I SA/Sz 104/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Elżbieta Dziel Sędziowie Sędzia WSA Wiesława Achrymowicz (spr.), Sędzia WSA Bolesław Stachura Protokolant starszy sekretarz sądowy [...] po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 20 maja 2026 r. sprawy ze skargi [...] na interpretację indywidualną [...] z dnia [...] grudnia 2025 r. nr [...] w przedmiocie zastosowania przepisów prawa podatkowego oddala skargę.

W zaskarżonej interpretacji indywidualnej Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (organ) ocenił, że stanowisko E. S. Sp. z o.o. w Ż. (spółka) jest w części prawidłowe, a w części nieprawidłowe. W uzasadnieniu tej treści zapatrywania prawnego organ wyjaśnił, że spółka we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej przedstawiła okoliczności, w których jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych. Podlega opodatkowaniu w Polsce od całości swoich dochodów bez względu na miejsce ich osiągania (jest rezydentem podatkowym w Polsce). Jest jednym z liderów wdrażania i opracowywania rozwiązań z obszaru automatyzacji procesów logistyczno -magazynowych w Europie. Spółka specjalizuje się w technologii przenośników, automatyzacji logistyki oraz optymalizacji procesów transportu i magazynowania. Ponadto zajmuje się kompleksową realizacją projektów zautomatyzowanych linii i systemów transportowych oraz produkcją urządzeń logistyki wewnętrznej. Działalność spółki polega na projektowaniu, produkcji, integracji, montażu i ulepszaniu między innymi zautomatyzowanych systemów transportu, automatycznych systemów magazynowania oraz przenośników, urządzeń i komponentów (np. rolki transportowe, urządzenia do zmiany kierunku). Oferta spółki skierowana jest w szczególności do przedsiębiorstw, działających w branżach jak: motoryzacja i produkcja opon, FMCG, retail, automatyka przemysłowa, czy produkcja przemysłowa. Działalność realizowana przez spółkę jako działalność badawczo-rozwojowa (działalność B+R) polega na projektowaniu, konstruowaniu oraz testowaniu rozwiązań z zakresu logistyki wewnętrznej. Cechuje się stałym ulepszaniem oferowanych produktów oraz wydajności procesów produkcji, a także dążeniem do optymalizacji zużycia surowców i czasu pracy. Przeważająca większość systemów wytwarzanych przez spółkę powstaje w wyniku ścisłej współpracy z klientami, a w konsekwencji posiada indywidualny i twórczy charakter, wynikający ze specyficznych potrzeb oraz uwarunkowań. W wyniku realizacji projektów spółka opracowuje nowe rozwiązania i koncepcje technologiczne, które wykorzystywane są w rozwoju i opracowywaniu nowych produktów lub procesów. Spółka zatrudnia wykwalifikowaną kadrę inżynierów, którzy odpowiadają za kompleksowe planowanie i zarządzanie realizowanymi projektami, w tym za odpowiedni dobór komponentów, technologii przenośników oraz systemów sterowania, czy napędów, dzięki czemu możliwe jest tworzenie dedykowanych rozwiązań, dostosowanych pod konkretny projekt. Zatrudnia również specjalistów odpowiedzialnych za dalsze etapy tworzenia systemów - produkcję oraz wdrożenie, polegające na integracji technologii transportu z technologią produkcji, magazynowania, systemami IT i robotami przemysłowymi. Opisana działalność spółki realizowana jest w oparciu o strukturę organizacyjną złożoną z poszczególnych działów. W zakres zadań działów wchodzi między innymi opracowywanie koncepcji oraz szczegółowych projektów mechanicznych, elektrycznych oraz oprogramowania z uwzględnieniem wytycznych określonych w specyfikacji projektowej. Działalność ta niewątpliwie obejmuje zdobywanie nowej wiedzy i jej zastosowanie. Twórczy charakter powyższych prac wynika z faktu, że wymienione zespoły samodzielnie opracowują i wykonują systemy nieoferowane dotąd przez spółkę, a rezultatem jest produkt gotowy do uruchomienia oraz pełna dokumentacja techniczna. Większość rozwiązań stosowanych w projektach jest autorska, a wdrażane rozwiązania mają charakter innowacji co najmniej w skali przedsiębiorstwa. Wyzwaniem w omawianych projektach jest szereg ograniczeń, które wynikają z określonych norm i przepisów związanych z wymaganiami bezpieczeństwa, indywidualnych potrzeb danego klienta oraz technicznej charakterystyki systemów i poszczególnych ich elementów. W konsekwencji efekty prac spółki