I SA/Rz 141/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w składzie następującym: Przewodniczący S. WSA Piotr Popek, Sędzia WSA Grzegorz Panek /spr./, Sędzia WSA Jarosław Szaro, Protokolant sekr. sąd. Sabina Długosz po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 kwietnia 2026 r. sprawy ze skargi E. Spółka z o.o. z siedzibą w R. na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 22 grudnia 2025 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.591.2025.1.MBD w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych oddala skargę.

Przedmiotem skargi jest pisemna interpretacja przepisów prawa podatkowego Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: "Dyrektor KIS") z dnia 22 grudnia 2025 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.591.2025.1.MBD, dotycząca wykładni przepisów ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2026 r., poz. 554 - dalej: "u.p.d.o.p.") wydana na wniosek E. spółka z o. o. z siedzibą w R.(dalej: "spółka"). We wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego przedstawiono następujący stan faktyczny: Spółka jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, który podlega opodatkowaniu w Polsce od całości dochodów, bez względu na miejsce ich osiągania (jest rezydentem podatkowym w Polsce). Spółka zajmuje się tworzeniem oraz wdrażaniem rozwiązań z obszaru oprogramowania i automatyki, mających na celu optymalizację procesów przemysłowych w firmach produkcyjnych. Spółka zapewnia kompleksową obsługę swoich rozwiązań, od tworzenia koncepcji po wdrożenie, wsparcie i serwis. Głównymi produktami spółki są systemy sterujące procesami przemysłowymi i intralogistycznymi, autorskie oprogramowanie wspomagające rejestrację i przetwarzanie danych w czasie rzeczywistym oraz rozwiązania IT automatyzujące zarządzanie procesami logistycznymi w centrach e-[...]. Spółka współpracuje również z podmiotami należącymi do tej samej grupy kapitałowej, dzięki czemu uczestniczy w realizacji złożonych projektów na całym świecie, szczególnie w intensywnie rozwijających się branżach [...], [...] oraz [...]. Współpraca ta wzmacnia również wewnątrzgrupowy obszar badawczo-rozwojowy i pozwala na jego wykorzystanie do opracowywania nowych, zaawansowanych produktów. Działalność spółki cechuje się stałym ulepszaniem oferowanych produktów, w tym w szczególności dążeniem do wzrostu ich efektywności i optymalizacji działania. Przeważająca większość systemów wytwarzanych przez spółkę powstaje w wyniku ścisłej współpracy z klientami, a w konsekwencji posiada indywidualny i twórczy charakter wynikający ze specyficznych potrzeb oraz uwarunkowań. W wyniku realizacji projektów spółka opracowuje nowe rozwiązania i koncepcje technologiczne, które wykorzystywane są w rozwoju i opracowywaniu nowych produktów lub procesów. Działalność ta niewątpliwie obejmuje zdobywanie nowej wiedzy i jej zastosowanie. Spółka zatrudnia kilkudziesięciu specjalistów z obszaru automatyki, którzy zajmują się opracowywaniem inteligentnych systemów opomiarowania oraz sterowania do kompleksowych rozwiązań intralogistycznych, w szczególności tworzeniem oprogramowania do tego typu systemów. Spółka zatrudnia również specjalistów odpowiedzialnych za zarządzanie procesami produkcyjnymi, posiadających szeroką wiedzę praktyczną i doświadczenie w tym zakresie. Działalność spółki realizowana jest w oparciu o ustaloną strukturę organizacyjną, w ramach której poszczególne zespoły mają przypisane konkretne zadania, odpowiadające poszczególnym etapom tworzenia systemu, jak np. projektowanie, programowanie czy wdrożenie. Prace prowadzone w spółce mają twórczy charakter. Pracownicy samodzielnie opracowują i wykonują rozwiązania nieoferowane wcześniej przez spółkę, a wynikiem ich prac jest produkt gotowy do uruchomienia oraz pełna dokumentacja techniczna. Większość rozwiązań stosowanych w projektach jest autorska, a wdrażane rozwiązania mają charakter innowacji co najmniej w skali przedsiębiorstwa. Wyzwaniem w większości projektów spółki jest szereg ograniczeń oraz wymagań postawionych tworzonym systemom, które wynikają z określonych norm i przepisów związanych z wymaganiami bezpieczeństwa, indywidualnych potrzeb i wymogów danego klienta oraz technicznej charakterystyki systemów i poszczególnych ich elementów. W konsekwencji, efekty prac spółki podlegają walidacji poprzez specjalistyczne testy i analizy. W toku prowadzonej działalności, spółka zdobywa również nową wiedzę, która dotyczy przede wszystkim tworzenia dedykowanego oprogramowania do systemów logistyczno-magazynowych. Biorąc pod uwagę powyższe, zdaniem spółki, działalność ta spełnia definicję działalności badawczo-rozwojowej zawartą w art. 4a pkt 26 u.p.d.o.p. W związku z prowadzeniem działalności badawczo-rozwojowej (dalej: "działalność B+R") spółka zamierza skorzystać z ulgi, o której mowa w art. 18d u.p.d.o.p. W tym celu, w spółce obecnie prowadzony jest