I FSK 1734/23

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Roman Wiatrowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia WSA del. Alojzy Skrodzki, Protokolant Referent Adrian Piechota, po rozpoznaniu w dniu 13 maja 2026 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej D. sp. z o.o. z siedzibą w N. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu z dnia 23 czerwca 2023 r. sygn. akt I SA/Op 146/23 w sprawie ze skargi D. sp. z o.o. z siedzibą w N. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z dnia 11 stycznia 2023 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2015 r. i 2016 r. 1) oddala skargę kasacyjną; 2) zasądza od D. sp. z o.o. z siedzibą w N. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 480 (słownie: czterysta osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

1. Wyrokiem z 23 czerwca 2023 r., sygn. akt I SA/Op 146/23, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu oddalił skargę D. spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w N. (dalej: Strona, Spółka, Skarżąca) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: organ drugiej instancji, organ odwoławczy) z 11 stycznia 2023 r. w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2015 r. i 2016 r. (ww. wyrok oraz inne orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu opublikowane zostały w bazie internetowej NSA: www.orzeczenia.nsa.gov.pl). 2. Uzasadnienie wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu. 2.1. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wyroku opisał bezsporne w sprawie ustalenia faktyczne oraz przywołał przepisy znajdujące jego zdaniem zastosowanie w sprawie, w szczególności dokonał analizy art. 21 § 1-3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 2651 ze zm., dalej: o.p.) i art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 685 ze zm., dalej: ustawa o VAT). Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu stwierdził, że korekta nie kreuje na nowo zobowiązania podatkowego, dopóki organ podatkowy nie uzna, że korekta ta nie budzi wątpliwości, a w niniejszej sprawie organ pierwszej instancji uznał korekty VAT za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. za prawnie nieskuteczne. Jednocześnie sąd wskazał, że zgodnie z art. 70 § 1 o.p. w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT, zobowiązanie VAT za ww. okres przedawnia się z dniem 31 grudnia 2021 r. i podkreślił, że – na podstawie art. 79 § 2 o.p. – prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu zauważył także, że jeśli wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku zostanie złożony po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, którego ma dotyczyć stwierdzenie nadpłaty, to zachodzi podstawa z art. 165a o.p. do odmowy wszczęcia postępowania nadpłatowego i że w niniejszej sprawie wniosek o zwrot nadpłaty został przez Spółkę złożony po upływie terminu przedawnienia. Następnie sąd pierwszej instancji odniósł się do zarzutu, jakoby organy podatkowe obu instancji błędnie odczytały żądanie stwierdzenia nadpłaty zobowiązania podatkowego za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., zamiast – jak twierdzi Skarżąca – jako nadpłaty uiszczonej w 2021 r. nienależnego podatku do zapłaty wynikającego z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, jak również do argumentacji związanej z wydaniem interpretacji indywidualnej, na którą powołuje się Strona. 3. Skarga kasacyjna. 3.1. W skardze kasacyjnej Skarżąca zaskarżyła wyrok w całości i wniosła o: uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie przez Naczelny Sąd Administracyjny skargi na postanowienie organu drugiej instancji na podstawie art. 188 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2023 r. poz. 259 ze zm., dalej: p.p.s.a.) oraz – na podstawie art. 145 § 1 p.p.s.a. – uchylenie postanowienia organu odwoławczego oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji; ewentualnie – na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a. – o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Opolu; rozpoznanie skargi kasacyjnej na rozprawie na podstawie art. 181 § 1 p.p.s.a.; na podstawie art. 203 pkt 2 p.p.s.a. zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Skargę kasacyjną Strona oparła na następujących podstawach kasacyjnych: I. na podstawie art. 174 pkt 1 p.p.s.a. zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego: 1) art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez jego błędną wykładnię prowadzącą do uznania, że podatek wynikający z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT: a. nie mieści się w systemie podatku od wartości dodanej