podlegają walidacji poprzez specjalistyczne testy i analizy. Spółka zdobywa również nową wiedzę, która dotyczy przede wszystkim technicznych aspektów budowy systemów logistyczno-magazynowych i tworzenia dedykowanego im oprogramowania. Działalność prowadzona w ramach działów spełnia definicję działalności B+R z art. 4a pkt 26 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U.2026.554 - ustawa o CIT). W związku z prowadzeniem działalności B+R spółka stosuje ulgę z art. 18d ustawy o CIT (ulga B+R). W 2025 r. w spółce przeprowadzony został szczegółowy przegląd projektów realizowanych w latach podatkowych 2020-2023 w celu weryfikacji zakresu prowadzonej w tych latach działalności B+R oraz ustalenia wysokości kosztów, o których mowa w art. 18d ust. 2 ustawy o CIT (koszty kwalifikowane), możliwych do rozliczenia w ramach ulgi B+R. Po ustaleniu konkretnych projektów, stanowiących działalność B+R oraz poniesionych w związku z nimi kosztów kwalifikowanych, w kwietniu 2025 r. spółka złożyła korekty deklaracji CIT-8 za lata podatkowe 2020-2023 wraz z załącznikami CIT/BR, w których wykazała koszty kwalifikowane poniesione w tych okresach. W ramach tego rozliczenia CIT za lata podatkowe 2020 i 2021 spółka odliczyła od podstawy opodatkowania całość zidentyfikowanych w tych okresach kosztów kwalifikowanych. Natomiast w rozliczeniu za rok podatkowy 2022 spółka nie miała możliwości odliczenia całości poniesionych kosztów kwalifikowanych z uwagi na niewystraczającą wysokość dochodu. Jednocześnie w roku podatkowym 2023 spółka poniosła stratę podatkową i z tego powodu nie mogła w ogóle odliczyć kosztów kwalifikowanych w tym okresie. Z tego samego powodu spółka nie była w stanie skorzystać z przysługujących jej odliczeń kosztów kwalifikowanych z lat poprzednich, w zeznaniu za rok podatkowy 2024. W konsekwencji spółka posiada obecnie nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione w latach podatkowych 2022 oraz 2023. Spółka postanowiła skorzystać z ulgi określonej w art. 18db ustawy o CIT. Począwszy od lipca 2025 r. pomniejsza zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych (PIT), które jako płatnik pobiera od wynagrodzeń pracowników B+R zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U.2026.592 - ustawa o PIT) i przekazuje na rachunek urzędu skarbowego. Kwota tego pomniejszenia odpowiada iloczynowi nieodliczonych kosztów kwalifikowanych i stawki podatku stosowanej przez spółkę w danym roku podatkowym, zgodnie z art. 18db ust. 1 ustawy o CIT. Spółka prowadzi ewidencję czasu pracy wybranych zatrudnionych osób i na tej podstawie jest w stanie ustalić osoby, które spełniają warunek przewidziany w art. 18db ust. 3 pkt 1 ustawy o CIT (pracowników, których czas pracy przeznaczony na realizację działalności B+R w ogólnym czasie pracy w danym miesiącu wynosi co najmniej 50%). Spółka posiada taką ewidencję również dla poprzednich lat podatkowych, w tym 2023 i 2024. Przez ogólny czas pracy w danym miesiącu spółka rozumie ogólny wymiar pracy danego pracownika, uwzględniający również okresy usprawiedliwionej nieobecności, jak urlop wypoczynkowy, okolicznościowy. Ze względu na znaczną wysokość nieodliczonych kosztów kwalifikowanych spółka rozważa możliwość zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników również w odniesieniu do zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, które zostały wypłacone w latach podatkowych 2023-2024, przez złożenie korekt deklaracji PIT-4R oraz wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu nadpłaconych zaliczek PIT, skoro spółka nie skorzystała z ulgi B+R wcześniej, na bieżąco. W latach podatkowych 2023 oraz 2024 wynagrodzenia pracowników B+R należne za dany miesiąc były wypłacane w miesiącu następującym po przepracowanym miesiącu. Spółka pobierała zaliczki na PIT, które wpłacała na rachunek właściwego urzędu skarbowego w terminie do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym je pobrano. W czerwcu 2023 r. oraz w kwietniu 2024 r. spółka złożyła zeznanie CIT-8, o którym mowa w art. 27 ust. 1 ustawy o CIT, odpowiednio za lata podatkowe 2022 i 2023. Na kanwie przedstawionych okoliczności spółka powzięła wątpliwości prawne co do tego, czy po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za lata podatkowe 2022 i 2023, w ramach których