I SA/Po 340/26

Dnia 19 maja 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Małgorzata Bejgerowska Sędzia WSA Waldemar Inerowicz Sędzia WSA Zbigniew Kruszewski (sprawozdawca) po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 19 maja 2026 roku sprawy ze skargi M. R. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 16 grudnia 2025 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości z tytułu podatku od towarów i usług I. uchyla zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w P. z dnia 24 września 2025 r., nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz skarżącego kwotę 100,- złotych (słownie: sto) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Zaskarżonym postanowieniem z 16 grudnia 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej (dalej: DIAS) po rozpoznaniu zażalenia M. R. (dalej: skarżący) złożonego na postanowienie Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w P. z 24 września 2025 r. (dalej: Naczelnik albo organ I instancji), sprostowane postanowieniem z 1 grudnia 2025 r., w sprawie zaliczenia wpłat z 1 października 2024 r., w łącznej kwocie 228.000 zł, na poczet zobowiązań wynikających z decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. z 23 września 2024 r., utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu I instancji. Zaskarżone postanowienie wydano przyjmując następujący stan faktyczny i prawny. Decyzją z 23 września 2024 r., po przeprowadzeniu postępowania podatkowego zgodnie z postanowieniem z 15 września 2023 r. o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2020 r. do marca 2021 r. oraz od maja 2021 r. do lipca 2021 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego określił dla skarżącego: W dniu 1 października 2024 r. skarżący dokonał 13 wpłat w łącznej kwocie 228.000 zł na poczet podatku od towarów i usług, za okres od lutego do października 2020 r. oraz za styczeń, marzec i maj 2021 r. Następnie, wnioskiem z 29 października 2024 r., skarżący zwrócił się do Naczelnika Urzędu Skarbowego z prośbą o przesłanie rozliczenia wpłat i naliczonych odsetek na poczet podatku od towarów i usług wynikających z decyzji określającej Naczelnika Urzędu Skarbowego z 23 września 2024 r. W odpowiedzi na wniosek skarżącego, pismem z 7 listopada 2024 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego poinformował skarżącego o sposobie zaliczenia wpłat. Na pismo to skarżący złożył zażalenie, zwracając się o wydanie postanowienia w sprawie zarachowania nadpłaty. Postanowieniem z dnia 16 grudnia 2024 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego przedstawił sposób zaliczenia wpłat skarżącego z 1 października 2024 r. Na postanowienie złożył zażalenie skarżący, podnosząc, że dokonane przezeń wpłaty należy zaliczyć proporcjonalnie na zaległość podatkową w łącznej kwocie 216.141,00 zł oraz odsetki od tej zaległości podatkowej, z uwzględnieniem okresów wyłączenia, zgodnie z art. 54 §1 pkt 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r., poz. 2383; dalej: O.p.) i art. 62 § 1 O.p. Nadto, skarżący sformułował zarzut naruszenia przepisów art. 239 w zw. z art. 266 O.p. Rozpoznając zażalenie, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z 14 lutego 2025 r. uchylił w całości postanowienie Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w P. z 16 grudnia 2024 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy postanowieniem z 14 kwietnia 2025 r., organ I instancji raz jeszcze przedstawił sposób zaliczenia wpłat skarżącego z 1 października 2024 r. W wyniku rozpoznania kolejnego zażalenia skarżącego, postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego z 14 kwietnia 2025 r. zostało uchylone przez Dyrektor Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z 11 lipca 2025 r., który przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy postanowieniem z 24 września 2025 r., sprostowanym postanowieniem z 1 grudnia 2025 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego raz jeszcze przedstawił sposób zaliczenia wpłat skarżącego z 1 października 2024 r., tj. poprzez zaliczenie: 1. wpłaty w wysokości 20.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za luty 2020 r., w tym na należność główną 10.996 zł i odsetki za zwłokę 9.004 zł; 2. wpłaty w wysokości 2.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za luty 2020 r., w tym na należność główną 1.100 zł i odsetki za zwłokę 900 zł; 3. wpłaty w wysokości 18.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za luty 2020 r., w tym na należność główną 6.541 zł i odsetki za zwłokę 5.356 zł; za marzec 2020 r., w tym na należność główną 1.776 zł i odsetki za zwłokę 957 zł oraz za kwiecień 2020 r., w tym na należność główną 1.873 zł i odsetki za zwłokę 1.497 zł; 4. wpłaty w wysokości 26.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za kwiecień 2020 r., w tym na należność główną 14.454 zł i odsetki za zwłokę 11.546 zł; 5. wpłaty w wysokości 12.