II FSK 1160/23

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia NSA Małgorzata Wolf- Kalamala, Sędzia WSA (del.) Artur Kot, Protokolant asystent sędziego Mateusz Siedlecki, po rozpoznaniu w dniu 4 sierpnia 2026 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 23 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Łd 122/23 w sprawie ze skargi Z. sp. z o.o. sp.k z siedzibą w Ł. (obecnie: M. sp. z o.o. z siedzibą w W. ) na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 30 listopada 2022 r., nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej na rzecz M. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 240 (dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

1. Wyrokiem z 23 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Łd 122/23, w sprawie ze skargi Z. Sp. z o. o. Sp. k. z siedzibą w Ł. na interpretację Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: "DKIS") z dnia 30 listopada 2022 r. w przedmiocie przepisów prawa w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. 2022 r., poz. 329 ze zm., zwana dalej: "p.p.s.a."), uchylił zaskarżoną interpretację w całości. Tekst powyższego wyroku wraz z uzasadnieniem (oraz innych orzeczeń sądów administracyjnych przywołanych poniżej) dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (zwana w skrócie "CBOSA", adres: https://orzeczenia.nsa.gov.pl). 2.1. Pełnomocnik organu podatkowego wniósł skargę kasacyjną i zaskarżył powyższy wyrok w całości zarzucając mu na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a. naruszenie: 1. przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy (art. 174 pkt 2 p.p.s.a.), tj.: art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit c. p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2021 r. poz. 1540 ze zm., dalej: "O.p." ) poprzez uchylenie zaskarżonej interpretacji na skutek błędnego przekonania, iż organ uzasadniając swoje stanowisko - kwestionujące stanowisko wnioskodawcy - oparł argumentację wyłącznie na tezach zawartych w objaśnieniach Ministra Finansów, które mają charakter ogólny i nie stanowią przepisów powszechnie obowiązujących; 2. przepisów prawa materialnego (art. 174 pkt 1 p.p.s.a.), przez błędną wykładnię: a) art. 17 ust, 1 pkt 34 i 34a w zw. z ust. 4, w zw. z art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j.: Dz. U. z 2021 r., poz. 1800 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p.") oraz w zw. z art. 16 ust. 1 w zw. z art. 12 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j.: Dz. U. z 2020 r., poz. 1670 ze zm., dale: "ustawa o SSE"), a także w zw. z art. 3 ust. 1 i art. 4, w zw. z art. 13 ust. 7 w zw. z ust. 6 oraz w zw. z art. 13 ust. 8 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (t.j.: Dz. U. z 2020 r. poz. 1752 ze zm., dalej: "u.w.n.i."), przez uznanie, że w celu określenia wysokości dochodu (starty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz z działalności w oparciu o decyzję o wsparciu nowej inwestycji, podatnik może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie posiadania w danym okresie zezwolenia na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej i decyzji o wsparciu nowej inwestycji, gdy tymczasem zdaniem organu, podatnik musi prowadzić w takiej sytuacji odrębne ewidencje pozwalające ustalić dochody podlegające zwolnieniu z tytułu działalności objętej zezwoleniem na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej i z tyłu działalności objętej decyzją o wsparciu nowej inwestycji; b) art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a w zw. z ust. 4 u.p.d.o.p. oraz w zw. z art. 16 ust. 1 w zw. z art. 12 ust, 1 i 3 ustawy o SSE, a także w zw. z art. 3 ust. 1 i art. 4, w zw. z art. 13 ust. 7 w zw. z ust. 6 oraz w zw. z art. 13 ust. 8 u.w.n.i., przez uznanie, że zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych podlega dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia i decyzji o wsparciu nowej inwestycji. W oparciu o tak sformułowane zarzuty, pełnomocnik organu wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie, uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania. 2.2. Pełnomocnik Spółki nie wniósł odpowiedzi na skargę kasacyjną, a na rozprawie w dniu 4 sierpnia 2026 r. i w pismach procesowych z 31 października 2023 r. oraz z 20 lipca 2026 r. wniósł o jej oddalenie i zasądzenie kosztów postepowania. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje: 3.1. Skarga kasacyjna podlega oddaleniu. 3.2. Przedmiotem sporu jest ewidencjonowanie przychodów z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji, a także sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej przysługującej w związku z zezwoleniami strefowymi oraz decyzją o wsparciu nowej inwestycji. 3.3. Skarga kasacyjna DIAS zawiera zarówno zarzuty naruszenia przepisów postępowania, jak i naruszenia prawa materialnego. Co do zasady w takiej sytuacji w pierwszej kolejności należy odnieść się do podniesionych w skardze kasacyjnej zarzutów procesowych. Zasadniczym jednak spornym zagadnieniem w sprawie w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego była prawidłowa wykładnia przepisów prawa materialnego W związku z tym, że to prawidłowa wykładnia przepisów prawa materialnego determinowała rozstrzygnięcie w sprawie, w pierwszym rzędzie należy odnieść się do zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego. Nie ma racji skarżący kasacyjnie organ, że doszło do dokonania przez Sąd a quo błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj. art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a w zw. z ust. 4 u.p.d.o.p. oraz w zw. z art. 16 ust. 1 w zw. z art. 12 ust, 1 i 3 ustawy o SSE, a także w zw. z art. 3 ust. 1 i art. 4, w zw. z art. 13 ust. 7 w zw. z ust. 6 oraz w zw. z art. 13 ust. 8 ustawy o u.w.n.i. W pierwszej kolejności odnieść się należy do wywodzonego z tych przepisów przez organ obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności objętej zezwoleniem i decyzją o wsparciu. Nie budzi wątpliwości, że koszty i przychody