wykazano koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, spółka ma prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w miesiącach następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych za te lata podatkowe, w odpowiednich miesiącach lat podatkowych 2023 i 2024, poprzez wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, niepomniejszonych na bieżąco w ramach ulgi na innowacyjnych pracowników z zastrzeżeniem, że pomniejszenie z tytułu ulgi, przysługujące za odpowiednie miesiące roku podatkowego 2023 r., będzie kalkulowane w oparciu jedynie o nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione w roku podatkowym 2022. Zdaniem spółki, po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za lata podatkowe 2022 i 2023, w ramach których wykazano koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, spółka ma prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w miesiącach następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych za te lata podatkowe (tj. w odpowiednich miesiącach lat podatkowych 2023 i 2024) przez wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, niepomniejszonych na bieżąco w ramach ulgi na innowacyjnych pracowników z zastrzeżeniem, że pomniejszenie z tytułu ulgi, przysługujące za odpowiednie miesiące roku podatkowego 2023 r., będzie kalkulowane w oparciu jedynie o nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione w roku podatkowym 2022. Taki wniosek, według spółki, należy wyprowadzić z art. 4a pkt 26, art. 18d ust. 1, ust. 8, art. 18db ust. 1 - ust. 6 ustawy o CIT. Spółka tłumaczyła, że istotne jest spełnienie następujących przesłanek: - podatnik deklaruje kwotę kosztów kwalifikowanych nieodliczoną w ramach ulgi B+R w poprzednich latach podatkowych; - w zakończonym roku podatkowym podatnik poniósł stratę podatkową albo osiągnął dochód niższy od kwoty przysługującego za ten rok podatkowy odliczenia na podstawie art. 18d ustawy o CIT; - podatnik złożył zeznanie, o którym mowa w art. 27 ust. 1 ustawy o CIT (roczne zeznanie podatkowe); - podatnik zatrudnia osoby fizyczne bezpośrednio zaangażowane w działalność B+R, które poświęcają na przedmiotową działalność co najmniej 50% ogólnego czasu pracy w danym miesiącu lub współpracuje na podstawie umowy zlecenia, umowy o dzieło z osobami, których czas wykonania usługi w zakresie działalności B+R stanowi co najmniej 50% całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi; - od dochodów wypłacanych wymienionym pracownikom z tytułu stosunku pracy lub innych tytułów wymienionych w art. 18db ust. 2 ustawy o CIT podatnik pobiera zaliczki na PIT jako płatnik. W okolicznościach opisanych przez spółkę wszystkie powyższe warunki były spełnione. W dalszej kolejności spółka powołała się na art. 72 § 1 pkt 1, pkt 2, art. 75 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa (Dz.U.2026.622 - O.p.). Argumentowała, że skoro w odpowiednich miesiącach lat podatkowych 2023 i 2024 spełniała wszystkie warunki przewidziane dla stosowania ulgi B+R, na bieżąco nie pomniejszała zaliczek na PIT z tytułu ulgi B+R, to obecnie - biorąc pod uwagę, że wymienione lata podatkowe nie uległy przedawnieniu - ma prawo do skorzystania z ulgi B+R przez wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z tytułu nadpłaconych zaliczek na PIT. Spółka zwróciła uwagę, że ustawa o CIT nie ogranicza możliwości korzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników jedynie na bieżąco. Nie wyklucza powstania nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT przy spełnieniu wszystkich przesłanek ulgi B+R. Rozpatrywana ulga przysługiwała spółce "na bieżąco" w wymienionych latach podatkowych i przysługuje również "wstecz" do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego za dany rok podatkowy. Zgodnie z uzasadnieniem projektu ustawy zmieniającej ustawę o CIT (druk nr 1532) "Projekt wprowadza możliwość odliczenia przez podatnika będącego płatnikiem od zaliczek na podatek dochodowy oraz zryczałtowanego podatku dochodowego, potrącanych należności z dochodów (przychodów) osób fizycznych zatrudnionych u podatnika na podstawie umowy o pracę lub umów cywilnoprawnych, z tytułu kosztów kwalifikowanych działalności badawczo-rozwojowej, których podatnik nie odliczył ponieważ poniósł stratę albo wysokość dochodu była niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń". Zwrócono uwagę na potrzebą "wsparcia polskich przedsiębiorców ze strony państwa dodatkowymi zachętami fiskalnymi związanymi z działalnością innowacyjną (obok obowiązujących: ulgi na działalność B+R oraz preferencyjnego opodatkowania dochodów z praw własności intelektualnej IP Box)". W dalszej kolejności stwierdzono, że ulga na innowacyjnych pracowników ma stanowić "uzupełnienie odliczeń z tytułu kosztów kwalifikowanych związanych z działalnością badawczo-rozwojową". Z uzasadnienia projektu ustawy zmieniającej ustawę o CIT jasno wynika, że intencją ustawodawcy wprowadzającego ulgę na innowacyjnych pracowników było umożliwienie podatnikom skorzystania w pełni z preferencji podatkowych z tytułu prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej przez pomniejszanie płaconych zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, a nie wprowadzenie ram czasowych, ograniczających możliwość zastosowania tej ulgi, rozliczenia kosztów kwalifikowanych. Przyjęcie, że ulgę na innowacyjnych pracowników można stosować jedynie w krótkim okresie, w którym podatnik ma wpłacić pobrane od wynagrodzeń zaliczki na PIT, pomimo spełnienia wszystkich jej ustawowych przesłanek, stałoby w sprzeczności z zasadą racjonalnego ustawodawcy oraz spójnością przepisów ustawy o CIT. W ocenie organu, stanowisko spółki jest w części prawidłowe, a w części nieprawidłowe. Organ nawiązał do art. 4a pkt 26 - 28, art. 18d ust. 1, ust. 2 – ust. 3a, ust. 8, ust. 9, art. 18db ust. 1 - ust. 6, art. 27 ust. 1 ustawy o CIT. Z tych unormowań organ wywiódł, że ulga przewidziana w art. 18db ustawy o CIT jest adresowana do podatników, będących płatnikami, którzy prowadzą działalność B+R i ze względu na stratę lub niski dochód nie mogli w całości lub w części odliczyć w ramach ulgi B+R wydatków kwalifikowanych. Mechanizm określony w art. 18db ustawy o CIT umożliwia podatnikom szybsze rozliczenie kosztów kwalifikowanych poniesionych na działalność B+R. Jest to instrument nierozerwalnie związany z ulgą B+R. Organ przytoczył art. 81 § 1, § 2 O.p. Tłumaczył, że podatnicy mają możliwość korygowania zeznania CIT-8 w zakresie ulgi B+R, którego skutkiem może być powstanie nadpłaty w poprzednich latach podatkowych. Korekta taka wywołuje zatem skutek z mocą wsteczną. W konsekwencji spółka w wyniku złożenia korekty zeznania CIT-8 wraz z załącznikiem CIT/BR nabędzie prawo do rozliczenia kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 - ust. 3 ustawy o CIT poniesionych na działalność B+R. Po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za zakończone, nieprzedawnione lata podatkowe, w ramach których zostaną wykazane koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, będzie miała prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w odpowiednich miesiącach tych lat podatkowych, następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych. Korekta zeznania CIT-8 wywołuje skutek ex tunc. Podatnik nabywa prawo do rozliczenia nieodliczonych kosztów kwalifikowanych poprzez ulgę na innowacyjnych pracowników. Możliwe jest retrospektywne stosowanie ulgi na innowacyjnych pracowników. Spółka, korygując zeznania CIT-8, nabędzie prawo do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników - prawo do pomniejszenia wpłaconych zaliczek za odpowiednie miesiące zgodnie z art. 18db ust. 4 ustawy o CIT. W tej kwestii, w ocenie organu, stanowisko spółki okazało się prawidłowe. Następnie organ przytoczył art. 72 § 1 pkt 1, pkt 2, art. 75 § 1 - § 3 O.p. Na gruncie tych normowań stwierdził, że spółka jako płatnik ma możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wyłącznie w sytuacji, w której wpłacony organowi podatkowemu podatek nie został pobrany od podatnika. Natomiast, gdy zaliczki na PIT zostały pobrane i wpłacone zgodnie z obowiązującymi przepisami, w prawidłowej wysokości, nie istniało wówczas prawo do pomniejszenia zaliczek, gdyż podatnik (płatnik) nie podjął decyzji o zastosowaniu ulgi. Nie można zatem uznać, że w sprawie doszło do zapłaty podatku nienależnego lub zawyżonego. W rezultacie spółka jako płatnik nie będzie mogła skorzystać z uprawnienia uregulowanego w art. 75 O.p. Po złożeniu korekty zeznania CIT-8 wraz z załącznikiem CIT/BR, spółka może skorzystać z ulgi na innowacyjnych