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za kwiecień 2020 r., w tym na należność główną 497 zł i odsetki za zwłokę 397 zł oraz za maj 2020 r., w tym na należność główną 6.209 zł i odsetki za zwłokę 4.897 zł; 6. wpłaty w wysokości 19.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za maj 2020 r., w tym na należność główną 10.622 zł i odsetki za zwłokę 8.378 zł; 7. wpłaty w wysokości 7.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za maj 2020 r., w tym na należność główną 3.914 zł i odsetki za zwłokę 3.086 zł; 8. wpłaty w wysokości 15.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za maj 2020 r., w tym na należność główną 4.648 zł i odsetki za zwłokę 3.666 zł oraz za czerwiec 2020 r., w tym na należność główną 4.402 zł i odsetki za zwłokę 2.284 zł; 9. wpłaty w wysokości 13.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za czerwiec 2020 r., w tym na należność główną 7.133 zł i odsetki za zwłokę 3.701 zł oraz za lipiec 2020 r., w tym na należność główną 1.235 zł i odsetki za zwłokę 931 zł; 10. wpłaty w wysokości 20.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za lipiec 2020 r., w tym na należność główną 11.407 zł i odsetki za zwłokę 8.953 zł; 11. wpłaty w wysokości 19.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za lipiec 2020 r., w tym na należność główną 5.547 zł i odsetki za zwłokę 4.179 zł; za sierpień 2020 r., w tym na należność główną 5.836 zł i odsetki za zwłokę 2.890 zł oraz za wrzesień 2020 r., w tym na należność główną 315 zł i odsetki za zwłokę 232 zł; 12. wpłaty w wysokości 25.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za wrzesień 2020 r., w tym na należność główną 14.253 zł i odsetki za zwłokę 10.470 zł oraz za październik 2020 r. - na należność główną 187 zł i odsetki za zwłokę 90 zł; 13. wpłaty w wysokości 32.000 zł na poczet podatku od towarów i usług za październik 2020 r., w tym na należność główną 18.603 zł i odsetki za zwłokę 8.988 zł oraz za styczeń 2021 r., w tym na należność główną 2.604 zł i odsetki za zwłokę 1.805 zł. Na postanowienie to zażalenie złożył skarżący, zarzucając wydanie przez organ I instancji rozstrzygnięcia z naruszeniem art. 217 § 2 O.p., art. 54 § 1 pkt 2, pkt 3 i pkt 7 O.p. W uzasadnieniu skarżący wskazał, że nie powinien ponosić odpowiedzialności za opieszałe działanie organu celno-skarbowego zarówno w czasie prowadzonej kontroli celno-skarbowej jak i w trakcie postępowania podatkowego, zatem odsetki od zaległości podatkowej, na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., nie powinny być naliczane za okres prowadzonej kontroli i postępowania podatkowego, trwających dłużej niż 3 miesiące. W postępowaniu zażaleniowym pismo złożył też uczestnik postępowania – Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców, wskazując, że postanowienie z 24 września 2025 r. zostało wydane z naruszeniem prawa. Opisanym na wstępie, zaskarżonym postanowieniem z 16 grudnia 2025 r., Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego z 24 września 2025 r. Uzasadniając to rozstrzygnięcie, organ II instancji przywołał treść przepisów art. 51 § 1, art. 53 § 1, § 4-5, art. 52 § 1 pkt 2, art. 54, art. 59 § 1 pkt 1 oraz art. 62 § 1 i § 4 O.p., a także § 4 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz. U z 2021 r., poz. 703), a następnie przedstawił sposób zaliczenia poszczególnych wpłat skarżącego oraz sposób kalkulacji odsetek dla każdej z zaległości. Dalej, odnosząc się do zarzutów zażalenia, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego i nie obejmuje swym zakresem ani kontroli podatkowej, ani kontroli celno-skarbowej. Ustawodawca na dzień dokonania przez skarżącego wpłat nie przewidywał, zarówno w ustawie z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2023 r., poz. 615; dalej: u.k.a.s.), jak też w ustawie Ordynacja podatkowa przerw w naliczaniu odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli celno-skarbowej. Do kontroli celno-skarbowej miały zastosowanie jedynie te przepisy ustawy Ordynacji podatkowej, które wyraźnie zostały wymienione w art. 94 ust. 1 u.k.a.s., a wśród nich nie ma art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Oznacza to, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego. Regulacja, która będzie umożliwiała nienaliczanie odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli celno-skarbowej została wprowadzona w ustawie Ordynacja podatkowa na podstawie art. 1 ustawy z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 1414), która weszła w życie 4 listopada 2025 r. Zgodnie z art. 2 wskazanej Ustawy, znowelizowane przepisy stosuje się również do kontroli celno- skarbowej wszczętej w okresie 6 miesięcy przed dniem wejścia w życie ustawy i niezakończenia przed tym dniem. Tymczasem w przedmiotowej