i dla zastosowania tego przepisu konieczne jest dokonanie weryfikacji rozliczenia podatku dokonanego w deklaracji podatkowej – podczas gdy jest to całkowicie odrębne zobowiązanie podatkowe i zgodnie z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT podmioty wymienione w art. 108 ustawy o VAT są zobowiązane do obliczenia i wpłacenia tego podatku na rzecz naczelnika urzędu skarbowego w okresach miesięcznych w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek podatkowy (wystawienie faktury); b. jest zależny od rozliczenia podatku VAT dokonanego w deklaracji złożonej przez podatnika – podczas gdy zobowiązanie, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT jest zobowiązaniem samoistnym powstającym w mocy prawa, niezależnym od zadeklarowania podatku należnego w jakiejkolwiek deklaracji podatkowej podatnika a w konsekwencji dopuszczenie się niewłaściwej oceny co do zastosowania ww. przepisów; 2) art. 72 § 1 o.p. w zw. z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez ich niewłaściwe zastosowanie i uznanie, że w sprawie nie doszło do nienależnej zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, podczas gdy dokonana przez Spółkę (w 2021 r.) wpłata podatku była związana z wystawieniem faktur korygujących dokumentujących czynności niepodlegające opodatkowaniu (które zostały następnie ponownie skorygowane), a zatem były fakturami, o których mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, a w efekcie wpłata ta stanowiła zapłatę podatku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT; 3) art. 70 § 1 o.p. w zw. z art. 108 ust. 1 w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię sprowadzającą się do uznania, że zobowiązanie podatkowe powstałe na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT "przedawnia się w tym samym czasie co zobowiązanie podatkowe w rozliczeniu (deklaracji), którego podatnik błędnie wykazał podatek wynikający z faktur jako podatek należny", podczas gdy zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w art. 108 ust. 1 w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT jest zobowiązaniem powstającym w sposób niezależny od istnienia jakiegokolwiek innego zobowiązania podatkowego (podatek ten nigdy nie jest związany z jakimkolwiek innym zobowiązaniem podatkowym) i przedawnia się z upływem 5 lat liczonych od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jego płatności, a w konsekwencji dopuszczenie się niewłaściwej oceny, co do zastosowania ww. przepisów; 4) art. 79 § 2 w zw. z art. 70 § 1 i art. 165a o.p. poprzez ich błędną wykładnię i uznanie, że doszło do wygaśnięcia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty ze względu na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podczas gdy wniosek Spółki z 22 lipca 2022 r. dotyczył bezpośrednio nadpłaty wynikającej z zobowiązania podatkowego powstałego na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT dopiero w 2021 r. (wobec czego w dniu złożenia przez Stronę wniosku nie doszło do przedawnienia tego zobowiązania), a w konsekwencji dopuszczenie się niewłaściwej oceny, co do zastosowania ww. przepisów; 5) art. 75 § 3 o.p. w zw. z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię i przyjęcie, że dla skuteczności wniosku o nadpłatę konieczne jest jednoczesne skorygowania deklaracji podatkowej, podczas gdy wniosek dotyczył zwrotu nadpłaty powstałej w związku z zapłatą nienależnego podatku powstałego na mocy art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, co do którego nie istnieje obowiązek złożenia deklaracji, w efekcie czego skuteczność złożenia wniosku o nadpłatę nie była uzależniona od skorygowania jakiejkolwiek deklaracji podatkowej, a w konsekwencji dopuszczenie się niewłaściwej oceny, co do zastosowania ww. przepisów; 6) art. 1, art. 73 i art. 90 ust. 1 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L.2006.347.1. ze zm., dalej: Dyrektywa VAT) oraz art. 5 ust. 4 Traktatu o Unii Europejskiej (Dz.U.UE.C.2009.203.1569 ze zm., dalej: TUE) w zw. z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez ich niewłaściwe zastosowanie i przyjęcie, że należało odmówić wszczęcia postępowania w sprawie nadpłaty podatku, podczas gdy: a. odmowa ta wynikała z błędnego odczytania przez organ podatkowy żądania Spółki przedstawionego we wniosku z 22 lipca 2022 r.; b. Strona działała z dobrą wiarą i ponadstandardową starannością i wyeliminowała ryzyko uszczuplenia budżetu Skarbu Państwa (w związku z wystawieniem faktur, o których mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT); co doprowadziło do naruszenia zasad neutralności VAT, zasady równego traktowania oraz zasady proporcjonalności; 