pracowników od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył pierwotne zeznanie CIT-8. W świetle powyższego organ przyjął, że: - w zakresie ustalenia, czy po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za lata podatkowe 2022 i 2023, w ramach których wykazano koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, spółka ma prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w miesiącach następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych za te lata podatkowe - jest prawidłowe; - odnośnie do możliwości wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R - jest nieprawidłowe. Spółka złożyła skargę na powyższą interpretację indywidualną. Zarzuciła naruszenie: - art. 18db ust. 1 ustawy o CIT, art. 75 § 1, § 2 O.p. przez błędne przyjęcie, że spółka, korzystając z ulgi na innowacyjnych pracowników, działa jako płatnik i ma możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wyłącznie w sytuacji, w której wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika, gdy ulga przysługuje spółce jako podatnikowi, nie jako płatnikowi; - art. 18db ust. 1, ust. 4 ustawy o CIT z powodu stwierdzenia, że podatnik może zastosować ulgę na innowacyjnych pracowników jedynie przed przekazaniem pobranych zaliczek na PIT na rachunek urzędu skarbowego; - art. 120, art. 121 § 1, art. 14e § 1, § 2, art. 14h O.p. przez naruszenie zasady legalności, zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. W następstwie formułowanych zarzutów spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji indywidualnej w części, w której organ uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe oraz o zasądzenie kosztów postępowania sądowego. W uzasadnieniu zarzutów i wniosków zawartych w skardze spółka wykazywała, że w świetle art. 18db ust. 1 ustawy o CIT podmiot korzystający z ulgi na innowacyjnych pracowników działa w tym zakresie w charakterze podatnika, a nie płatnika. Tym samym, występując z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, wynikającej z zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników, spółka działałaby jako podatnik, nie zaś jako płatnik. Ponadto art. 18db ust. 4 ustawy o CIT określa jedynie miesiące roku podatkowego, w których ulga może być zastosowana. Nie wyłącza możliwości jej późniejszego wykazania, po przekazaniu zaliczek na PIT w wysokości, która nie uwzględniała ulgi. W interpretacjach indywidualnych, dotyczących ulgi na innowacyjnych pracowników, zwraca się uwagę, że art. 18db ust. 4 ustawy o CIT przede wszystkim przewiduje, że przysługuje ona w podziale na lata podatkowe i ich konkretne miesiące, nie wprowadza restrykcyjnych ograniczeń co do samego momentu podjęcia decyzji o skorzystaniu z ulgi przez uprawnionego podatnika. Nie stanowi o konieczności korzystania z tej preferencji wyłącznie na bieżąco, tylko jedynie wskazuje na jej roczny charakter. W ocenie spółki, stanowisko organu zawiera sprzeczność. Z jednej strony organ stwierdził, że korekta zeznania rocznego CIT wywołuje skutek ex tunc (wsteczny) i spółka nabywa prawo do retrospektywnego rozliczenia ulgi na innowacyjnych pracowników za minione lata podatkowe 2023 i 2024, a z drugiej strony wywodzi, że spółce nie przysługuje prawo do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, bo w momencie wpłaty zaliczek podatek był należny, spółka nie podjęła decyzji o zastosowaniu ulgi. Jednak w momencie, do którego odnosi się organ, spółka obiektywnie nie miała możliwości podjąć takiej decyzji (lub przeciwnie, zdecydować o niestosowaniu ulgi), bowiem przy wpłacie zaliczek na PIT w latach 2023 i 2024 nie miała jeszcze w ogóle zidentyfikowanych i wykazanych kosztów kwalifikowanych, które mogłyby stanowić podstawę do obliczenia ulgi na innowacyjnych pracowników. W konsekwencji spółka nie była uprawniona do jej zastosowania. To uprawnienie powstało wraz z wykazaniem kosztów kwalifikowanych w ramach korekt zeznań CIT za lata podatkowe 2022 i 2023. W przypadku podjęcia decyzji o zastosowaniu ulgi prawny status wpłaconych w tamtym czasie zaliczek na PIT ulegnie zmianie. To, co pierwotnie było należną zaliczką, w świetle nabytego wstecznie uprawnienia do zastosowania ulgi, stanie się kwotą zapłaconą nienależnie lub w wysokości większej od należnej, co stanowi nadpłatę. Zdaniem spółki, przyjęcie