sprawie kontrola celno-skarbowa została wszczęta 18 listopada 2021 r. i zakończona 6 czerwca 2023 r. Nadto, w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wypracowanym na tle przepisów art. 54 § 1 pkt 3 i 7 oraz art. 54 § 2 O.p. wskazuje się, że w regulacji tej przewidziane zostały dwie przesłanki, przy zaistnieniu których brak jest podstaw do nienaliczania odsetek. Pierwsza z nich dotyczy sytuacji, w której "do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel". Druga zaś dotyczy sytuacji, w której "opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu". Spójnik "lub" użyty w przepisie wskazuje na to, że wystarczy spełnienie tylko jednej z nich, aby zaistniały podstawy do odstąpienia od zastosowania art. 54 § 1 pkt 3 i 7 ustawy O.p. Odnosząc się do drugiej z tych przesłanek, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził, że opóźnienie w załatwieniu niniejszej sprawy miało miejsce z przyczyn niezależnych od organu, ponieważ postępowanie podatkowe prowadzone przez Naczelnika Urzędu Skarbowego należało do postępowań o znacznym ciężarze dowodzenia. Na podstawie sporządzonej chronologii czynności, w kontekście znacznego skomplikowania sprawy oraz braku pełnego materiału dowodowego umożliwiającego niezwłoczne określenie zobowiązania podatkowego, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej uznał za dopuszczalne okresy przeznaczone przez organ podatkowy na analizę zgromadzonej dokumentacji oraz opracowanie dalszego zakresu postępowania. Złożoność sprawy, ilość przeprowadzonych dowodów, ich rodzaj oraz celowość pozwalają w ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na uznanie, że postępowanie było zorganizowane w sposób prawidłowy, a przeprowadzone czynności zajmowały odpowiednią ilość czasu. Organ I instancji podejmował czynności dowodowe i wyjaśniające bez zbędnej zwłoki, jednocześnie każdorazowo informując skarżącego o powodach przedłużenia terminu zakończenia postępowania podatkowego. Mając na uwadze powyższe, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej stwierdził brak podstaw do zastosowania w sprawie regulacji, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. W skardze skierowanej do tut. Sądu na opisane na wstępie postanowienie, skarżący zarzucił Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej 1. naruszenie art. 145 § 2 O.p. w zw. z art. 138c § 1 O.p., polegające na doręczeniu postanowienia bezpośrednio stronie, pomimo ustanowienia w sprawie pełnomocnika, któremu przysługiwało umocowanie do odbioru korespondencji, co skutkowało jej wadliwym doręczeniem; 2. naruszenie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. poprzez jego niezastosowanie i w konsekwencji naliczenie odsetek za zwłokę za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej trwającej z przekroczeniem ustawowych terminów, pomimo, że opóźnienie w załatwieniu sprawy nastąpiło z przyczyn leżących po stronie organu podatkowego; 3. błędne zastosowanie art. 54 § 2 O.p., polegające na bezpodstawnym przyjęciu, że przekroczenie terminu, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p., nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu podatkowego, podczas gdy z akt sprawy wynika, iż wielokrotne przedłużanie postępowania było konsekwencją działań i zaniechań organu podatkowego; 4. naruszenie art. 62 § 1 i § 4 O.p. poprzez dokonanie zaliczenia wpłat w sposób nieprzejrzysty i nieweryfikowalny oraz wydanie postanowienia bez prawidłowego i jednoznacznego wskazania podstaw faktycznych i prawnych sposobu rozliczenia wpłat skarżącego; 5. naruszenie art. 217 § 2 O.p. poprzez sporządzenie uzasadnienia zaskarżonego postanowienia w sposób lakoniczny i pozorny, ograniczający się do przedstawienia wyliczeń, bez odniesienia się do argumentów strony i bez wyjaśnienia przyczyn odmowy zastosowania art. 54 O.p.; 6. naruszenie art. 122 oraz art. 187 § 1 O.p. poprzez niewyczerpujące zebranie i rozpatrzenie materiału dowodowego, w szczególności pominięcie dowodów i okoliczności wskazujących na opieszałość organu podatkowego; 7. naruszenie art. 191 O.p. poprzez dowolną, a nie swobodną ocenę materiału dowodowego i bezkrytyczne przyjęcie twierdzeń organu pierwszej instancji; 8. naruszenie art. 120 oraz art. 121 § 1 O.p. poprzez działanie organów z pominięciem obowiązujących przepisów prawa oraz naruszenie zasady zaufania obywatela do organów podatkowych; 9. naruszenie art. 123 § 1, art. 125 § 1, art. 129, art. 140 § 1 i § 2, art. 180 oraz art. 293 § 2 pkt 3 O.p., polegające na prowadzeniu postępowania w sposób przewlekły i niesprawny, z wielokrotnym przedłużaniem terminów jego zakończenia bez wykazania istnienia rzeczywistych, obiektywnych i niezależnych od organu przyczyn opóźnienia, a także na pozbawieniu skarżącego realnego i czynnego udziału w postępowaniu, w szczególności poprzez brak zapewnienia mu możliwości pełnego