I SA/Gl 309/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Katarzyna Stuła-Marcela, Sędziowie Sędzia WSA Piotr Pyszny (spr.), Sędzia WSA Anna Tyszkiewicz-Ziętek, Protokolant specjalista Katarzyna Kot, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 31 sierpnia 2026 r. sprawy ze skargi F. S.A. w K. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 17 lutego 2026 r. nr 2401-IOD-2.4104.116.2025 UNP: 2401-26-045344 w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w K. z dnia 4 grudnia 2025 r., nr [...]; 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 40.000 (czterdzieści tysięcy) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Zaskarżoną decyzją z 17 lutego 2026 r., znak 2401-IOD-2.4104.116.2025, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej jako organ, DIAS) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w K. (dalej jako organ I instancji, NUS) w przedmiocie odmowy stwierdzenia wobec F S.A. z siedzibą w K. (dalej jako Strona, Skarżąca, Spółka) nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 2.499.949 zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego tej Spółki dokonanego 9 listopada 2023 r. Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia organ powołał art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r., poz. 111 – dalej jako O.p.) oraz przepisy ustawy z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jedn. Dz.U. z 2023 r., poz. 170 – dalej jako u.p.c.c.). Stan sprawy przedstawia się następująco: Na mocy uchwały Walnego Zgromadzenia Spółki podjętej 9 listopada 2023 r. dokonano podwyższenia kapitału zakładowego Strony o kwotę 500.000.000 zł w drodze emisji 5.000.000 nowych akcji zwykłych imiennych serii B o wartości nominalnej 100 zł każda akcja, tj. o łącznej wartości nominalnej 500.000.000 zł. Wszystkie akcje serii B zostały objęte przez Skarb Państwa reprezentowany przez Prezesa Rady Ministrów w zamian za wkład pieniężny. W związku z podwyższeniem kapitału zakładowego Spółki i pokryciem go wkładem pieniężnym, notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 2.499.949. Wnioskiem z 30 października 2025 r. Spółka wystąpiła do organu I instancji o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w powyższej kwocie. W jej ocenie, wnoszenie wkładów do spółek kapitałowych przez Skarb Państwa nie powinno podlegać opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych w świetle przepisów prawa Unii Europejskiej. Przepisy u.p.c. zdaniem Spółki, w zakresie, w jakim obejmują opodatkowaniem czynność wniesienia przez Skarb Państwa do spółki kapitałowej wkładów na pokrycie kapitału zakładowego, pozostają w sprzeczności z Dyrektywą 2008/7/WE z 12 lutego 2008 r. dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.U. UE L 46 z 21 lutego 2008 – dalej jako Dyrektywa 2008/7/WE), która zastąpiła wcześniejszą Dyrektywę 69/335/EWG z 17 lipca 1969 r., dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.U. UE 249 z 3 października 1969 r. – dalej jako Dyrektywa 69/335/EWG). Spółka argumentowała, że na 1 stycznia 2006 r. czynność wniesienia wkładu do spółki kapitałowej przez Skarb Państwa nie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c. Przepis ten został zmieniony 1 stycznia 2007 r., a następnie wykreślony 1 stycznia 2009 r. W ten sposób od 1 stycznia 2009 r. czynność wniesienia wkładu do spółki kapitałowej między innymi przez podmioty wskazane w art. 8 ust. 2 pkt 2-5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, została objęta opodatkowaniem od podatku od czynności cywilnoprawnych. Doprowadziło to do naruszenia przez Polskę zasady stand - still wyrażonej w preambule Dyrektywy 69/335/WE i następnie wprowadzonej przez ustawodawcę unijnego do art. 7 ust 1 oraz art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE. W ocenie Spółki wniesienie przez Skarb Państwa aportu do Spółki na dzień 1 stycznia 2006 r. stanowiłoby zdarzenie zwolnione z opodatkowania na