wykładni organu prowadziłoby do niedopuszczalnego wniosku, zgodnie z którym podatnik traci prawo do skorzystania z preferencji wyłącznie z tego powodu, że jej przesłanki zostały zweryfikowane dopiero ex post, ale przed przedawnieniem zobowiązania podatkowego. Spółka podkreśliła znaczenie zasady, według której korekta deklaracji podatkowej może mieć u podstaw ulgę podatkową. Nie ulega wątpliwości, że podatnicy mogą wstecznie rozliczać ulgę B+R i wnioskować o stwierdzenie nadpłaty z tego tytułu. Według stanowiska organu, w wyniku korekt zeznań CIT spółka nabywa prawo do zastosowania ulgi za odpowiednie miesiące lat 2023 i 2024, jednak nie ma żadnej faktycznej możliwości realizacji tego prawa, ponieważ nie jest uprawniona do wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty. W przekonaniu spółki, tej treści stanowisko pozostaje również w oczywistej sprzeczności z celem wprowadzenia art. 18db do ustawy o CIT, którym była "Potrzeba wsparcia polskich przedsiębiorców ze strony państwa dodatkowymi zachętami fiskalnymi związanymi z działalnością innowacyjną". Następstwa przyjęcia interpretacji organu szczególnie jaskrawo uwidaczniają się w sytuacji podatników, którzy w następstwie identyfikacji działalności B+R prowadzonej we wcześniejszych latach wykazują nieodliczone koszty kwalifikowane w ramach korekty deklaracji CIT, a którzy aktualnie nie prowadzą już tej działalności w istotnym zakresie, w związku z czym ich pracownicy nie poświęcają ponad 50% czasu pracy na prace B+R. W takim przypadku podatnik byłby całkowicie pozbawiony prawa do ulgi B+R, pomimo że w ubiegłych, nieprzedawnionych okresach spełniał wszystkie ustawowe warunki do jej zastosowania. W świetle powyższego spółka stwierdziła, że wykładnia przyjęta przez organ narusza zasadę racjonalności ustawodawcy oraz spójności systemowej przepisów podatkowych. Skoro ustawodawca dopuścił retrospektywne rozliczenie ulgi B+R, to nie sposób jednocześnie przyjmować, że możliwość stwierdzenia nadpłaty jest ograniczona wyłącznie do przypadków jej bieżącego zastosowania, jeszcze przed przekazaniem zaliczek na PIT. W konsekwencji organ dokonał błędnej wykładni oraz niewłaściwego zastosowania przepisów ustawy o CIT, regulujących ulgę na innowacyjnych pracowników. Bezpodstawnie ograniczył uprawnienie spółki do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty CIT. Spółka akcentowała, że zaskarżona interpretacja indywidualna została wydana z rażącym naruszeniem zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, bowiem zawiera sprzeczne wnioski. Potwierdza prawo spółki do retrospektywnego stosowania ulgi na innowacyjnych pracowników za odpowiednie miesiące lat podatkowych 2023 i 2024, a następnie wyklucza uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W ocenie spółki, uzasadnienie interpretacji indywidualnej w zakresie odmowy prawa do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest lakoniczne i nie pozwala na pełne zrozumienie przesłanek, jakimi kierował się organ. Zabrakło wyjaśnienia ze strony organu, w jaki sposób spółka miałaby zrealizować przysługujące jej prawo do ulgi na innowacyjnych pracowników w poszczególnych miesiącach lat 2023 i 2024. Organ, odpowiadając na skargę, wniósł o jej oddalenie. W całości podtrzymał stanowisko i argumenty przedstawione w zaskarżonej interpretacji indywidualnej. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie zważył, co następuje: Skarga spółki nie zasługuje na uwzględnienie, gdyż kontrolowana interpretacja indywidualna organu jest zgodna z prawem. Okoliczności opisane przez spółkę oraz pytania o prawo postawione przez nią we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej wyznaczyły podstawę faktyczną i prawną sprawy z punktu widzenia art. 14b § 3, art. 14c § 1, § 2 O.p. Z kolei zarzuty sformułowane w skardze do sądu określiły przedmiotowe ramy sądowej kontroli legalności zaskarżonej interpretacji indywidualnej stosownie do art. 57a ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U.2026.143 ze zm. - P.p.s.a.). Przepis ten stanowi, że skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą, opinię, o której mowa w art. 119zzl § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, i odmowę wydania tych opinii, opinię w sprawie opodatkowania wyrównawczego, opinię zabezpieczającą w sprawie opodatkowania wyrównawczego i odmowę wydania opinii zabezpieczającej w sprawie opodatkowania wyrównawczego może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Ponadto stosownie do art. 134 § 1 P.