zapoznania się z materiałem dowodowym oraz odniesienia się do wszystkich dowodów zgromadzonych w sprawie przed wydaniem zaskarżonego postanowienia, co w konsekwencji doprowadziło do naruszenia zasad prawdy obiektywnej, szybkości postępowania oraz prawa strony do rzetelnego i transparentnego postępowania podatkowego; 10. naruszenie art. 2 oraz art. 32 ust. 1 Konstytucji RP, w związku z art. 2a O.p., poprzez rozstrzygnięcie wątpliwości co do treści i zakresu przepisów na niekorzyść skarżącego; 11. naruszenie art. 94 ust. 1 pkt 2 u.k.a.s., poprzez prowadzenie kontroli celno-skarbowej w sposób sprzeczny z zasadą wnikliwości i szybkości postępowania, w szczególności przez jej nieuzasadnione i nadmierne przedłużenie do okresu niemal dwóch lat, bez wykazania istnienia obiektywnych przeszkód uniemożliwiających jej zakończenie w terminie, co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego obciążenia skarżącego odsetkami za zwłokę za okres, w którym organ podatkowy pozostawał w stanie opieszałości, a także do naruszenia zasady zaufania do organów administracji publicznej. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując swą dotychczasową argumentację. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje. Kontrola sądowa zaskarżonych decyzji, postanowień bądź innych aktów wymienionych w art. 3 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143, dalej: p.p.s.a.), stosownie do art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267, ze zm.), sprawowana jest w oparciu o kryterium zgodności z prawem. W związku z tym, aby wyeliminować z obrotu prawnego akt wydany przez organ administracyjny konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia bądź przepisu prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, bądź przepisu postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, albo przepisu prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy i nie jest związany zarzutami skargi ani jej wnioskami. Oznacza to, że zadaniem sądu administracyjnego jest zbadanie legalności zaskarżonego postanowienia pod względem jego zgodności z prawem, to znaczy ustalenie, czy organy orzekające w sprawie prawidłowo przeprowadziły postępowanie w sprawie a następnie właściwie zinterpretowały i zastosowały przepisy prawa w odniesieniu do ustalonego stanu faktycznego. Rozpoznając niniejszą sprawę w świetle powołanych wyżej kryteriów Sąd uznał, że skarga zasługuje na uwzględnienie, ponieważ zarówno zaskarżone postanowienie, jak i postanowienie organu I instancji zostały wydane z naruszeniem przepisów postępowania i przepisów prawa materialnego, co wpłynęło na wynik sprawy. Należy wskazać, że istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do ustalenia czy sposób zaliczenia wpłat skarżącego na poczet zaległości podatkowych oraz odsetek od tych zaległości był poprawny. Skarżący stoi na stanowisku, że naliczenie odsetek od zaległości nastąpiło w sposób wadliwy, gdyż nie uwzględniono przerw w ich naliczaniu wynikających z czasu trwania kontroli celno-skarbowej i postępowania podatkowego. Tym samym, sposób zaliczenia jego wpłaty z 1 października 2024 r. był niepoprawny. Materialnoprawną podstawę zaskarżonego postanowienia stanowiły przepisy u.k.a.s. oraz Ordynacji podatkowej (publikatory aktów podano wyżej). Zgodnie z art. 51 § 1 O.p., zaległością podatkową jest podatek niezapłacony w terminie płatności. Natomiast w świetle art. 53 § 1 O.p. od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 52 § 1 pkt 2 i art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę. Tymczasem zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Wyłączenie naliczania odsetek na podstawie art. 54 § 1 pkt 3 i pkt 7 O.p. nie znajduje zastosowania, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu (art. 54 § 2 O.p.). W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie znajduje zastosowania do kontroli celno-skarbowej. Z treści art. 94 § 1 u.k.a.s. w brzmieniu obowiązującym w dniu dokonania przez skarżącego wpłat na poczet zaległości podatkowych nie wynika, aby art. 54 § 1 pkt 7. O.p. miał zastosowanie także do kontroli celno-skarbowych. Oznacza to, że brak jest możliwości odstąpienia od naliczania odsetek od zaległości podatkowych za okres prowadzenia kontroli. Ze stanowiskiem tym nie sposób się zgodzić. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego zwraca się uwagę, że treść art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie wskazuje czy wyrażona w tym przepisie norma powinna znaleźć zastosowanie także do kontroli celno-skarbowej. Wskazać należy, że instytucja kontroli celno-skarbowej określona w u.k.a.s., w jej brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2017 r., zastąpiła instytucję postępowania kontrolnego określonego w uchylonej w dniu 1 marca 2017 r. ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r. poz. 720 i 1165; dalej: u.k.s.). Zgodnie z brzmieniem art. 31 ust. 1 u.k.s., obowiązującym do dnia 30 czerwca 2010 r., w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem art. 14b ust. 1. Z brzmienia powyższego przepisu wynikało, że w przypadku postępowania kontrolnego nie znajdował zastosowania art. 54 O.p., w tym § 1 pkt 7 tego przepisu, który wyłączał naliczanie odsetek w przypadku braku rozstrzygnięcia sprawy podatkowej w ciągu trzech miesięcy. Kwestia zgodności powyższej regulacji z Konstytucją RP stała się przedmiotem analizy Trybunału Konstytucyjnego, który w wyroku z dnia 18 października 2011 r., o sygn. akt SK 2/10 (Dz. U. z 2011 r. Nr 240, poz. 1239) orzekł, że art. 31 u.k.s., w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302) w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy - Ordynacja podatkowa jest niezgodny z art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i 2 Konstytucji RP. W pisemnych motywach uzasadnienia Trybunał Konstytucyjny wyraził pogląd, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę także za okres zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego na mieniu podatnika, gdy uzyskane z zabezpieczenia środki finansowe są zaliczane na poczet zaległości podatkowych, oraz za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane. Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego różnicowanie, w kwestionowanym przepisie, sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Kwestionowana regulacja tym samym stawia w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej, pozbawiając ich prawa nienaliczania odsetek za okres trwającego na ich majątku zabezpieczenia zobowiązania podatkowego. W ocenie Trybunału nie ma bowiem podstaw do stwierdzenia, że zróżnicowanie takie było uzasadnione koniecznością realizacji ważnego interesu publicznego. Za uzasadniony interes publiczny Trybunał Konstytucyjny uznał egzekwowanie danin publicznych przez administrację podatkową za pomocą przewidzianych przez prawo, jak najbardziej efektywnych, ale także proporcjonalnych, środków. Trybunał Konstytucyjny zwrócił jednocześnie uwagę, że cel, jakim jest pobranie podatku, nie może przy okazji naruszać innych wartości konstytucyjnych, ponieważ ich realizacja również służy dobru wspólnemu, jakim jest naród. Należy stwierdzić, że powyższe rozważania, dotyczące postępowania kontrolnego, znajdują zastosowanie także względem do kontroli celno-skarbowej - uregulowanej w u.k.a.s. od 1 stycznia 2017 r. W konsekwencji, uznanie za prawidłowe stanowiska, zgodnie z którym organy prowadzące kontrolę celno-skarbową mogą bez żadnych konsekwencji i ograniczeń czasowych prowadzić kontrolę celno-skarbową i naliczać za jej okres odsetki od zaległości prowadzi do nieuprawnionej korzyści po stronie Skarbu Państwa, kosztem majątku podatnika, w postaci zwiększonej kwoty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych oraz narusza wskazane w niniejszej skardze kasacyjnej normy konstytucyjne. Za powyższym sposobem interpretacji art. 54 § 1 pkt 7 O.p., na co wskazywał NSA w wyroku z 25 listopada 2025 r. o sygn. akt III FSK 804/24 (wszystkie powołane orzeczenia są dostępne na stronie internetowej: bazy CBOSA), przemawiają także względy celowościowe związane z realizacją określonej w art. 125 § 1 O.p. zasady szybkości postępowania, którą na mocy art. 94 ust. 1 pkt 2 u.k.a.s. stosuje się także do kontroli celno-skarbowej. Jak wynika z ww. art. 125 § 1 O.p., organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. Brak naliczania odsetek za zwłokę po upływie 3 miesięcy od zainicjowania kontroli celno-skarbowej stanowi w istocie dodatkowy czynnik motywujący organ administracji publicznej do sprawnego i szybkiego załatwienia sprawy podatkowej. Tym samym, zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do kontroli celno-skarbowej sprzyja realizacji jednej z zasad ogólnych postępowania, tj. zasady szybkości postępowania prowadzonego przez organ administracji podatkowej. Wyłącznie literalna wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 O.p. godziłaby w wartości konstytucyjne wskazane w cytowanym wyroku Trybunału. W tym kontekście uzasadnione jest twierdzenie, że za zastosowaniem art. 54 § 1 pkt 7 O.p. także do kontroli celno-skarbowej - uregulowanej w u.k.a.s. od 1 stycznia 2017 r. - przemawiają zarówno rezultaty wykładni dokonywanej z uwzględnieniem unormowań konstytucyjnych, jak również względy celowościowe (por. wyrok WSA w Warszawie z 17 marca 2026 r., sygn. akt III SA/Wa 1995/25). Jak trafnie wskazał WSA w Białymstoku w wyroku z 11 marca 2026 r. o sygn. akt I SA/Bk 32/26, przeciwna wykładnia wskazanego przepisu skutkująca brakiem zastosowania przepisu art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do kontroli celno-skarbowej prowadziłaby do wniosku, że ustawodawca powtórzył niekonstytucyjne