podstawie art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c. Oznacza to, że na podstawie art. 7 ust. 1 oraz art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE Polska jako Państwo członkowskie powinna zwolnić przedmiotową czynność z opodatkowania podatkiem kapitałowym, tj. podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Brak zwolnienia dla przedmiotowej czynności stanowi naruszenie prawa unijnego, w szczególności art. 7 ust. 1 oraz art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE. NUS decyzją z 4 grudnia 2025 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. W wyniku rozpatrzenia odwołania DIAS wydał decyzję będącą przedmiotem skargi do tutejszego Sądu. Uzasadniając rozstrzygnięcie DIAS wskazał, że Dyrektywa 2008/7/WE zastąpiła wcześniejszą Dyrektywę 69/335/EWG. Termin implementacji Dyrektywy 2008/7/WE upłynął z końcem 2008 r. Z motywu 6 preambuły aktualnej Dyrektywy wynika, że choć państwa członkowskie zachowują prawo do dalszego nakładania podatku kapitałowego, to w przypadku podjęcia decyzji o odstąpieniu od opodatkowania określonych operacji kapitałowych objętych dyrektywą, nie powinny mieć możliwości ponownego wprowadzenia takich podatków. W myśl z kolei art. 7 ust. 1 i ust. 2 Dyrektywy 69/335/EWG (zmienionego przez art. 1 pkt 2 Dyrektywy nr 85/303/EWG z dnia 10 czerwca 1985 r. (Dz.U.UE.L.85.156.23) zmieniającej Dyrektywę z dniem 17 czerwca 1985 r., 1. Państwa Członkowskie zwolnią z podatku kapitałowego operacje, inne niż operacje określone w art. 9, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,50 % lub niższą. Zwolnienie zależy od warunków, które w tamtym dniu były stosowane do przyznania zwolnienia lub, zależnie od okoliczności, nałożenia podatku według stawki 0,50 % lub niższej. Republika Grecka określi, które operacje zostaną zwolnione z podatku kapitałowego. 2. Państwa Członkowskie mogą zwolnić z podatku kapitałowego wszystkie operacje inne niż określone w ust. 1 lub naliczyć od nich podatek o jednolitej stawce nie przekraczającej 1 %. Stosownie do art. 7 ust. 1 Dyrektywy 2008/7/WE niezależnie od art. 5 ust. 1 lit.a, państwo członkowskie, które w dniu 1 stycznia 2006 r. naliczało podatek od wkładów kapitałowych może go w dalszym ciągu naliczać, pod warunkiem, że jest on zgodny z art. 8 -14 Dyrektywy. W myśl natomiast art. 7 ust. 2 Dyrektywy, jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go później ponownie wprowadzić. Jeżeli po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przyzna zwolnienie na mocy art. 13 Dyrektywy, nie może ono później naliczać podatku kapitałowego od wkładów kapitałowych, których dotyczy to zwolnienie (ust. 5). Jak wynika z kolei z art. 13 lit.a Dyrektywy Rady 2008/7/WE państwa członkowskie mogą zwolnić z podatku kapitałowego wkłady wnoszone do spółek kapitałowych, które świadczą usługi użyteczności publicznej, takich jak przedsiębiorstwa transportu publicznego, przedsiębiorstwa zapewniające obsługę portów, przedsiębiorstwa zaopatrujące w wodę, gaz lub energię elektryczną, jeżeli ich kapitał jest przynajmniej w połowie własnością państwa, władz lokalnych lub regionalnych. Zgodnie z art. 8 Dyrektywy stawka naliczanego podatku kapitałowego jest jednolita i nie może przekraczać stawki stosowanej przez dane państwo członkowskie w dniu 1 stycznia 2006 r. (nie może też przekraczać ogólnie 1 %). W ocenie DIAS opodatkowanie czynności podwyższenia kapitału zakładowego podatkiem od czynności cywilnoprawnych przez Polskę jest dopuszczalne, o ile podatek ten był nakładany w dniu 1 stycznia 2006 r. W tej dacie w Polsce naliczany był podatek od czynności cywilnoprawnych od wkładów do spółek kapitałowych. Zgodnie bowiem z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit.k oraz pkt 2 u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym 1 stycznia 2006 r., podatkowi od czynności prawnych podlegała między innymi czynność cywilnoprawna umowy spółki oraz jej zmiany (jeżeli powodowała podwyższenie podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych), przy czym na mocy art. 1 ust. 