7) art. 6, art. 17 ust. 1, art. 41, art. 47 w zw. z art. 51 ust. 1 Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej (Dziennik Urzędowy Unii Europejskiej z 26 października 2012 r. C 326/391, dalej: Karta Praw Podstawowych, KPP) oraz ukształtowanie w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zasady poszanowania prawa do obrony poprzez: a. nieprzyznanie Spółce ochrony prawa własności środków pieniężnych w wysokości nadpłaty, którą nienależnie dysponuje Skarb Państwa; b. brak zapewnienia efektywności prawa podmiotowego do odzyskania podatku nadpłaconego Skarbowi Państwa; c. brak jakiegokolwiek uzasadnienia rozstrzygnięcia dotyczącego odmowy wszczęcia postępowania; d. pozbawienie Spółki skutecznego środka prawnego do odzyskania nadpłaty ze względu na nieuprawnioną modyfikację żądania Strony przedstawionego we wniosku z 22 lipca 2022 r.; 8) art. 2 i art. 64 ust. 1 i 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z 2 kwietnia 1997 r. (Dz.U. z 1997 r. Nr 78 poz. 483 ze zm., dalej: Konstytucja RP) w zw. z art. 121 § 1 o.p. poprzez ich niewłaściwe zastosowanie i bezpodstawną odmowę prowadzenia postępowania podatkowego dotyczącego nadpłaty, w sytuacji gdy nadpłata ta wynika z wpłaty podatku, który nie uległ przedawnieniu oraz w sytuacji, gdy Spółka działała z dobrą wiarą i wyeliminowała ryzyko uszczuplenia budżetu Skarbu Państwa; 9) art. 14k § 1 i § 3 o.p. poprzez: a. ich błędną wykładnię sprowadzającą się do uznania, że w celu przyznania podatnikowi gwarancji wynikających z tego przepisu konieczne jest wszczęcie przez organ postępowania podatkowego (w tym przeprowadzenie postępowania dowodowego), w ramach którego ustalone zostanie, że stan faktyczny wskazany we wniosku o interpretację jest tożsamy ze stanem rzeczywistym, podczas gdy prawidłowa wykładnia tego przepisu prowadzi do wniosku, że gwarancja ta ma szeroki zakres (dotyczy wszystkich negatywnych konsekwencji zarówno na gruncie prawa materialnego, jak i procesowego) i musi być również wzięta pod uwagę przy ocenie zasadności wszczęcia postępowania nadpłatowego na podstawie wniosku podatnika, co doprowadziło do niewłaściwego zastosowania tych przepisów; b. ich niewłaściwe zastosowanie i uznanie, że interpretacja indywidualna nie może sama w sobie modyfikować rozliczeń podatkowych i zasad dotyczących przedawnienia, podczas gdy jest to kwestia niesporna w niniejszej sprawie, jednak – zdaniem Spółki – interpretacja indywidualna wprost potwierdziła, że faktury korygujące wystawione przez Skarżącą w 2021 r. był fakturami, o których mowa w art. 108 ustawy o VAT, w efekcie czego możliwe było późniejsze ponowne wystawienie faktur korygujących do tych faktur z 2021 r. i powstanie prawa do odzyskania nadpłaty wynikającej z nienależnie uiszczonego podatku w 2021 r. (i wszczęcie postępowania w tym zakresie); II. na podstawie art. 174 pkt 2 p.p.s.a. zarzucam naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.: 1) art. 151 i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. poprzez oddalenie skargi, podczas gdy postanowienie organu odwoławczego oraz poprzedzające je postanowienie organu pierwszej instancji powinny zostać wyeliminowane jako wydane z naruszeniem: a. art. 165a § 1 w zw. z art. 79 § 2 o.p. poprzez niezasadne uznanie, że doszło do wygaśnięcia prawa Spółki do złożenia wniosku o nadpłatę ze względu na przedawnienie zobowiązania podatkowego, co miało stanowić o zaistnieniu negatywnej przesłanki procesowej, uniemożliwiającej wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty i merytorycznego rozpoznania sprawy, podczas gdy rzeczywiste żądanie Spółki dotyczyło nadpłaty związanej z zobowiązaniem podatkowym, które nie uległo przedawnieniu (powstałego w 2021 r. na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT); b. art. 124 i art. 210 § 4 w zw. z art. 217 § 2 i art. 219 o.p. poprzez naruszenie zasady przekonywania strony, błędne uzasadnienie postanowienia organu odwoławczego i niewskazanie żadnych przesłanek, które potwierdzają stanowisko organu drugiej instancji oraz brak odniesienia się do zarzutów przedstawionych przez Spółkę w zażaleniu na postanowienie pierwszej instancji; c. art. 121 § 1 i art. 127 o.p. poprzez brak samodzielnego i niezależnego przeprowadzenia postępowania i merytorycznego rozpatrzenia sprawy przez organ drugiej instancji oraz oparcie rozstrzygnięcia na wadliwych ustaleniach dokonanych przez organ pierwszej instancji, co skutkowało naruszeniem zasady dwuinstancyjności postępowania; 2) art. 134 p.p.s.a. oraz art. 3 pkt 2 p.p.s.a. w zw. z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych poprzez wykroczenie poza granice sprawy