przegląd projektów realizowanych w ostatnich latach podatkowych, w celu weryfikacji szczegółowego zakresu prowadzonej działalności B+R oraz wysokości kosztów, o których mowa w art. 18d ust. 2 u.p.d.o.p. Następnie, po ustaleniu konkretnych projektów stanowiących działalność B+R, poniesionych w związku z nimi kosztów kwalifikowanych oraz okresów w których były ponoszone te koszty, spółka zamierza złożyć korektę lub korekty deklaracji CIT-8 za odpowiednie, nieprzedawnione lata podatkowe, wraz z załącznikami CIT/BR, w których wykaże koszty kwalifikowane poniesione w poszczególnych latach, w których prowadziła działalność B+R. Jednocześnie, ze względu na znaczące koszty prowadzonej działalności, w kilku z ostatnich lat podatkowych spółka poniosła stratę. Pomimo odliczania tej straty od dochodu podatkowego w latach, w których występował zysk z działalności operacyjnej, spółka obecnie nadal posiada znaczącą stratę z lat ubiegłych, o którą planuje pomniejszać dochód do opodatkowania w obecnym i kolejnych okresach. Biorąc pod uwagę znaczącą wysokość tych odliczeń spółka przewiduje, że w konsekwencji nie będzie mogła już odliczyć od podstawy opodatkowania ewentualnych kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R. Ze względu na przewidywane posiadanie nieodliczonych kosztów kwalifikowanych oraz zatrudnianie na podstawie umów o pracę pracowników bezpośrednio zaangażowanych w działalność B+R, spółka rozważa skorzystanie z ulgi, o której mowa w art. 18db u.p.d.o.p. Spółka, jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych, pobiera zaliczki na ten podatek od wynagrodzeń pracowników B+R, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2025 r., poz. 163 ze zm., dalej: "u.p.d.o.f.") i przekazuje na rachunek urzędu skarbowego. Spółka prowadzi ewidencję czasu pracy wybranych zatrudnionych osób, w której gromadzi informacje o, co do zasady, miesięcznym faktycznym czasie pracy (wyrażonym w godzinach) pracowników, poświęconym na realizację wybranych projektów. Na tej podstawie jest w stanie ustalić osoby, które spełniają warunek określony w art. 18db ust. 3 pkt 1 u.p.d.o.p., tj. pracowników, których czas pracy przeznaczony na realizację działalności B+R pozostający w ogólnym czasie pracy w danym miesiącu wynosi co najmniej 50%. Spółka posiada taką ewidencję również dla poprzednich lat podatkowych. Dla celów powyższej weryfikacji, przez "ogólny czas pracy" w danym miesiącu spółka rozumie ogólny wymiar pracy danego pracownika, uwzględniający również okresy usprawiedliwionej nieobecności, takie jak urlop wypoczynkowy czy urlop okolicznościowy. Ze względu na przewidywaną znaczną wysokość kosztów kwalifikowanych niemożliwych do odliczenia w ramach ulgi B+R ze względu na stratę podatkową, spółka rozważa możliwość zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników również w odniesieniu do zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, które zostały wypłacone w zakończonych, ale nieprzedawnionych latach podatkowych, w których obowiązywały przepisy o tej uldze, poprzez złożenie korekt deklaracji PIT-4R oraz wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu nadpłaconych zaliczek PIT, w związku z brakiem skorzystania z ulgi na bieżąco w tych okresach. Spółka zaznaczyła, że wypłaca wynagrodzenia pracowników za dany miesiąc w miesiącu następującym po przepracowanym miesiącu, w którym to również terminie pobiera zaliczki na PIT. Następnie wpłaca pobrane zaliczki na rachunek właściwego urzędu skarbowego zgodnie z obowiązującymi przepisami. Spółka we wszystkich zakończonych, ale nieprzedawnionych latach podatkowych, których może dotyczyć planowane rozliczenie ulgi na innowacyjnych pracowników, składała roczne zeznanie CIT-8, o którym mowa w art. 27 ust. 1 ustawy CIT, we właściwych terminach wynikających z odpowiednich przepisów. Na tle takiego stanu faktycznego spółka zadała pytanie: Czy po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za zakończone, nieprzedawnione lata podatkowe, w ramach których zostaną wykazane koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, spółka będzie miała prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w odpowiednich miesiącach tych lat podatkowych, następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych za te lata podatkowe, poprzez wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, niepomniejszonych na bieżąco w ramach ulgi na innowacyjnych pracowników, z zastrzeżeniem, że ulga będzie stosowana w latach podatkowych, w których obowiązywał art. 18db u.p.d.o.p., a pomniejszenie z tytułu ulgi przysługujące za odpowiednie miesiące danego roku podatkowego będzie kalkulowane w oparciu jedynie o nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione we wcześniejszych latach podatkowych? Zdaniem spółki, po złożeniu korekt zeznań CIT-8 za zakończone, nieprzedawnione lata podatkowe, w ramach których zostaną wykazane koszty kwalifikowane poniesione