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych za zmianę umowy spółki przy spółce kapitałowej uważało się wniesienie lub podwyższenie wniesionego do spółki wkładu, którego wartość powoduje podwyższenie kapitału zakładowego, pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika (akcjonariusza) oraz dopłaty. Stosownie do art. 7 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c. stawka podatku od umowy spółki i jej zmiany była jednolita i wynosiła 0,5 %. Artykuł 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. został dodany do tej ustawy 1 maja 2004 r. na mocy ustawy z 19 grudnia 2003 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2004 r. Nr 6, poz. 42). Zgodnie z tym przepisem od podstawy opodatkowania tym podatkiem odlicza się wartość wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartość kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, kwoty dopłat, kwoty lub wartość pożyczek oraz wartość rzeczy i praw majątkowych oddanych spółce do nieodpłatnego używania - przez podmioty zwolnione na podstawie art. 8 pkt 2-5 (między innymi Skarb Państwa) lub na podstawie odrębnych ustaw. Od 1 stycznia 2007 r. zmieniono brzmienie przepisu art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. mocą ustawy z 16 listopada 2006 r. (Dz. U. 2006, Nr 222, poz. 1629) ograniczając możliwość dokonania odliczenia do dwóch podmiotów: jednostek samorządu terytorialnego i Skarbu Państwa. Z kolei 1 stycznia 2009 r. ww. przepis uchylono na podstawie art. 1 pkt 4 lit b ustawy z 7 listopada 2008 r. (Dz.U. z 2008 r., Nr 209, poz. 1319) i dodano nowy - art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c. zwalniający od podatku umowy spółki i ich zmiany, jeżeli przedmiotem działalności spółki kapitałowej jest świadczenie usług użyteczności publicznej w zakresie transportu publicznego, zarządzania portami i przystaniami morskimi, zaopatrzenia ludności w wodę, gaz, energię elektryczną, energię cieplną lub zbiorowego odprowadzania ścieków i w wyniku zawarcia umowy spółki Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego obejmuje co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce albo w chwili zmiany umowy spółki Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego posiada już co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce. DIAS opierając się na uzasadnieniu projektu nowelizacji u.p.c.c. wywiódł, że dotychczasowe normy, określone w art. 6 w ust. 9 w pkt 4 zmienianej ustawy, miały inny zakres, z jednej strony węższy, gdyż pozwalały na odliczenie od podstawy opodatkowania w spółkach z udziałem Skarbu Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego m.in. wartości wkładów do spółki, wniesionych wyłącznie przez te podmioty, z jednoczesnym opodatkowaniem wkładów pozostałych wspólników w takich spółkach, z drugiej zaś szerszy, gdyż nie uzależniały odliczeń od przedmiotu działalności spółki; projektowane zwolnienie dotyczy nie tylko wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa i jednostki samorządu terytorialnego, lecz wszystkich czynności (zawarcie umowy spółki i jej zmiany) pod warunkiem spełnienia przez spółkę kryteriów określonych w ustawie (Sejm RP VI kadencji, druk nr 748). Wskazał organ, że analiza przepisów Dyrektywy 2008/07/WE oraz poprzedzającej ją Dyrektywy 69/335/WE prowadzi do wniosku, że regulacje te, dotyczące zarówno pobierania podatku jak i możliwości wprowadzenia zwolnień podatkowych, odnoszą się do przedmiotu opodatkowania oraz przedmiotu zwolnienia. Przepisy te nie przewidują zwolnień o charakterze podmiotowym. Z kolei art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. stanowił w istocie realizację zwolnienia podmiotowego wynikającego z art. 8 pkt 2 - 5 tej ustawy. Oznacza to, że zwolniona była nie sama czynność, lecz podmiot jej