sądowoadministracyjnej (dotyczącej rozstrzygnięcia odmawiającego wszczęcia postępowania nadpłatowego) polegające na: a. całkowitym pominięciu zbadania zasadności odmowy wszczęcia postepowania podatkowego (w kontekście żądania Spółki przedstawionego we wniosku z 22 lipca 2022 r. i przesłanek ustawowych pozwalających na odmowę wszczęcia postępowania nadpłatowego); b. skupieniu się jedynie na przedstawieniu merytorycznego stanowiska co do braku możliwości powstania nadpłaty w związku z zobowiązaniem podatkowym, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, podczas gdy w sprawie Spółki: i. w pierwszej kolejności powinno zostać wszczęte postępowanie dotyczące stwierdzenia nadpłaty powstałej w zobowiązaniu podatkowym, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT (bowiem Spółka złożyła wniosek z takim żądaniem, a nie z żądaniem odzyskania zobowiązania podatkowego za 2015/2016); ii. i dopiero w ramach ww. postępowania powinno zostać wydane rozstrzygnięcie dotyczące zasadności istnienia nadpłaty i jej zwrotu; 3) art. 133 § 1 p.p.s.a. poprzez pominięcie przez sąd pierwszej instancji odniesienia się do treści wniosku Spółki, a w efekcie uznanie, że wniosek Strony dotyczył stwierdzenia nadpłaty w podatku VAT za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., podczas gdy w rzeczywistości wniosek ten dotyczył stwierdzenia nadpłaty w podatku powstałym na podstawie art. 108 ust. 1 w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT, a więc wydanie wyroku nieopartego na aktach sprawy; 4) art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez sporządzenie uzasadnienia w sposób nieodnoszący się do istoty sprawy, niejasny, wewnętrznie sprzeczny, nielogiczny i nie odnoszący się do większości zarzutów przedstawionych w skardze, przez co uniemożliwiający kontrolę instancyjną orzeczenia, w szczególności poprzez: a. brak wyjaśnienia, dlaczego sąd uznał, że wniosek Spółki dotyczył stwierdzenia nadpłaty w zobowiązaniach podatkowych w VAT za 2015/2016, podczas gdy z wniosku Strony nie wynikało takie żądanie, a wniosek dotyczył nadpłaty powstałej w podatku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT; b. formułowanie tezy o samoistności podatku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT i częściowo prewencyjnym charakterze tej regulacji oraz jednoczesne stwierdzenie, że jest to podatek, który nie może być skorygowany bez jednoczesnego skorygowania związanego z nim podatku, który został wykazany w deklaracji podatkowej; c. niejednoznaczny wywód dotyczący momentu, w którym zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w art. 108 ust. 1 w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT miałoby ulegać przedawnieniu; d. całkowity brak odniesienia się do zarzutów zawartych w skardze dotyczących naruszenia przepisów konstytucyjnych dotyczących prawa własności i prawa do nadpłaty, naruszenia przepisów i zasad unijnych oraz naruszenia przepisów dotyczących uzasadnienia postanowień i dwuinstancyjności. 2. W odpowiedzi na skargę kasacyjną organ odwoławczy wniósł o: oddalenie skargi kasacyjnej w całości oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Organ drugiej instancji zrzekł się rozpoznania sprawy na rozprawie. 3. W piśmie procesowym z 30 kwietnia 2026 r. Strona przedstawiła: dodatkową argumentację potwierdzającą jej stanowisko, opartą na najnowszym orzecznictwie sądów administracyjnych oraz TSUE, a także podsumowanie swojego stanowiska, prezentowanego w ramach postępowania i wniosła o uwzględnienie przedstawionej argumentacji przy rozpoznaniu skargi kasacyjnej. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje. 3. Zgodnie z treścią art. 183 § 1 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu biorąc pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Naczelny Sąd Administracyjny – rozpoznając skargę kasacyjną w granicach wyznaczonych jej zarzutami i wnioskami (art. 183 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 176 p.p.s.a.) – stwierdził, że nie zasługuje ona na uwzględnienie. Jednocześnie należy wspomnieć, że zgodnie z art. 193 zdanie drugie p.p.s.a. uzasadnienie wyroku oddalającego skargę kasacyjną zawiera ocenę zarzutów skargi kasacyjnej. Mając na uwadze tę szczególną regulację w stosunku do art. 141 § 4 p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny – orzekając o oddaleniu skargi kasacyjnej – mógł zrezygnować z przedstawienia pełnej relacji, co do przebiegu sprawy i sprowadzić swoją wypowiedź tylko do rozważań mających znaczenie dla oceny postawionych zarzutów. 