w tych latach, spółka będzie miała prawo do zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników w odpowiednich miesiącach tych lat podatkowych, następujących po złożeniu rocznych zeznań podatkowych za te lata podatkowe, poprzez wystąpienie o stwierdzenie nadpłaty z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, niepomniejszonych na bieżąco w ramach ulgi na innowacyjnych pracowników, z zastrzeżeniem, że ulga będzie stosowana w latach podatkowych, w których obowiązywał art. 18db ustawy CIT, a pomniejszenie z tytułu ulgi przysługujące za odpowiednie miesiące danego roku podatkowego będzie kalkulowane w oparciu jedynie o nieodliczone koszty kwalifikowane poniesione we wcześniejszych latach podatkowych. Skoro bowiem, w odpowiednich miesiącach ww. lat podatkowych w przypadku spółki będą spełnione wszystkie warunki skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników, a jednocześnie spółka nie zastosowała pomniejszeń z tytułu ulgi do bieżących wpłat pobranych zaliczek na PIT, to obecnie - biorąc pod uwagę, że wskazane lata podatkowe nie uległy przedawnieniu - powinno być możliwe zastosowanie ulgi do tych okresów w trybie przewidzianym przepisami Ordynacji podatkowej, tj. poprzez wystąpienie przez spółkę z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z tytułu nadpłaconych zaliczek na PIT. W powyższym zakresie ulga na innowacyjnych pracowników powinna bowiem podlegać analogicznym zasadom jak inne ulgi podatkowe dostępne dla podatników CIT, w przypadku których możliwe jest uzyskanie zwrotu nadpłaconego podatku. W szczególności, ulga na innowacyjnych pracowników powinna być traktowana na kontekście możliwości stwierdzenia nadpłaty tak samo, jak ściśle powiązana z nią ulga B+R. Zgodnie z ugruntowaną praktyką w zakresie ulgi B+R, w przypadku nieskorzystania z tej preferencji pomimo spełnienia ustawowych przesłanek skorzystania z niej w pierwotnie złożonym zeznaniu podatkowym, podatnikowi przysługuje możliwość otrzymania zwrotu nadpłaty na podstawie złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz po dokonaniu stosownej korekty zeznania podatkowego, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.). Ponadto przepisy ustawy CIT regulujące ulgę na innowacyjnych pracowników nie zawierają żadnych ograniczeń zawężających możliwość korzystania z tej ulgi jedynie do "bieżących" okresów czy wykluczających możliwość powstania nadpłaty w przypadku braku pomniejszenia wpłacanych zaliczek na PIT, pomimo spełnienia wszystkich przesłanek zastosowania ulgi w danym okresie. Jak wynika z art. 18db u.p.d.o.p., warunkiem koniecznym do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników w danym miesiącu jest to, by wcześniej nastąpiło złożenie rocznego zeznania podatkowego. Tym samym złożenie przez podatnika zeznania CIT skutkuje tym, że podatnik nabywa prawo do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym złożył roczne zeznanie podatkowe, do końca roku podatkowego, w którym zostało ono złożone. W związku z powyższym, zakładając spełnienie pozostałych warunków wskazanych w art. 18db u.p.d.o.p., spółka powinna móc zastosować ulgę na innowacyjnych pracowników do zaliczek na PIT płaconych w miesiącach w latach podatkowych, w których wykaże koszty kwalifikowane, które nastąpiły po miesiącu złożenia przez spółkę rocznego zeznania podatkowego CIT w tych latach. Uprawnienie to przysługiwało "na bieżąco" w ww. latach, ale przysługuje również wstecz, do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego za dany rok podatkowy, gdyż poza wskazanym przepisem, ustawodawca nie przewidział żadnych dodatkowych ograniczeń okresu rozliczania ulgi na innowacyjnych pracowników. Co więcej, należy zwrócić uwagę, że ustawodawca wprowadził ulgę na innowacyjnych pracowników w celu uzupełnienia ulgi B+R, poprzez ściśle powiązaną preferencję, umożliwiającą skorzystanie z kosztów kwalifikowanych również przez podatników, którzy nie mogą w pełni lub w ogóle odliczyć ich od podstawy opodatkowania ze względu na niewystarczający dochód lub stratę. Spółka wskazała również, że na mocy art. 18d ust. 8 u.p.d.o.p., podatnik ma prawo do odliczenia niewykorzystanych kosztów kwalifikowanych z danego roku w okresie 6 kolejnych lat podatkowych. Tak więc przepisy regulujące ulgę B+R wprost przewidują możliwość rozliczenia kosztów kwalifikowanych poniesionych w danym roku również po jego zakończeniu, w kolejnych latach podatkowych. Innymi słowy, uprawnienie do odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach tej ulgi nie wygasa w momencie zakończenia roku podatkowego, w którym te koszty zostały poniesione. Biorąc pod uwagę ścisły związek ulgi B+R oraz ulgi na innowacyjnych pracowników, w ocenie spółki, powyższa regulacja potwierdza prawidłowość podejścia, że skorzystanie z ulgi na innowacyjnych pracowników za dany okres powinno być możliwe również po jego zakończeniu (do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego za ten rok). Z uzasadnienia projektu ustawy zmieniającej jasno wynika bowiem, że intencją ustawodawcy wprowadzającego ulgę na innowacyjnych pracowników było umożliwienie podatnikom skorzystania w pełni z preferencji podatkowych z tytułu prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, poprzez pomniejszanie płaconych zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R, a nie wprowadzenie ram czasowych ograniczających możliwość zastosowania tej ulgi lub - ogólnie mówiąc - rozliczenie kosztów kwalifikowanych. Ponadto spółka podkreśliła, że zastosowanie ulgi na innowacyjnych pracowników wstecznie, poprzez wykazanie nadpłaty za zakończone, nieprzedawnione lata podatkowe (w których jednak obowiązywały już przepisy o tej uldze) nie wpłynie na skorzystanie z niej w wysokości wyższej niż należna, ponieważ w takim przypadku nadal będą miały zastosowanie wszystkie ograniczenia wynikające z art. 18db u.p.d.o.p., tj. pomniejszenie zaliczek na PIT nie będzie mogło przekroczyć iloczynu nieodliczonych kosztów kwalifikowanych przysługujących w roku podatkowym i stawki podatku obowiązującej podatnika w danym roku podatkowym oraz będzie mogło dotyczyć tylko zaliczek pobranych od wynagrodzeń pracowników, którzy poświęcili w danym miesiącu co najmniej 50% ogólnego czasu pracy na działalność B+R. Dyrektor KIS uznał stanowisko wnioskodawcy w części za prawidłowe, a w części za nieprawidłowe. Dyrektor KIS wskazał, że uprawnienie do pomniejszenia kwot podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy oraz zryczałtowanego podatku dochodowego przysługuje podatnikowi (płatnikowi) począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym został złożony CIT-8. Z ulgi na innowacyjnych pracowników wynika również, że ww. ulga uprawnia wyłącznie do zwolnienia podatnika podatku dochodowego od osób prawnych (pełniącego rolę płatnika zaliczek oraz zryczałtowanego podatku) z obowiązku wpłaty pobranych środków z wynagrodzeń pracowników. Dalej Dyrektor KIS wskazał, że mechanizm określony w art. 18db u.p.d.o.p., umożliwia podatnikom szybsze rozliczenie kosztów kwalifikowanych poniesionych na działalność B+R, których wartość przewyższa wysokość dochodów z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych osiągniętych w danym roku podatkowym. Jest to instrument nierozerwalnie związany z ulgą B+R. Podatnicy mają możliwość korygowania zeznania CIT-8 w zakresie ulgi B+R, którego skutkiem może być powstanie nadpłaty w poprzednich latach podatkowych. Korekta taka wywołuje zatem skutek z mocą wsteczną. W konsekwencji Dyrektor KIS uznał, że spółka korygując zeznania CIT-8 za nieprzedawnione lata podatkowe nabędzie prawo do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników, tj. prawo do pomniejszenia wpłaconych zaliczek na PIT za odpowiednie miesiące zgodnie z art. 18db ust. 4 u.p.d.o.p. Zatem stanowisko spółki w tym zakresie organ uznał za prawidłowe. Następnie Dyrektor KIS stwierdził, że zgodnie z treścią art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji zakwestionowania zasadności pobrania, czy też wysokości zobowiązania podatkowego, to podatnik ma prawo złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Natomiast, spółka jako płatnik ma możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wyłącznie w sytuacji, w której wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika. W analizowanej sytuacji, zaliczki zostały pobrane i wpłacone zgodnie z obowiązującymi przepisami i w prawidłowej wysokości - nie istniało wówczas prawo do pomniejszenia zaliczek, gdyż podatnik (płatnik) nie podjął decyzji o zastosowaniu ulgi. Nie można zatem uznać, że w sprawie doszło co zapłaty podatku nienależnego lub zawyżonego. W rezultacie, w omawianej sprawie spółka, jako płatnik nie będzie mogła skorzystać z uprawnienia uregulowanego w art. 75 Ordynacji podatkowej. Po złożeniu korekty zeznania CIT-8 wraz z załącznikiem CIT/BR, spółka może skorzystać z ulgi na innowacyjnych pracowników od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył pierwotne zeznanie CIT-8. Tym samym Dyrektor KIS uznał, że stanowisko spółki w zakresie możliwości wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty na podstawie art. 75 Ordynacji podatkowej, z tytułu zaliczek na PIT od wynagrodzeń pracowników B+R - jest nieprawidłowe. W skardze na powyższą interpretację spółka zarzuciła: I. Naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: - art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p. w związku z art. 75 § 1 i 2 Ordynacji podatkowej poprzez błędną wykładnię art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p. polegającą na przyjęciu, że spółka korzystając z ulgi na innowacyjnych pracowników działa jako płatnik podatku i z tego powodu ma możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wynikającej z zastosowania tej ulgi wyłącznie w sytuacji, w której wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika, podczas