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy. Na kanwie art. 134 § 1 P.p.s.a. istotne znaczenie ma zakres skargi, który wyznacza przedmiotowe granice sądowej kontroli legalności. Spółka wyraźnie objęła zaskarżeniem wyłącznie część interpretacji indywidualnej, w której organ uznał jej stanowisko prawne za nieprawidłowe. W tym stanie rzeczy przedmiot sądowej kontroli legalności sprowadza się do zagadnienia, czy w opisanych okolicznościach może zaistnieć nadpłata z tytułu CIT, wynikająca z zaliczek na PIT pobranych i wpłaconych przez spółkę właściwemu organowi podatkowemu w wymienionych latach podatkowych. W myśl art. 14c O.p. interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie (art. 14c § 1 O.p.). W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (art. 14c § 2 O.p.). Lektura zaskarżonej interpretacji indywidualnej pozwoliła sądowi stwierdzić, że organ wystarczająco przedstawił przyjęty tok rozumowania, wywiedziony z opisanych okoliczności i analizowanych przepisów ustawy o CIT, który trafnie doprowadził do zakwestionowania stanowiska spółki w odniesieniu do nadpłaty z tytułu zaliczek na podatek dochodowy pobranych i przekazanych organowi podatkowemu. Jednak, w ocenie sądu, inaczej należało rozłożyć akcenty argumentacji prawnej, wykluczającej zasadność rozważania nadpłaty po stronie spółki. Należy przypomnieć, że według art. 18d ustawy o CIT podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych (art. 18d ust. 1). Odliczenia dokonuje się w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. W przypadku gdy podatnik poniósł za rok podatkowy stratę albo wielkość dochodu podatnika jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, odliczenia - odpowiednio w całej kwocie lub w pozostałej części - dokonuje się w zeznaniach za kolejno następujące po sobie sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia. Dokonując odliczenia, o którym mowa w zdaniu drugim, uwzględnia się kwoty pomniejszeń, o których mowa w art. 18db ust. 1. (art. 18d ust. 8) Następnie w art. 18db ustawy o CIT ustawodawca przyjął, że podatnik będący płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych, uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych, który poniósł za rok podatkowy stratę albo osiągnął dochód niższy od kwoty przysługującego w roku podatkowym odliczenia na podstawie art. 18d, może pomniejszyć kwotę podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy oraz zryczałtowanego podatku dochodowego wskazanych w ust. 2 o iloczyn kwoty nieodliczonej i stawki podatku obowiązującej tego podatnika w danym roku podatkowym (art. 18db ust. 1). Uprawnienie do pomniejszenia, o którym mowa w ust. 1, przysługuje począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie, o którym mowa w art. 27 ust. 1, do końca roku podatkowego, w którym zostało złożone to zeznanie (art. 18db ust. 4). W świetle powyższego podatnik dokonuje odliczenia w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniósł koszty kwalifikowane. W przypadku gdy podatnik poniósł za rok podatkowy stratę albo wielkość dochodu jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, odliczenia dokonuje w zeznaniach za kolejno następujące po sobie sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia. Oznacza to, że podatnik jest uprawniony do odliczania kosztów kwalifikowanych - w przypadku straty albo niskiego dochodu - przez kolejne sześć lat podatkowych bezpośrednio po roku, w którym skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia. Punktem wyjścia dla odliczenia kosztów kwalifikowanych jest rok podatkowy, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z takiego odliczenia. Następnie art. 18db ust. 1 ustawy o CIT wprowadził możliwość - w przypadku poniesienia straty, czy osiągniecia zbyt niskiego dochodu - pomniejszenia zaliczek podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego na podatek dochodowy według iloczynu kwoty nieodliczonej i stawki podatku obowiązującej podatnika w danym roku podatkowym. Zakres zaliczek objętych taką możliwością normuje art. 18db ust. 2, ust. 3 ustawy o CIT. Jednak