4.1. Granicami skargi kasacyjnej są przytoczone przez wnoszącego skargę kasacyjną podstawy kasacyjne i ich uzasadnienie. Podstawy skargi kasacyjnej zostały wskazane w art. 174 p.p.s.a., zgodnie z którym skargę kasacyjną można oprzeć zarówno na naruszeniu prawa materialnego przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie, jak i na naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W niniejszej sprawie w skardze kasacyjnej powołano dwie podstawy kasacyjne uregulowane w art. 174 p.p.s.a. 2. W niniejszej sprawie Spółka w okresie od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. świadczyła usługi badawczo-rozwojowe na rzecz spółki prawa niemieckiego D.1 (dalej: D.1) i z tego tytułu wystawiała faktury VAT, nie wykazując w nich podatku VAT odpowiednio do stosowanego wówczas odwrotnego obciążenia. Następnie w listopadzie 2021 r. doszło do wystawienia do tych faktur faktur korygujących, w których Spółka wykazała kwoty podatku VAT, które nie zostały ujęte w pierwotnych, korygowanych fakturach, a automatyczną konsekwencją tego były także korekty niektórych innych pozycji tych faktur. Do obliczenia kwoty podatku VAT Skarżąca zastosowała metodę "od stu". Równocześnie złożono do właściwego urzędu skarbowego korekty deklaracji VAT-7, plików JPK oraz informacji podsumowujących, za poszczególne okresy rozliczeniowe objęte dokonaną korektą pierwotnych faktur, wpłacając jednocześnie kwoty powstałej zaległości wraz z odsetkami. W stosunku do powyższych korekt deklaracji VAT-7 dokonanych w 2021 r. organy nie wszczęły postępowania podatkowego celem weryfikacji tych samorozliczeń Spółki, a zatem pozostały one w obrocie prawnym i wywołały w tym okresie skutki podatkowe w zakresie rozliczeń podatku VAT w poszczególnych okresach rozliczeniowych. 23 lutego 2022 r. Strona uzyskała interpretację podatkową Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, z której wynikało, że D.1 nie posiada stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce. W konsekwencji Skarżąca w oparciu o stanowisko organu interpretacyjnego uznała, że świadczone przez nią usługi badawczo-rozwojowe powinny być traktowane dla celów VAT jako świadczone poza terytorium Polski i w 2022 r. dokonała zarówno korekt w stosunku do korekt dokonanych w 2021 r., jak też ponownego skorygowania deklaracji VAT, plików JPK oraz informacji podsumowujących za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., które zostały uznane - na podstawie art. 81 § 1 w zw. z art. 70 § 1 o.p. - za prawnie nieskuteczne postanowieniem Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z 13 września 2022 r. Organ stwierdził bowiem, że Spółka mogła skorygować uprzednio złożoną deklarację, jedynie do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego, co ma miejsce po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Tym samym, skoro doszło już do przedawnienia, dokonane po tym terminie korekty nie wywołały skutków prawnych. Jednocześnie pismem z 22 lipca 2022 r. Skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług m.in. za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. Przedstawiony powyżej stan faktyczny jest bezsporny. Jednocześnie nie budzi wątpliwości, że w odniesieniu do zobowiązań za ww. okresy rozliczeniowe nie wystąpiła żadna z okoliczności skutkujących przerwaniem lub zawieszeniem biegu terminu przedawnienia, a tym samym ustawowy termin ich przedawnienia przypadał na dzień 31 grudnia 2021 r. 3. Wątpliwości w niniejszej sprawie budzi jak należy traktować wniosek Spółki z 22 lipca 2022 r. Organy podatkowe obu instancji i sąd pierwszej instancji traktują go jako wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., zaś Skarżąca uważa, że ww. wniosek nie dotyczył nadpłaty w VAT za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., lecz dotyczył wyłącznie nadpłaty powstałej w związku z wystawieniem w 2021 r. faktur korygujących, które w jej opinii – w związku z wydaną interpretacją indywidualną – są fakturami, o których mowa w art. 108 ustawy o VAT. Spółka twierdzi, że: "Wniosek o nadpłatę Spółki bezpośrednio dotyczy nienależnie wpłaconej w 2021 r. kwoty zobowiązania podatkowego, o której mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT (a nie nienależnie wykazanych zaległości z deklaracji za 2015-2016, bowiem takie zaległości nigdy nie istniały)". Zdaniem Skarżącej przedmiotowy wniosek dotyczy zobowiązania, które powstało dopiero w 2021 r. (w momencie wystawienia pierwszych faktur korygujących), a zatem przedawni się z końcem 2026 r. W jej ocenie, składając wniosek w lipcu 2022 r., uczyniła to w terminie. Zaś organy podatkowe i sąd pierwszej instancji uznały, że przedmiotowy wniosek został złożony po upływie terminu przedawnienia i z uwagi na to należało odmówić wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. 