gdy przedmiotowa ulga przysługuje spółce jako podatnikowi CIT i w związku z tym powyższe ograniczenie w zakresie występowania z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty nie powinno mieć zastosowania w analizowanym stanie faktycznym, - art. 18db ust. 1 i ust. 4 u.p.d.o.p. poprzez niewłaściwą ocenę co do zastosowania tych przepisów polegającą na przyjęciu, że podatnik może zastosować ulgę na innowacyjnych pracowników jedynie przed przekazaniem pobranych zaliczek na podatek dochodowy na rachunek urzędu skarbowego i w konsekwencji, pomimo nabycia prawa do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników za odpowiednie miesiące zakończonych i nieprzedawnionych lat podatkowych, spółka nie będzie uprawniona do wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty w przypadku rozliczenia ulgi za przedmiotowe okresy. II. Naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 120 i art. 121 § 1 w związku z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 14h Ordynacji podatkowej poprzez naruszenie zasady legalności w postaci wydania rozstrzygnięcia niezgodnego z przepisami prawa oraz naruszenie zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, polegające na braku odniesienia się do całości argumentacji spółki oraz na nienależytym uzasadnieniu ocen prawnych zawartych w interpretacji. Wobec powyższego spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji indywidualnej w części, w której jej stanowisko zostało uznane za nieprawidłowe, a także o zasądzenie kosztów postępowania. W uzasadnieniu skargi spółka stwierdziła, że analiza treści art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p. prowadzi do jednoznacznego wniosku, że podmiot korzystający z ulgi na innowacyjnych pracowników działa w tym zakresie w charakterze podatnika, a nie płatnika. Ustawodawca posłużył się sformułowaniem "podatnik będący płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych" ponieważ status płatnika PIT pełni w tym przypadku funkcję pomocniczą - ulga jest bowiem skierowana do podmiotów objętych obowiązkiem poboru zaliczek na PIT od wypłacanych wynagrodzeń i polega na pomniejszeniu kwoty tych zaliczek wpłacanej do urzędu skarbowego. Dla skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników niezbędne jest więc posiadanie statusu płatnika PIT, co nie zmienia faktu, że preferencja uregulowana w art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p. przysługuje podatnikowi podatku dochodowego od osób prawnych. Wyraźnie wskazuje na to również ostatnia część przytoczonego przepisu, w której mowa o stawce podatku "obowiązującej tego podatnika w danym roku podatkowym". Tym samym, występując z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wynikającej z zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników, spółka występowałaby jako podatnik podatku dochodowego od osób prawnych, a nie jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych. W konsekwencji zastosowanie do tej sytuacji powinien mieć art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej, a nie § 2. Spółka wskazała, że ograniczenie z art. 75 § 2 zdanie drugie Ordynacji podatkowej, ograniczające prawo płatników oraz inkasentów do występowania o stwierdzenie nadpłaty do przypadków, w których wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika stanowi wyraz zasady ugruntowanej w orzecznictwie, zgodnie z którą płatnik lub inkasent może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty tylko w sytuacjach powodujących uszczerbek w jego majątku. Analizowany przepis ma więc na celu ochronę przed sytuacjami, w której płatnik wzbogaciłby się kosztem podatnika, poprzez uzyskanie zwrotu nadpłaty podatku, którego ciężar ekonomiczny został poniesiony wcześniej przez podatnika. Nie można z kolei twierdzić, że korzystając z ulgi podatkowej, w sposób przewidziany przez ustawodawcę i po spełnieniu wszystkich koniecznych warunków, płatnik bezpodstawnie wzbogaca się kosztem zatrudnianych pracowników. Za występowaniem spółki w roli podatnika w przypadku skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników w analizowanym stanie faktycznym (zdarzeniu przyszłym) przemawia również wykładnia systemowa. Ulga ta dla podmiotów podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych została uregulowana w art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p. i stanowi element konstrukcyjny podatku dochodowego od osób prawnych. Sam fakt technicznego wykorzystania mechanizmu pobierania zaliczek na PIT do realizacji ulgi nie zmienia jej charakteru, jako preferencji na gruncie CIT. Tym samym wszelkie konsekwencje podatkowe związane z jej zastosowaniem, w tym prawo do stwierdzenia nadpłaty, powinny być oceniane z uwzględnieniem statusu jaki potencjalny beneficjent ulgi posiada dla celów podatku CIT. W ocenie spółki, przyjęta przez organ wykładnia prowadzi przy tym do naruszenia zasady spójności i