dokonujący. Dopiero od 1 stycznia 2009 r. ustawodawca wprowadził regulację odpowiadającą art. 13 lit.a Dyrektywy 2008/7/WE, który przewidywał prawo państwa członkowskiego do zwolnienia wkładów kapitałowych wnoszonych do spółek prowadzących określony rodzaj działalności. Niepobieranie podatku od wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego, funkcjonujące na gruncie u.p.c.c., miało charakter ulgi podmiotowej. Skoro obowiązująca Dyrektywa 2008/07/WE nie pozwala wprowadzić zwolnienia od podatku o charakterze podmiotowym, to reguła stand still nie może sankcjonować rozwiązań niedopuszczalnych w świetle Dyrektywy 2008/07/WE. Takie działanie naruszałoby cel wynikający z motywu 3) preambuły Dyrektywy 2008/7/WE, jakim jest ujednolicenie prawodawstwa dotyczącego podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, tak aby w możliwie największym stopniu wyeliminować czynniki, które mogą zakłócać warunki konkurencji lub utrudniać swobodny przepływ kapitału. Analizując skutki zmiany legislacyjnej polegającej na uchyleniu z dniem 1 stycznia 2009 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. przy jednoczesnym wprowadzeniu art. 9 pkt 11 lit. d tej ustawy, nie można uznać, że doszło do naruszenia art. 7 Dyrektywy 2008/7/WE i przewidzianej w nim klauzuli stand - still. Wynika to z faktu, że przed tą datą wkład pieniężny wnoszony przez Skarb Państwa do spółki nie podlegał efektywnemu opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych (ustawodawca nie uzależniał możliwości zastosowania zwolnienia z art. 6 ust. 9 pkt 4 ustawy od przedmiotu działalności spółki). Natomiast po tej dacie wkład taki jest opodatkowany, ponieważ nowo wprowadzony art. 9 pkt 11 lit. d ustawy uzależnia zwolnienie od tego, czy przedmiotem działalności spółki, do której jest wnoszony wkład pieniężny jest świadczenie wskazanych usług użyteczności publicznej. W skardze wniesionej do tutejszego Sądu Skarżąca zarzuciła zaskarżonej decyzji naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: - art. 7 ust. 1-2, 5, art. 1 lit a., art. 2 ust. 1 lit. a) w związku z pkt 21 (i) Załącznika I, art. 3 lit c), art. 13 lit. a i b, art. 15 Dyrektywa 2008/7/WE w związku z art. 7 ust. 1 i 2 oraz art. 3 ust. 1, art. 4 ust. 1 lit. c), ust. 2, art. 8 Dyrektywy 69/335/WE oraz art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c. obowiązującej w 2019 r. w związku z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, z art. 1 ust. 1 pkt 2, ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 6 ust. 9 pkt 4 w związku z art. 8 pkt 5, art. 7 ust. 1 pkt 9 u.p.c. obowiązującej w okresie 2004-2006 i u.p.c. obowiązującej w okresie 2007-2008 r. oraz art. 1 pkt 4 lit b) i pkt 5 lit b) ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych oraz art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c. obowiązującej w 2009 r. poprzez błędną wykładnię prowadzącą do niewłaściwego zastosowania poprzez uznanie, że usunięty z u.p.c. z dniem 31 grudnia 2008 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 nie stanowił prawidłowej implementacji art. 8 Dyrektywy 69/335/WE oraz art. 13 lit a i b Dyrektywy 2008/7/WE i w związku z tym, jego usunięcie powodujące wprowadzenie opodatkowania wkładów wnoszonych do spółek kapitałowych przez Skarb Państwa nie stanowiło naruszenia art. 7 ust. 5 Dyrektywy 2008/7/WE, który zakazuje ponownego opodatkowania czynności zwolnionych z podatku kapitałowego na podstawie art. 13 Dyrektywy 2008/7/WE; - art. 7 ust. 1-2, 5, art. 1 lit a., art. 2 ust. 1 lit. a) w związku z pkt 21 (i) Załącznika I, art. 3 lit c), art. 13 lit. a i b, art. 15 Dyrektywy 2008/7/WE w związku z art. 7 ust. 1 i 2 oraz art. 3 ust. 1, art. 4 ust. 1 lit. c, ust. 2, art. 8 Dyrektywy 69/335/WE oraz art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c. obowiązującej w 2019 r. w związku z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 6 ust. 9 pkt 4 ustawy w związku z art. 8 pkt 5 