4. Istota sporu w niniejszej sprawie nie sprowadza się do abstrakcyjnej oceny charakteru prawnego obowiązku zapłaty podatku wykazanego na fakturze, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, lecz do ustalenia, czy wniosek Spółki z 22 lipca 2022 r. mógł skutecznie zainicjować postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty, mimo że dotyczył rozliczeń podatku od towarów i usług za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., które uległy przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2021 r. Jak wskazano powyżej, z akt sprawy wynika, że Spółka w 2021 r. dokonała korekt faktur oraz deklaracji VAT-7 za wskazane okresy rozliczeniowe, wykazując w nich podatek należny z tytułu usług badawczo-rozwojowych świadczonych na rzecz kontrahenta niemieckiego, a następnie wpłaciła kwoty wynikające z tych korekt wraz z odsetkami. Dopiero po uzyskaniu interpretacji indywidualnej z 23 lutego 2022 r. Skarżąca podjęła próbę ponownego skorygowania tych rozliczeń i wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, twierdząc, że jej żądanie nie dotyczy zobowiązań za lata 2015–2016, lecz odrębnego zobowiązania powstałego w 2021 r. na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego takie ujęcie sprawy nie znajduje podstaw ani w stanie faktycznym, ani w obowiązujących przepisach. 5. Nie można podzielić stanowiska Strony, że dokonana w 2021 r. wpłata utraciła swój związek z rozliczeniami VAT za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. i powinna być traktowana jako samoistna zapłata podatku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, powstałego dopiero w 2021 r. Sama Spółka, dokonując korekt w 2021 r., nie rozliczyła kwot wynikających z faktur korygujących poza deklaracją, jako podatku do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, lecz ujęła je w korektach deklaracji VAT-7 za historyczne okresy rozliczeniowe. Wpłata została więc dokonana jako konsekwencja skorygowanego samowymiaru podatku za poszczególne miesiące 2015 r. i 2016 r., a nie jako odrębna należność oderwana od tych okresów. Z tego względu organy podatkowe i sąd pierwszej instancji zasadnie przyjęły, że wniosek z 22 lipca 2022 r. dotyczył w istocie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okresy, których rozliczenie zostało uprzednio skorygowane, a nie nowego zobowiązania powstałego w 2021 r. 6. Nie jest trafny zarzut naruszenia art. 108 ust. 1 ustawy o VAT oraz art. 70 § 1 o.p. w zw. z art. 108 ust. 1 w zw. z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT i art. 79 § 2 w zw. z art. 70 § 1 o.p. Art. 108 ust. 1 ustawy o VAT niewątpliwie przewiduje szczególny obowiązek zapłaty podatku wykazanego na fakturze, również wówczas, gdy faktura nie dokumentuje czynności podlegającej opodatkowaniu. Nie oznacza to jednak, że podatnik może po upływie terminu przedawnienia dowolnie przekwalifikować kwoty uprzednio zadeklarowane jako podatek należny za konkretne okresy rozliczeniowe na podatek z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, tylko po to, aby otworzyć nowy pięcioletni termin do dochodzenia nadpłaty. Taka konstrukcja prowadziłaby do niedopuszczalnego obejścia art. 70 § 1 i art. 79 § 2 o.p. Sąd pierwszej instancji zasadnie wskazał, że obowiązek zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT - choć ma charakter szczególny i nie jest klasycznym podatkiem należnym z tytułu czynności opodatkowanej - pozostaje obowiązkiem wynikającym z ustawy o VAT i podlega skutkom materialnoprawnym właściwym zobowiązaniom podatkowym. Nie można zatem przyjmować, że dla tego samego podatku, dotyczącego tych samych faktur i tych samych okresów rozliczeniowych, bieg terminu przedawnienia miałby być ustalany odmiennie w zależności od późniejszej kwalifikacji przyjętej przez podatnika. Zasadnicze znaczenie ma okoliczność, że korekta deklaracji nie kreuje nowego zobowiązania podatkowego za nowy okres. Korekta deklaracji odnosi się do zobowiązania już istniejącego, powstałego za okres, którego deklaracja dotyczy. Złożenie w 2021 r. korekt deklaracji za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. nie spowodowało zatem powstania nowego zobowiązania podatkowego w 2021 r., lecz zmodyfikowało samowymiar podatku za dawne okresy rozliczeniowe. Skoro zaś zobowiązania te przedawniły się z dniem 31 grudnia 2021 r., to po tej dacie wygasło także prawo do skutecznego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w tych zobowiązaniach. Wynika to wprost z art. 79 § 2 o.p, zgodnie z którym prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. 