zupełności systemu prawa podatkowego, które zostały wypracowane w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego. Skoro ustawodawca przewidział ulgę dla podatników CIT, to niedopuszczalne jest konstruowanie dodatkowych, nie wynikających z przepisów ograniczeń w dochodzeniu jej ekonomicznych skutków. Spółka wskazała również, że art. 18db ust. 4 u.p.d.o.p. nie ogranicza stosowania ulgi do jej rozliczenia "na bieżąco", tj. przed wpłatą po raz pierwszy zaliczek za dany okres na rachunek urzędu skarbowego. Wskazuje on jedynie miesiące roku podatkowego, w których ulga może być zastosowana, nie wyłączając przy tym możliwości jej wykazania w tych miesiącach już po ich zakończeniu i przekazaniu zaliczek na PIT w pierwotnej wysokości, nieuwzględniającej obniżeń z tytułu ulgi. Brak takiego ograniczenia również w innych przepisach ustawy CIT. Zdaniem spółki, zaskarżona interpretacja dotknięta jest sprzecznością, ponieważ Dyrektor KIS z jednej strony stwierdza, że korekta zeznania rocznego CIT wywołuje skutek ex tunc (wsteczny) i spółka nabywa prawo do retrospektywnego rozliczenia ulgi na innowacyjnych pracowników za minione okresy, a jednocześnie wywodzi, że spółce nie przysługuje prawo do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, argumentując, że w momencie wpłat zaliczek podatek był "należny", gdyż spółka nie podjęła decyzji o zastosowaniu ulgi. Jednakże w momencie do którego odnosi się organ, spółka obiektywnie nie miała możliwości podjąć takiej decyzji (lub przeciwnie, zdecydować o niestosowaniu ulgi), bowiem w momencie wpłat zaliczek we właściwych zakończonych i nieprzedawnionych latach podatkowych, nie miała jeszcze w ogóle zidentyfikowanych i wykazanych kosztów kwalifikowanych, które mogłyby stanowić podstawę do odliczenia ulgi na innowacyjnych pracowników, w związku z czym nie była uprawniona do jej zastosowania. To uprawnienie powstanie wraz z wykazaniem kosztów kwalifikowanych w ramach korekt zeznań CIT za zakończone lata podatkowe. Uzasadniając zarzut naruszenia prawa procesowego spółka wskazała, że zaskarżona interpretacja została wydana z rażącym naruszeniem zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Orzeczenie to zawiera bowiem sprzeczne wnioski. Ponadto uzasadnienie interpretacji w zakresie odmowy prawa do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty przez spółkę jest lakoniczne i nie pozwala na pełne zrozumienie przesłanek, jakimi kierował się organ, odmawiając spółce prawa do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w przypadku skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników za analizowane lata. W interpretacji brak również jakiegokolwiek wyjaśnienia jak, przyjmując pogląd organu o braku możliwości wystąpienia o stwierdzenie nadpłaty, w praktyce spółka miałaby zrealizować przysługujące jej prawo do ulgi w poszczególnych miesiącach zakończonych i nieprzedawnionych lat, organ nie odniósł się również w żaden sposób do istotnych elementów argumentacji przedstawionej we wniosku. W odpowiedzi na skargę Dyrektor KIS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje: W myśl art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r., poz. 1267 ze zm.) oraz art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm. - dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, a kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Decyzja administracyjna podlega uchyleniu, jeśli Sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). Na wstępie niniejszych rozważań należy zwrócić uwagę na charakter postępowania wywołanego wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji prawa podatkowego, cel wydania interpretacji indywidualnej i jej istotne cechy. Indywidualna interpretacja prawa podatkowego nie jest aktem administracyjnym, a więc nie rozstrzyga o prawach i obowiązkach jej adresata. Jest to czynność, która nie dotyczy uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, a tylko o nich się wypowiada. Polega ona bowiem wyłącznie na udzieleniu informacji, nie wiąże się z przyznaniem, stwierdzeniem albo uznaniem uprawnienia lub obowiązku wynikających z przepisów prawa. Interpretacja indywidualna ma zawierać ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym, a w przypadku uznania stanowiska wnioskodawcy za nieprawidłowe zawiera wskazanie stanowiska prawidłowego wraz z uzasadnieniem prawnym. Istotą interpretacji indywidualnej jest więc rozstrzygnięcie, czy wnioskodawca prawidłowo postrzega, jakie skutki prawne na gruncie określonych przepisów prawa podatkowego wywołuje przedstawiony przez niego stan faktyczny albo zdarzenie przyszłe (zob. wyrok NSA z 30 stycznia 2018 r., sygn. akt II FSK 40/16). Dodać przy tym należy, że stosownie do treści art. 57a p.p.s.a., sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną, przy czym skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczenia się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Istotą