u.p.c.c. obowiązującej w okresie 2004-2006 i u.p.c.c. obowiązującej w okresie 2006-2008 oraz art. 1 pkt 4 lit b) i pkt 5 lit b) ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych oraz art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c. obowiązującej w 2009 poprzez błędną wykładnię prowadzącą do niewłaściwego zastosowania poprzez przyjęcie, że pomimo faktycznego zwolnienia z opodatkowania podatkiem wkładów wnoszonych do spółek kapitałowych przez Skarb Państwa w okresie 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2008 r. na podstawie art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. obowiązującej w okresie 2004-2006 i tej ustawy obowiązującej w okresie 2007-2008 jego usunięcie z dniem 1 stycznia 2009 r., powodujące opodatkowanie PCC wkładów wnoszonych do spółek przez Skarb Państwa, nie stanowiło naruszenia art. 7 ust. 1-2 Dyrektywy 2008/7/WE, które to naruszenia prawa materialnego miały wpływ na wynik sprawy. Zarzuciła nadto naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 75 § 1 w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej poprzez brak stwierdzenia nadpłaty. W oparciu o te zarzuty Skarżąca domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji i zasądzenia na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie. Na rozprawie pełnomocnik organu uzupełniając odpowiedź na skargę wskazał na wyrok WSA w Lublinie z 4 marca 2026 r., sygn.. akt I SA/Lu 616/25. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył co następuje: Skarga jest zasadna. Rozpoznając tak zarysowany spór należy w pierwszej kolejności przywołać przepisy Dyrektywy 2008/7/WE, a w szczególności art. 7 ust. 1 i 2. Zgodnie z ich brzmieniem, niezależnie od ar. 5 ust. 1 lit. a państwo członkowskie, które w dniu 1 stycznia 2006 r. naliczało podatek od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych, zwany dalej "podatkiem kapitałowym", może go w dalszym ciągu naliczać, pod warunkiem, że jest on zgodny z art. 8-14. W myśl z kolei ust. 2, jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go ono ponownie wprowadzić. Rację ma organ twierdząc, że art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym w okresie od 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2008 r. stanowił, że podstawę opodatkowania stanowi przy zmianie umowy spółki wartość wkładów powiększających majątek spółki albo wartość, o którą podwyższono kapitał zakładowy. Jednocześnie obowiązywał art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c., przewidujący odliczenie od podstawy opodatkowania, o której mowa w ust. 1 pkt 8, wartości wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartość kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, kwoty dopłat, kwoty lub wartość pożyczek oraz wartość rzeczy i praw majątkowych oddanych spółce do nieodpłatnego używania - przez podmioty zwolnione na podstawie art. 8 pkt 2-5 (pkt 5 Skarb Państwa – przypis Sądu) lub na podstawie przepisów odrębnych ustaw. Od 1 stycznia 2009 r., art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. został uchylony. Wszedł z kolei w życie art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c. wprowadzający zwolnienie z podatku pod dwoma warunkami: po pierwsze przedmiot działalności spółki winien mieścić się w katalogu wprowadzonym tym przepisem, a po drugie, że Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego obejmuje co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce albo w chwili zmiany umowy spółki podmioty te posiadają już co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce. W konsekwencji należało odpowiedzieć na pytanie, czy obowiązujące w okresie od 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2008 r. odliczenie od podstawy opodatkowania wartości wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartość kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, stanowi zaprzestanie naliczania podatku kapitałowego, o którym