7. Nie zasługuje na aprobatę argument, że wniosek Spółki dotyczył wyłącznie podatku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, a nie nadpłaty w VAT za lata 2015–2016. Takie rozróżnienie ma charakter sztuczny. Kwoty, których zwrotu domagała się Spółka, wynikały z faktur korygujących wystawionych do transakcji pierwotnie rozliczonych w latach 2015–2016 oraz z korekt deklaracji VAT-7 za te właśnie okresy. Skarżąca nie wykazała podatku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT jako odrębnej należności rozliczanej poza deklaracją, lecz sama wprowadziła go do rozliczeń okresowych jako podatek należny. Dopóki skutecznie złożone korekty deklaracji z 2021 r. pozostawały w obrocie prawnym, dopóty wykazane w nich kwoty stanowiły element rozliczenia podatku od towarów i usług za dane okresy. Późniejsze korekty z 2022 r. nie mogły natomiast wywołać skutków prawnych, ponieważ zostały złożone po upływie terminu przedawnienia. Trafnie sąd pierwszej instancji zaakcentował również, że przyjęcie stanowiska Spółki prowadziłoby do wewnętrznie sprzecznego rezultatu. Ta sama należność byłaby jednocześnie traktowana jako podatek należny wykazany w deklaracjach VAT-7 za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. oraz jako odrębny podatek do zapłaty z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, powstały w 2021 r. Nie jest dopuszczalne, aby jedna i ta sama kwota podatku, wynikająca z tych samych korekt faktur i tego samego zdarzenia gospodarczego, funkcjonowała równolegle w dwóch reżimach prawnych tylko w zależności od tego, który z nich jest korzystniejszy dla podatnika z punktu widzenia przedawnienia. Skoro Strona w 2021 r. ujęła sporne kwoty w deklaracjach jako podatek należny za okresy historyczne, to skutki tej czynności należy oceniać w ramach tych właśnie rozliczeń. 8. Nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 72 § 1 o.p. w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Nadpłata nie powstaje przez samo późniejsze przekonanie podatnika, że wcześniejsza wpłata była nienależna. W systemie samowymiaru podatku VAT podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, dopóki nie zostanie skutecznie skorygowany przez podatnika w granicach dopuszczalnych prawem albo zakwestionowany przez organ w odpowiednim postępowaniu. W niniejszej sprawie ponowne korekty złożone w 2022 r. zostały uznane za prawnie nieskuteczne z uwagi na upływ terminu przedawnienia. Skoro nie mogły one zmienić rozliczeń za lata 2015–2016, to nie mogły również stanowić skutecznej podstawy do stwierdzenia nadpłaty. 9. Nie zasługuje także na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 75 § 3 o.p. w związku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług, jeżeli dotyczy kwot wykazanych w deklaracjach, wymaga powiązania z korektą deklaracji. W niniejszej sprawie Spółka sama uznała tę zależność, skoro wraz z wnioskiem podjęła próbę ponownego skorygowania deklaracji VAT, plików JPK oraz informacji podsumowujących za okresy historyczne. Problem nie polegał więc na tym, że organ bezpodstawnie wymagał korekty deklaracji w sytuacji, gdy była ona zbędna, lecz na tym, że korekty z 2022 r. zostały dokonane po upływie terminu przedawnienia i z tego względu nie mogły wywołać skutków prawnych. 10. Bezzasadny jest także zarzut naruszenia art. 165a § 1 o.p. Przepis ten znajduje zastosowanie wtedy, gdy postępowanie z przyczyn prawnych nie może zostać wszczęte. Upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, z którym art. 79 § 2 o.p. wiąże wygaśnięcie prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, stanowi właśnie taką przeszkodę. Organ nie miał zatem obowiązku wszczynania postępowania tylko po to, aby następnie wydać rozstrzygnięcie merytoryczne. Jeżeli już na etapie badania dopuszczalności wniosku wynikało, że dotyczy on zobowiązań przedawnionych, odmowa wszczęcia postępowania była prawidłowa. 11. Nie zasługują na uwzględnienie również zarzuty naruszenia przepisów prawa unijnego, w szczególności zasady neutralności VAT, proporcjonalności i skuteczności. Zasada neutralności podatku od wartości dodanej nie znosi krajowych terminów przedawnienia ani nie obliguje organów podatkowych do zwrotu kwot dochodzonych po upływie ustawowych terminów. Sąd pierwszej instancji zasadnie odwołał się do orzecznictwa TSUE, w którym przyjęto, że państwa członkowskie mogą ustanawiać rozsądne terminy prekluzyjne dla dochodzenia zwrotu podatku, pod warunkiem poszanowania zasad równoważności i skuteczności. Pięcioletni termin przewidziany w art. 70 § 1 o.p. co do zasady spełnia te wymogi. W niniejszej sprawie Spółka miała możliwość złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty przed końcem 2021 r., a okoliczność, że oczekiwała na interpretację indywidualną, nie może prowadzić do wydłużenia ustawowego terminu przedawnienia. 