sporu w sprawie jest kwestia, czy spółka ma możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wynikającej z zastosowania ulgi na innowacyjnych pracowników po przekazaniu pobranych zaliczek na podatek dochodowy na rachunek urzędu skarbowego. W sporze tym rację należy przyznać Dyrektorowi KIS. Przypomnieć należy, że zgodnie z art. 4a pkt 26 u.p.d.o.p., ilekroć w ustawie jest mowa o działalności badawczo-rozwojowej - oznacza to działalność twórczą obejmującą badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. Zgodnie z art. 18d ust. 1 u.p.d.o.p., podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych. Przepis art. 18d ust. 8 u.p.d.o.p. stanowi, że odliczenia dokonuje się w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. W przypadku gdy podatnik poniósł za rok podatkowy stratę albo wielkość dochodu podatnika jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, odliczenia - odpowiednio w całej kwocie lub w pozostałej części - dokonuje się w zeznaniach za kolejno następujące po sobie sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia. Dokonując odliczenia, o którym mowa w zdaniu drugim, uwzględnia się kwoty pomniejszeń, o których mowa w art. 18db ust. 1. Zgodnie z art. 18db ust. 1 u.p.d.o.p., podatnik będący płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych, uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych, który poniósł za rok podatkowy stratę albo osiągnął dochód niższy od kwoty przysługującego w roku podatkowym odliczenia na podstawie art. 18d, może pomniejszyć kwotę podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy oraz zryczałtowanego podatku dochodowego wskazanych w ust. 2 o iloczyn kwoty nieodliczonej i stawki podatku obowiązującej tego podatnika w danym roku podatkowym. Natomiast zgodnie z art. 18db ust. 2 u.p.d.o.p., przepis ust. 1 ma zastosowanie do zaliczek na podatek dochodowy i zryczałtowanego podatku dochodowego, o których mowa w art. 32 oraz art. 41 ust. 1 i 4 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, pobranych od dochodów (przychodów) osób fizycznych, z tytułu: 1) stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej, spółdzielczego stosunku pracy oraz wypłacanego przez podatnika zasiłku pieniężnego z ubezpieczenia społecznego; 2) wykonywania usług na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło; 3) praw autorskich. Uprawnienie do pomniejszenia, o którym mowa w ust. 1, przysługuje począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie, o którym mowa w art. 27 ust. 1, do końca roku podatkowego, w którym zostało złożone to zeznanie (art. 18db ust. 4 ustawy CIT). Jeżeli podatnik utracił prawo do odliczenia, o którym mowa w ust. 1, dolicza kwoty poprzednio odliczone w zeznaniu podatkowym składanym za rok podatkowy, w którym utracił to prawo (art. 18db ust. 6 u.p.d.o.p.). Ulga, o której mowa w art. 18db u.p.d.o.p. jest więc adresowana do podatników podatku dochodowego (będących płatnikami), którzy prowadzą działalność badawczo-rozwojową i ze względu na stratę lub niski dochód nie mogli w całości lub w części odliczyć w ramach ulgi, o której mowa w art. 18d u.p.d.o.p., wydatków kwalifikowanych, poniesionych w danym roku. Zgodnie natomiast z art. 72 § 1 Ordynacji podatkowej, za nadpłatę uważa się kwotę: 1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku; 2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji, o której mowa w art. 30 § 4, określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Przepis art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej stanowi natomiast, że jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. Uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty przysługuje podatnikom, płatnikom i inkasentom oraz osobom, które były wspólnikami spółki cywilnej w momencie rozwiązania spółki w zakresie zobowiązań spółki. Płatnik lub inkasent jest uprawniony do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika (art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej). Sąd w składzie rozpoznającym sprawę podziela stanowisko wyrażone m. in. w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 stycznia 2023 r., sygn. akt I FSK 1951/19, z dnia 16 marca 2018 r., sygn. akt II FSK 688/16, zgodnie z którym z brzmienia art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej, obowiązującego od 1 stycznia 2016 r., wynika jednoznacznie, że płatnik jest uprawniony do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wyłącznie wówczas, gdy wpłacił podatek niepobrany od podatnika, a więc uszczuplił w ten sposób swój majątek, nie podatnika. Należy wskazać, że w uzasadnieniu projektu nowelizacji (Sejm RP VII kadencji, nr druku: 3462) podano, że: "Obowiązujące przepisy art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej zbyt kazuistycznie określają przypadki, w których przysługuje uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Dlatego zasadne jest wprowadzenie