z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach zezwolenia i decyzji nie są uwzględniane przy obliczaniu dochodu na zasadach ogólnych, co wprost wynika z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. Obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, wynikający z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Nie odnosi się on zatem do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem strefowym lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu. Nie budzi jednak wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można wyprowadzić z art. 12a ust. 1 ustawy o SSE oraz z art. 19 u.w.n.i. Przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p., zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Przepis ten odnosi się do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej. Nie ma znaczenia w tym zakresie art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. Nakazuje on organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej. Nie można także wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu z art. 12 ust. 2 ustawy o SSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba te przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 ustawy o SSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują one jednak rozdzielnego jej obliczenia i wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania. Po wejściu w życie u.w.n.i. zezwolenia na działanie w SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 u.w.n.i). Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np. poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu – art. 2 pkt 1 lit. a u.w.n.i). Ustawodawca zachował zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 u.w.n.i, że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio. Odpowiednio zatem należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten potwierdza prawidłowość tezy, że w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej pomocy publicznej jest taki sam. Nie budzi przy tym wątpliwości, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu. W orzecznictwie przyjęto za prawidłowy pogląd, zgodnie z którym rozliczanie pomocy następuje zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyrok NSA z 14 czerwca 2023 r., o sygn. akt II FSK 2872/20). W wyroku z 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14 (publ. CBOSA), NSA stwierdził, że w przypadku, gdy podatnik prowadzi działalność gospodarczą na terenie jednej specjalnej strefy ekonomicznej (na obszarze jednego województwa) na podstawie kilku zezwoleń, to podatnikowi przysługuje prawo do sumowania przysługujących na ich podstawie limitów pomocy publicznej (niezależnie od zakresu przedmiotowego tych zezwoleń). Istotne jest bowiem wyłącznie to, aby zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. działalność prowadzona była w określonym miejscu (na terenie jednej SSE) i w ramach uzyskanego zezwolenia. 3.4. Uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Świadczy o tym treść art. 13 ust. 7 u.w.n.i., regulującego sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. Organ wskazuje, że odmienny wniosek można wyprowadzać z treści art. 13 ust. 8 u.w.n.i. Według tego przepisu rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z tego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 u.w.n.i., w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust. 7 u.w.n.i. i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia tych przepisów. Organ nie zauważa jednak, że wywód w tym zakresie stanowił punkt wyjścia do dalszych wniosków, a mianowicie, że takie same zasady znajdą zastosowanie w przypadku podmiotu dysponującego zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu, z zastrzeżeniem, że nie prowadzi on działalności również poza strefą i poza miejscem wskazanym w decyzji o wsparciu. Za prawidłowe należy wobec tego uznać stanowisko Sądu pierwszej instancji, z którego wynika, że prawidłowe było stanowisko Spółki w odniesieniu do sposobu rozliczenia przyznanej pomocy publicznej. Jak trafnie wskazano w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku w art. 12 ust. 2 ustawy o SSE przyjęto, że w przypadku, gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń. Z kolei w ust. 6 art. 13 u.w.n.i. przyjęto, że jeżeli przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu. Nadto w art. 13 ust. 7 tej ustawy przewidziano, że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio. Norma prawna wynikająca z tych przepisów przewiduje zatem chronologiczna kolejność rozliczania pomocy, o czym stanowi jednolita linia orzecznicza, zgodnie z którą zasadne jest rozliczanie pomocy zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach. Z kolei unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń strefowych. Tym samym, zasadne jest na gruncie rozpatrywanej sprawy stanowisko, że w pierwszej kolejności wykorzystywany powinien być limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia strefowego, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystraczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczania dostępnym limitem wynikającym z decyzji o wsparciu w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania. 3.5. Co do podniesionego naruszenia przepisów postępowania należy stwierdzić, że co do zasady nie można podważyć skutecznie stanowiska organu interpretacyjnego tylko z tego powodu, że opiera się ono na objaśnieniach Ministra Finansów. Podkreślenia jednak wymaga, że w rozpatrywanej sprawie Sąd a quo zajął w sprawie stanowisko co do meritum, kwestionując w istocie wykładnię prawa materialnego, dokonaną w interpretacji indywidualnej. To zaś czy miała ona swoje umocowanie w urzędowych objaśnieniach, czy była wynikiem samodzielnej oceny DKIS miało w sprawie drugorzędne znaczenie. Tym samym zarzut naruszenia prawa procesowego z art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 14c § 2 O.p. nie miał wpływu na wynik sprawy. 3.6. .Mając powyższe na uwadze, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 2 p.p.s.a.