zapisy ustawy, wbrew wyrokowi TK, co powodowałoby zjawisko tzw. "wtórnej niekonstytucyjności". Zjawisko to polega na tym, że ustawodawca powtarza rozwiązania normatywne uznane już raz za niekonstytucyjne (K. Kos, O pojęciu wtórnej niekonstytucyjności prawa, Przegląd Prawa Konstytucyjnego 2018, nr 2 (42), s. 21) i próbuje, za pomocą znowelizowanych przepisów, ograniczyć zakres zastosowania orzeczenia Trybunału, naruszając tym samym art. 190 ust. 1 Konstytucji (moc powszechnie obowiązująca wyroków TK). Wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 O.p., która umożliwiałaby zastosowanie tego przepisu w odniesieniu wyłącznie do postępowania podatkowego i prowadziła do braku jego zastosowania względem kontroli celno-skarbowej utrwalałaby zatem konsekwencje prawne raz już uznane za niekonstytucyjne przez TK. W ocenie tut. Sądu należało zatem uznać za uzasadniony zarzut naruszenia art. 54 § 1 pkt 7 O.p. poprzez brak jego zastosowania w sprawie. W zaskarżonym postanowieniu oraz w postanowieniu organu I instancji organy uznały za prawidłowe naliczenie odsetek za zwłokę za pełen okres prowadzonej kontroli celno-skarbowej, trwającej 23 miesiące. Organy nie wskazały jednocześnie, by do opóźnienia w prowadzeniu kontroli celno-skarbowej przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel, bądź też że opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Rozpoznając ponownie sprawę, organ I instancji uwzględni wykładnię zaprezentowaną w niniejszym wyroku poprzez uznanie, że do kontroli celno-skarbowej znajduje zastosowanie przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p., a w konsekwencji nie naliczy odsetek za zwłokę – przy ustalaniu sposobu zaliczenia wpłat skarżącego z 1 października 2024 r. – za okres trwania kontroli celno-skarbowej, chyba, że ustali, że do opóźnienia w prowadzeniu kontroli celno-skarbowej przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel, bądź też jeśli opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Poza sporem w niniejszej sprawie ulegało, że art. 54 § 1 pkt 7 O.p. znajduje zastosowanie w odniesieniu do postępowania podatkowego. Odnosząc się do prawidłowości naliczenia odsetek za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji określającej, mając na uwadze, że postępowanie podatkowe w niniejszej sprawie trwało dłużej niż 3 miesiące, tut. Sąd stwierdza, co następuje. Jak w zaskarżonym postanowieniu stwierdził Dyrektor Izby Administracji Skarbowej , art. 54 § 2 O.p. przewiduje, w formie alternatywy łącznej, dwie przesłanki wyłączające nienaliczanie odsetek, jakimi jest przyczynienie się strony lub jej przedstawiciela do opóźnienia w wydaniu decyzji bądź sytuacja, w której opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej podnosi, że w niniejszej sprawie ziściła się przesłanka art. 54 § 2 O.p. jaką jest powstanie opóźnienia z przyczyn niezależnych od organu, wobec czego naliczenie odsetek za okres prowadzenia postępowania podatkowego było uzasadnione. W ocenie tut. Sądu, podniesione w zaskarżonym postanowieniu okoliczności mające świadczyć o zaistnieniu przyczyn opóźnienia niezależnych od organu nie zasługują na aprobatę, co czyni zasadnym podniesiony w skardze zarzut naruszenia art. 54 § 2 O.p. poprzez jego błędne zastosowanie w sytuacji, w której brak było podstaw do odstąpienia od nienaliczania odsetek na podstawie tego przepisu. Przedmiotowe dla niniejszej sprawy postępowanie podatkowe było przedłużane pięciokrotnie na podstawie art. 140 § 1 O.p. Cztery z postanowień informujących skarżącego o niezakończeniu postępowania podatkowego w terminie umotywowane były koniecznością przeanalizowania materiału dowodowego w sprawie oraz dokonania jego oceny prawnej. W przypadku pierwszego z pism, datowanego na 9 listopada 2023 r., powodem braku załatwienia sprawy w terminie była, oprócz przeanalizowania materiału dowodowego, także konieczność pozyskania dowodów z akt śledztwa nr [...] Należy jednak zauważyć, że już w dniu 23 października 2023 r. Naczelnikowi Urzędu Skarbowego zostały udostępnione akta sprawy nr [...] przez Prokuraturę Okręgową w P. poprzez przeglądarkę internetową. Niezależnie od potrzeby uzyskania kopii dokumentów z akt ww. sprawy oraz uzyskania zgody na włączenie sporządzonych kopii do akt postępowania podatkowego, brak jest uzasadnienia dla analizy włączonych do postępowania dowodów przez kolejne dwa miesiące (tj. do 8 stycznia 2024 r.). Naczelnik Urzędu Skarbowego miał możliwość wcześniejszego zapoznania się z aktami tego postępowania. Nadto, nie znajduje uzasadnienia, nawet w przypadku uzyskania przez organ dodatkowych dowodów w dniu 24 listopada 2023 r., analiza tego materiału aż do 30 stycznia 2024 r., kiedy to wydano kolejne postanowienie o włączeniu dowodów do akt sprawy. Dodatkowo należy wskazać, ze dowody włączone tym postanowieniem do akt sprawy były już