyzji, której ocena prawna, powielona przez organ odwoławczy, wyrażała stanowisko organów aż do czasu wydania wyroku przez Naczelny Sąd Administracyjny. Zdaniem składu orzekającego, organy nie otrzymały carte blanche na nowe ustalenia prawne w sprawie na poziomie organu pierwszej instancji. Wskazania były czytelne: organ odwoławczy powinien był wydać postanowienie o niedopuszczalności odwołania, zaś organ pierwszej instancji doręczyć ustanowionemu pełnomocnikowi decyzję z [...] sierpnia 2019 r. Jedynie na marginesie w powyższym stanie rzeczy zwrócić należy uwagę, już abstrahując od stanu faktycznego przedmiotowej sprawy, że pogląd o możliwości wydania nowej decyzji w sytuacji nieskutecznej próby doręczenia tej pierwotnej, na który powołano się w odpowiedzi (w miejsce ponownej próby doręczenia decyzji pierwotnej), wydaje się dyskusyjny w świetle odpowiednio recypowanych uchwał Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygn. I FPS 5/07 (ONSAiWSA z 2008 r. nr 2, poz. 22) oraz II FPS 7/09 (ONSAiWSA z 2010 r. nr 3, poz. 38). Z uwagi na powyższe doszło w sprawie do naruszenia tak zaskarżoną decyzją, jak i poprzedzającą ją decyzją organu pierwszej instancji art. 153 w zw. z art. 193 i art. 170 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, co uzasadniało uchylenie tych decyzji. Sąd jako posiłkowy i nieprzesądzający o treści rozstrzygnięcia ocenił z kolei zarzut dotyczący zastosowanego trybu doręczenia decyzji pierwszo-instancyjnej. W istocie, jak wynika z jego motywów (s. 6 i n. skargi), nie tyle kontestuje on wadliwe doręczenie nowej decyzji wydanej w formie elektronicznej, co jej wydanie i doręczenie w ogóle, w miejsce pierwotnie wydanej decyzji papierowej. Z uwagi na brak uwzględnienia zarzutu przedawnienia nie zasługiwał na aprobatę najdalej idący wniosek o umorzenie postępowania podatkowego. W przedstawionym stanie rzeczy przedwczesne jest odniesienie się do zarzutów naruszenia prawa materialnego, tj. ustawy o podatku od towarów i usług oraz dyrektywy VAT, związanych z zakwestionowaniem skarżącej podatku naliczonego związanego z dostawami na rzecz G. GmbH oraz G. s.r.o.; podobnie ocena nabyć od K. nie może stać się przedmiotem oceny Sądu, dopóki nie zostanie w stosownym trybie wyrażone w tym zakresie ostateczne stanowisko organów. W ponownym postępowaniu organ pierwszej instancji wykona wyrok Sądu kasacyjnego o sygn. I FSK 2390/21, tzn. doręczy podatnikowi decyzję z [...] sierpnia 2019 r. W związku z powyższym orzeczono jak w sentencji wyroku. Podstawę prawną orzeczenia stanowiły art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, a także art. 200 w zw. z art. 205 § 2 ww. ustawy (w zakresie kosztów postępowania).