możliwość wprowadzona przez ustawodawcę w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT została ujęta w konkretne ramy czasowe wyznaczone przez art. 18db ust. 4 omawianej ustawy podatkowej, a więc począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie, o którym mowa w art. 27 ust. 1, do końca roku podatkowego, w którym zostało złożone to zeznanie. Zatem jednoznaczna treść art. 18db ust. 4 ustawy o CIT wyklucza wywodzenie istnienia nadpłaty z tytułu zaliczek na podatek dochodowy opisanych w art. 18db ust. 2, ust. 3 ustawy o CIT. Skoro uprawnienie do pomniejszenia zaliczek na podatek dochodowy przysługuje do końca roku podatkowego, w którym zostało złożone zeznanie, to konsekwentnie nie przysługuje po upływie tego terminu. Ustawodawca w ten sposób wykluczył istnienie nadpłaty z tytułu zaliczek na podatek dochodowy pobranych i wpłaconych organowi podatkowemu w ramach czasowych przewidzianych w art. 18db ust. 4 stawy o CIT. Zdaniem sądu, w opisanych okolicznościach i analizowanym stanie prawnym spółka nie jest uprawniona do wywodzenia nadpłaty z tytułu pobranych i wpłaconych organowi podatkowemu zaliczek na podatek dochodowy. Po pierwsze - art. 18db ust. 4 ustawy o CIT wyraźnie ograniczył w czasie uprawnienie podatnika do pomniejszenia o koszty kwalifikowane zaliczek pobranych i przekazywanych na rachunek urzędy skarbowego. Tym samym ustawodawca wkluczył sięganie z mocą wsteczną do zaliczek na podatek dochodowy już przekazanych na rachunek urzędu skarbowego i za zamknięty rok podatkowy - w trybie korekty zeznania i wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Po drugie zaś - ramy czasowe określone w art. 18db ust. 4 ustawy o CIT pozostają w ścisłym związku z tymczasowym charakterem zaliczek na podatek dochodowy, których podatkowa istota i funkcja kończy się z upływem roku podatkowego. W związku z tym, że spółka w swojej argumentacji odwoływała się do celu analizowanej ulgi B+R, w tym do celu mechanizmu odliczenia przewidzianego w art. 18db ust. 1, ust. 4 ustawy o CIT, trzeba zwrócić uwagę, że ulga na działalność badawczo - rozwojową - jak sama nazwa wskazuje - ma służyć rozwojowi podatnika, zwiększeniu jego potencjału gospodarczego, konkurencyjności, a więc tym samym zwiększeniu poziomu przychodów przez budowanie silniejszej pozycji na rynku. Tymczasem z opisu przedstawionego przez spółkę wynika, że osiągała straty. Co więcej, przedstawiła sytuację, w której nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione w latach wcześniejszych, nie będą mogły zostać odliczone ze względu na nieprowadzenie działalności B+R w istotnym zakresie, w związku z czym pracownicy nie poświęcają ponad 50% czasu pracy na prace B+R. W takich okolicznościach należy dojść do wniosku, że ulga B+R nie spełniła przypisanego jej celu. Z punktu widzenia celu ulgi B+R można powiedzieć, że system odliczeń kosztów kwalifikowanych bazuje na założeniu uzyskiwania przez podatnika adekwatnych przychodów i utrzymywania odpowiedniego poziomu zatrudnienia, umów zlecenia, o dzieło, czy praw autorskich. W konsekwencji sam fakt, że spółka w kolejnych latach podatkowych nie odliczy kosztów kwalifikowanych w pełnej wysokości należy postrzegać jako efekt niewykorzystania przez nią potencjału, jaki stwarzała dla niej ulga B+R, nie zaś jako błąd ustawodawcy podatkowego, czy błąd organu przy wykładni art. 18db ust. 1, ust. 4 ustawy o CIT. Innymi słowy, ustawodawca podatkowy powiązał mechanizm odliczenia kosztów kwalifikowanych z określonym poziomem parametrów ekonomicznych, gospodarczych podatnika, którym ulga B+R miała służyć. Skoro te parametry nie zostały zrealizowane, nie osiągnęły odpowiedniego poziomu, ulga B+R, a tym samym system odliczeń kosztów kwalifikowanych ulega odpowiednim ograniczeniom, czy nawet wyłączeniom. W podsumowaniu sąd ocenia, że zarzuty zawarte w skardze nie mogły podważać legalności kontrolowanej interpretacji indywidualnej (w zaskarżonym zakresie). Organ - co do zasady - prawidłowo wykluczył uprawnienie spółki do żądania nadpłaty z tytułu zaliczek na podatek dochodowy już po ich pobraniu i przekazaniu organowi podatkowemu, dodatkowo po upływie roku podatkowego opisanego w art. 18db ust. 4 ustawy o CIT. Z powodów omówionych wyżej niezasadna skarga podlegała oddaleniu przy zastosowaniu art. 151 P.p.s.a.