przedmiotem analizy organu w postępowaniu podatkowym prowadzonym przez ten sam organ względem innego podmiotu. Nie jest zatem uzasadniona i nie stanowi okoliczności niezależnej od organu powtórna, trwająca ponad dwa miesiące analiza tych dokumentów. W przypadku drugiego postanowienia z 8 stycznia 2024 r. oraz trzeciego, z 6 marca 2024 r., brak zakończenia postępowania podatkowego w terminie został umotywowany koniecznością przeanalizowania kolejnych dowodów zebranych w prowadzonym postępowaniu podatkowym. Jak wskazał Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w zaskarżonym postanowieniu, w tym czasie organ I instancji pozyskiwał informacje z internetowych baz danych. Po wydaniu postanowienia z 6 marca 2024 r., w dniu 15 kwietnia 2024 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego wydał postanowienie o włączeniu dodatkowych dowodów do akt sprawy, przy czym włączone dokumenty stanowiły materiał dowodowy zgromadzony przez ten sam organ w toku równolegle prowadzonych kontroli celno-skarbowych. Następnie, w dniu 6 maja 2024 r., została sporządzona adnotacja przez pracownika organu I instancji o pozyskaniu informacji z postępowania podatkowego toczącego się przed tym samym organem względem innego podatnika oraz o wykonaniu wydruków ze zdjęć ekranu dwóch stron internetowych. Działania te, w ocenie Sądu, nie uzasadniają braku załatwienia sprawy skarżącego w terminie. W szczególności, odstępy pomiędzy czynnościami podejmowanymi przez organ I instancji świadczą o tym, że przedłużenie postępowania podatkowego miało miejsce z przyczyn leżących po stronie organu podatkowego. W dniu 6 maja 2024 r. organ I instancji wydał czwarte postanowienie przedłużające postępowanie ze względu na konieczność zachowania obowiązujących procedur wyznaczonych w przepisach O.p. oraz ostatecznego przeanalizowania zebranego materiału dowodowego w sprawie. Ostatnie, piąte postanowienie o niezakończeniu postępowania podatkowego w terminie zostało wydane w dniu 8 lipca 2024 r., którego wydanie zostało uzasadnione koniecznością umożliwienia stronie wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego oraz opracowania rozstrzygnięcia kończącego postępowanie. W postanowieniu tym organ I instancji wyznaczył nowy termin zakończenia postępowania podatkowego na 23 września 2024 r. Należy podkreślić, że konieczność zachowania w prowadzonym postępowaniu podatkowym zasad postępowania wynikających z przepisów Ordynacji podatkowej oraz opracowanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie nie mogą stanowić okoliczności uzasadniających brak zakończenia postępowania podatkowego w terminie. Nie są to, w szczególności, okoliczności niezależne od organu podatkowego. Mając na uwadze interpretacyjne założenie o racjonalności prawodawcy, należy stwierdzić, ze ustawodawca wyznaczając w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. trzymiesięczny termin dla zakończenia postępowania podatkowego doręczeniem decyzji kończącej postępowanie, założył możliwość zakończenia tego postępowania w tym terminie z zachowaniem odpowiednich zasad wynikających z pozostałych przepisów O.p. Podobna konkluzja wynika z orzecznictwa NSA. Jak wskazał NSA w wyroku z 4 października 2023 r. o sygn. akt II FSK 681/23, nieuprawnione jest wyprowadzanie wniosku, że pod pojęciem "przyczyn niezależnych od organu" ustawodawca rozumiał prowadzenie postępowania w sprawie złożonej i wymagającej przeprowadzenia dużej ilości dowodów, pod warunkiem jedynie, że postępowanie jest prowadzone zgodnie z przepisami i w sposób prawidłowo zorganizowany. Skoro ustawodawca, przyjmując racjonalność jego działań legislacyjnych, określa termin do załatwienia sprawy - wydania decyzji, to z pewnością uwzględnia konieczność respektowania w prowadzonym postępowaniu wszelkich zasad procesowych, w tym dotyczących prawa strony do czynnego udziału w tym postępowaniu. Nie przewidział on przy tym, możliwości różnicowania terminów na załatwienie sprawy, z punktu widzenia ich złożoności czy też stopnia trudności. W analizowanym przypadku ani organ I instancji, ani organ odwoławczy w swoich postanowieniach nie wyjaśniły przekonująco, że poszczególne, opisane wyżej czynności nie mogły zostać podjęte w krótszym czasie. W ocenie Sądu nie jest w istocie przekonująca argumentacja, że czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i były uzasadnione z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap. Biorąc pod uwagę fiskalny wymiar przedłużającego się postępowania podatkowego, nie sposób uznać, by analiza materiału dowodowego w sprawie stanowiła niezależną od organu podatkowego okoliczność uzasadniającą nienaliczanie odsetek w sprawie. Podkreślić należy, że zasadniczą funkcją naliczania odsetek za zwłokę jest funkcja kompensacyjna związana z bezprawnym dysponowaniem przez podatnika finansowymi środkami