mowa w cytowanym wyżej art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE. Na tak postawione pytanie twierdząco odpowiedział już Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 447/24. Pogląd ten Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę podziela i w dalszej części uzasadnienia posłuży się argumentacją tam przedstawioną. Sąd nie miał wątpliwości co do tego, że na podstawie art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. w przypadku wniesienia wkładu do spółki przez jeden z podmiotów spełniających kryteria wskazane w art. 8 pkt 2 – 5, w tym przypadku Skarb Państwa, czynność taka na dzień 1 stycznia 2006 r. nie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Jak wskazał NSA, nie ma znaczenia to, czy odliczenie przewidziane w art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. było nazywane w polskiej ustawie "zwolnieniem". Istotne jest to, że jego rezultatem było faktyczne nieobciążenie podatkiem określonej operacji. W świetle Dyrektywy skupić się należy na istocie polegającej na faktycznym nieobciążeniu niektórych czynności. Decydujące znaczenie ma to, że określona czynność (wniesienie wkładów do spółki kapitałowej przez Skarb Państwa) faktycznie, efektywnie nie była obciążona podatkiem od czynności cywilnoprawnych na 1 stycznia 2006 r. Dlatego też likwidacja tego odliczenia naruszała Dyrektywę. Skoro rezultatem przewidzianego w ustawie odliczenia od podstawy opodatkowania było faktyczne niepobieranie podatku od określonej czynności, to bez względu na to, jaką metodą rezultat ten był osiągany, powrót do opodatkowania naruszał zasadę stand still. Niewątpliwie w stanie prawnym obowiązującym do końca 2008 r. wynikającym z przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych taka czynność cywilnoprawna, jak podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej na skutek wniesienia wkładu pieniężnego przez Skarb Państwa, w następstwie zastosowania odliczenia od podstawy opodatkowania wartości tego podwyższenia (na podstawie obowiązującego do 31 grudnia 2008 r. przepisu art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c.), nie byłaby efektywnie opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Natomiast taka sama czynność prawna dokonana przez skarżącą po dniu 1 stycznia 2009 r. już podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, ponieważ przepis przewidujący możliwość odliczania od podstawy opodatkowania wartości wkładu wniesionego przez Skarb Państwa już nie obowiązywał, jeżeli przedmiotem działalności spółki, do której Skarb Państwa wniósł wkład pieniężny, nie było świadczenie usług użyteczności publicznej. Jak wskazał WSA w Warszawie w wyroku z 17 stycznia 2024 r., sygn. akt VIII SA/Wa 713/23, intencją i ratio legis Dyrektywy 2008/7/WE jest zniesienie, a w krótszej perspektywie ograniczenie opodatkowania gromadzenia kapitału na obszarze Unii Europejskiej, z naciskiem na zakaz wprowadzania powtórnego opodatkowania tych czynności i zdarzeń, z opodatkowania których już wcześniej zrezygnowano. Nienaliczanie podatku wskazuje na najbardziej ogólne, syntetyczne ujęcie zagadnienia opodatkowania, co uprawnia do rozumienia tego zwrotu jako efektywny pobór podatku. W konsekwencji przez wyeliminowanie naliczania podatku należy rozumieć sytuację, w której podatek nie jest efektywnie pobierany niezależnie od tego, jaka konkretna konstrukcja prawna prowadzi do tego rezultatu; nienaliczanie podatku ma więc miejsce także wtedy, gdy jest wynikiem odliczenia od podstawy opodatkowania określonych wartości. Nowelizacja ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych z mocą od dnia 1 stycznia 2009 r. wprowadziła więc opodatkowanie podatkiem od czynności cywilnoprawnych czynności wniesienia wkładu pieniężnego przez Skarb Państwa do spółki kapitałowej, której przedmiotem działalności nie jest świadczenie usług użyteczności publicznej, która to czynność przed tą datą, a w szczególności