przepisów mających charakter normy ogólnej obejmującej wszystkie wymienione podmioty uprawnione. Proponowane w art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej zmiany zachowają obecne uprawnienia płatników lub inkasentów, a także uprawnienia podatników i osób, które były wspólnikami spółek cywilnych w chwili rozwiązania spółki. Płatnik lub inkasent nadal będzie mógł złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty tylko w sytuacjach powodujących uszczerbek w jego majątku, gdy na skutek własnych błędów wpłacił podatek w wysokości większej od należnej albo większej od pobranej. Z aktualnych przepisów art. 75 § 2 pkt 2 lit. a-c Ordynacji podatkowej wynika, że płatnik może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty tylko w sytuacjach powodujących uszczerbek w jego majątku, gdy na skutek własnych błędów zadeklarował oraz wpłacił podatek w wysokości większej od należnej albo większej od pobranej. Stanowisko to znajduje uzasadnienie w utrwalonym orzecznictwie sądów administracyjnych (...). Projektowany art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej jedynie precyzuje aktualnie obowiązujące i potwierdzone jednolitym orzecznictwem zasady wystąpienia płatnika o stwierdzenie nadpłaty". Argumenty przedstawione w uzasadnieniu projektu nowelizacji Ordynacji podatkowej pokrywają się z racjami zaprezentowanymi przez organ interpretacyjny, a mianowicie, że płatnik może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty tylko w sytuacjach, powodujących uszczerbek w jego majątku, gdy na skutek własnych błędów zadeklarował oraz wpłacił podatek w wysokości większej od należnej albo większej od pobranej. Taka sytuacja nie występuje w przedstawionym we wniosku stanie faktycznym. Wynika bowiem z niego jednoznacznie, że zaliczki zostały pobrane i wpłacone zgodnie z obowiązującymi przepisami i w prawidłowej wysokości. O ile więc spółka korygując zeznania CIT-8 za nieprzedawnione lata podatkowe nabędzie prawo do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników, tj. prawo do pomniejszenia wpłaconych zaliczek na PIT za odpowiednie miesiące zgodnie z art. 18db ust. 4 u.p.d.o.p. (co potwierdził w interpretacji podatkowej Dyrektor KIS), to jednak nie przysługuje jej prawo do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, nie doszło bowiem do sytuacji, w której wpłacony podatek nie został pobrany od podatnika, a w konsekwencji do zapłaty podatku nienależnego lub zawyżonego. Tym samym niezasadne są zarzuty naruszenia prawa materialnego. Ponadto brak możliwości ubiegania się o nadpłatę w omawianym przypadku wynika jednoznacznie z literalnego brzmienia przepisu art. 18 db ust. 1 u.p.d.o.p. Z treści tego przepisu wynika w sposób jednoznaczny, że podatnik będący płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych, uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych, który poniósł za rok podatkowy stratę albo osiągnął dochód niższy od kwoty przysługującego w roku podatkowym odliczenia na podstawie art. 18d, może pomniejszyć kwotę podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy. Podatnik może zatem pomniejszyć jedynie kwotę podlegających przekazaniu na rachunek urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy. Oznacza to, że jeżeli zaliczki zostały już przekazane na rachunek urzędu skarbowego podatnik traci to uprawnienie i nie może w stosunku do zaliczek przekazanych na rachunek urzędu skarbowego skutecznie wnosić o stwierdzenie nadpłaty. Ulga bowiem w tym zakresie nie przysługuje, gdyż odnosi się ona tylko do zaliczek, które jeszcze nie zostały przekazane na rachunek urzędu skarbowego. Spółka zarzuciła również naruszenie art. 120 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14c § 1 i 2 oraz art. 14h Ordynacji podatkowej. Odnosząc się do tych zarzutów wskazać należy, że wobec faktu, że Dyrektor KIS dokonał prawidłowej wykładni przepisów prawa materialnego, nie doszło do naruszenia zasady wynikającej z art. 120 Ordynacji podatkowej. W ocenie Sądu organ ten działał na podstawie przepisów prawa, a w sprawie nie wystąpiły wątpliwości, o których mowa w art. 2a Ordynacji podatkowej. Dyrektor KIS nie naruszył też zasady pogłębiania zaufania do organów podatkowych, wyrażonej w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Jak bowiem słusznie wskazuje się w orzecznictwie sądowoadministracyjnym, o naruszeniu normy nakazującej organom prowadzenie postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, nie może stanowić podjęcie przez organ podatkowy rozstrzygnięcia odmiennego od oczekiwanego przez podatnika. Strona ma prawo do własnego subiektywnego przekonania o zasadności jej zarzutów, jednakże przekonanie to nie musi mieć odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawnych i ich wykładni (zob. np. wyrok NSA z dnia 1 czerwca 2017 r., sygn. akt I FSK 1797/15). Mając powyższe na uwadze Sąd skargę oddalił na podstawie art. 151 p.p.s.a.