publicznymi. Odsetki, jako świadczenie uboczne wobec świadczenia głównego, są wynagrodzeniem za korzystanie z cudzego kapitału (funkcja kompensacyjna, odszkodowawcza). Odsetki są w prawie podatkowym konsekwencją zaistnienia zaległości podatkowej: dopóki ona istnieje, dopóty istnieją również odsetki od niej (tak trafnie S. Babiarz (w:) Ordynacja podatkowa. Komentarz., LexisNexis, Warszawa 2013, Wydanie 8, s. 335-336; por. wyrok WSA w Białymstoku z 11 marca 2026 r. o sygn. akt I SA/Bk 32/26). Zdaniem Sądu, przepisy regulujące sposób i zasady naliczania odsetek za zwłokę służyć mają ochronie interesów Skarbu Państwa, który nie może ponosić negatywnych konsekwencji błędnych i zawinionych działań podatników. Jednakże ich wykładnia i stosowanie nie może zmierzać do osiągania przez Skarb Państwa nieuzasadnionych korzyści, wyłącznie z przyczyn formalnych, uzasadnionych celem fiskalnym. W procesie stosowania prawa należy uwzględniać zasadę sprawiedliwości opodatkowania, a stosowanie prawa to przede wszystkim określanie konsekwencji prawnych ustalonego stanu faktycznego - wiązanie jakiegoś stanu faktycznego z odpowiednią normą prawną (por.: R. Mastalski, Prawo podatkowe. I - część ogólna, wyd. C.H. Beck, Warszawa 1998, s. 50). Ponadto taki "mechaniczny" sposób zastosowania przepisów przez organy podatkowe w niniejszej sprawie, który powoduje zachwianie symetrii między interesami Skarbu Państwa i podatnika, poprzez naliczenie odsetek również za okres, w którym de facto nie miało miejsca uszczuplenie interesów Skarbu Państwa, prowadzi nie tylko do naruszenia zasady proporcjonalności, lecz również naruszenia zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.). Przerzucenie odpowiedzialności za własne działania organu na podatnika, powodując po jego stronie negatywne konsekwencje fiskalne, stanowi niedopuszczalne naruszenie tej zasady. Tylko bowiem prowadzenie postępowania zgodnie z przepisami prawa procesowego oraz prawidłowe stosowanie przepisów prawa materialnego, jest działaniem zgodnym z tą zasadą. Zasady wyrażonej w art. 121 § 1 O.p. nie można nadto postrzegać jako abstrakcyjny postulat wobec organów podatkowych, lecz jako normę prawną, której zastosowanie powinno mieć konkretny wymiar (por. wyrok NSA z 20 grudnia 2012 r., sygn. akt II FSK 764/11; wyrok WSA w Krakowie z 24 marca 2026 r., sygn.. akt I SA/Kr 103/26). Zatem takie okoliczności jak analiza zebranego materiału dowodowego w sprawie, konieczność zachowania obowiązujących zasad postępowania czy opracowanie rozstrzygnięcia końcowego nie mogą zostać uznane za przyczyny niezależne od organu, uzasadniające naliczanie odsetek za okres tak przedłużającego się postępowania. Reasumując, w zaskarżonym postanowieniu ani w postanowieniu organu I instancji organy nie przedstawiły przekonujących argumentów na poparcie tezy, że to okoliczności obiektywne, na które organ podatkowy nie miał wpływu, spowodowały, że postępowanie podatkowe w niniejszej sprawie nie mogło zakończyć się w ustawowym terminie. W konsekwencji za zasadne należy uznać zarzuty naruszenia art. 187 § 1 i art. 191 w zw. z art. 122 O.p. w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez dokonanie dowolnej, a nie swobodnej oceny materiału dowodowego sprawy, a w konsekwencji błędne uznanie, że w niniejszej sprawie ziściły się okoliczności niezakończenia postępowania podatkowego w terminie z przyczyn niezależnych od organu. Na marginesie wskazać należy, że niezasadny okazał się zarzut naruszenia art. 145 § 2 O.p. w zw. z art. 138c § 1 O.p. poprzez wadliwe doręczenie postanowienia bezpośrednio stronie, pomimo ustanowienia w sprawie pełnomocnika, ze względu na wcześniejsze wypowiedzenie pełnomocnictwa w sprawie przez skarżącego w dniu 15 grudnia 2025 r. (k. [...] akt administracyjnych). Reasumując, z uwagi na wykazane wyżej naruszenia przepisów prawa materialnego i postępowania Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w zw. z art. 135 p.p.s.a. uchylił zaskarżone postanowienie i postanowienie je poprzedzające. Ponownie rozpoznając sprawę obowiązkiem organów będzie – zgodnie z normą określoną w art. 153 p.p.s.a. – uwzględnienie oceny prawnej i wskazanych wyżej zaleceń Sądu co do dalszego prowadzenia postępowania administracyjnego, w szczególności w zakresie takiej wykładni art. 54 § 1 pkt 7 O.p., zgodnie z którą przepis ten znajduje zastosowanie do kontroli celno-skarbowej, a także w zakresie nienaliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji określajacej organu pierwszej instancji, w sytuacji gdy decyzja ta nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania oraz gdy opóźnienie w wydaniu decyzji miało miejsce z przyczyn zależnych od organu. Sąd na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 1 p.p.s.a. zasądził od organu na rzecz skarżącego kwotę 100 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.