w dniu 1 stycznia 2006 r., nie była efektywnie opodatkowana. Doszło zatem do naruszenia zasady stałości (stand-still), co stoi w sprzeczności z deklarowanymi w Dyrektywie jej celami, jak też z konkretnymi postanowieniami Dyrektywy 2008/7/WE. Zwrócić należy uwagę na pkt 6 Preambuły, który wyłącza możliwość ponownego wprowadzenia podatku wówczas, gdy państwo członkowskie podejmie decyzję o nienakładaniu podatku kapitałowego. Postanowienie to znalazło odzwierciedlenie w brzmieniu cytowanego już wyżej art. 7 ust. 2 Dyrektywy. Sąd nie podziela i tej argumentacji zawartej w zaskarżonej decyzji, że analiza przepisów Dyrektywy 2008/7/WE prowadzi do wniosku, że regulacje te dotyczące pobierania podatku jak i możliwości wprowadzenia zwolnień podatkowych, odnoszą się do przedmiotu opodatkowania oraz przedmiotu zwolnienia. Przepisy te, zdaniem DIAS, nie przewidują zwolnień o charakterze podmiotowym. Z kolei art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. stanowił realizację zwolnienia podmiotowego. Skoro obowiązująca Dyrektywa nie pozwala na wprowadzenie zwolnień o charakterze podmiotowym, reguła stand still nie doznała uszczerbku. W ocenie Sądu decydujące znaczenie ma ta część art. 7 ust. 2 Dyrektywy, która odnosi się do zaprzestania naliczania podatku kapitałowego. Owo zaprzestanie w którymkolwiek momencie po 1 stycznia 2006 r., wyłącza możliwość ponownego wprowadzenia podatku kapitałowego. Dyrektywa nie posługuje się pojęciem zwolnienia podmiotowego, czy przedmiotowego, lecz odnosi się do zaniechania naliczania podatku. Skoro zaś efektem regulacji art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. był brak naliczania podatku, późniejsze wprowadzenie opodatkowania i wprowadzenie zwolnienia uzależnionego od charakteru podmiotu obejmującego udziały i przedmiotu działalności spółki, której dotyczyło podwyższenie kapitału zakładowego, było niedopuszczalne. W pkt 8 preambuły Dyrektywy 2008/7/WE zaakcentowano konieczność utrzymania surowych warunków dalszego naliczania podatku kapitałowego przez państwa członkowskie; z tego wywodzić należy zakaz poszerzania w przedmiotu i podstawy opodatkowania podatkiem kapitałowym, a do takiego właśnie - zabronionego - rezultatu doprowadziła nowelizacja ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2009 r. Uchylenie z dniem 31 grudnia 2008 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. spowodowało zabronione przez Dyrektywę wprowadzenie opodatkowania wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa do spółek kapitałowych o określonym przedmiocie działalności, która to czynność prawna przed datą wejścia w życie tej nowelizacji, a zwłaszcza w dniu 1 stycznia 2006 r., faktycznie nie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Mając na uwadze powyższe Sąd stwierdził, że doszło do naruszenia prawa materialnego tj. art. 7 ust. 1 i 2, a także art. 13 w związku z pkt 3, pkt 5 i pkt 8 preambuły Dyrektywy Rady 2008/7/WE w zw. z art. art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k i pkt 2, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b oraz art.7 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c., które doprowadziło organ do odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Z tych przyczyn Sąd uchylił decyzje organów obu instancji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a w zw. z art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 146 – dalej jako p.p.s.a.). Ponownie rozpatrując wniosek organ weźmie pod uwagę zaprezentowaną w niniejszym orzeczeniu wykładnię przepisów prawa materialnego. Rozstrzygnięcie o kosztach postępowania uzasadniał art. 200 i art. 205 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę składa się uiszczony wpis od skargi oraz wynagrodzenie pełnomocnika ustalone na podstawie § 2 ust. 1 pkt 1 lit. h rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r., w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687).