12. Nie można również podzielić zarzutów opartych na Konstytucji RP i Karcie Praw Podstawowych. Prawo do nadpłaty jest prawem realizowanym w granicach i trybie określonym w ustawie. Nie ma charakteru absolutnego i podlega ograniczeniom wynikającym z instytucji przedawnienia. Przedawnienie służy stabilizacji stosunków prawnych, pewności obrotu i ochronie bezpieczeństwa prawnego. Nie narusza prawa własności ani zasady zaufania do państwa sytuacja, w której organ odmawia wszczęcia postępowania nadpłatowego po upływie ustawowego terminu, zwłaszcza gdy podatnik miał możliwość dochodzenia swoich praw przed jego upływem. 13. Nie jest trafny zarzut naruszenia art. 14k § 1 i § 3 o.p. Interpretacja indywidualna pełni funkcję informacyjną i gwarancyjną, lecz nie zastępuje decyzji wymiarowej, nie uchyla skutków złożonych deklaracji, nie modyfikuje biegu terminu przedawnienia i nie powoduje automatycznego powstania nadpłaty. Korzystna dla Spółki interpretacja z 2022 r. mogła potwierdzać prawidłowość określonego sposobu rozumienia przepisów na tle przedstawionego stanu faktycznego, ale nie niwelowała skutków wcześniejszych korekt deklaracji złożonych w 2021 r. ani nie otwierała nowego terminu do żądania zwrotu kwot dotyczących przedawnionych okresów rozliczeniowych. Trafnie zatem przyjęto, że interpretacja nie mogła sama przez się przekształcić wpłaty dokonanej jako element korekty rozliczeń za lata 2015–2016 w odrębny podatek z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT powstały w 2021 r. 14. Na uwzględnienie nie zasługują również zarzuty procesowe. Sąd pierwszej instancji nie wykroczył poza granice sprawy, lecz rozpoznał zasadniczą kwestię sporną, tj. czy organy prawidłowo odmówiły wszczęcia postępowania nadpłatowego z uwagi na przedawnienie. Ocena, czy wniosek Spółki rzeczywiście dotyczył nadpłaty w podatku z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, czy też nadpłaty w rozliczeniach za okresy 2015–2016, była konieczna dla kontroli legalności odmowy wszczęcia postępowania. Nie była to więc niedopuszczalna merytoryczna ocena nadpłaty z pominięciem etapu wszczęcia postępowania, lecz ocena przesłanki dopuszczalności tego postępowania. W szczególności nie doszło do naruszenia art. 133 § 1 p.p.s.a. Sąd orzekał na podstawie akt sprawy i prawidłowo odczytał rzeczywisty charakter żądania Spółki. O tym charakterze nie decyduje wyłącznie nazwa nadana wnioskowi przez podatnika ani przyjęta przez niego kwalifikacja prawna, lecz treść żądania, jego podstawa faktyczna oraz związek dochodzonej kwoty z konkretnymi rozliczeniami podatkowymi. Skoro dochodzona kwota wynikała z korekt faktur i deklaracji dotyczących okresów od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., to organy i sąd pierwszej instancji zasadnie uznały, że wniosek pozostaje związany z tymi okresami rozliczeniowymi. 15. Nie jest wreszcie zasadny zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku pozwala odtworzyć tok rozumowania sądu pierwszej instancji. Sąd wskazał stan faktyczny, przytoczył właściwe przepisy, wyjaśnił znaczenie przedawnienia dla dopuszczalności wniosku nadpłatowego, odniósł się do argumentacji Spółki dotyczącej art. 108 ust. 1 ustawy o VAT oraz wyjaśnił, dlaczego interpretacja indywidualna nie mogła zmienić skutków prawnych wcześniejszych korekt deklaracji. To, że sąd nie podzielił argumentacji Skarżącej i nie odniósł się do każdego twierdzenia w sposób oczekiwany przez Stronę, nie oznacza, że uzasadnienie uniemożliwia kontrolę instancyjną. 16. W konsekwencji należy uznać, że organy podatkowe i sąd pierwszej instancji prawidłowo przyjęły, iż wniosek Spółki z 22 lipca 2022 r. dotyczył w istocie kwot wynikających z rozliczeń podatku od towarów i usług za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r., a nie nowego, samoistnego zobowiązania powstałego w 2021 r. na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Skoro zobowiązania za te okresy przedawniły się z dniem 31 grudnia 2021 r., a wniosek został złożony po tej dacie, prawo do żądania stwierdzenia nadpłaty wygasło na podstawie art. 79 § 2 o.p. Tym samym odmowa wszczęcia postępowania na podstawie art. 165a § 1 o.p. była prawidłowa, a zarzuty skargi kasacyjnej, zarówno materialnoprawne, jak i procesowe, nie mogły odnieść skutku. 4.17. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł jak w sentencji. 4.18. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. Alojzy Skrodzki Roman Wiatrowski Danuta Oleś